genome.fa.s205.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold205
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1179939

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9229--9290	12	4.7	13	84	15	67	82	9	8	0	0.85
10269--10567	55	5.4	55	87	5	401	28	29	20	22	1.98
11141--11182	20	2.1	20	100	0	84	80	0	4	14	0.86
11185--11241	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
11297--11364	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
11318--11342	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
11299--11361	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
11404--11429	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
11384--11450	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
13903--13975	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
13958--14128	51	3.3	51	79	4	198	29	26	11	32	1.92
14111--14192	28	2.9	28	80	7	87	25	31	15	26	1.96
15155--90040	30	2549.4	29	72	10	34728	29	30	18	21	1.97
15474--15602	31	4.2	30	76	7	116	31	30	20	17	1.95
15485--15610	61	2.0	62	80	4	139	34	29	19	16	1.94
15543--15610	31	2.2	31	94	0	118	38	29	16	16	1.90
15607--16586	28	33.8	29	72	15	170	29	31	17	21	1.96
16156--16290	31	4.5	31	85	4	152	31	33	16	18	1.93
16728--16796	31	2.3	29	85	7	84	27	24	26	21	1.99
17336--17465	61	2.1	62	85	4	174	32	30	20	16	1.95
17598--18143	135	4.0	135	90	4	787	32	30	15	21	1.95
15161--90040	89	850.4	84	69	13	17744	29	30	18	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18754--19015	56	4.6	56	77	7	206	32	32	15	19	1.93
19719--19995	142	2.0	142	86	5	391	32	30	15	21	1.94
21051--21246	87	2.2	88	82	5	229	31	30	15	22	1.95
20680--22079	644	2.2	642	85	4	1858	29	30	18	22	1.97
21603--23046	466	3.0	458	77	9	1419	30	29	17	21	1.97
20680--22262	644	2.5	639	82	6	1709	30	29	18	21	1.97
22663--22859	87	2.3	87	79	3	227	30	30	16	21	1.95
23901--24060	61	2.6	62	79	7	150	31	30	20	18	1.96
20550--88915	616	111.0	606	69	14	4721	29	30	18	21	1.97
26460--26622	61	2.7	62	82	4	181	31	31	19	17	1.95
27812--27948	61	2.2	61	81	8	154	32	29	22	16	1.95
15155--90041	59	1275.7	57	70	11	25355	29	30	18	21	1.97
30164--30297	61	2.2	62	85	4	173	32	30	21	15	1.95
32523--32640	61	1.9	62	85	1	166	30	28	23	16	1.97
32541--32674	61	2.2	60	80	5	144	31	32	20	16	1.94
34365--34494	61	2.1	62	85	4	174	31	32	20	16	1.94
34534--34914	143	2.7	142	78	8	360	29	28	19	22	1.98
33887--36047	972	2.2	972	98	0	4189	29	29	18	22	1.97
35337--35466	61	2.1	62	85	4	174	30	33	20	16	1.94
35980--36113	61	2.2	62	82	1	153	29	29	21	18	1.97
37277--38207	411	2.3	411	79	6	967	29	29	17	22	1.97
38332--38465	61	2.2	61	82	6	155	32	29	21	16	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41308--41441	61	2.2	62	85	4	173	32	30	21	15	1.95
43659--43792	61	2.2	62	85	4	173	32	30	21	15	1.95
44650--45126	233	2.1	232	93	0	819	29	29	17	22	1.97
44650--45185	233	2.3	231	88	3	754	30	30	16	22	1.96
45066--45562	207	2.4	209	81	4	554	30	31	18	19	1.95
45393--45510	61	1.9	62	81	5	141	33	28	20	16	1.95
47055--47184	61	2.1	62	85	4	174	31	30	20	17	1.95
48732--48865	61	2.2	62	85	4	173	32	30	21	15	1.95
49723--50199	233	2.1	232	94	0	828	30	29	17	22	1.97
49723--50258	233	2.3	232	89	3	765	30	30	16	22	1.96
50139--50635	207	2.4	209	81	4	554	30	31	18	19	1.95
50466--50583	61	1.9	62	81	5	141	33	28	20	16	1.95
52128--52257	61	2.1	62	87	4	183	31	31	20	16	1.95
53805--53938	61	2.2	62	81	4	146	32	28	21	17	1.96
55007--55408	207	1.9	209	84	4	535	30	30	18	20	1.96
55794--56177	207	1.8	208	82	6	483	30	29	18	21	1.97
55793--56250	207	2.2	207	78	9	475	29	29	18	22	1.97
54565--58221	769	4.8	769	94	0	6194	29	29	18	22	1.97
56545--56946	207	1.9	209	84	5	546	29	30	19	20	1.97
57277--57775	207	2.4	206	81	5	563	29	30	19	20	1.97
58286--58663	142	2.6	142	78	8	374	28	30	18	21	1.97
59906--60382	233	2.1	232	95	0	864	29	30	17	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59906--60441	233	2.3	232	91	3	792	30	30	17	21	1.96
60322--60818	207	2.4	209	83	3	577	30	31	18	18	1.95
61576--61704	61	2.1	61	86	2	179	31	32	20	15	1.94
63428--63632	61	3.4	61	79	5	170	29	31	20	19	1.96
65105--65626	56	8.9	60	77	10	152	30	30	17	21	1.96
66301--66768	207	2.2	206	80	3	463	29	29	18	21	1.97
67337--67398	27	2.2	29	75	13	67	32	37	12	17	1.88
67094--67476	206	1.8	208	81	7	465	29	29	18	21	1.97
67844--68245	207	1.9	208	85	4	560	29	29	19	21	1.97
68613--69014	207	1.9	209	85	5	555	29	30	19	20	1.97
69345--69843	207	2.4	206	81	5	554	29	30	19	21	1.97
70354--70747	142	2.8	142	78	7	397	29	29	19	21	1.97
71564--71694	61	2.1	61	81	6	149	30	32	22	15	1.94
72278--72581	113	2.7	111	78	6	308	30	34	15	19	1.93
71669--73326	142	11.4	141	71	12	611	30	31	17	21	1.96
73236--73670	181	2.4	180	88	2	642	29	33	18	18	1.95
75472--75600	61	2.1	61	81	7	145	31	28	20	18	1.97
75742--76892	526	2.2	524	85	4	1527	29	31	17	20	1.96
77066--77235	61	2.8	61	79	8	161	31	25	17	25	1.97
78503--78632	61	2.1	61	84	7	165	32	31	20	15	1.94
79724--80124	181	2.2	181	88	1	590	30	30	20	19	1.97
83873--84035	61	2.7	61	80	7	172	33	29	19	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82045--88888	149	46.6	142	70	12	539	29	30	17	22	1.97
86644--87128	151	3.3	149	72	13	394	28	31	17	22	1.97
86878--87179	151	2.0	149	79	10	319	27	31	19	20	1.97
86807--87303	241	2.1	239	82	7	605	27	32	17	21	1.96
86812--87358	241	2.3	241	81	7	596	27	32	18	21	1.97
87852--88270	176	2.4	175	78	9	433	31	29	17	21	1.96
89106--89905	289	2.8	289	92	0	1298	29	30	16	23	1.96
89768--89992	114	2.0	114	81	5	267	29	32	16	21	1.95
90851--91242	96	4.1	97	86	4	551	30	23	10	34	1.90
90869--91242	194	1.9	193	90	1	597	30	23	10	34	1.89
91158--91383	68	3.3	67	81	7	242	31	20	8	38	1.84
97112--97561	79	5.7	78	79	7	419	34	11	25	29	1.91
97111--97561	158	2.9	158	83	5	520	34	11	25	29	1.91
97097--97562	237	2.0	237	85	5	629	33	12	24	28	1.92
101102--101546	79	5.6	79	84	4	506	28	25	12	33	1.93
101478--101590	51	2.2	51	88	3	174	30	30	9	28	1.89
101102--101543	237	1.9	237	82	5	572	28	25	12	33	1.93
101399--101673	130	2.1	129	85	0	361	29	26	12	30	1.93
101320--101721	209	1.9	209	84	4	533	28	25	13	32	1.93
101529--101719	79	2.4	79	83	1	231	28	26	13	31	1.94
104551--104575	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
104662--104761	53	2.0	50	84	11	132	27	18	16	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104841--104881	21	2.0	21	85	9	57	39	7	12	41	1.70
108492--108778	92	3.2	88	74	7	252	32	16	8	43	1.77
108896--109008	39	2.9	39	77	3	113	37	13	7	42	1.71
110730--110847	50	2.3	52	88	4	177	28	13	14	43	1.83
118499--118539	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
118579--118649	20	3.6	19	77	7	70	39	16	14	29	1.88
118619--118755	53	2.6	53	92	1	220	37	18	16	27	1.92
118779--118809	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
118797--118852	21	2.6	22	94	5	105	26	25	12	35	1.91
128115--128265	56	2.7	55	92	3	239	37	11	23	27	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7