genome.fa.s2504.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2504
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1293507

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
518168--518214	23	2.1	22	88	7	69	85	14	0	0	0.61
518172--518211	19	2.0	20	90	4	64	85	15	0	0	0.61
518453--518484	16	2.0	16	93	0	55	84	9	6	0	0.78
519409--519651	31	7.9	30	83	11	192	23	32	15	29	1.95
519406--519613	90	2.3	94	81	9	250	23	30	16	29	1.96
519561--520234	33	19.6	34	86	7	827	20	33	11	33	1.89
519561--520203	104	6.2	104	90	4	900	20	33	11	33	1.89
519561--520259	69	10.1	72	82	10	441	21	33	11	33	1.89
520241--520347	33	3.2	34	92	5	175	29	35	14	19	1.92
520347--521540	49	24.9	49	84	5	1550	24	25	17	32	1.97
520347--521540	98	12.4	98	91	4	1818	24	25	17	32	1.97
520347--521540	190	6.2	190	91	2	1869	24	25	17	32	1.97
522439--522496	20	3.0	20	84	2	73	31	10	12	46	1.74
522570--522690	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
529613--529654	7	6.1	7	88	5	68	85	14	0	0	0.59
529614--529655	20	2.0	22	90	9	70	85	14	0	0	0.59
529895--529926	16	2.0	16	93	0	55	84	9	6	0	0.78
530854--531061	31	6.7	32	84	9	209	24	30	16	28	1.97
530851--531070	93	2.3	93	83	7	284	23	30	15	30	1.96
530854--531017	62	2.6	62	87	6	235	25	29	17	28	1.97
531009--531680	34	19.4	34	86	7	851	20	32	11	34	1.89
531009--531656	105	6.2	105	90	4	912	20	33	11	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
531695--531801	33	3.2	34	92	5	175	29	35	14	19	1.92
531801--532562	49	15.9	49	86	5	1074	24	24	17	32	1.97
531801--532553	98	7.9	98	95	2	1308	24	24	17	32	1.97
533388--533445	20	3.0	20	84	2	73	31	10	12	46	1.74
533519--533639	52	2.3	52	94	0	206	34	18	18	28	1.94
536790--536884	22	4.4	22	75	17	76	68	0	30	1	0.97
536802--536894	10	9.7	10	73	19	65	69	0	29	1	0.95
536811--536873	4	16.0	4	77	12	60	69	0	30	0	0.88
536779--536883	15	7.3	15	67	19	53	69	0	28	0	1.01
536791--536873	14	5.5	14	72	20	69	67	0	31	1	0.98
548027--548110	6	13.8	6	74	13	66	82	13	2	2	0.87
548026--548112	8	11.9	7	76	22	81	82	12	2	2	0.85
548025--548129	19	5.9	18	80	9	92	80	11	4	2	0.96
549469--549530	28	2.2	28	82	0	79	35	20	14	29	1.93
549692--549767	26	2.8	29	76	11	79	34	28	15	21	1.94
549916--550024	56	1.9	56	84	0	146	30	25	17	26	1.97
549918--550021	28	3.7	28	75	0	91	31	25	18	25	1.97
553460--553533	26	2.8	27	72	15	66	35	12	16	36	1.86
553547--554472	29	32.4	28	78	5	714	29	29	16	24	1.96
553544--554472	115	8.1	115	76	6	827	28	29	16	25	1.96
553544--554472	86	10.8	85	78	7	783	28	29	16	25	1.96
554420--554583	32	5.2	32	80	9	146	28	27	17	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
554434--554583	66	2.4	66	82	8	179	29	28	17	25	1.97
554330--554583	57	4.2	64	76	13	186	27	26	18	27	1.98
554420--554594	66	2.8	62	78	6	169	27	28	16	27	1.97
559637--559703	33	2.0	33	97	0	125	32	1	26	38	1.66
560918--560978	9	6.6	9	75	14	52	80	1	1	16	0.88
560902--560976	7	10.0	7	78	15	62	77	2	1	18	0.96
560939--560979	17	2.4	17	80	11	57	78	0	2	19	0.87
560939--560980	18	2.5	17	84	7	59	76	0	2	21	0.90
561680--561717	19	2.0	19	89	0	58	31	28	23	15	1.96
566804--566829	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
569311--569364	20	2.5	22	88	5	76	44	14	14	25	1.84
571424--571454	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
573258--573302	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
575517--575542	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
584090--584198	49	2.2	50	85	4	150	30	17	14	37	1.90
586563--586768	80	2.6	80	85	3	272	30	24	12	33	1.91
586705--586819	51	2.3	51	81	4	133	30	24	12	33	1.92
586807--586875	27	2.6	27	92	0	120	24	33	14	27	1.94
586831--587081	79	3.2	77	77	5	261	27	25	12	33	1.92
587018--587136	50	2.4	51	89	2	195	30	26	11	31	1.92
586938--587211	129	2.1	131	87	2	401	28	24	13	33	1.93
587069--587368	79	3.8	79	80	3	334	28	23	13	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
586834--587368	287	1.9	288	87	1	795	28	24	12	34	1.92
586858--587304	208	2.2	208	82	7	534	28	24	12	35	1.91
587070--587365	158	1.9	159	86	3	427	28	22	12	35	1.91
588896--588920	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
594757--594884	51	2.5	52	90	2	204	32	17	15	34	1.92
594979--595003	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
594958--595023	33	2.0	32	85	2	87	39	15	12	33	1.84
595878--596338	49	9.7	49	85	9	591	31	17	24	25	1.97
595869--596343	92	5.1	92	92	4	736	32	17	25	25	1.97
596331--596436	33	3.3	32	90	5	171	17	16	34	30	1.93
596444--596853	35	12.6	33	73	14	264	33	12	32	21	1.90
596444--596574	65	2.0	67	86	5	187	34	13	32	19	1.91
596432--596858	97	4.4	96	76	14	313	33	12	32	21	1.91
596482--596802	131	2.5	130	87	5	456	33	12	32	21	1.91
596672--596858	64	3.0	64	78	10	192	32	12	31	23	1.92
596513--596853	131	2.7	130	87	4	444	33	12	32	21	1.91
596734--596860	33	3.9	33	79	7	134	32	11	32	23	1.91
596901--597036	64	2.1	62	84	6	166	29	16	29	25	1.96
596888--597036	32	4.7	30	71	13	95	29	16	28	25	1.97
597141--597178	16	2.3	17	86	4	51	26	5	23	44	1.74
602706--603097	133	2.9	133	75	7	330	39	18	12	29	1.87
603322--603361	21	1.9	21	84	0	53	57	10	7	25	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
603593--603619	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
603604--603651	19	2.5	19	86	3	60	31	18	10	39	1.85
606795--606837	13	3.4	12	87	6	59	83	11	4	0	0.78
608251--608387	26	4.9	29	65	20	94	28	30	21	19	1.97
607825--608521	55	12.4	55	87	7	856	27	28	20	23	1.99
609251--609276	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
609281--609337	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
609393--609492	19	5.9	19	72	25	98	36	12	14	38	1.83
609414--609470	13	3.9	13	74	24	51	36	14	14	35	1.86
609395--609489	32	3.0	32	96	0	172	35	12	14	36	1.85
609532--609557	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
609512--609578	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
611925--612313	52	7.3	54	72	12	238	29	26	12	31	1.93
612033--612109	28	2.8	26	82	11	93	23	35	22	19	1.96
612037--612109	27	2.6	28	84	2	94	23	35	21	19	1.96
611919--612423	263	1.9	266	89	3	786	27	27	13	30	1.94
619742--619786	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
619877--619912	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
620236--620274	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
620402--620427	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
625035--625059	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
625318--625358	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
625400--625424	6	4.2	6	100	0	50	16	48	0	36	1.46
627393--627437	2	22.5	2	86	0	54	51	6	0	42	1.28
627385--627432	16	2.9	16	81	6	51	52	6	0	41	1.27
627394--627437	10	4.4	10	88	0	61	52	6	0	40	1.28
627914--627943	6	5.0	6	91	0	51	33	20	0	46	1.51
628229--628265	2	18.5	2	94	0	65	48	0	2	48	1.15
628795--628820	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
629528--629615	37	2.4	37	94	0	149	36	20	14	28	1.92
630162--630316	76	2.0	78	88	2	233	23	23	16	36	1.94
631802--631855	19	2.8	18	76	15	56	42	0	1	55	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7