genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6198200

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
792566--792617	19	2.7	19	76	5	61	57	0	0	42	0.98
796664--796714	21	2.4	20	80	9	57	56	5	0	37	1.23
796805--796864	32	1.9	32	86	10	88	50	0	0	50	1.00
811354--811397	13	3.4	13	85	14	56	29	0	0	70	0.88
811381--811447	22	3.0	22	76	18	68	46	0	0	53	1.00
812095--812206	25	4.6	25	69	19	85	56	0	0	41	1.11
812104--812176	14	4.8	14	74	21	58	58	1	0	39	1.06
812109--812242	19	7.4	19	66	27	62	59	1	0	38	1.12
812371--812585	34	6.4	34	83	2	245	26	6	25	41	1.80
812371--812585	102	2.1	101	89	3	333	26	6	25	41	1.80
814041--814137	35	2.9	33	73	15	92	58	0	0	41	0.98
814049--814141	37	2.8	32	77	17	100	61	0	0	38	0.96
814029--814141	31	3.6	31	75	21	101	60	0	0	38	1.03
814074--814126	23	2.3	23	87	6	72	64	0	0	35	0.94
814053--814133	23	3.6	22	73	12	58	64	0	0	35	0.94
814053--814155	31	3.2	30	71	24	84	62	0	0	36	1.02
815382--815427	2	23.0	2	90	0	74	47	2	2	47	1.26
819343--819397	27	2.0	27	89	0	83	49	12	25	12	1.76
821734--821800	31	2.1	31	83	8	80	59	0	2	37	1.13
821727--821800	29	2.5	30	78	12	73	58	0	2	39	1.13
821754--821823	29	2.4	29	81	13	74	58	0	2	38	1.13
821833--821879	16	2.9	16	75	15	51	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
821845--821906	20	2.8	22	80	16	74	54	0	0	45	0.99
822149--822178	14	2.1	14	93	0	51	66	0	3	30	1.07
823205--823254	3	16.7	3	100	0	100	66	0	34	0	0.92
824769--824797	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
825266--825290	13	1.9	13	100	0	50	40	4	0	56	1.18
825646--825675	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
828470--828517	24	1.9	26	80	16	57	33	0	6	60	1.22
829546--829592	25	1.9	25	86	4	69	25	34	4	36	1.76
829827--829858	12	2.6	12	95	5	55	75	0	0	25	0.81
832707--832766	22	2.9	22	80	7	72	60	0	0	40	0.97
832718--832781	10	6.3	10	79	15	69	60	0	0	39	0.97
832717--832809	30	3.2	29	78	17	95	60	1	0	38	1.04
832718--832816	20	4.9	21	78	13	93	60	1	0	38	1.04
832717--832791	10	7.9	9	78	20	57	61	0	0	38	0.96
832760--832822	17	3.8	17	79	12	58	61	3	0	34	1.12
833019--833070	14	3.6	14	77	10	50	36	0	0	63	0.95
833012--833137	8	15.1	8	67	19	53	35	1	0	62	1.05
833005--833055	22	2.3	22	80	6	59	33	0	0	66	0.92
833031--833138	18	6.4	16	73	18	69	37	1	0	61	1.07
833026--833088	32	2.0	31	84	3	81	39	0	0	60	0.97
833012--833138	17	7.6	17	71	17	88	36	1	0	62	1.05
833639--833694	27	2.1	26	90	9	87	62	3	3	30	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
833736--833787	18	2.9	17	73	18	52	55	0	0	44	0.99
833761--833974	6	35.2	6	66	21	81	61	3	0	34	1.20
833885--833960	11	6.8	12	73	19	67	65	0	0	34	0.93
833885--833960	16	5.0	16	83	13	81	65	0	0	34	0.93
833907--833978	22	3.5	19	75	18	65	68	1	0	30	0.99
833888--833978	42	2.1	42	82	15	107	65	1	0	32	1.00
834329--834361	16	2.1	16	88	11	50	45	0	0	54	0.99
834324--834374	22	2.3	23	83	10	70	45	0	0	54	0.99
834413--834444	15	2.0	17	88	11	50	40	0	0	59	0.97
834400--834446	16	2.9	17	78	18	55	44	0	0	55	0.99
834478--834510	16	2.1	16	88	11	50	57	0	0	42	0.98
835562--835597	14	2.6	14	95	0	63	44	0	36	19	1.51
835694--836580	442	2.0	442	99	0	1738	36	15	11	36	1.85
839903--839936	12	2.8	12	86	4	50	79	0	0	20	0.73
842522--842569	24	1.9	26	80	16	57	33	0	6	60	1.22
843598--843644	25	1.9	25	86	4	69	25	34	4	36	1.76
843879--843910	12	2.6	12	95	5	55	75	0	0	25	0.81
846123--846153	10	3.1	10	95	0	53	45	0	0	54	0.99
849533--849599	34	2.0	34	85	5	91	41	0	0	58	0.98
849722--849754	16	2.0	17	88	5	50	27	0	3	69	1.03
850304--850338	11	3.5	10	88	11	54	62	0	0	37	0.95
850283--850356	22	3.4	22	77	9	62	58	2	0	39	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
850314--850379	10	6.7	10	72	20	59	56	1	1	40	1.18
850292--850352	22	2.9	20	80	9	68	60	3	0	36	1.13
850343--850380	17	2.2	17	86	9	51	57	0	2	39	1.12
850578--850621	18	2.4	18	80	3	52	34	0	2	63	1.07
850601--850683	21	3.9	22	73	24	79	40	1	0	57	1.06
851262--851337	28	2.9	25	76	19	75	50	0	2	47	1.15
851280--851327	8	5.3	9	79	16	55	54	0	0	45	0.99
851278--851332	28	2.0	28	100	0	110	49	0	0	50	1.00
851280--851338	28	2.1	28	90	3	91	52	0	0	47	1.00
851466--851510	17	2.5	18	82	10	56	62	0	2	35	1.08
851442--851525	30	2.8	31	79	15	88	59	1	2	36	1.18
851857--851902	21	2.2	20	80	3	56	63	6	2	28	1.31
851878--851947	34	2.0	35	81	8	81	51	2	1	44	1.25
851905--851957	27	2.0	27	85	7	72	56	0	0	43	0.99
851953--851989	19	1.9	19	89	10	58	62	0	0	37	0.96
854353--854386	9	3.8	9	100	0	68	35	0	0	64	0.94
855060--855111	22	2.5	21	84	6	61	34	1	0	63	1.06
855076--855110	17	2.1	16	89	5	52	31	0	0	68	0.90
855078--855116	20	1.9	21	89	5	62	33	0	0	66	0.92
855157--855205	23	2.1	23	85	7	64	28	2	8	61	1.36
855418--855449	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
855517--855585	23	3.0	23	83	10	70	57	0	1	40	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
855556--855650	28	3.1	31	73	16	90	57	0	0	42	0.98
855556--855641	16	5.8	15	68	20	56	56	0	0	43	0.99
855579--855650	20	3.6	19	72	17	56	56	0	0	43	0.99
855571--855621	26	1.9	27	88	4	77	54	0	0	45	0.99
855621--855669	19	2.6	19	83	0	62	59	2	0	38	1.09
856770--856805	18	1.9	19	88	5	56	44	0	2	52	1.15
856765--856809	19	2.3	20	81	11	58	44	0	2	53	1.13
856823--856849	14	1.9	14	100	0	54	25	7	0	66	1.17
857171--857204	14	2.4	14	90	0	50	50	0	0	50	1.00
857919--857978	18	3.5	17	71	19	54	33	0	0	66	0.92
857928--857981	17	3.4	17	73	17	53	37	0	0	62	0.95
858285--858314	15	2.0	15	93	0	51	53	3	3	40	1.34
860176--860211	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
860584--860627	17	2.6	18	85	10	65	52	0	0	47	1.00
861704--861735	16	2.0	16	93	0	55	40	6	15	37	1.73
863173--863206	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
863446--863494	22	2.2	23	81	3	55	51	2	0	46	1.12
864148--864214	21	3.3	21	71	12	59	55	4	1	38	1.29
864665--864690	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
865057--865111	25	2.2	24	83	3	65	34	3	1	60	1.25
865614--865675	34	1.9	31	83	9	79	41	1	1	54	1.19
866066--866102	15	2.2	18	86	13	53	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
866431--866470	20	2.0	21	85	5	55	60	2	0	37	1.11
868028--868083	29	2.0	28	86	10	78	21	5	3	69	1.24
870865--870904	21	1.9	21	89	0	62	65	0	0	35	0.93
871948--871980	17	1.9	18	88	11	52	9	15	3	72	1.21
880434--880459	7	3.7	7	100	0	52	42	0	0	57	0.98
880456--880488	17	1.9	17	88	11	50	42	0	0	57	0.98
882292--882326	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
882325--882355	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
882513--882604	14	6.6	14	68	10	55	34	0	1	64	1.01
882517--882609	21	4.7	19	65	17	55	34	0	1	64	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32