genome.fa.s283.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold283
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2945114

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2163449--2163535	40	2.1	41	91	2	149	60	4	17	17	1.51
2165294--2165346	26	2.0	28	81	7	65	43	1	1	52	1.23
2169916--2169961	22	2.1	22	84	8	58	56	2	0	41	1.11
2169991--2170032	21	2.0	21	85	4	57	59	4	0	35	1.19
2171527--2171639	46	2.6	43	80	7	120	38	1	3	56	1.27
2174360--2174401	22	1.9	22	85	0	57	40	0	4	54	1.21
2175132--2175178	2	23.5	2	86	0	67	48	4	2	44	1.34
2179950--2179985	18	2.0	18	94	0	63	58	11	0	30	1.33
2180501--2180542	20	2.0	21	86	4	59	19	16	35	28	1.93
2188238--2188267	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
2188330--2188372	11	4.0	11	81	3	52	46	0	0	53	1.00
2188498--2188560	9	7.8	8	75	18	51	26	0	1	71	0.95
2188498--2188565	22	2.7	24	75	20	68	27	0	1	70	0.96
2188501--2188575	10	7.7	10	76	16	61	28	0	1	70	0.95
2188498--2188576	20	4.1	20	73	16	69	29	0	1	69	0.96
2188536--2188569	13	2.6	14	86	13	54	26	0	0	73	0.83
2196411--2196529	6	20.2	6	70	16	70	31	1	0	65	1.08
2196411--2196489	11	6.6	11	73	15	68	27	2	0	69	1.01
2196421--2196514	32	3.1	33	72	19	94	29	2	1	67	1.10
2196575--2196600	12	2.2	12	100	0	52	34	34	7	23	1.83
2198045--2198070	12	2.2	12	100	0	52	26	0	0	73	0.84
2206177--2206230	23	2.3	24	81	18	69	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2206181--2206227	15	3.1	15	77	17	53	53	0	0	46	1.00
2206550--2206574	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2206574--2206616	2	21.5	2	100	0	86	51	0	48	0	1.00
2211063--2211100	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2214065--2214116	27	2.0	26	84	3	68	40	1	0	57	1.10
2214118--2214169	14	3.4	14	71	19	50	46	3	0	50	1.20
2214083--2214205	27	4.4	27	75	18	76	41	4	0	54	1.19
2214100--2214205	32	3.7	30	77	18	93	41	3	0	54	1.18
2218123--2218198	37	2.1	37	100	0	152	40	5	35	18	1.73
2218324--2218349	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2222299--2222358	32	1.9	31	83	10	77	51	6	0	41	1.28
2222299--2222460	88	1.8	88	83	0	216	47	10	4	37	1.58
2223945--2223979	16	2.1	18	89	10	56	28	0	2	68	1.04
2228817--2228853	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2231301--2231346	12	3.6	12	78	16	56	43	4	13	39	1.63
2231302--2231358	27	2.1	27	90	0	87	40	5	19	35	1.74
2231409--2231441	9	3.7	9	95	0	57	45	18	33	3	1.65
2236079--2236124	12	3.6	12	78	16	56	43	4	13	39	1.63
2236080--2236136	27	2.1	27	90	0	87	40	5	19	35	1.74
2236187--2236219	9	3.7	9	95	0	57	45	18	33	3	1.65
2240857--2240902	12	3.6	12	78	16	56	43	4	13	39	1.63
2240858--2240914	27	2.1	27	90	0	87	40	5	19	35	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2240965--2240997	9	3.7	9	95	0	57	45	18	33	3	1.65
2241862--2241896	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2244091--2244124	6	5.7	6	96	0	59	47	32	2	17	1.63
2245951--2245999	19	2.4	21	86	6	66	61	2	2	34	1.19
2248979--2249003	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2260635--2260659	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
2262527--2262553	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2265183--2265244	14	4.6	14	74	11	58	56	1	0	41	1.09
2265227--2265269	23	2.0	22	81	9	52	62	2	0	34	1.08
2265219--2265261	15	2.6	17	82	7	54	62	0	0	37	0.95
2266184--2266223	15	2.7	15	92	7	64	55	20	0	25	1.44
2270667--2270700	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2273799--2273848	19	2.6	20	84	9	59	58	4	0	38	1.17
2273826--2273880	28	2.0	28	86	10	78	50	1	0	47	1.11
2278406--2278517	54	2.1	54	100	0	224	30	16	21	31	1.96
2281493--2281518	13	2.0	13	100	0	52	0	23	0	76	0.78
2281882--2281917	2	18.0	2	88	0	54	44	0	2	52	1.15
2288090--2288126	3	12.0	3	94	5	65	0	35	0	64	0.94
2291096--2291120	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
2293928--2293977	3	16.7	3	100	0	100	34	0	0	66	0.92
2296970--2297046	29	2.6	29	89	2	109	54	0	1	44	1.08
2296960--2297023	11	5.8	11	71	14	51	59	0	3	37	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2296973--2297051	16	5.3	15	69	22	60	54	0	1	44	1.08
2297347--2297400	26	2.1	26	85	0	72	50	9	9	31	1.66
2297486--2297547	2	30.5	2	80	9	72	43	4	1	50	1.33
2297656--2297682	11	2.5	11	100	0	54	29	0	7	62	1.22
2298834--2299039	90	2.3	90	95	0	376	39	13	17	29	1.87
2307232--2307275	2	22.0	2	95	0	79	50	2	0	47	1.13
2311553--2311585	2	17.0	2	87	6	50	54	0	0	45	0.99
2315270--2315300	2	15.5	2	93	0	53	51	0	0	48	1.00
2321681--2321710	11	2.7	11	100	0	60	46	23	10	20	1.80
2325384--2325461	39	2.0	39	100	0	156	30	15	23	30	1.95
2327079--2327127	19	2.8	17	78	9	55	59	0	0	40	0.98
2327135--2327167	14	2.4	14	90	5	50	48	12	0	39	1.40
2333469--2333499	15	2.1	15	93	0	53	41	0	0	58	0.98
2335499--2335537	3	13.0	3	94	0	69	33	2	0	64	1.08
2337912--2337941	5	6.0	5	100	0	60	80	0	0	20	0.72
2343857--2343925	5	13.0	5	71	17	50	56	0	1	42	1.08
2343857--2343959	25	4.2	25	73	21	83	53	1	0	43	1.18
2343860--2343907	20	2.2	20	89	10	69	58	0	0	41	0.98
2347236--2347266	15	2.0	16	93	6	55	48	0	0	51	1.00
2347240--2347302	28	2.3	29	78	10	69	47	0	0	52	1.00
2347746--2347774	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2348609--2348646	2	19.0	2	100	0	76	0	50	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2349663--2349694	3	10.7	3	93	0	55	65	3	0	31	1.08
2351309--2351341	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
2356655--2356689	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2357115--2357164	23	2.4	19	81	18	55	36	0	0	64	0.94
2357125--2357163	20	2.0	20	85	9	55	38	0	0	61	0.96
2357255--2357304	2	26.0	2	88	8	77	50	0	0	50	1.00
2357648--2357725	39	2.0	39	100	0	156	38	12	17	30	1.88
2357749--2357782	17	1.9	18	94	5	61	32	0	0	67	0.91
2357749--2357800	17	3.2	17	82	15	58	34	0	0	65	0.93
2362854--2362887	17	1.9	18	94	5	61	32	0	0	67	0.91
2362854--2362905	17	3.2	17	82	15	58	34	0	0	65	0.93
2363389--2363418	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2364118--2364152	2	18.5	2	88	11	56	48	0	0	51	1.00
2364593--2364624	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
2367257--2367291	2	18.0	2	94	5	63	0	51	0	48	1.00
2376596--2376655	25	2.2	27	77	17	70	48	1	1	48	1.21
2376606--2376659	25	2.2	25	89	0	81	42	1	1	53	1.22
2376683--2376752	28	2.5	28	80	15	90	41	0	1	57	1.08
2386135--2386160	12	2.2	12	100	0	52	7	23	11	57	1.59
2390363--2390392	2	15.0	2	92	0	51	0	46	0	53	1.00
2400004--2400044	7	6.1	7	80	11	50	56	0	0	43	0.99
2403213--2403252	16	2.5	17	84	12	57	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2403244--2403283	21	1.9	21	85	10	55	52	0	10	37	1.35
2406459--2406562	52	2.0	52	100	0	208	32	9	7	50	1.64
2406668--2406720	21	2.5	21	75	6	54	35	1	24	37	1.67
2408531--2408569	2	19.5	2	94	0	69	48	2	48	0	1.15
2409375--2409400	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2414147--2414183	13	2.9	13	81	18	51	0	21	0	78	0.75
2414515--2414551	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2419865--2419901	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2420235--2420363	34	3.9	34	76	13	142	26	3	21	48	1.65
2428757--2428808	2	26.0	2	92	0	86	50	1	1	46	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15