genome.fa.s205.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold205
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1179939

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
748669--748735	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
749280--749352	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
749258--749352	41	2.3	42	96	1	174	29	17	12	40	1.87
751963--752393	166	2.6	166	85	5	575	29	11	6	51	1.64
752332--752367	19	1.9	19	88	5	56	38	13	2	44	1.59
751963--752450	166	2.9	162	80	8	500	29	12	7	51	1.66
754015--754615	164	3.7	163	87	2	810	36	11	10	41	1.77
754500--754734	131	1.8	130	81	3	294	32	11	14	41	1.82
755404--756310	156	5.9	155	82	3	875	21	17	22	37	1.94
768281--768333	22	2.4	22	83	3	70	86	5	3	3	0.77
768279--768333	16	3.5	15	80	11	65	87	5	3	3	0.75
768279--768333	17	3.2	16	84	7	65	87	5	3	3	0.75
769359--769443	37	2.3	37	97	0	161	24	15	16	43	1.86
769813--770257	29	15.6	28	82	6	495	31	27	17	23	1.97
769813--770262	58	7.9	58	86	2	583	31	27	17	24	1.97
769834--770262	172	2.5	171	87	3	614	31	27	17	23	1.97
771150--771175	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
771200--771237	20	1.9	20	100	0	76	36	13	10	39	1.79
771224--771248	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
771204--771267	33	1.9	33	87	6	94	32	15	10	40	1.82
784665--784707	13	3.4	13	83	6	61	0	20	0	79	0.74
784665--784710	12	3.8	12	88	2	65	0	23	0	76	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
784657--784707	23	2.3	22	86	3	66	0	19	0	80	0.71
784657--784707	25	2.1	23	89	7	75	0	19	0	80	0.71
786988--788151	42	27.7	42	72	5	465	38	19	25	17	1.93
787210--787527	127	2.5	128	81	7	321	38	19	24	16	1.92
787453--788074	335	1.9	335	80	4	754	39	19	23	17	1.92
787843--788194	125	2.8	125	79	5	307	40	19	24	16	1.91
793809--793833	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
793900--793925	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
794577--794615	19	2.1	19	90	0	60	33	28	0	38	1.57
799953--800411	229	2.0	229	100	0	918	25	20	17	36	1.94
801330--801355	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
802905--802947	17	2.4	18	92	3	70	4	16	0	79	0.90
806425--806999	154	3.8	151	81	5	597	37	20	18	23	1.94
806425--807060	151	4.2	149	80	5	562	38	20	17	23	1.93
808408--808454	19	2.5	19	80	13	60	4	14	0	80	0.85
808402--808452	19	2.6	19	81	6	57	5	13	0	80	0.89
808590--808625	14	2.6	14	95	0	63	11	11	5	72	1.28
818880--819280	202	2.0	203	88	2	590	43	14	14	27	1.84
821201--821240	21	1.9	21	89	0	62	80	0	20	0	0.72
821196--821243	23	2.1	23	84	7	62	79	0	18	2	0.84
821201--821268	11	6.4	11	78	13	61	75	1	20	2	1.02
821201--821268	32	2.1	32	83	0	82	75	1	20	2	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
822968--823197	97	2.4	97	91	0	370	27	31	13	27	1.93
825108--825743	335	1.9	333	82	3	787	30	10	8	50	1.67
825098--825760	167	4.0	167	81	4	701	30	10	8	50	1.66
827177--827497	164	2.0	164	84	4	425	38	10	10	40	1.74
827790--827840	19	2.5	21	87	6	70	39	15	15	29	1.89
830275--830462	51	3.6	51	82	5	252	29	26	11	32	1.91
830442--830516	27	2.7	27	85	2	96	25	32	18	24	1.97
830469--830648	79	2.3	79	87	0	252	27	28	15	28	1.96
830274--830568	52	5.6	51	71	17	246	28	26	12	32	1.92
830582--830749	51	3.3	51	82	8	144	28	27	13	30	1.94
830681--830836	79	2.0	80	85	5	217	28	25	14	32	1.94
830500--830830	181	1.8	183	84	3	461	28	26	13	31	1.94
832758--832783	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
832821--832928	20	5.8	19	73	16	93	31	13	12	42	1.81
832839--832868	13	2.3	13	94	0	51	33	16	10	40	1.82
832824--832888	33	2.0	33	90	6	105	29	16	12	41	1.85
835285--835355	28	2.6	27	82	11	90	25	30	16	26	1.97
835394--835467	28	2.6	28	86	0	94	20	31	24	24	1.98
835272--835474	110	1.8	110	86	0	289	23	24	16	34	1.95
835272--835512	110	2.2	110	81	2	281	25	23	15	35	1.94
835450--835566	51	2.3	51	84	0	162	29	25	12	31	1.93
835419--835654	130	1.8	130	81	5	298	28	26	13	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
847552--847658	1	107.0	1	71	0	79	85	9	1	2	0.76
847559--847651	6	16.3	6	79	17	92	86	10	1	2	0.72
847552--847658	16	6.6	16	80	14	96	85	9	1	2	0.76
847551--847647	29	3.4	28	78	17	101	85	9	1	4	0.77
848729--848982	55	4.4	55	74	12	210	26	27	20	24	1.99
848754--848995	61	4.1	61	79	6	259	24	28	19	26	1.99
849026--849259	61	3.9	60	83	7	287	25	27	20	26	1.99
848789--849190	215	1.9	215	86	4	587	24	28	19	27	1.99
849030--849258	122	1.9	121	89	2	361	26	27	20	25	1.99
849242--849379	42	3.2	42	78	7	125	20	28	12	39	1.88
850224--850330	20	5.7	20	71	22	97	29	17	11	41	1.84
850238--850309	33	2.2	33	94	0	126	29	18	11	41	1.84
850225--850329	53	2.0	53	85	7	142	30	17	10	41	1.83
852684--852755	28	2.6	28	79	16	78	23	30	18	27	1.97
852672--852908	109	2.2	109	81	4	284	25	23	15	36	1.93
852864--852962	51	1.9	51	93	0	171	30	24	11	34	1.90
852818--853101	130	2.2	131	77	4	279	26	26	14	32	1.95
855948--855983	17	2.1	17	100	0	72	44	11	8	36	1.70
859648--860281	82	7.8	81	71	9	222	41	14	22	21	1.90
860436--860527	41	2.2	41	80	3	105	39	15	25	20	1.91
860861--860904	23	1.9	24	86	9	65	36	25	9	29	1.86
861401--861462	33	1.9	33	90	3	99	40	9	12	37	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
861520--861572	20	2.7	20	100	0	106	33	18	11	35	1.87
862040--862117	33	2.4	33	82	4	104	34	14	15	35	1.87
870114--870203	35	2.6	34	91	5	146	40	2	22	35	1.66
870775--870801	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
871703--871736	15	2.3	15	100	0	68	55	5	20	17	1.62
871745--871849	40	2.6	40	86	3	140	33	16	31	19	1.93
871963--872190	41	5.6	40	68	19	123	43	13	21	21	1.86
871977--872391	82	5.1	82	76	10	298	40	13	24	20	1.90
872162--872391	41	5.6	42	69	14	133	40	15	24	19	1.91
872207--872725	204	2.5	204	78	5	476	39	14	25	20	1.90
872918--873060	41	3.5	41	70	4	108	39	13	26	20	1.89
872858--873072	82	2.6	82	81	2	236	42	13	24	20	1.87
873114--873242	41	3.1	41	78	12	122	37	13	25	23	1.92
874586--874696	54	2.0	55	82	1	134	51	16	15	17	1.77
874400--874928	60	8.9	60	78	3	437	48	19	14	17	1.82
875170--875255	45	1.9	45	85	4	120	50	11	15	23	1.76
875911--875952	21	2.0	22	90	4	68	40	14	9	35	1.78
879281--879500	79	2.8	79	80	8	241	33	14	25	26	1.94
879429--879550	51	2.4	51	83	8	158	35	12	24	27	1.91
879486--879710	109	2.1	107	85	1	297	33	15	24	26	1.95
879642--879714	28	2.6	29	78	12	98	28	19	28	23	1.98
879516--879764	109	2.3	109	82	4	299	34	15	22	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
879722--879849	51	2.5	51	77	0	139	40	8	21	29	1.83
882168--882241	20	3.7	19	85	7	94	43	13	14	28	1.84
887260--887331	20	3.7	19	87	10	94	43	15	13	27	1.85
887356--887401	20	2.3	20	92	0	74	50	15	8	26	1.73
888224--888377	61	2.5	61	83	5	168	29	18	27	24	1.98
888448--888579	61	2.1	61	86	6	178	30	18	27	23	1.98
888479--888723	108	2.3	108	94	0	418	28	18	27	24	1.98
888508--888784	108	2.7	103	86	5	362	29	18	26	24	1.98
888423--888946	271	1.9	272	92	1	874	29	19	26	25	1.99
888587--889179	163	3.5	161	80	11	628	28	20	25	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7