genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6198200

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138329--138572	55	4.3	55	89	6	366	28	29	20	21	1.98
136911--139165	582	3.9	568	82	12	2493	26	30	20	23	1.98
138329--138575	115	2.2	110	89	6	372	27	29	21	21	1.99
138593--138778	55	3.4	55	92	4	331	27	29	22	20	1.98
138648--138926	148	1.9	148	93	4	483	26	30	21	21	1.98
138384--138982	203	2.9	203	94	1	1027	26	30	20	22	1.98
138796--139334	55	9.3	56	80	13	594	26	28	21	24	1.99
138792--139334	117	4.7	117	87	8	763	25	28	20	24	1.99
138792--139334	239	2.3	226	86	9	763	25	28	20	24	1.99
140095--140213	26	4.6	26	95	0	193	50	10	27	11	1.71
140201--140303	50	2.1	50	98	0	197	44	14	25	15	1.84
140584--140768	18	9.8	18	68	15	97	30	37	23	8	1.85
140570--140768	55	3.8	55	71	16	163	31	37	22	8	1.84
140647--140742	43	2.2	43	96	0	174	32	38	21	7	1.81
140647--140766	43	2.8	43	85	0	123	31	38	22	7	1.82
141746--142291	79	6.9	79	91	0	797	27	25	14	32	1.94
142224--142358	51	2.6	52	76	10	134	28	23	11	36	1.90
144333--144369	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
144997--145037	16	2.7	15	82	17	57	43	4	0	51	1.23
145000--145034	15	2.3	15	90	9	54	40	5	0	54	1.24
145223--145255	16	2.1	16	88	5	50	33	0	0	66	0.92
146821--146860	21	1.9	21	85	10	55	52	0	5	42	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147196--147255	31	1.9	31	82	0	75	56	8	6	28	1.54
149177--149226	14	3.5	14	83	10	57	28	0	0	72	0.86
149201--149234	16	2.1	16	88	0	50	38	0	0	61	0.96
149214--149260	25	1.9	24	91	4	76	46	0	0	53	1.00
149935--149978	22	2.1	21	87	8	63	47	6	4	40	1.50
149935--149978	21	2.1	21	84	12	56	47	6	4	40	1.50
150112--150151	21	1.9	21	85	10	55	42	0	0	57	0.98
150181--150230	20	2.5	20	87	6	75	60	6	0	34	1.21
150181--150240	20	3.0	19	77	22	61	58	5	0	36	1.20
155246--155272	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
155595--155627	16	2.1	16	94	0	57	9	24	36	30	1.86
156077--156110	17	2.0	17	88	0	50	8	44	0	47	1.34
157903--158014	55	2.0	55	98	0	215	25	16	19	38	1.93
160171--160227	19	2.9	19	87	7	80	42	3	1	52	1.28
162052--162098	24	2.0	23	83	4	58	8	4	8	78	1.07
162446--162484	3	13.0	3	91	0	60	35	2	0	61	1.10
163584--163621	13	3.0	13	84	7	51	28	0	7	63	1.23
164370--164451	23	3.6	22	76	12	85	39	0	1	59	1.05
164365--164461	46	2.1	46	94	3	169	42	0	1	56	1.06
164385--164459	23	3.3	23	77	7	98	45	0	0	54	0.99
164472--164506	15	2.3	15	90	9	54	37	0	0	62	0.95
164473--164522	23	2.2	23	85	7	66	34	0	2	64	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164896--164927	10	3.1	11	91	8	50	43	0	0	56	0.99
166065--166099	16	2.2	16	89	0	52	42	0	5	51	1.25
166670--166708	19	2.1	19	85	9	53	41	15	0	43	1.46
166696--166749	22	2.5	22	78	6	56	35	14	1	48	1.55
167830--167880	26	2.0	26	96	0	93	33	11	7	47	1.69
169246--169487	105	2.3	104	82	2	270	44	6	5	43	1.54
169246--169513	104	2.5	104	79	7	281	45	6	5	42	1.54
171300--171330	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
173959--173983	10	2.5	10	100	0	50	0	0	8	92	0.40
176092--176194	25	4.0	26	70	17	83	51	0	1	45	1.19
176692--176766	12	5.5	14	79	17	70	29	5	0	65	1.15
177066--177107	22	1.9	22	90	9	68	38	0	0	61	0.96
177078--177148	33	2.1	34	82	10	83	52	0	0	47	1.00
177476--177519	18	2.5	18	82	10	56	50	0	2	47	1.13
180317--180343	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
183276--183301	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
183532--183571	21	1.9	21	94	0	71	37	0	2	60	1.11
183834--183888	21	2.7	20	78	13	58	27	0	7	65	1.19
184217--184284	2	34.5	2	86	2	84	47	5	0	47	1.26
184913--184987	2	38.5	2	77	5	64	52	10	0	37	1.37
184911--184965	23	2.4	23	93	0	92	52	10	0	36	1.37
184908--184985	27	2.9	28	90	5	124	51	12	0	35	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184908--184988	31	2.6	31	90	3	128	51	12	0	35	1.39
184933--184979	23	2.0	23	87	0	67	53	14	0	31	1.42
186720--186765	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
187652--187694	21	2.0	22	86	4	61	51	0	0	48	1.00
187695--187744	22	2.3	22	86	6	66	54	2	0	44	1.11
188578--188615	19	2.0	19	94	0	67	55	0	0	44	0.99
188600--188638	13	3.2	13	89	10	57	56	0	0	43	0.99
188598--188641	13	3.6	12	82	11	54	56	0	0	43	0.99
190714--190757	17	2.6	17	83	13	56	45	0	2	52	1.13
190851--190893	21	2.0	21	86	8	61	48	0	0	51	1.00
192020--192083	21	2.9	22	77	11	69	40	1	6	51	1.36
192576--192650	29	2.6	30	77	14	77	40	2	8	49	1.46
192838--192885	21	2.5	20	83	10	55	43	4	2	50	1.33
193221--193265	15	2.9	15	83	3	54	53	13	2	31	1.52
193459--193497	17	2.3	18	86	8	55	66	7	2	23	1.30
194653--194682	13	2.3	13	100	0	60	73	6	0	20	1.05
194858--194884	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
200421--200450	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
200844--200871	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
206405--206469	32	2.0	33	84	3	87	72	1	16	9	1.18
210460--210507	18	2.7	18	83	0	60	47	8	0	43	1.33
211941--211986	16	2.9	15	82	17	58	13	15	0	71	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215445--215574	8	14.9	9	64	18	51	35	2	2	60	1.22
216137--216171	2	18.0	2	88	5	54	48	2	0	48	1.16
218852--218886	9	3.9	9	88	11	54	91	0	5	2	0.50
218851--218886	17	2.1	17	94	0	63	91	0	5	2	0.49
219317--219356	18	2.3	17	86	4	53	40	0	0	60	0.97
219347--219417	30	2.4	30	79	11	83	49	1	5	43	1.35
222240--222286	3	15.7	3	100	0	94	65	0	0	34	0.93
222640--222678	19	2.1	19	85	9	53	48	0	0	51	1.00
225513--225556	22	2.0	23	81	4	54	56	0	0	43	0.99
225526--225570	23	2.0	23	86	8	65	46	0	0	53	1.00
225520--225581	14	4.1	15	75	24	60	48	0	0	51	1.00
229352--229394	2	21.5	2	95	0	77	48	2	48	0	1.14
238661--238713	21	2.5	20	79	8	61	39	0	0	60	0.97
238667--238711	22	2.0	22	91	0	72	35	0	0	64	0.94
238940--238989	19	2.9	18	80	14	61	30	0	4	66	1.10
238941--239010	28	2.6	26	76	15	70	32	0	2	64	1.08
238975--239015	20	2.0	20	86	9	57	41	0	0	58	0.98
239187--239244	7	7.2	8	75	19	50	34	0	0	65	0.93
239189--239263	16	4.8	17	73	16	65	34	1	1	62	1.12
239187--239265	23	3.3	25	75	20	87	35	1	1	62	1.12
239188--239265	19	4.3	18	72	18	56	34	1	1	62	1.11
239827--239870	22	2.0	22	86	8	63	45	2	0	52	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240048--240075	6	4.7	6	100	0	56	85	0	14	0	0.59
240430--240462	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
240750--240800	21	2.5	20	81	15	52	50	0	0	49	1.00
241057--241124	22	3.0	22	74	8	73	63	0	1	35	1.04
241293--241343	14	3.6	14	79	7	59	62	0	1	35	1.06
243558--243591	15	2.1	16	89	10	52	44	8	11	35	1.72
244598--244742	70	2.1	70	100	0	290	46	5	9	37	1.60
247692--247739	15	3.1	15	77	17	53	64	0	0	35	0.94
247709--247777	28	2.4	31	83	9	83	57	0	1	40	1.07
253832--253870	11	3.3	11	83	16	51	76	2	2	17	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32