genome.fa.s2504.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2504
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1293507

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174582--174645	33	2.0	32	90	3	101	26	14	20	39	1.90
174688--174742	21	2.6	21	100	0	110	32	18	10	38	1.85
175294--175459	83	2.0	83	98	0	323	30	22	4	41	1.75
177324--177349	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
177551--177576	8	3.2	8	100	0	52	61	23	0	15	1.33
185246--185374	52	2.5	52	94	0	231	27	17	18	36	1.93
185383--185407	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
185450--185510	19	3.6	18	75	25	69	36	16	13	34	1.87
185445--185539	32	2.9	32	95	1	163	34	16	11	36	1.85
185469--185525	13	3.9	13	72	24	51	33	15	14	36	1.88
185584--185635	21	2.5	21	100	0	104	36	13	11	38	1.81
186928--186953	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
186908--186971	33	2.0	32	90	3	101	26	14	20	39	1.90
187013--187065	21	2.6	19	80	13	61	30	13	15	41	1.85
187053--187077	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
191986--192011	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
191966--192029	32	2.0	33	87	3	94	29	12	15	42	1.84
193340--193395	20	2.7	21	83	5	69	28	16	14	41	1.87
193360--193411	20	2.5	21	90	3	79	28	15	13	42	1.85
193831--194113	152	1.8	154	82	3	365	24	15	17	43	1.87
193831--194242	152	2.7	154	77	6	361	25	15	17	41	1.89
196413--196444	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201364--201407	2	22.0	2	100	0	88	0	50	0	50	1.00
201981--202022	20	2.2	19	87	12	59	33	0	0	66	0.92
202408--202455	25	2.0	24	88	12	71	41	2	0	56	1.11
202409--202463	25	2.2	25	84	12	69	41	1	0	56	1.10
203041--203098	29	2.0	29	86	0	80	34	0	0	65	0.93
206836--206885	2	24.0	2	88	8	73	46	6	0	48	1.27
208331--208394	2	32.5	2	75	9	60	4	42	0	53	1.22
209668--209721	7	7.1	7	84	15	72	44	1	0	53	1.11
209668--209721	16	3.5	15	85	10	74	44	1	0	53	1.11
209668--209721	23	2.3	23	93	0	90	44	1	0	53	1.11
209977--210061	2	46.5	2	70	21	53	41	1	3	54	1.25
209960--210060	19	5.6	18	72	15	66	41	3	2	51	1.35
209971--210063	38	2.4	40	79	13	106	40	2	3	53	1.29
216657--217026	192	1.9	194	80	9	436	36	9	20	33	1.85
218039--218153	51	2.3	50	87	6	160	33	6	23	35	1.82
218087--218470	79	4.8	79	80	6	357	33	12	25	28	1.92
218165--218470	159	1.9	161	84	1	409	33	13	25	27	1.94
218407--218521	51	2.2	52	89	6	180	32	13	26	27	1.94
218164--218752	291	2.1	283	80	7	652	34	12	24	28	1.91
218456--218814	79	4.6	77	74	12	243	35	10	24	28	1.89
218456--218814	153	2.3	157	85	3	476	35	10	24	28	1.89
224372--224472	30	3.3	30	64	15	80	24	20	19	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224367--224496	62	2.1	62	98	0	251	25	20	19	35	1.95
224471--224555	19	4.8	18	70	25	65	34	17	12	35	1.88
224858--224913	20	2.7	20	88	5	76	33	12	12	41	1.81
224899--224991	39	2.4	39	94	0	159	20	11	21	46	1.82
229040--229892	71	11.8	71	74	9	604	34	14	23	27	1.94
229040--229892	143	5.9	142	77	8	619	34	14	23	27	1.94
242544--242573	14	2.2	13	94	5	51	66	13	0	20	1.24
245124--245177	26	2.1	26	100	0	108	14	0	33	51	1.43
249914--249958	11	4.3	11	94	5	76	62	0	28	8	1.25
254874--254972	52	1.9	53	87	4	148	37	10	20	32	1.86
257322--257388	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
257343--257368	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
257408--257475	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
257430--257454	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
257411--257473	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
259231--259281	20	2.6	20	81	3	59	41	1	3	52	1.31
259309--259345	19	2.1	19	85	10	51	29	2	0	67	1.04
259815--259845	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
260089--260164	11	6.6	11	72	19	66	60	0	0	39	0.97
260090--260157	23	2.8	24	91	6	111	58	0	0	41	0.98
261714--261761	21	2.3	20	85	3	60	77	2	16	4	1.03
267462--267523	16	3.6	16	72	10	52	8	12	6	72	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
282343--282416	20	3.6	20	79	3	76	32	10	13	43	1.79
283701--283748	24	2.0	25	84	12	64	58	10	2	29	1.43
286193--286217	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
287776--287893	20	5.8	20	84	7	148	27	16	14	42	1.86
290137--290301	51	3.2	51	83	3	190	27	26	12	33	1.92
290241--290462	76	2.8	77	80	6	241	26	25	14	33	1.94
303981--304619	60	10.6	61	83	3	659	24	28	19	27	1.99
304588--304854	42	6.9	35	74	16	137	20	25	14	39	1.91
304583--304785	42	4.8	41	74	16	150	19	24	14	41	1.89
305533--305558	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
305577--305672	40	2.4	40	83	8	124	29	17	11	41	1.85
305578--305651	20	3.7	20	92	3	114	27	17	13	41	1.87
307956--308096	51	2.8	51	87	2	194	29	25	11	34	1.91
308005--308124	51	2.4	51	88	0	159	30	25	12	31	1.92
308060--308258	76	2.6	78	82	6	226	27	24	13	35	1.92
309734--309766	4	8.2	4	100	0	66	24	0	0	75	0.80
314997--315027	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
314977--315043	33	2.0	32	83	11	82	34	16	11	37	1.85
315630--315673	19	2.4	19	84	3	54	34	34	2	29	1.70
315642--315682	19	2.2	19	86	8	57	24	34	4	36	1.77
317530--317555	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
323804--323830	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
328931--328985	26	2.2	25	90	3	83	87	7	5	0	0.68
328931--328980	18	2.9	16	83	16	64	88	8	4	0	0.64
328930--328977	13	3.8	12	86	8	69	87	8	4	0	0.66
329959--330250	54	5.3	55	87	4	394	28	27	22	22	1.99
330116--330404	154	1.9	149	83	8	368	25	26	20	26	1.99
330292--330480	61	3.1	61	85	3	258	23	27	19	30	1.98
330445--330555	44	2.7	40	81	14	138	18	30	15	35	1.92
330445--330615	42	4.1	43	78	12	160	15	29	14	40	1.86
331339--331386	20	2.4	20	92	0	78	29	14	14	41	1.85
331417--331530	20	5.7	19	92	4	147	28	16	13	41	1.86
331417--331530	60	1.9	60	89	3	176	28	16	13	41	1.86
333008--333084	28	2.8	29	82	11	99	23	32	20	23	1.98
332933--333162	107	2.2	106	79	8	245	26	29	16	27	1.97
333036--333196	78	2.1	78	89	4	245	28	29	13	28	1.94
338520--338574	27	2.1	26	89	3	83	85	5	9	0	0.74
339544--339786	55	4.4	55	83	5	310	29	27	20	22	1.99
339827--340012	61	3.1	59	80	5	203	24	23	18	33	1.97
340008--340149	45	3.2	43	78	12	137	17	26	11	43	1.84
340887--340916	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
340898--340936	20	2.0	20	89	0	60	33	12	10	43	1.77
340869--340936	33	2.1	33	86	5	93	29	14	13	42	1.84
343314--343395	28	3.0	26	83	7	83	20	26	21	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
343345--343415	28	2.5	28	95	0	124	22	25	21	30	1.98
343342--343603	107	2.5	106	78	4	294	24	25	18	31	1.97
343238--343522	135	2.1	135	92	0	462	23	24	20	31	1.98
343449--343522	28	2.6	28	82	0	85	21	29	22	25	1.99
343477--343637	78	2.1	79	87	1	234	27	26	14	30	1.95
343586--343705	51	2.4	51	78	2	152	30	28	12	28	1.93
345971--345995	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
355829--355876	14	3.5	13	83	8	60	85	8	4	2	0.80
355829--355881	11	4.9	10	80	15	52	84	7	5	1	0.82
355840--355881	21	2.1	19	86	8	57	85	7	7	0	0.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7