genome.fa.s205.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold205
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1179939

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128117--128310	56	3.5	55	86	4	221	34	13	25	27	1.93
128281--128401	56	2.2	56	86	3	163	33	15	24	25	1.95
129871--129922	20	2.6	20	84	0	68	28	17	15	38	1.90
131564--131591	3	9.3	3	100	0	56	35	0	32	32	1.58
132114--132154	21	2.0	21	90	0	64	65	9	7	17	1.44
134473--134537	33	2.0	32	82	11	78	30	15	15	38	1.88
134566--134639	20	3.8	19	75	8	60	36	16	14	32	1.89
141774--141850	21	3.7	21	85	3	93	36	11	16	35	1.86
144380--144496	51	2.4	51	84	12	147	30	23	11	33	1.91
144507--144686	80	2.3	80	82	4	204	26	30	15	28	1.96
145933--145957	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
145913--145976	32	2.0	33	87	3	94	29	14	17	39	1.88
147974--147998	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
151613--151664	19	2.7	20	84	6	70	28	13	17	40	1.87
151613--151670	19	3.0	18	80	12	62	25	12	20	41	1.87
151684--151736	20	2.6	21	87	3	72	30	16	13	39	1.87
157979--158979	55	17.4	60	81	10	916	26	27	20	25	1.99
158014--158979	116	8.4	115	85	5	1142	27	26	20	25	1.99
158693--158775	26	3.1	26	68	19	71	33	28	18	19	1.95
158770--158853	27	3.1	27	64	16	73	27	29	21	21	1.98
158764--158850	28	3.1	28	65	15	81	27	28	19	24	1.98
159728--159804	21	3.7	21	82	3	93	38	11	15	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159840--159902	19	3.3	19	93	0	108	31	12	15	39	1.85
159962--159987	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
162335--162451	51	2.4	51	85	9	154	30	23	11	34	1.91
162433--162509	27	2.8	27	88	5	102	24	33	18	23	1.96
162573--162742	52	3.3	51	81	2	187	28	26	12	32	1.92
162676--162883	107	1.9	108	83	4	269	27	27	13	30	1.95
162334--162880	290	1.9	285	84	4	731	27	27	13	31	1.94
167040--167160	52	2.3	52	94	0	215	30	17	16	35	1.92
167040--167180	52	2.7	52	85	4	187	31	17	17	34	1.93
167169--167193	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
169336--169430	20	4.8	20	75	13	81	33	15	17	32	1.92
169529--169573	21	2.1	21	84	8	56	40	6	6	46	1.56
172736--172808	20	3.6	20	83	1	83	34	16	13	35	1.88
174884--174909	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
174866--174929	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
175368--175434	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
176111--176151	21	2.0	21	90	0	64	65	9	7	17	1.44
179430--179478	26	2.0	25	88	8	73	28	4	22	44	1.71
179493--179549	26	2.2	25	79	14	64	42	0	36	21	1.53
180206--180257	20	2.6	20	90	0	77	30	15	15	38	1.88
182109--182255	49	3.0	49	81	6	147	31	11	14	42	1.81
187086--187212	37	3.5	36	74	14	109	28	8	11	51	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187085--187259	74	2.3	75	80	9	198	29	9	13	48	1.73
189427--189478	19	2.7	20	87	6	79	28	13	15	42	1.85
194130--194167	15	2.5	15	91	0	58	13	21	15	50	1.78
195970--196014	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
198225--198276	19	2.7	20	87	6	79	30	11	15	42	1.82
201297--201405	57	1.9	57	98	0	209	19	14	13	52	1.75
206681--207955	427	3.0	427	93	1	2166	39	15	13	31	1.86
209766--210115	167	2.1	165	80	7	370	25	12	11	50	1.73
209831--210140	165	1.9	168	80	7	373	24	13	11	50	1.75
210524--210566	22	2.0	22	86	4	61	72	0	25	2	0.97
211355--211804	163	2.7	162	86	3	616	37	13	10	39	1.78
213696--213779	42	2.0	42	100	0	168	35	16	14	33	1.89
214915--215107	49	4.1	49	79	9	220	29	18	26	25	1.98
214978--215046	22	3.2	22	63	19	54	28	17	30	23	1.97
214959--215094	43	3.0	43	78	12	173	27	17	28	25	1.98
214915--215094	92	2.0	92	92	2	299	27	18	27	26	1.98
215108--215220	29	3.9	28	72	17	90	18	16	28	36	1.93
215156--215542	30	13.1	30	85	3	473	23	16	31	29	1.96
215156--215543	89	4.4	88	85	6	489	23	16	30	29	1.96
215161--215543	59	6.5	58	84	5	482	23	16	30	29	1.96
224726--224783	19	3.0	19	84	2	71	24	12	20	43	1.86
227318--227342	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231230--231274	22	2.1	21	84	8	56	22	15	6	55	1.63
231219--231274	21	2.7	21	75	13	62	23	14	7	55	1.63
233484--233509	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
233464--233528	32	2.0	33	87	3	96	27	13	16	41	1.87
233579--233634	20	2.8	20	89	5	78	30	16	14	39	1.88
238753--238836	42	2.0	42	97	0	159	34	16	15	33	1.91
241758--241873	52	2.2	52	86	3	153	29	18	19	32	1.96
241862--241886	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
241929--241993	19	3.7	19	75	23	79	38	16	12	32	1.86
241924--242092	32	5.1	32	73	16	157	34	17	13	34	1.89
241948--241972	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
241928--242133	100	2.1	100	97	1	387	33	16	14	34	1.89
242048--242072	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
242570--242735	80	2.1	80	91	2	271	27	24	21	27	1.99
251458--251482	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
251491--251614	52	2.4	52	93	0	203	33	19	19	28	1.96
255648--255707	31	1.9	32	83	10	79	56	6	16	20	1.62
256474--256546	20	3.6	20	77	3	92	35	13	20	30	1.91
256496--256567	21	3.5	21	78	3	92	43	12	16	27	1.84
256474--256567	41	2.3	41	96	0	170	39	12	19	28	1.88
256606--256631	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
260693--260723	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
262741--262819	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
262806--262844	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
264592--264699	36	3.0	36	98	0	207	33	2	23	40	1.69
265324--265396	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
265342--265417	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
265324--265417	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
265456--265514	13	4.0	13	73	26	55	42	15	13	28	1.85
265470--265534	20	3.6	20	73	26	81	44	15	12	27	1.82
265457--265534	33	2.4	33	100	0	156	43	15	12	28	1.83
266942--267124	78	2.4	77	78	7	165	30	25	16	27	1.97
267559--268011	125	3.6	126	76	5	386	18	26	16	37	1.92
267559--268130	42	13.7	42	74	4	253	18	27	16	37	1.93
270422--270871	163	2.8	161	84	6	602	37	12	10	39	1.78
275734--275778	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
277567--277597	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
279658--279682	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
282239--282263	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
287648--287700	20	2.7	20	90	0	88	22	16	20	39	1.92
289373--289400	9	3.1	9	100	0	56	42	0	35	21	1.53
296428--296476	20	2.5	20	96	0	89	24	18	18	38	1.93
296550--296574	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
296530--296597	33	2.1	33	91	2	111	35	16	14	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
310418--310473	20	2.8	21	83	5	71	41	17	14	26	1.88
311023--311061	15	2.4	17	83	12	55	76	5	5	12	1.11
311025--311060	16	2.3	16	90	4	56	77	5	5	11	1.10
312029--312069	20	2.0	21	90	9	66	41	24	17	17	1.89
312191--312215	13	1.9	13	100	0	50	32	8	16	44	1.76
321050--321101	21	2.5	21	96	0	95	34	23	3	38	1.73
321935--321959	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
323492--323656	84	2.0	84	82	7	201	25	18	3	52	1.62
327890--327966	23	3.3	23	79	12	86	6	14	6	72	1.25
327909--327976	23	2.9	23	80	12	68	5	13	10	70	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7