genome.fa.s2504.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2504
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1293507

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
754--802	21	2.3	21	82	10	55	2	8	4	85	0.79
984--1029	23	2.1	21	84	8	56	67	0	2	30	1.03
1132--1483	150	2.3	152	80	8	389	48	8	9	32	1.67
6504--6537	10	3.4	10	91	0	59	79	0	11	8	0.94
13511--13556	24	2.0	23	87	12	67	73	8	10	6	1.23
14929--15026	34	2.7	35	82	7	117	35	22	13	28	1.92
14951--15018	34	2.0	34	94	0	118	33	22	13	30	1.92
16467--16522	19	2.9	19	91	2	85	35	17	16	30	1.92
16507--16533	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
17075--17151	22	3.5	22	89	3	120	25	33	2	37	1.70
19035--19059	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
19421--19445	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
19507--19534	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
28717--28804	20	4.8	20	81	18	127	36	18	11	34	1.86
28737--28836	33	3.0	33	94	2	166	36	18	13	33	1.89
28757--28820	13	5.4	13	77	21	77	35	15	14	34	1.88
28715--28836	53	2.3	53	88	5	176	36	18	12	32	1.88
28886--28910	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
29340--29378	20	1.9	21	84	5	53	33	7	12	46	1.71
30052--30219	35	4.8	35	84	2	185	26	23	8	41	1.82
30050--30220	70	2.5	69	87	0	234	25	23	8	42	1.82
30188--30916	47	15.5	46	75	8	494	22	23	16	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30188--30713	141	3.7	140	84	3	646	22	23	16	37	1.94
30188--30812	141	4.4	140	84	2	643	22	23	15	38	1.93
30977--31271	86	3.4	86	82	2	333	18	31	12	37	1.88
36518--36585	14	5.4	14	67	25	62	47	36	4	11	1.60
36514--36594	24	3.4	24	100	0	162	46	37	3	12	1.59
38413--38561	79	1.9	79	91	0	244	26	24	14	34	1.93
38524--38594	28	2.5	28	86	0	97	26	28	19	25	1.99
38445--38667	107	2.1	106	81	4	252	26	24	16	32	1.96
38554--38919	79	4.7	79	80	6	366	26	24	13	35	1.93
38554--38919	78	4.7	76	79	6	315	26	24	13	35	1.93
38556--38919	157	2.3	157	80	5	378	26	24	13	35	1.92
39014--39053	21	2.0	21	90	5	64	45	17	5	32	1.70
39816--39841	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
43593--43639	21	2.3	20	79	13	51	44	14	14	25	1.84
44626--44692	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
44648--44672	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
45914--45952	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
48032--48062	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
49866--49910	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
52129--52154	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
52535--52580	20	2.3	21	81	11	69	41	15	6	36	1.73
53773--53829	24	2.5	22	81	13	69	29	1	0	68	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59347--59398	19	2.7	18	85	8	59	34	0	5	59	1.21
59346--59398	20	2.7	20	80	14	65	33	0	5	60	1.20
59354--59398	9	5.0	9	81	7	56	33	0	4	62	1.15
60471--60496	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
60449--60516	33	2.1	32	88	2	100	32	14	14	38	1.87
60549--60601	20	2.7	20	90	0	79	30	15	13	41	1.85
61167--61211	22	2.0	22	91	8	74	35	28	0	35	1.58
62619--62671	20	2.4	21	81	15	63	5	26	49	18	1.70
62934--62974	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
63338--63371	8	4.2	8	100	0	68	61	23	0	14	1.33
69276--69343	33	2.1	32	88	2	100	33	13	16	36	1.87
69376--69428	20	2.7	20	90	0	79	30	15	13	41	1.85
69857--69886	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
70980--71161	92	2.0	92	83	2	231	35	15	6	42	1.74
71033--71348	160	2.0	161	82	4	388	34	16	7	41	1.76
71188--71628	92	4.9	91	86	5	594	34	16	6	42	1.74
71187--71628	179	2.5	179	87	4	638	34	16	6	42	1.75
72334--72360	14	1.9	14	100	0	54	59	0	0	40	0.98
75555--75581	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
77416--77460	2	22.5	2	90	0	72	46	0	2	51	1.13
79273--79311	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
81460--81485	11	2.4	11	100	0	52	19	30	0	50	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81615--81644	2	15.0	2	92	0	51	46	3	0	50	1.18
82496--82540	22	2.0	22	95	0	81	46	0	6	46	1.29
83742--84030	156	1.9	156	81	3	359	29	14	18	38	1.90
86634--86703	15	4.5	16	76	16	67	51	0	0	48	1.00
86633--86731	8	12.8	8	68	13	55	50	0	0	49	1.00
86656--86735	31	2.5	31	86	9	101	51	0	0	48	1.00
87719--87763	3	15.0	3	100	0	90	66	0	33	0	0.92
90154--90249	19	5.7	19	73	26	108	33	12	18	35	1.89
90155--90257	32	3.2	32	100	0	206	33	12	19	34	1.89
90174--90230	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
90302--90326	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
90335--90463	52	2.5	52	96	0	231	34	19	17	28	1.94
91307--91348	21	1.9	22	85	9	59	21	19	16	42	1.89
94060--94155	40	2.5	38	79	15	108	58	0	2	39	1.10
104247--104296	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
107413--107438	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
109662--109706	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
111510--111540	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
115420--115445	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
116189--116214	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
120015--120051	16	2.3	16	90	0	65	45	5	35	13	1.66
120036--120112	38	2.1	38	82	7	95	36	6	23	33	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120712--120763	19	2.7	20	84	6	70	40	17	13	28	1.87
123631--123946	168	1.9	166	82	8	401	39	10	11	39	1.75
125355--125747	166	2.4	163	83	6	502	51	8	11	29	1.67
127974--128520	286	1.9	286	99	0	1085	42	9	16	30	1.81
129077--129117	13	3.2	13	78	21	50	21	2	2	73	1.07
129807--129859	26	2.0	28	85	10	76	30	9	16	43	1.80
129819--129871	26	2.0	26	82	7	63	28	13	15	43	1.84
129939--130081	32	4.5	32	72	6	92	34	23	15	25	1.94
129960--130084	32	3.9	32	76	0	115	32	24	16	26	1.96
130632--130936	155	2.0	155	93	0	520	25	10	21	42	1.84
132177--132215	21	1.9	21	94	5	71	28	17	23	30	1.97
133712--133751	20	2.0	21	95	5	73	32	15	12	40	1.84
135344--135405	32	1.9	33	90	3	99	33	8	19	38	1.81
135483--135611	52	2.5	52	90	0	213	35	17	17	29	1.93
149431--149506	34	2.3	34	79	4	84	82	9	2	5	0.90
149466--149516	6	8.8	6	79	16	63	84	13	1	0	0.71
149431--149507	11	7.0	11	80	5	75	83	9	2	5	0.89
149467--149515	11	4.4	11	86	2	62	83	14	2	0	0.73
150959--151307	29	11.7	29	80	7	276	28	28	16	26	1.97
150953--151161	115	1.8	116	86	3	305	27	31	16	25	1.96
150985--151152	86	2.0	85	89	1	255	27	30	17	23	1.97
151141--151211	35	2.1	35	89	2	108	21	28	11	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151141--151228	35	2.5	35	83	1	97	19	27	13	39	1.89
151202--151353	28	5.3	28	84	5	173	36	28	15	19	1.92
151373--151712	48	7.0	49	83	5	411	25	25	17	31	1.97
151373--151712	149	2.3	145	88	2	502	25	25	17	31	1.97
159925--160084	80	2.0	81	82	3	198	35	8	23	32	1.86
161094--161224	67	2.0	67	89	3	201	36	19	19	25	1.94
161230--161348	58	2.1	58	88	0	175	39	17	18	24	1.92
163796--163820	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
169156--169209	20	2.6	21	80	11	67	29	12	9	48	1.73
174602--174627	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7