genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold19
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2266706

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123127--123151	13	1.9	13	100	0	50	36	0	8	56	1.29
124806--124870	20	3.6	19	71	26	61	52	1	0	46	1.10
129926--129993	25	2.8	25	86	6	86	45	26	5	22	1.75
129923--130051	24	5.0	24	74	13	89	47	24	6	21	1.74
132469--132534	27	2.4	27	82	7	80	27	9	18	45	1.79
132623--132660	20	1.9	20	88	0	58	13	42	5	39	1.66
135114--135159	21	2.1	22	84	4	58	30	19	30	19	1.97
136186--136254	35	2.0	35	100	0	138	21	28	11	37	1.89
137077--137142	27	2.4	27	87	7	98	24	7	21	46	1.76
137230--137267	20	1.9	20	88	0	58	13	42	5	39	1.66
139311--139377	31	2.1	32	88	2	100	52	8	4	34	1.53
140333--140369	20	1.9	20	88	5	58	54	10	5	29	1.57
141255--141282	6	4.7	6	100	0	56	53	0	0	46	1.00
142923--143102	100	1.8	99	84	8	249	33	16	16	33	1.91
143187--143230	22	2.1	22	83	8	56	43	0	0	56	0.99
143204--143233	15	2.0	15	93	0	51	43	0	0	56	0.99
146262--146347	28	3.1	29	77	8	90	63	6	3	25	1.35
146604--146630	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
154929--154972	15	3.0	15	80	3	54	47	0	0	52	1.00
155167--155228	19	3.2	19	73	15	56	38	4	0	56	1.21
159538--159595	28	2.0	29	83	9	75	58	0	1	39	1.08
159614--159681	29	2.4	29	87	2	102	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159590--159671	35	2.3	35	81	4	94	51	1	0	47	1.08
160137--160218	32	2.7	29	75	18	69	45	1	1	52	1.16
160154--160221	32	2.2	30	82	12	75	47	1	1	50	1.19
160772--160863	24	4.2	21	75	21	75	1	25	1	72	0.97
160772--160865	25	3.7	24	76	18	66	1	25	1	72	0.98
160798--160871	19	4.0	19	73	26	70	2	25	1	70	1.09
160772--160886	28	4.3	26	81	12	96	1	26	0	71	1.01
160806--160887	34	2.4	34	81	16	91	1	26	1	70	1.02
160792--160879	28	3.3	27	83	10	101	2	27	1	69	1.08
160850--160899	24	2.1	23	85	10	66	4	32	0	64	1.12
160970--161009	17	2.2	19	86	8	57	47	0	5	47	1.24
162926--162981	16	3.5	16	85	0	67	44	5	5	44	1.49
162929--163018	32	2.8	32	77	8	94	43	3	5	47	1.43
166519--166556	20	1.9	20	84	10	51	57	2	0	39	1.12
167107--167152	17	2.5	17	82	10	56	65	6	0	28	1.17
168077--168106	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
175924--175979	16	3.4	17	74	20	64	64	1	0	33	1.04
176393--176439	24	2.0	24	83	8	60	31	0	0	68	0.90
176776--176844	35	1.9	36	82	8	88	52	0	0	47	1.00
176940--176983	15	3.1	15	75	24	51	61	9	0	29	1.27
182251--182287	19	2.0	19	94	5	67	40	5	0	54	1.24
182847--182891	18	2.6	18	78	3	56	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182857--182925	32	2.2	29	87	10	93	34	0	0	65	0.93
182868--182938	29	2.3	29	81	13	72	36	0	0	63	0.95
183478--183519	16	2.6	17	82	14	54	30	2	2	64	1.19
184359--184426	16	4.2	17	74	23	58	55	2	0	41	1.15
184387--184453	18	3.7	18	75	15	66	56	1	0	41	1.08
185050--185093	22	2.0	23	86	4	63	54	0	2	43	1.12
185248--185287	18	2.2	18	86	8	55	40	10	0	50	1.36
185566--185599	9	3.7	9	88	4	50	35	0	0	64	0.94
185564--185599	18	2.0	18	89	10	56	38	0	0	61	0.96
188839--188918	42	1.9	41	92	2	133	25	12	16	46	1.82
189341--189452	31	3.6	30	73	15	93	46	0	0	53	1.00
189344--189454	29	3.3	34	75	20	92	46	0	0	53	1.00
189386--189467	36	2.2	39	78	22	97	40	1	0	58	1.06
189333--189501	65	2.6	63	80	10	182	44	1	0	53	1.10
189550--189601	21	2.5	21	84	6	61	40	3	0	55	1.18
191913--191979	27	2.5	28	74	13	70	52	0	1	46	1.09
192058--192091	16	2.2	15	89	5	50	50	0	0	50	1.00
192739--192763	7	3.6	7	100	0	50	56	0	0	44	0.99
199390--199424	18	1.9	18	94	0	61	62	0	0	37	0.95
200467--200497	10	3.1	10	90	0	53	77	0	22	0	0.77
203405--203472	34	2.0	34	82	2	82	39	2	4	52	1.36
203925--203949	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204280--204316	17	2.2	17	90	0	56	40	0	0	59	0.97
204280--204319	18	2.3	17	86	4	53	42	0	0	57	0.98
205101--205161	32	1.9	32	96	3	115	27	14	13	44	1.83
205512--205542	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
210472--210505	2	17.0	2	87	0	50	44	0	0	55	0.99
212313--212345	2	17.0	2	87	6	50	51	0	0	48	1.00
212829--212870	16	2.6	16	88	3	57	78	2	19	0	0.86
214840--214884	6	7.5	6	82	7	56	82	0	15	2	0.77
214844--214882	20	1.9	20	89	5	60	84	0	12	2	0.72
215046--215087	20	2.1	20	86	0	57	78	4	2	14	1.01
215232--215280	21	2.3	21	79	6	55	28	34	22	14	1.93
216829--216860	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
217524--217563	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
219452--219511	32	1.9	32	89	3	95	50	0	0	50	1.00
220220--220292	31	2.3	31	81	11	78	57	4	1	36	1.26
221742--221789	21	2.3	22	86	13	66	41	0	0	58	0.98
221742--221790	19	2.6	19	81	12	57	42	0	0	57	0.99
222280--222372	47	1.9	49	82	10	120	52	0	1	46	1.07
223224--223258	18	1.9	19	88	11	56	45	11	0	42	1.40
224243--224272	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
227217--227253	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
228824--228853	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230357--230381	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
233433--233475	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
236404--236453	20	2.4	21	80	3	57	56	6	2	36	1.36
236693--236801	44	2.5	44	80	0	119	40	10	11	37	1.76
236890--236962	37	2.0	37	91	0	119	20	15	2	61	1.45
237019--237151	45	3.0	44	83	6	160	21	14	11	52	1.72
240675--240714	21	1.9	21	85	10	55	40	2	17	40	1.63
241681--241792	44	2.5	44	83	0	143	40	16	10	32	1.83
250275--250334	27	2.2	27	88	11	88	40	0	0	60	0.97
250275--250401	15	8.4	15	69	17	84	40	0	0	59	1.03
250345--250401	21	2.6	22	83	5	80	36	1	0	61	1.07
251857--251908	15	3.6	14	82	10	68	69	5	0	25	1.10
251993--252038	8	5.8	8	90	10	76	32	0	0	67	0.91
251995--252040	9	5.6	9	85	15	64	32	0	0	67	0.91
252002--252051	23	2.2	23	88	0	73	36	0	0	64	0.94
251979--252049	31	2.3	31	78	9	83	39	1	0	59	1.06
257460--257546	37	2.3	38	81	13	101	39	2	3	55	1.30
263847--263885	18	2.2	18	90	9	62	56	2	30	10	1.46
263895--263945	25	2.0	25	84	0	66	41	0	52	5	1.25
275267--275294	10	2.8	10	100	0	56	89	0	10	0	0.49
278665--278698	13	2.4	14	90	9	52	61	2	0	35	1.11
279295--279324	3	10.0	3	92	0	51	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
286435--286464	13	2.4	13	94	5	53	76	0	0	23	0.78
287792--287841	13	3.9	13	72	15	50	54	6	0	40	1.25
288839--288914	30	2.5	30	81	12	93	50	2	11	35	1.53
290443--290476	18	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
290780--290820	21	2.0	21	95	4	75	68	0	0	31	0.90
290782--290833	26	2.0	27	85	11	72	63	0	1	34	1.06
291050--291109	15	3.9	14	75	16	57	63	0	0	36	0.95
291046--291103	30	1.9	30	85	0	80	63	0	0	36	0.94
297786--297817	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
298521--298562	22	2.0	21	90	9	68	35	0	0	64	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15