genome.fa.s253.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold253
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2064896

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  2  of  13  ( 1496 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137420--137462	16	2.6	16	88	3	59	53	0	0	46	1.00
137841--137922	13	7.2	12	70	19	52	51	0	0	48	1.00
138554--138598	23	2.0	23	82	8	56	62	0	2	35	1.08
138530--138598	12	5.8	12	72	13	52	60	0	1	37	1.06
141123--141154	15	2.1	15	94	0	55	62	0	0	37	0.95
141780--141859	34	2.4	34	97	0	151	56	3	0	40	1.17
142309--142342	17	2.0	17	88	0	50	35	5	0	58	1.22
142960--143024	12	5.5	12	72	22	57	43	1	6	49	1.37
142985--143029	23	1.9	24	86	4	65	44	2	4	48	1.35
143247--143285	12	3.5	11	89	6	53	43	5	5	46	1.48
145815--145852	19	2.0	19	100	0	76	36	15	15	31	1.90
147098--147140	18	2.4	18	92	0	68	62	0	0	37	0.95
147123--147148	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
147147--147186	19	2.1	19	85	0	53	52	0	0	47	1.00
147153--147185	13	2.6	13	85	4	50	45	0	0	54	0.99
147187--147240	28	1.9	28	81	7	65	66	0	0	33	0.92
148106--148163	27	2.3	27	85	11	79	51	0	1	46	1.11
148142--148199	14	3.9	15	77	18	59	60	3	1	34	1.24
148292--148344	20	2.6	21	84	3	63	62	3	0	33	1.13
149549--149590	11	4.0	11	81	12	52	66	0	0	33	0.92
149558--149588	16	1.9	16	93	0	53	67	0	0	32	0.91
150177--150271	19	4.9	19	66	18	54	51	1	0	47	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150183--150271	38	2.3	38	80	16	103	50	0	0	49	1.00
151486--151523	14	2.5	15	91	8	60	23	0	0	76	0.79
151486--151525	21	1.9	21	85	10	55	27	0	0	72	0.85
155408--155444	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
155534--155600	27	2.6	26	75	13	66	29	4	1	64	1.22
155728--155812	9	9.1	10	70	18	51	44	2	0	52	1.13
155729--155828	47	2.1	48	85	9	134	46	2	0	52	1.12
156249--156352	41	2.5	40	81	10	104	40	0	1	57	1.10
156287--156352	21	3.2	21	81	10	82	37	0	1	60	1.06
156292--156364	17	3.9	19	71	25	59	38	0	1	60	1.06
156505--156554	14	3.6	15	82	12	54	40	0	0	60	0.97
156531--156607	22	3.5	22	79	13	79	29	0	0	70	0.88
156505--156608	13	8.5	12	72	23	67	35	0	0	64	0.94
156530--156610	27	2.8	28	85	9	101	30	0	0	69	0.89
156516--156601	5	17.8	5	73	15	58	32	0	0	67	0.91
156624--156678	18	3.1	18	71	21	53	56	0	0	43	0.99
156646--156712	16	4.4	16	73	17	54	56	0	0	43	0.99
156671--156713	14	3.1	14	80	10	52	58	0	0	41	0.98
161991--162015	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
166031--166078	24	2.0	24	100	0	96	33	12	16	37	1.86
166213--166359	8	18.0	8	70	24	76	39	1	1	57	1.16
166214--166339	47	2.6	48	79	14	141	38	1	0	59	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166323--166359	2	18.5	2	88	0	56	43	2	2	51	1.30
166214--166347	49	2.7	48	77	11	130	38	1	0	58	1.12
168527--168590	33	1.9	33	96	0	119	37	10	29	21	1.88
170255--170312	29	2.1	27	84	12	73	55	0	0	44	0.99
170255--170313	23	2.4	24	83	11	66	54	0	0	45	0.99
172121--172183	27	2.3	28	88	2	92	57	1	0	41	1.08
174704--174740	18	2.1	17	90	5	56	67	0	0	32	0.91
175037--175099	29	2.2	28	94	2	108	52	11	3	33	1.53
176287--176315	5	5.8	5	100	0	58	41	0	0	58	0.98
177534--177635	35	2.9	35	76	12	95	52	0	0	46	1.07
180599--180633	18	1.9	18	88	11	54	42	22	5	28	1.76
183889--183965	6	12.7	6	84	1	91	35	0	5	59	1.20
183895--183975	24	3.1	24	89	10	108	33	0	7	59	1.25
183889--183978	30	3.0	30	93	4	148	34	0	7	57	1.27
183889--183978	8	11.9	8	75	8	55	34	0	7	57	1.27
184560--184605	22	2.1	22	92	8	76	56	0	0	43	0.99
188950--188975	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
189416--189443	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
190635--190685	2	25.5	2	100	0	102	50	0	49	0	1.00
190699--190779	26	3.2	26	61	22	62	51	16	14	17	1.76
190696--190806	51	2.2	51	95	1	195	51	16	12	19	1.76
199122--199201	33	2.4	34	79	8	94	51	0	6	42	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200797--200845	22	2.2	22	85	7	64	36	4	4	55	1.38
201397--201461	32	2.0	32	100	0	130	36	3	24	35	1.71
202946--202993	24	1.9	26	87	8	73	43	0	0	56	0.99
203619--203753	18	7.2	19	69	27	85	42	0	0	57	1.04
203675--203748	32	2.3	31	88	9	105	41	1	0	56	1.07
203873--203904	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
204888--204972	36	2.4	36	76	4	91	42	1	1	55	1.15
205555--205602	24	2.1	24	84	7	64	50	0	0	50	1.00
206344--206438	23	4.1	23	71	19	74	46	0	4	49	1.21
206405--206453	20	2.4	21	79	3	55	40	0	4	55	1.19
206748--206802	15	3.6	16	76	11	62	36	0	0	63	0.95
206750--206835	37	2.3	35	83	16	95	37	1	0	61	1.04
207599--207641	23	2.0	23	90	9	72	48	0	0	51	1.00
207606--207653	16	3.2	16	69	25	50	45	0	0	54	0.99
208302--208335	16	2.1	17	94	5	61	44	0	0	55	0.99
209881--209940	19	3.2	19	79	9	68	41	0	0	58	0.98
209929--209978	19	2.6	18	82	17	57	46	2	0	52	1.12
211075--211116	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
211727--211764	17	2.2	18	85	4	51	34	2	5	57	1.35
212496--212530	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
213653--213718	28	2.2	29	84	12	82	60	1	0	37	1.06
213669--213709	5	8.4	5	79	15	50	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213653--213712	11	6.0	11	73	25	53	60	0	0	40	0.97
214200--214233	17	2.1	16	88	5	50	47	0	0	52	1.00
214219--214311	27	3.3	28	77	14	102	45	0	0	54	0.99
214247--214370	28	4.4	27	78	11	101	43	2	0	54	1.13
214278--214400	17	6.8	17	68	17	61	43	3	0	52	1.17
214232--214362	56	2.3	55	82	7	140	43	1	0	54	1.09
214318--214401	17	4.8	17	71	9	62	45	3	0	51	1.18
214825--214854	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
215048--215072	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
224454--224495	19	2.4	19	84	11	54	66	0	0	33	0.92
224722--224758	18	2.1	18	89	0	56	32	0	0	67	0.91
224744--224854	34	3.2	34	76	11	109	35	2	0	61	1.17
224774--224842	21	3.5	20	71	24	65	37	4	1	56	1.28
224806--224861	9	6.1	9	73	19	53	39	1	0	58	1.08
224803--224861	19	3.2	19	75	22	70	38	1	0	59	1.08
225711--225740	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
226065--226144	33	2.4	32	77	6	88	51	1	2	45	1.22
226590--226649	18	3.4	18	71	15	54	55	1	0	43	1.10
226602--226652	17	2.9	18	83	13	63	52	1	0	45	1.12
226915--226967	28	1.9	27	85	11	72	47	1	0	50	1.12
227288--227343	16	3.5	16	68	18	53	42	1	0	55	1.10
227313--227359	22	2.2	21	88	3	67	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227577--227678	27	3.7	27	73	13	75	44	0	0	54	1.06
228778--228809	15	2.1	15	94	0	55	75	0	0	25	0.81
228802--228867	29	2.2	29	84	13	80	45	0	0	54	0.99
228842--228880	20	1.9	21	84	5	53	46	0	0	53	1.00
230134--230216	28	2.9	29	84	12	102	38	1	2	57	1.19
230144--230240	9	10.8	9	71	17	60	36	1	2	60	1.15
230120--230217	8	12.5	8	71	21	57	36	1	4	58	1.24
230440--230478	11	3.5	11	85	0	51	46	2	0	51	1.14
231196--231226	2	15.5	2	93	0	53	48	0	0	51	1.00
234965--235015	18	3.0	18	75	8	54	52	0	1	45	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13