genome.fa.s253.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold253
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2064896

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126--158	15	2.3	15	94	5	59	54	0	0	45	0.99
2202--2260	16	3.7	16	82	14	68	37	0	0	62	0.95
3494--3524	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
3947--4182	116	2.0	117	82	5	291	36	5	4	52	1.46
4233--4296	19	3.2	19	67	16	56	42	4	0	53	1.22
6017--6061	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
7752--7781	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
8915--8987	33	2.1	34	82	12	85	56	4	0	39	1.19
10926--10994	31	2.2	33	84	12	99	44	0	0	55	0.99
10940--11033	40	2.3	40	83	8	111	38	1	0	60	1.04
10971--11032	20	3.0	21	76	6	74	32	1	0	66	1.02
10979--11039	10	6.2	9	75	20	52	34	1	0	63	1.04
10981--11039	31	1.9	31	86	13	86	33	1	0	64	1.04
12575--12601	13	2.1	13	100	0	54	44	14	7	33	1.73
15520--15577	21	2.7	22	78	7	66	39	0	0	60	0.97
15535--15577	22	2.0	21	86	4	59	46	0	0	53	1.00
16540--16577	19	2.0	19	89	0	58	63	0	0	36	0.95
16540--16579	20	2.0	20	90	5	62	62	0	0	37	0.95
17174--17212	18	2.0	18	85	14	51	33	0	0	66	0.92
17976--18020	20	2.2	20	80	7	56	40	2	4	53	1.33
17913--18186	149	1.8	150	88	4	428	39	3	3	52	1.36
19019--19120	20	5.1	20	65	21	54	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22341--22388	24	2.0	24	83	0	60	50	16	4	29	1.64
23006--23053	2	26.0	2	80	16	59	50	0	2	47	1.12
23006--23054	12	3.9	12	89	5	71	48	0	2	48	1.12
25099--25155	25	2.2	25	81	3	69	24	8	12	54	1.65
25257--25304	23	2.1	23	84	7	62	41	0	20	37	1.53
25995--26061	16	4.2	16	71	7	55	40	4	2	52	1.37
31541--31580	15	2.5	16	88	8	55	57	0	0	42	0.98
31541--31583	16	2.6	17	85	10	63	55	0	0	44	0.99
32427--32493	30	2.2	31	81	5	75	59	4	2	32	1.32
33373--33424	15	3.6	14	73	12	52	1	19	1	76	0.97
34028--34071	2	22.0	2	90	0	70	50	4	0	45	1.22
35883--35954	36	2.0	36	97	0	135	40	29	8	22	1.83
41836--41868	10	3.0	11	86	13	50	75	0	0	24	0.80
43621--43667	21	2.3	21	88	3	69	31	25	21	21	1.98
47601--47664	30	2.1	30	82	0	74	43	12	6	37	1.68
54473--54532	22	2.6	24	82	15	81	63	0	0	36	0.95
54737--54801	25	2.6	25	83	9	71	61	3	4	30	1.31
56246--56306	28	2.2	28	80	8	72	49	0	0	50	1.00
56650--56703	28	1.9	28	81	7	65	51	0	9	38	1.34
56847--56877	16	1.9	16	93	0	53	48	6	0	45	1.28
56907--56960	27	2.0	27	89	7	83	68	3	1	25	1.16
58384--58443	24	2.5	25	89	5	88	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58436--58474	19	2.0	21	90	10	64	30	0	0	69	0.89
62052--62115	13	5.3	12	73	17	53	67	0	0	32	0.91
62052--62117	29	2.2	31	83	5	91	65	0	0	34	0.93
62337--62384	24	2.0	24	83	0	60	43	6	2	47	1.40
62911--62964	27	1.9	28	88	7	83	42	0	0	57	0.98
63058--63128	27	2.9	23	71	15	61	59	0	0	40	0.98
63091--63131	20	2.0	21	85	4	57	63	0	0	36	0.95
66984--67034	17	3.0	17	80	11	52	60	0	1	37	1.08
74284--74358	27	2.7	28	77	4	80	44	0	1	54	1.08
75809--75836	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
78327--78361	16	2.2	16	89	0	52	28	0	2	68	1.04
78336--78381	16	3.1	15	87	6	58	30	0	2	67	1.03
78338--78382	14	3.1	14	87	6	54	31	0	2	66	1.04
78413--78456	21	2.0	22	86	8	63	38	4	2	54	1.33
79203--79254	20	2.6	20	71	17	54	44	0	1	53	1.11
79213--79335	32	4.1	30	76	17	114	40	0	1	56	1.14
80149--80196	19	2.4	20	76	16	55	31	0	6	62	1.20
81231--81294	31	2.1	30	82	2	74	32	0	0	67	0.91
82350--82391	6	7.3	6	78	10	52	69	0	0	30	0.89
82350--82409	17	3.5	17	78	15	61	66	0	0	33	0.92
82378--82435	18	3.4	18	77	13	52	56	0	0	43	0.99
82395--82441	16	2.9	16	76	17	53	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82375--82435	31	2.0	31	83	6	79	57	0	0	42	0.98
82635--82696	26	2.3	27	80	2	72	46	1	1	50	1.20
82797--82841	17	2.5	17	83	16	56	64	0	0	35	0.94
83035--83094	29	2.1	29	84	6	77	38	0	0	61	0.96
84079--84150	26	2.8	24	77	12	72	44	0	1	54	1.08
84109--84226	8	14.0	8	74	19	73	42	0	1	55	1.09
84139--84201	32	1.9	33	87	3	92	42	0	1	55	1.09
84109--84218	52	2.2	52	78	16	124	43	0	1	54	1.10
84372--84427	22	2.4	24	76	14	62	58	0	1	39	1.08
84394--84507	18	6.4	18	70	20	71	63	0	1	34	1.11
84412--84539	25	5.5	24	71	18	74	63	1	0	34	1.10
84387--84522	11	12.4	11	65	16	50	63	1	1	33	1.12
84390--84531	8	15.4	9	68	25	52	64	1	1	33	1.11
86241--86274	14	2.3	15	90	5	52	67	0	8	23	1.18
87870--87907	6	6.5	6	87	6	60	36	0	0	63	0.95
88061--88090	14	2.1	14	100	0	60	43	33	10	13	1.77
88332--88379	19	2.7	18	81	9	53	45	0	0	54	0.99
89420--89508	39	2.2	40	80	9	103	61	0	0	38	0.96
89423--89493	32	2.2	33	85	7	101	59	0	0	40	0.98
91760--91928	80	2.1	80	91	2	268	26	10	17	46	1.79
96896--96935	21	1.9	21	89	0	62	52	0	0	47	1.00
100299--100328	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100798--100841	24	1.9	22	86	9	61	50	0	0	50	1.00
105053--105084	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
106668--106716	23	2.1	23	81	7	55	61	4	0	34	1.15
106675--106730	22	2.5	21	77	11	58	62	1	0	35	1.06
107288--107312	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
112075--112107	17	1.9	17	93	0	57	27	3	30	39	1.72
113957--114006	24	2.1	24	88	0	73	8	36	6	50	1.57
115418--115479	25	2.5	24	79	10	61	48	0	1	50	1.10
115704--115767	29	2.2	29	86	10	87	56	0	1	42	1.09
115753--115816	23	2.6	25	70	12	60	56	1	0	42	1.09
116090--116134	22	2.0	22	82	0	54	62	2	0	35	1.08
116440--116484	22	2.0	22	83	8	56	33	0	0	66	0.92
116662--116749	45	1.9	45	81	4	104	52	0	2	45	1.13
117602--117640	20	2.0	20	84	0	51	38	0	5	56	1.22
117886--117941	24	2.4	24	82	5	71	48	5	0	46	1.25
121220--121259	2	20.0	2	94	0	71	0	47	0	52	1.00
121836--121863	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
123223--123309	38	2.2	40	82	10	99	54	1	0	44	1.07
128728--128765	14	2.6	15	83	4	51	23	0	0	76	0.79
128719--128767	22	2.1	24	88	7	75	28	0	0	71	0.86
128769--128801	9	3.7	9	92	8	50	69	0	0	30	0.88
130159--130215	29	1.9	30	96	3	107	70	1	0	28	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130159--130238	29	2.7	29	86	5	90	66	3	2	27	1.22
131221--131258	19	2.0	20	89	5	60	50	0	23	26	1.50
132701--132746	21	2.0	22	88	12	67	50	0	4	45	1.21
132701--132749	23	2.1	24	85	11	66	51	0	4	44	1.20
132770--132800	16	1.9	16	93	0	53	35	3	3	58	1.31
135140--135222	23	3.7	23	82	7	109	43	3	6	46	1.45
135781--135858	32	2.4	34	82	10	108	42	0	0	57	0.98
135781--135886	33	3.1	33	80	10	108	45	0	0	52	1.13
136443--136478	17	2.2	17	90	5	56	44	0	0	55	0.99
136630--136727	19	5.5	18	68	21	55	42	0	1	56	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13