genome.fa.s283.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold283
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2945114

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2714899--2714934	18	1.9	19	88	5	56	63	0	0	36	0.94
2717103--2717134	16	2.0	16	93	0	55	18	0	21	59	1.38
2727487--2727543	19	3.0	20	79	7	73	42	1	0	56	1.10
2727612--2727679	26	2.5	29	76	11	72	36	0	2	60	1.12
2730916--2731091	89	2.0	89	98	0	343	40	7	13	38	1.73
2736211--2736240	3	10.0	3	92	0	51	36	30	0	33	1.58
2743372--2743404	2	17.5	2	87	12	52	51	0	0	48	1.00
2743668--2743718	18	2.8	19	82	8	70	41	0	0	58	0.98
2744080--2744104	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
2744415--2744443	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2747831--2747862	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
2748299--2748326	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2750463--2750512	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
2751891--2751922	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2756808--2756885	27	2.8	28	78	7	88	55	0	0	44	0.99
2756808--2756852	17	2.7	17	74	25	51	55	0	0	44	0.99
2758205--2758235	2	15.5	2	100	0	62	0	0	48	51	1.00
2760326--2760366	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2764657--2764695	4	9.8	4	83	10	53	23	0	2	74	0.94
2765291--2765327	18	2.1	17	90	5	56	45	2	0	51	1.15
2765672--2765722	26	2.0	27	88	7	79	39	0	5	54	1.24
2765698--2765788	41	2.2	40	77	12	96	48	0	1	50	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2765751--2765814	26	2.5	25	84	5	74	50	0	0	50	1.00
2766658--2766683	4	6.5	4	100	0	52	26	23	0	50	1.50
2769934--2769973	3	13.7	3	89	5	64	67	2	0	30	1.04
2776491--2776571	40	2.0	40	97	0	153	32	14	14	38	1.87
2776508--2776572	21	3.2	21	61	30	50	26	15	15	43	1.86
2777560--2777599	21	2.0	20	85	5	53	45	7	0	47	1.31
2777690--2777729	20	2.0	21	85	5	55	42	0	0	57	0.98
2777728--2777794	34	1.9	35	84	3	91	44	1	1	52	1.19
2777852--2782488	928	5.0	928	97	0	8622	26	14	15	43	1.85
2782528--2782566	17	2.3	17	100	0	78	23	25	17	33	1.96
2784400--2784480	40	2.0	40	87	0	117	20	13	33	32	1.92
2784726--2784753	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2792760--2792794	2	17.5	2	93	0	52	42	57	0	0	0.99
2792766--2792797	16	2.0	16	100	0	64	37	62	0	0	0.95
2793624--2793820	103	1.9	101	85	4	270	25	10	22	40	1.86
2793820--2793900	40	2.0	40	87	0	117	18	12	33	35	1.88
2799165--2799202	17	2.2	17	90	0	58	26	0	2	71	1.00
2802528--2802608	40	2.0	40	87	0	117	20	13	33	32	1.92
2802854--2802883	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2805087--2805137	24	2.1	24	96	0	93	9	47	23	19	1.79
2809544--2809578	2	17.5	2	93	0	52	42	57	0	0	0.99
2809550--2809581	16	2.0	16	100	0	64	37	62	0	0	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2810408--2810604	103	1.9	101	85	4	270	25	10	22	40	1.86
2810604--2810684	40	2.0	40	87	0	117	18	12	33	35	1.88
2815911--2816023	5	23.8	5	67	15	53	38	1	1	57	1.19
2815964--2816019	22	2.5	22	85	0	76	32	0	1	66	1.03
2815970--2816019	17	2.9	17	87	0	64	32	0	2	66	1.03
2819338--2819418	40	2.0	40	87	0	117	20	13	33	32	1.92
2821289--2821324	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2821812--2821856	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
2821939--2821974	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
2822342--2822384	22	2.0	22	81	9	52	23	13	27	34	1.93
2822670--2822703	2	17.0	2	87	0	50	47	2	2	47	1.32
2825148--2825210	20	3.0	21	77	13	67	65	3	0	31	1.09
2825178--2825248	33	2.2	32	79	2	79	56	1	0	42	1.08
2825213--2825265	16	3.2	16	75	21	56	54	0	0	45	0.99
2825188--2825270	33	2.5	32	86	3	103	54	1	0	44	1.08
2825213--2825267	17	3.4	17	72	25	55	54	0	0	45	0.99
2825200--2825263	18	3.6	19	68	25	59	51	0	0	48	1.00
2825197--2825275	32	2.7	28	75	16	88	54	0	0	45	0.99
2825887--2839310	959	14.0	961	94	0	22398	35	15	16	32	1.90
2840182--2840226	22	2.0	22	87	8	65	31	2	0	66	1.04
2840494--2840539	23	2.0	23	84	16	60	65	0	2	32	1.05
2843490--2843779	102	2.8	101	89	3	411	26	10	20	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2844654--2844700	3	16.0	3	88	4	69	34	0	2	63	1.06
2848323--2848385	20	3.0	21	77	13	67	65	3	0	31	1.09
2848388--2848440	16	3.2	16	75	21	56	54	0	0	45	0.99
2848363--2848445	33	2.5	32	86	3	103	54	1	0	44	1.08
2848388--2848442	17	3.4	17	72	25	55	54	0	0	45	0.99
2848375--2848438	18	3.6	19	68	25	59	51	0	0	48	1.00
2848372--2848450	32	2.7	28	75	16	88	54	0	0	45	0.99
2848334--2848466	33	4.2	33	70	17	102	57	0	0	40	1.09
2849909--2850050	75	1.9	76	94	1	250	49	9	20	21	1.76
2850876--2851026	75	2.0	76	89	1	232	46	8	19	25	1.78
2851292--2851325	18	1.9	18	88	5	52	64	2	0	32	1.08
2851833--2851983	76	2.0	76	96	2	277	47	9	19	23	1.78
2852248--2852281	18	1.9	18	88	5	52	64	2	0	32	1.08
2852790--2852939	76	2.0	76	96	2	275	47	9	20	23	1.78
2853535--2853574	17	2.3	18	86	4	55	5	12	5	77	1.09
2853754--2853902	75	2.0	76	94	4	266	46	9	20	23	1.79
2849024--2855624	964	6.9	965	94	1	10886	35	14	11	38	1.82
2854716--2854865	76	2.0	74	92	2	246	46	9	20	24	1.80
2855556--2855784	114	2.0	116	87	3	336	23	13	21	41	1.88
2855853--2855907	28	2.0	28	100	0	110	25	21	32	20	1.97
2858154--2858209	22	2.5	23	97	2	105	62	8	10	17	1.52
2859124--2859194	20	3.6	19	75	7	70	40	12	11	35	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2859117--2859194	40	2.0	39	89	2	120	41	12	11	34	1.80
2860929--2860958	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
2860925--2860957	10	3.3	10	95	0	57	57	0	0	42	0.98
2861727--2861772	23	2.0	23	84	16	60	65	2	2	30	1.16
2864736--2865025	102	2.8	101	89	3	413	27	10	20	41	1.85
2865034--2865114	40	2.0	40	90	0	126	20	13	33	32	1.92
2867335--2867421	21	4.0	21	68	16	61	49	0	0	50	1.00
2867335--2867479	11	13.9	11	65	19	62	51	0	0	48	1.05
2867355--2867425	26	2.7	25	75	14	63	46	0	0	53	1.00
2867403--2867467	30	2.4	26	85	12	78	53	0	0	46	1.00
2873923--2873972	20	2.4	21	75	15	59	40	10	8	42	1.68
2873923--2873980	21	2.8	20	75	14	64	39	8	8	43	1.66
2878352--2878518	84	2.0	85	87	1	246	32	12	25	29	1.92
2881791--2881826	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
2882145--2882191	22	2.1	22	96	0	85	27	38	8	25	1.85
2886955--2886983	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
2888070--2888107	2	19.0	2	100	0	76	0	50	0	50	1.00
2892178--2892207	7	4.3	7	95	0	51	26	26	30	16	1.97
2893128--2893171	2	22.0	2	100	0	88	50	0	50	0	1.00
2895366--2895397	2	16.0	2	100	0	64	0	0	50	50	1.00
2895397--2895422	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
2899098--2899122	6	4.2	6	100	0	50	32	36	0	32	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2900114--2900139	3	8.7	3	100	0	52	30	34	0	34	1.58
2907027--2907106	19	3.9	20	73	20	51	46	0	0	53	1.00
2907037--2907075	17	2.5	15	87	8	51	41	0	0	58	0.98
2907094--2907149	21	2.6	22	81	16	64	42	5	3	48	1.43
2907157--2907194	20	1.9	20	88	0	58	39	0	2	57	1.12
2907263--2907288	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2907447--2907488	18	2.3	18	87	0	57	47	0	4	47	1.23
2907714--2907740	4	6.8	4	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2908540--2908569	4	7.5	4	92	0	51	20	0	3	76	0.92
2915073--2915108	2	18.5	2	88	5	56	44	0	0	55	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15