genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold19
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2266706

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
731314--731343	8	3.8	8	100	0	60	40	0	0	60	0.97
736252--736291	17	2.4	17	87	4	55	35	0	2	62	1.09
736750--736801	12	4.2	12	78	4	59	48	0	0	51	1.00
736750--736833	36	2.3	37	82	10	93	46	0	0	53	1.00
737263--737338	2	38.0	2	94	0	134	50	0	1	48	1.09
737683--737733	24	2.1	24	81	3	57	52	0	0	47	1.00
737651--737886	116	2.0	117	95	0	420	51	2	2	44	1.25
737831--737942	56	2.0	56	83	10	140	52	0	1	45	1.11
737873--737910	18	2.1	18	85	14	51	57	0	0	42	0.98
738255--738291	11	3.4	11	84	0	56	37	0	0	62	0.96
738550--738586	11	3.4	11	84	0	56	37	0	0	62	0.96
738133--738781	287	2.2	290	89	4	973	37	8	7	46	1.62
742286--742454	88	1.9	88	91	0	275	33	15	9	40	1.80
742653--742727	20	3.8	20	76	0	78	36	13	10	40	1.79
742653--742730	40	2.0	39	84	2	102	35	12	11	39	1.80
743641--743693	21	2.5	21	100	0	106	18	11	9	60	1.57
754464--754496	16	2.0	17	88	5	50	9	33	33	24	1.87
756729--756793	10	6.5	10	84	8	71	87	7	3	1	0.70
756730--756780	17	2.9	17	91	2	75	90	7	1	0	0.53
756729--756783	1	55.0	1	81	0	65	90	7	1	0	0.51
758011--758785	29	27.0	29	89	3	1117	28	32	17	22	1.96
758011--758785	86	9.0	86	88	3	1107	28	32	17	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
776746--776814	34	2.0	35	88	2	104	27	27	7	37	1.83
783156--783213	24	2.3	25	88	5	82	34	24	13	27	1.93
783203--783268	27	2.4	27	89	0	96	24	9	19	46	1.78
783230--783299	24	2.8	24	77	14	70	21	8	22	47	1.78
785844--785889	21	2.1	22	88	4	67	32	19	28	19	1.96
787761--787833	27	2.7	27	89	0	110	21	10	20	46	1.81
787795--787864	24	2.8	24	77	14	70	21	10	22	45	1.81
795850--795897	25	1.9	25	91	0	78	27	12	29	31	1.93
795853--795906	25	2.2	25	82	0	63	33	14	24	27	1.94
796775--797035	141	1.9	140	84	4	355	35	19	16	28	1.94
797597--797633	3	12.3	3	94	0	65	35	0	2	62	1.10
798935--799029	16	5.9	16	73	10	59	17	11	25	45	1.82
798946--799029	32	2.6	32	84	0	114	17	11	26	44	1.84
799882--799944	16	3.9	15	76	12	54	11	12	30	46	1.77
799877--799945	32	2.1	33	84	12	90	10	11	30	47	1.73
804734--804793	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
806292--806328	18	2.1	18	90	5	58	29	0	0	70	0.88
806297--806344	23	2.1	23	84	7	62	33	0	0	66	0.92
806407--806454	13	3.6	13	76	13	53	45	0	0	54	0.99
806599--806628	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
806637--806671	10	3.5	10	92	0	52	42	0	0	57	0.99
807141--807184	2	22.0	2	100	0	88	0	50	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807190--807252	26	2.3	29	81	15	80	50	0	0	49	1.00
807197--807270	22	3.4	22	73	12	64	50	0	0	50	1.00
807248--807290	15	3.1	15	80	16	56	44	0	0	55	0.99
807232--807293	13	4.6	14	71	17	51	45	0	0	54	0.99
808662--808688	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
808733--808806	20	3.7	20	87	3	105	33	10	17	37	1.85
815087--815127	21	2.0	22	85	9	59	31	24	0	43	1.54
817472--817498	13	2.1	13	100	0	54	37	14	7	40	1.74
817453--817517	32	2.0	33	87	3	96	33	15	10	40	1.82
817483--817538	19	2.8	20	89	7	80	35	16	14	33	1.88
818796--818939	71	2.0	75	83	9	190	49	4	0	45	1.28
818978--819022	18	2.5	18	82	7	56	40	0	0	60	0.97
820487--820547	20	3.3	19	82	11	74	57	0	1	40	1.08
820495--820548	16	3.4	16	72	20	51	55	0	1	42	1.10
821482--821522	2	20.5	2	100	0	82	0	48	0	51	1.00
821522--821556	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
822357--822410	16	3.2	18	64	15	51	48	7	0	44	1.31
822344--822410	33	2.0	33	97	0	125	47	5	0	46	1.27
822591--822645	2	28.5	2	83	7	69	43	1	1	52	1.22
825011--825058	24	2.0	24	95	0	87	25	31	12	31	1.92
825011--825066	24	2.5	22	85	8	69	23	28	10	37	1.88
829950--830018	35	2.0	35	91	2	113	26	31	7	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
843807--843844	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
851576--851659	7	12.1	7	67	16	50	46	0	2	51	1.14
851564--851620	28	2.0	28	83	6	71	50	0	3	45	1.18
851583--851669	23	3.8	24	75	17	76	49	0	2	48	1.13
851586--851627	21	2.0	22	90	4	68	50	0	2	47	1.14
856423--856478	28	2.0	28	100	0	112	42	14	7	35	1.73
857991--858055	20	3.2	20	76	4	69	41	1	1	55	1.18
860078--860157	18	4.6	17	72	21	69	61	0	0	38	0.96
860078--860134	15	3.4	16	79	13	53	61	0	0	38	0.96
860621--860648	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
863728--863798	28	2.7	26	82	18	85	50	1	0	47	1.09
863871--863917	15	3.1	16	85	14	64	46	0	0	53	1.00
863899--863936	20	1.9	20	94	0	67	42	2	0	55	1.14
863900--863956	20	2.9	20	84	2	62	47	1	1	49	1.22
863929--863986	19	2.9	19	82	10	55	60	0	1	37	1.07
863928--863975	16	2.8	18	79	17	57	56	0	2	41	1.11
863955--863994	21	1.9	21	94	0	71	65	0	0	35	0.93
865661--865698	15	2.4	16	86	4	51	42	0	0	57	0.98
865661--865701	17	2.4	17	84	15	50	41	0	0	58	0.98
870435--870480	21	2.2	20	85	11	58	50	0	2	47	1.13
870437--870496	24	2.3	26	80	13	70	50	1	3	45	1.28
870437--870497	26	2.4	24	83	10	68	49	1	3	45	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
877222--877250	14	2.1	14	100	0	58	37	0	0	62	0.96
878572--878813	86	2.9	82	76	17	241	41	1	6	50	1.38
878674--878709	18	1.9	19	88	5	56	30	0	0	69	0.89
878604--878807	86	2.4	86	83	10	258	42	0	5	50	1.31
878759--878793	14	2.5	14	95	0	61	28	0	0	71	0.86
879968--880011	16	2.8	16	78	0	52	45	0	0	54	0.99
880678--880723	10	4.7	10	78	13	51	63	0	2	34	1.07
880683--880717	18	1.9	18	100	0	70	71	0	0	28	0.86
883524--883548	12	2.1	12	100	0	50	52	8	16	24	1.70
885039--885077	7	5.4	7	81	6	51	0	15	0	84	0.62
885039--885084	11	4.2	11	85	0	65	0	15	0	84	0.62
889862--889891	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
890106--890163	19	3.0	19	79	18	66	50	1	0	48	1.11
891136--891196	22	2.8	22	92	0	95	42	19	3	34	1.68
895734--895794	22	2.8	22	87	0	86	40	22	3	32	1.70
897067--897428	178	2.0	184	80	8	422	43	4	4	47	1.45
901418--901465	4	11.8	4	80	12	53	52	4	0	43	1.20
901705--901761	21	3.2	17	77	20	62	40	0	0	59	0.97
901713--901762	21	2.4	21	90	6	75	36	0	0	64	0.94
901713--901777	25	2.8	22	78	19	69	40	0	0	60	0.97
906003--906030	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
908689--908729	20	2.0	21	85	4	57	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
909835--909912	32	2.3	34	76	12	81	42	1	1	55	1.16
909899--909938	17	2.3	18	91	4	64	22	0	0	77	0.77
921611--921797	92	2.0	93	97	1	358	37	19	15	27	1.92
922991--923057	20	3.3	21	68	16	50	41	1	1	55	1.18
923044--923094	25	2.0	27	85	14	72	58	1	0	39	1.09
923725--923757	11	3.0	11	90	0	57	33	0	0	66	0.92
923754--923792	19	2.0	19	90	5	60	48	0	0	51	1.00
923827--923864	5	8.0	5	82	11	53	34	0	0	65	0.93
925607--925636	15	2.0	15	100	0	60	26	26	0	46	1.53
928061--928127	26	2.6	26	81	9	75	20	7	20	50	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15