genome.fa.s2504.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2504
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1293507

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  6  of  7  ( 734 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1111545--1111607	26	2.4	26	100	0	126	31	19	11	38	1.86
1114187--1114211	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
1114168--1114231	33	2.0	32	87	9	94	39	18	14	28	1.90
1120925--1120963	16	2.5	15	84	12	51	41	2	0	56	1.13
1120932--1120972	17	2.4	17	84	8	57	51	0	2	46	1.14
1121460--1121503	20	2.3	18	84	7	52	45	0	0	54	0.99
1122043--1122091	18	2.7	18	78	6	55	55	0	4	40	1.19
1123012--1123087	36	2.1	36	83	11	95	59	2	10	27	1.44
1123984--1124013	8	3.6	8	91	8	51	76	10	3	10	1.12
1125532--1125986	78	5.8	78	78	6	357	29	27	13	30	1.94
1125554--1126003	157	2.9	153	80	7	444	28	27	12	31	1.93
1129939--1130245	79	3.9	78	78	4	319	32	15	26	25	1.95
1132634--1132662	13	2.2	13	100	0	58	37	13	17	31	1.89
1133286--1133408	45	2.9	43	73	16	121	41	12	24	21	1.87
1133413--1134552	62	18.5	62	85	3	1398	30	19	26	23	1.98
1147914--1148134	79	2.8	78	77	8	223	33	13	25	27	1.93
1148203--1148329	50	2.5	50	83	3	148	38	13	20	27	1.90
1150608--1150662	20	2.8	20	97	0	101	43	10	16	29	1.82
1150681--1150706	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1161439--1161590	32	4.8	32	73	11	132	29	27	17	25	1.98
1161667--1161754	43	2.0	43	86	0	122	27	26	17	29	1.97
1161977--1162103	43	3.0	43	91	2	193	29	22	18	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1162037--1162105	22	3.2	22	61	19	54	27	20	17	34	1.95
1162062--1162459	52	7.8	51	74	10	303	25	24	16	33	1.96
1166603--1166726	52	2.4	51	93	4	205	29	17	18	34	1.94
1166603--1166746	52	2.8	50	84	13	177	30	17	18	33	1.94
1166735--1166759	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1166800--1166866	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
1166822--1166846	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1168361--1168742	79	4.8	78	74	9	303	29	25	12	32	1.92
1168361--1168778	158	2.6	157	82	5	470	28	26	12	32	1.92
1169252--1169632	169	2.2	170	81	6	430	36	14	26	22	1.93
1169536--1170242	49	14.5	49	86	2	958	31	17	26	24	1.97
1169527--1170260	98	7.5	98	91	2	1120	31	17	26	24	1.97
1169579--1170255	288	2.3	289	92	2	1113	31	17	26	24	1.97
1170255--1170359	32	3.2	33	88	8	162	19	17	37	26	1.93
1170361--1170739	34	11.4	34	83	8	399	34	12	32	19	1.90
1170624--1170733	35	3.1	36	83	6	127	38	10	30	20	1.86
1170361--1170753	130	3.0	127	81	11	361	34	12	32	20	1.90
1170730--1170786	30	1.9	30	96	0	105	31	19	24	24	1.98
1171726--1171763	12	3.2	12	92	3	60	0	15	0	84	0.63
1178950--1179073	52	2.4	51	93	4	205	29	17	18	34	1.94
1178950--1179093	52	2.8	50	84	13	177	30	17	18	33	1.94
1179082--1179106	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1179147--1179213	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
1179169--1179193	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1180704--1181085	79	4.8	78	74	9	303	29	25	12	32	1.92
1180704--1181121	158	2.6	157	82	5	470	28	26	12	32	1.92
1181879--1182584	49	14.5	49	85	2	949	31	17	26	24	1.97
1181870--1182597	98	7.4	98	91	3	1119	31	17	26	24	1.97
1181870--1182602	190	3.8	193	90	4	1109	31	17	26	24	1.97
1182597--1182701	32	3.2	33	88	8	162	19	17	37	26	1.93
1182703--1183081	34	11.4	34	84	8	408	34	12	33	19	1.90
1182966--1183075	35	3.1	36	83	6	127	38	10	30	20	1.86
1183072--1183128	30	1.9	30	96	0	105	31	19	24	24	1.98
1184068--1184111	12	3.5	13	84	12	56	0	13	2	84	0.73
1191305--1191428	52	2.4	51	93	4	205	29	17	18	34	1.94
1191305--1191448	52	2.8	50	84	13	177	30	17	18	33	1.94
1191437--1191461	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1191502--1191568	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
1191524--1191548	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1193063--1193479	158	2.6	156	82	5	475	29	26	12	32	1.92
1193072--1193451	79	4.8	78	75	10	312	28	25	11	33	1.91
1193953--1194333	169	2.2	170	81	6	430	36	14	26	22	1.93
1194237--1194943	49	14.5	49	86	2	958	31	17	26	24	1.97
1194228--1194961	98	7.5	98	91	2	1120	31	17	26	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1194280--1194956	288	2.3	289	92	2	1113	31	17	26	24	1.97
1194956--1195060	32	3.2	33	88	8	162	19	17	37	26	1.93
1195062--1195440	34	11.4	34	84	8	408	34	12	33	19	1.90
1195325--1195434	35	3.1	36	83	6	127	38	10	30	20	1.86
1195431--1195487	30	1.9	30	96	0	105	31	19	24	24	1.98
1196427--1196482	13	4.2	13	84	6	67	0	12	3	83	0.76
1203665--1203788	52	2.4	51	93	4	205	29	17	18	34	1.94
1203665--1203808	52	2.8	50	84	13	177	30	17	18	33	1.94
1203797--1203821	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1203862--1203928	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
1203884--1203908	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1205422--1205803	79	4.8	78	74	9	294	29	25	12	33	1.92
1205422--1205839	158	2.6	157	82	5	461	28	26	11	33	1.92
1211742--1211787	14	3.5	14	74	14	53	28	10	6	54	1.60
1212947--1212984	10	3.8	10	83	10	51	31	10	7	50	1.66
1216188--1216214	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
1217365--1217419	23	2.3	23	82	14	60	70	0	20	9	1.13
1217700--1217983	139	2.0	141	86	6	396	48	8	16	25	1.75
1218639--1218665	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1218715--1218768	20	2.7	20	91	5	83	31	12	18	37	1.89
1220545--1221051	66	7.8	65	73	7	224	16	22	15	45	1.84
1221030--1221162	41	3.2	41	77	6	128	20	21	16	42	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1224883--1225032	39	3.8	39	77	9	153	23	21	14	41	1.89
1224874--1225053	78	2.3	78	78	7	188	23	22	13	40	1.89
1225135--1225439	80	3.8	79	79	7	285	21	20	13	44	1.85
1227862--1227901	21	1.9	21	89	0	62	35	10	5	50	1.58
1227871--1227901	10	3.0	10	90	9	53	38	9	3	48	1.52
1228151--1228190	19	2.0	20	90	4	64	30	10	10	50	1.69
1230931--1230957	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1230942--1230996	19	2.8	19	91	8	85	30	20	10	38	1.87
1235755--1235785	16	1.9	16	93	0	53	54	0	9	35	1.33
1245453--1245486	17	2.0	17	100	0	68	35	0	35	29	1.58
1250332--1250645	168	1.9	168	90	1	504	41	12	18	28	1.86
1254701--1254851	52	2.9	52	92	1	248	28	17	17	35	1.93
1254872--1254968	19	5.8	18	70	27	88	36	17	13	32	1.89
1254867--1254966	32	3.1	32	95	0	182	35	18	13	34	1.89
1254891--1254947	13	3.9	13	72	24	51	31	17	15	35	1.92
1256505--1256552	20	2.4	20	92	0	78	29	14	14	41	1.85
1256654--1256700	20	2.4	20	82	3	69	34	12	19	34	1.89
1256654--1256709	19	2.9	19	81	7	69	35	12	19	32	1.89
1258942--1258972	13	2.4	13	100	0	62	38	12	16	32	1.86
1259017--1259072	19	2.9	19	81	2	67	37	12	17	32	1.88
1262881--1263356	42	11.3	41	75	8	205	36	17	28	17	1.93
1262881--1263166	126	2.3	126	78	1	295	34	17	30	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1262916--1263353	126	3.5	127	75	9	312	36	16	28	18	1.92
1263119--1263382	84	3.1	81	73	14	241	40	16	25	17	1.90
1263119--1263394	126	2.2	126	77	10	278	40	16	25	17	1.90
1278055--1278137	13	6.4	13	78	15	100	87	10	1	0	0.59
1278054--1278131	14	5.6	14	83	4	104	88	10	1	0	0.57
1278054--1278140	19	4.8	18	83	6	104	87	11	1	0	0.60
1278053--1278149	29	3.3	29	81	12	110	85	13	1	0	0.65
1278054--1278149	10	9.4	11	78	16	84	86	12	1	0	0.63
1278056--1278149	24	4.2	22	81	14	113	86	12	1	0	0.63
1278054--1278137	1	84.0	1	75	0	78	88	10	1	0	0.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7