genome.fa.s283.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold283
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2945114

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

This is table  2  of  15  ( 1700 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137272--137329	26	2.3	25	91	5	91	25	15	25	32	1.95
144361--144385	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
144341--144406	32	2.0	33	91	8	109	34	13	16	34	1.88
144447--144471	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
154807--154848	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
156778--156802	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
157376--157426	24	2.0	26	85	7	70	47	0	0	52	1.00
161622--161738	59	2.0	59	80	12	134	48	1	6	42	1.39
162171--162195	7	3.6	7	100	0	50	84	0	0	16	0.63
165910--165959	18	2.7	19	78	6	57	46	0	0	54	1.00
165899--165961	7	9.6	7	72	19	55	42	0	0	57	0.99
166187--166270	22	3.8	21	74	20	73	57	1	0	41	1.06
172031--172105	6	11.8	6	70	16	53	50	0	4	45	1.20
172071--172169	25	4.0	24	70	24	80	57	1	0	41	1.05
172093--172153	16	3.5	17	82	8	70	57	0	0	42	0.98
177163--177193	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
177291--177332	22	1.9	22	95	0	75	47	4	2	45	1.36
177718--177780	25	2.4	25	87	10	83	60	0	1	38	1.07
178814--178862	2	24.5	2	95	0	89	46	0	2	51	1.12
180403--180436	11	3.0	11	86	4	50	73	0	0	26	0.83
180795--180840	13	3.0	16	75	21	53	58	0	0	41	0.98
186525--186568	21	2.1	21	87	8	63	45	2	6	45	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186640--186694	16	3.4	16	71	24	53	45	0	0	54	0.99
186639--186745	16	6.9	16	66	23	52	39	0	0	59	1.04
186701--186760	14	4.2	14	76	16	52	36	1	0	61	1.06
188065--188094	13	2.2	14	94	5	53	6	0	3	90	0.56
188929--188960	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
189973--190000	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
191969--191996	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
192872--192896	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
196280--196324	2	22.5	2	100	0	90	51	0	48	0	1.00
196822--196855	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
197700--197828	64	2.0	64	93	3	224	46	11	18	23	1.82
197860--197969	2	55.0	2	84	7	116	47	0	6	45	1.34
198801--198837	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00
199527--199570	11	3.9	11	82	14	54	72	0	0	27	0.85
199556--199626	32	2.2	32	85	7	90	56	0	0	43	0.99
199588--199667	20	4.0	21	74	20	66	60	0	0	40	0.97
199526--199633	10	11.2	10	69	17	59	61	0	0	38	0.96
199556--199639	33	2.5	32	82	5	96	55	0	0	44	0.99
201852--201877	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
202242--202281	12	3.2	12	89	3	62	57	0	0	42	0.98
203757--203795	20	1.9	21	89	5	62	46	2	0	51	1.14
205311--205382	18	4.0	20	70	21	52	47	1	0	51	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205496--205599	55	1.9	52	84	5	136	29	13	16	40	1.87
207343--207390	19	2.6	18	81	18	71	41	0	4	54	1.20
209324--209404	28	2.8	28	80	14	83	58	0	4	37	1.20
209424--209462	15	2.6	14	84	11	51	71	2	2	23	1.10
210400--210450	2	26.5	2	92	7	88	50	0	0	49	1.00
211439--211577	63	2.2	63	83	7	165	44	5	7	42	1.55
211571--211821	116	2.2	116	80	6	251	47	5	8	39	1.57
211894--211920	12	2.2	12	100	0	54	55	0	0	44	0.99
212103--212151	25	1.9	26	83	4	64	42	0	0	57	0.99
212265--212295	13	2.4	13	94	0	53	45	0	0	54	0.99
212455--212515	29	2.1	29	93	0	104	29	9	3	57	1.47
212741--212782	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
214953--214981	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
215155--215198	15	3.1	14	79	20	56	38	0	0	61	0.96
215166--215217	20	2.7	20	74	14	54	36	0	0	63	0.95
215172--215211	13	3.2	13	76	23	50	37	0	0	62	0.95
215140--215215	28	2.9	25	76	17	82	39	0	0	60	0.97
215761--215804	20	2.1	21	91	4	72	47	0	0	52	1.00
215822--215870	22	2.2	21	80	16	55	57	0	0	42	0.99
219218--219291	35	2.1	35	80	10	87	48	0	0	51	1.00
219232--219327	47	2.0	48	81	4	113	40	2	1	56	1.18
219238--219289	18	2.9	18	77	16	63	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219238--219292	16	3.1	17	73	21	51	47	0	0	52	1.00
219458--219497	6	6.7	6	97	0	62	50	10	0	40	1.36
219458--219508	6	8.5	6	93	0	57	47	7	1	43	1.43
219458--219508	8	6.4	8	81	0	57	47	7	1	43	1.43
221171--221202	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
222225--222263	11	3.5	11	89	10	53	48	0	0	51	1.00
222225--222279	26	2.2	24	83	6	65	47	1	1	49	1.23
224404--224452	16	2.9	18	76	14	50	65	0	2	32	1.04
230262--230301	22	1.9	22	90	10	66	52	0	0	47	1.00
231111--231197	41	2.1	41	95	0	156	44	4	9	41	1.57
231368--231405	18	2.2	18	85	4	51	44	2	0	52	1.14
231571--231621	23	2.3	23	86	3	68	25	9	3	60	1.45
231995--232051	29	2.0	29	89	6	89	45	0	5	49	1.24
231996--232044	14	3.4	14	78	15	55	48	0	4	46	1.20
236630--236668	18	2.2	18	85	0	51	43	0	2	53	1.14
236773--236902	65	2.0	65	96	0	242	35	6	24	33	1.80
237051--237106	3	19.0	3	88	3	87	33	0	1	64	1.04
241955--242007	25	2.2	24	86	10	72	50	1	0	47	1.12
242468--242499	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
242967--243025	29	2.0	31	83	6	77	38	0	5	55	1.22
245435--245464	14	2.2	13	94	5	51	23	0	0	76	0.78
246574--246608	14	2.5	14	90	0	52	54	0	5	40	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247212--247250	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
247588--247679	38	2.4	38	78	10	98	43	0	1	55	1.07
248291--248329	20	2.0	19	90	5	60	12	23	0	64	1.28
254368--254443	17	4.6	16	70	23	59	60	0	0	39	0.97
254366--254443	34	2.4	33	80	16	90	61	0	0	38	0.96
256208--256237	16	1.9	15	93	6	51	0	10	0	90	0.47
263329--263380	26	2.0	26	85	3	70	50	1	3	44	1.31
263364--263420	20	2.8	19	77	15	60	47	1	0	50	1.11
266642--266677	3	11.7	3	94	5	63	66	0	0	33	0.92
268093--268156	25	2.5	26	82	10	87	53	0	0	46	1.00
268093--268159	24	2.7	25	84	11	77	52	0	0	47	1.00
268341--268391	22	2.2	24	83	10	63	35	5	0	58	1.22
269425--269517	49	1.9	48	82	10	118	62	0	2	35	1.07
269478--269523	23	1.9	25	86	8	69	58	0	0	41	0.98
269699--269737	21	1.9	19	90	10	60	64	0	0	35	0.94
269685--269734	17	3.0	17	73	23	52	62	0	0	38	0.96
270497--270529	17	1.9	17	93	0	57	15	9	3	72	1.21
274870--275002	66	2.0	66	100	0	266	19	16	18	45	1.85
277005--277032	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
278075--278112	17	2.3	16	90	4	58	44	0	0	55	0.99
278078--278133	21	2.5	21	85	8	67	42	0	0	57	0.99
282429--282679	124	2.0	124	97	0	475	39	19	11	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
285680--285746	36	1.9	33	85	8	89	38	4	0	56	1.19
287496--287543	2	24.5	2	91	4	53	52	6	0	41	1.27
289752--289785	16	2.1	16	88	0	50	50	0	2	47	1.16
289751--289784	18	1.9	17	88	5	50	50	0	2	47	1.16
295646--295762	40	2.9	39	87	9	173	49	8	16	25	1.73
298369--298398	12	2.5	12	94	0	51	23	30	16	30	1.96
299399--299450	24	2.1	24	89	3	77	38	1	0	59	1.08
299471--299540	35	1.9	35	86	11	97	50	0	0	50	1.00
299524--299564	17	2.6	15	84	7	55	75	0	0	24	0.80
299523--299585	15	4.3	15	72	10	58	73	1	0	25	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15