genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6198200

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1300--1351	19	2.6	19	77	17	61	48	0	0	51	1.00
2111--2169	20	3.0	20	66	9	50	55	0	0	44	0.99
5937--6008	21	3.4	21	68	19	60	52	0	4	43	1.20
7048--7482	218	2.0	217	90	3	687	40	9	6	43	1.63
7460--7520	20	3.0	20	81	11	63	67	0	0	32	0.91
7837--7897	16	3.9	15	77	12	68	34	0	0	65	0.93
7860--7893	6	5.8	6	93	6	61	32	0	0	67	0.91
7845--7902	22	2.7	22	76	10	66	36	0	0	63	0.94
7797--7885	29	3.1	28	72	20	85	39	0	3	57	1.15
21065--21124	20	2.8	21	73	9	52	50	3	5	41	1.41
22171--22235	28	2.4	27	82	14	73	58	0	0	41	0.98
23019--23079	30	2.0	30	96	0	113	37	6	0	55	1.26
23062--23104	17	2.5	17	80	3	50	46	2	0	51	1.13
23097--23180	29	2.9	30	83	5	102	61	3	1	33	1.20
23381--23472	8	11.1	8	68	23	57	56	0	1	42	1.06
23382--23448	35	1.9	36	88	8	104	56	0	1	41	1.08
23416--23474	15	4.3	13	76	20	50	55	0	1	42	1.09
23385--23506	18	7.0	19	70	24	67	59	0	0	40	1.03
23431--23529	36	2.6	36	79	17	96	56	0	0	43	0.99
23500--23527	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
24675--24748	24	2.8	25	84	10	78	51	0	2	45	1.15
24705--24756	24	2.2	24	83	10	63	59	0	1	38	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24651--24776	63	2.0	60	81	13	141	55	0	1	42	1.09
24710--25074	109	3.3	108	78	11	250	52	1	2	42	1.25
24710--25074	113	3.3	111	81	11	385	52	1	2	42	1.25
24710--25075	112	3.3	112	81	11	389	52	1	2	42	1.25
24967--25047	32	2.4	33	87	6	110	51	1	1	45	1.16
24797--25075	113	2.5	112	86	6	395	50	2	2	45	1.25
29763--29896	69	2.0	68	89	4	207	33	15	8	41	1.79
29678--29970	153	1.9	153	88	2	446	36	16	7	39	1.77
29831--30149	85	3.7	85	82	7	347	36	14	7	42	1.74
31329--31405	35	2.2	36	90	2	120	49	5	1	44	1.33
31617--31900	50	5.5	50	76	15	240	54	4	2	39	1.32
31631--31900	55	5.2	53	78	8	261	55	3	1	38	1.28
31967--32019	18	3.1	18	73	21	51	50	1	0	47	1.12
31988--32027	20	2.0	20	85	0	53	52	5	0	42	1.23
32425--32502	40	2.0	37	82	7	93	55	1	0	43	1.08
32449--32491	22	2.0	22	86	9	61	55	2	0	41	1.12
32456--32494	11	3.7	10	83	10	51	58	2	0	38	1.12
33279--33337	25	2.4	24	83	5	73	30	1	0	67	1.00
33298--33355	27	2.0	30	87	9	86	36	0	0	63	0.94
33314--33355	12	3.2	13	75	18	50	40	0	0	59	0.97
37317--37373	29	1.9	30	89	3	89	50	0	1	47	1.11
42872--42946	20	3.8	19	80	3	78	44	12	9	34	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42869--42946	40	2.0	39	84	2	102	43	12	8	34	1.74
43360--43384	1	25.0	1	100	0	50	0	100	0	0	0.00
43908--43948	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
51892--51946	19	2.8	20	82	15	55	36	0	1	61	1.06
54202--54242	21	1.9	22	85	5	57	58	2	4	34	1.32
55283--55343	27	2.3	26	83	10	72	63	0	0	36	0.94
55283--55343	26	2.3	26	81	10	63	63	0	0	36	0.94
56873--56902	2	15.0	2	92	0	51	46	3	0	50	1.18
64044--64073	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
66033--66090	28	2.1	28	96	0	107	15	8	25	50	1.73
66037--66097	28	2.2	28	90	0	95	14	11	27	45	1.80
67628--67657	14	2.1	14	93	0	51	20	16	6	56	1.62
69038--69087	16	3.1	16	83	8	57	70	0	20	10	1.16
69426--69456	15	2.0	16	93	6	55	48	0	0	51	1.00
69727--69801	17	4.3	17	72	11	53	68	6	0	25	1.14
76461--76527	23	2.9	25	77	22	76	55	0	0	44	0.99
76534--76573	19	2.2	18	86	13	55	45	2	0	52	1.14
77356--77402	16	2.9	16	84	12	53	40	0	0	59	0.97
77432--77456	13	1.9	13	100	0	50	48	8	4	40	1.51
78913--78959	2	25.0	2	83	12	64	51	2	0	46	1.13
79409--79454	23	2.0	23	83	8	58	60	0	6	32	1.22
79622--79652	8	3.9	8	91	0	53	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79622--79651	15	1.9	16	93	6	53	40	0	0	60	0.97
82031--82080	15	3.2	15	73	26	50	52	0	0	48	1.00
84836--84871	19	1.9	19	88	5	56	72	5	0	22	1.05
85326--85392	13	5.3	12	74	13	55	50	1	1	46	1.19
85342--85392	24	2.2	22	82	10	57	49	1	1	47	1.24
85360--85398	13	3.2	13	85	7	55	53	0	2	43	1.14
86230--86271	15	2.8	16	85	10	61	40	0	0	59	0.97
87805--87841	18	2.0	18	89	5	56	70	0	0	29	0.88
89564--89588	13	1.9	13	100	0	50	16	0	0	84	0.63
93242--93266	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
94222--94286	22	2.9	22	80	15	71	55	0	0	44	0.99
94241--94296	21	2.6	22	80	8	62	53	0	1	44	1.11
94788--94844	27	2.1	27	80	6	62	38	1	5	54	1.33
100030--100082	16	3.2	16	82	10	63	49	1	1	47	1.23
101324--101364	19	2.2	19	86	8	57	39	0	0	60	0.96
101473--101511	16	2.4	16	83	8	53	51	0	0	48	1.00
101875--101906	14	2.3	14	100	0	64	53	6	6	34	1.51
102497--102737	123	1.9	125	84	5	319	42	4	3	49	1.39
102685--102735	24	2.1	24	82	7	59	47	1	1	49	1.24
103258--103282	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
103940--103997	22	2.7	22	85	15	70	41	0	1	56	1.09
105446--105490	23	2.0	24	86	8	67	62	2	4	31	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105611--105674	19	2.9	23	73	23	73	60	1	0	37	1.06
115490--115692	107	1.9	107	80	6	241	38	18	11	31	1.87
115987--116021	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
117020--117052	2	16.5	2	100	0	66	0	51	0	48	1.00
120825--120866	7	5.9	7	91	5	66	16	28	30	23	1.96
125503--125541	18	2.1	19	90	4	62	35	7	0	56	1.28
128466--128505	17	2.4	17	100	0	80	85	0	0	15	0.61
128469--128504	13	2.6	13	91	8	54	83	0	0	16	0.65
128524--128592	26	2.7	26	90	0	111	50	11	26	11	1.72
128580--128682	50	2.1	50	98	0	197	44	14	25	15	1.84
128963--129147	18	9.8	18	68	15	97	30	37	23	8	1.85
128949--129147	55	3.8	55	71	16	163	31	37	22	8	1.84
129026--129121	43	2.2	43	96	0	174	32	38	21	7	1.81
129026--129145	43	2.8	43	85	0	123	31	38	22	7	1.82
130125--130749	79	7.9	79	93	0	955	27	26	14	31	1.95
130682--130827	52	2.8	51	76	10	145	28	22	11	37	1.89
136905--137035	55	2.4	55	84	3	176	29	30	17	22	1.97
137059--137250	55	3.4	55	89	8	289	27	29	21	21	1.98
136911--138514	209	7.6	203	79	16	1644	26	30	19	22	1.98
137164--137348	100	1.9	100	93	2	318	24	31	18	24	1.97
137297--137402	55	1.9	55	92	3	178	29	25	20	24	1.99
137114--137558	155	2.9	152	88	6	650	26	31	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137322--137501	100	1.9	95	86	8	256	26	31	18	23	1.97
137423--137675	54	4.4	54	84	11	299	26	31	20	21	1.98
137419--137673	116	2.2	114	92	3	413	26	31	20	21	1.98
137449--137673	54	4.0	55	85	10	312	26	31	20	21	1.98
137693--137993	55	5.4	55	87	9	457	27	29	21	21	1.99
137689--137993	109	2.7	109	94	3	520	27	29	21	21	1.99
137450--139282	318	5.7	317	83	12	2011	26	30	20	23	1.99
137484--139043	264	6.0	256	82	11	1462	26	30	20	22	1.98
138011--138311	55	5.4	54	89	9	471	27	28	21	21	1.99
138007--138311	109	2.7	109	94	3	520	26	29	21	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32