genome.fa.s2504.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2504
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1293507

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
631770--631833	30	2.1	32	82	5	78	34	1	4	59	1.28
631809--631891	22	4.0	21	66	20	50	45	1	3	49	1.27
633105--633145	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00
639950--639983	3	11.3	3	100	0	68	64	0	35	0	0.94
640606--640663	16	3.8	16	75	15	59	50	0	1	48	1.11
640668--640734	25	2.8	22	78	19	55	65	0	5	28	1.16
640685--640734	25	2.1	24	85	7	66	70	0	4	26	1.05
640954--641035	41	2.0	41	100	0	164	53	0	7	39	1.29
641070--641128	22	2.7	22	77	20	61	40	0	1	57	1.09
644295--644349	13	4.2	13	73	13	58	27	12	12	47	1.78
644367--644439	20	3.7	19	87	7	101	28	16	12	42	1.84
646723--646901	80	2.3	79	82	2	216	25	26	15	32	1.95
646856--646929	28	2.7	28	79	6	89	21	29	20	28	1.98
646912--647031	51	2.4	51	87	2	179	30	25	11	31	1.91
647011--647084	28	2.6	28	89	0	103	22	29	21	25	1.99
646805--647222	158	2.6	157	81	4	446	27	25	14	33	1.94
647071--647189	51	2.3	51	86	2	168	28	26	13	31	1.94
649328--649382	19	2.8	19	76	12	67	30	12	14	41	1.83
649432--649456	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
653669--654387	166	4.3	166	81	6	730	51	9	10	28	1.67
653709--654325	331	1.9	328	84	6	825	52	9	9	28	1.65
653672--654387	331	2.2	331	81	7	821	51	9	10	28	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
660345--660401	28	2.0	28	96	0	105	24	5	33	36	1.78
662952--663123	89	1.9	90	82	5	215	36	8	20	34	1.82
669037--669277	119	2.0	119	95	0	428	43	15	23	18	1.88
669305--669493	41	4.6	41	71	12	145	41	11	21	25	1.86
669273--669493	82	2.7	82	81	4	250	41	11	21	25	1.86
669460--669617	64	2.5	63	81	6	174	36	14	27	20	1.92
669758--670007	67	3.8	65	77	6	191	44	15	23	16	1.86
669614--669984	132	2.8	131	77	5	345	43	15	23	18	1.88
669603--670032	66	6.5	67	74	10	190	43	15	23	17	1.87
671354--671399	21	2.2	21	81	11	60	6	6	6	80	1.02
675868--676301	163	2.7	162	83	6	434	28	12	9	49	1.72
675923--676301	163	2.3	163	86	5	532	26	12	10	50	1.72
677950--678225	128	2.2	128	94	1	482	34	13	12	39	1.83
678207--678244	19	2.0	19	100	0	76	21	10	15	52	1.72
678051--678462	147	2.8	148	75	8	360	34	12	12	41	1.80
680970--681143	27	5.8	27	71	19	105	22	35	16	26	1.95
680937--681316	61	6.0	61	80	12	399	20	35	14	30	1.92
680941--681520	34	17.6	33	79	10	503	19	33	13	32	1.91
680941--681519	92	5.9	94	79	11	415	19	34	13	32	1.91
681123--681520	69	5.9	67	83	6	430	19	33	13	34	1.90
681549--681721	32	5.4	32	89	4	262	28	35	17	17	1.94
681709--681988	43	6.1	43	84	9	326	25	25	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
681709--682032	139	2.3	141	91	3	517	25	25	17	31	1.97
681942--682095	52	2.9	53	81	4	193	24	24	15	35	1.94
681991--682214	116	1.9	119	84	5	301	23	26	15	34	1.94
682110--682232	49	2.5	49	94	0	219	22	28	16	32	1.96
682954--683024	19	3.7	19	96	1	124	32	11	18	38	1.86
683098--683226	52	2.5	52	96	0	240	34	17	18	28	1.94
688072--688110	20	1.9	21	89	5	62	23	17	17	41	1.91
694620--694654	15	2.4	15	85	4	54	31	8	5	54	1.54
695082--695113	12	2.7	12	95	0	55	28	28	0	43	1.55
696700--696724	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
696796--696853	13	3.9	13	73	26	53	41	15	18	24	1.89
696809--696871	20	3.5	20	72	28	77	41	15	17	25	1.89
696777--696871	33	2.9	33	93	1	156	40	16	17	25	1.91
703119--703167	20	2.5	19	84	12	64	42	16	12	28	1.84
703737--703915	94	1.9	92	91	2	295	43	11	7	37	1.69
705535--705569	16	2.2	16	100	0	70	45	22	8	22	1.79
711501--711592	19	4.7	19	89	5	123	41	15	15	28	1.87
711501--711592	39	2.3	40	87	7	127	41	15	15	28	1.87
715649--715727	29	2.7	29	65	27	76	44	18	0	36	1.51
721106--721234	52	2.5	52	91	2	197	31	17	15	35	1.91
721106--721255	52	2.9	52	87	4	178	32	17	16	34	1.92
721299--721349	13	3.5	13	76	23	57	35	17	13	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
721307--721364	18	3.4	18	75	24	72	34	17	13	34	1.89
721299--721364	31	2.1	32	97	2	125	34	18	13	33	1.90
722401--722455	21	2.7	20	83	8	67	36	10	16	36	1.84
722479--722560	13	5.5	13	70	27	56	35	15	13	35	1.87
722479--722579	32	3.2	32	94	1	168	34	15	12	36	1.86
722516--722580	19	3.8	17	75	24	66	33	16	12	36	1.87
723801--723829	13	2.2	13	100	0	58	34	17	13	34	1.89
724641--725091	28	15.0	32	77	8	152	23	18	29	27	1.98
724755--725084	84	3.8	84	77	8	295	22	19	30	27	1.98
724766--724988	28	8.0	28	82	3	227	21	20	30	27	1.98
725262--725324	28	2.3	27	80	2	72	31	19	20	28	1.97
725390--725432	14	3.1	14	83	6	52	37	16	9	37	1.81
726669--726725	15	3.9	14	77	13	62	3	1	14	80	0.92
726670--726739	13	5.4	13	79	16	74	2	1	14	81	0.88
726701--726739	11	3.5	11	89	6	53	0	2	12	84	0.72
736136--736186	27	1.9	26	92	4	75	33	7	29	29	1.85
748871--749039	64	2.7	63	84	3	198	48	11	22	17	1.79
749679--749849	78	2.2	78	86	3	229	30	29	12	26	1.93
750399--751107	43	16.7	41	76	9	417	20	29	19	31	1.97
750399--751131	85	8.6	83	76	9	454	20	29	18	31	1.97
750399--751147	128	5.9	128	80	5	657	21	29	18	30	1.97
751687--751721	13	2.7	13	90	0	61	31	11	17	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
755771--756437	73	8.9	73	72	11	278	31	27	13	27	1.94
755961--755998	20	1.9	20	100	0	76	34	26	23	15	1.95
755981--756437	73	6.3	72	78	5	350	31	27	12	27	1.93
755985--756437	145	3.1	143	76	8	416	31	27	13	27	1.93
762483--762532	20	2.6	19	76	14	57	16	2	20	62	1.43
770781--770904	20	5.7	20	70	22	90	41	12	14	32	1.83
770781--770934	51	3.3	47	73	19	153	42	12	14	31	1.82
771914--772522	28	21.5	29	83	4	590	24	17	29	28	1.98
771901--772522	84	7.3	84	83	4	678	24	18	28	28	1.98
773795--773837	12	3.5	12	93	3	68	0	0	11	88	0.52
773795--773828	16	2.2	16	94	5	61	0	0	8	91	0.43
776787--776902	51	2.3	51	86	0	160	31	12	25	31	1.92
776838--777170	79	4.2	78	84	3	407	32	15	24	28	1.95
776738--776979	130	1.9	130	85	5	337	32	11	25	29	1.92
776838--777170	158	2.1	158	87	0	468	32	15	24	28	1.95
777178--777414	102	2.3	102	89	0	357	35	11	24	29	1.90
777178--777412	51	4.6	51	82	4	285	34	11	23	29	1.90
1092096--1092403	55	5.1	61	78	11	300	29	20	25	24	1.99
1092104--1092374	118	2.3	118	89	3	409	28	20	26	25	1.99
1092255--1092403	65	2.3	65	85	3	196	32	20	22	24	1.98
1100799--1100873	20	3.8	19	84	7	96	44	10	16	29	1.81
1100799--1100875	40	1.9	41	89	7	122	44	10	15	29	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1101921--1101947	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1101931--1101986	19	2.9	19	89	2	85	32	16	16	35	1.90
1102016--1102069	20	2.7	20	85	5	74	33	12	16	37	1.87
1103373--1103445	5	13.8	5	75	13	58	26	0	1	72	0.93
1103371--1103436	17	3.7	18	70	17	57	27	0	0	72	0.85
1105195--1105219	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1105300--1105351	20	2.7	20	91	8	81	38	17	15	28	1.90
1110990--1111050	30	2.0	30	100	0	122	32	3	32	31	1.74
1111465--1111504	21	1.9	21	100	0	80	35	12	15	37	1.85
1111543--1111607	13	5.0	13	87	12	98	30	18	12	38	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7