genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6198200

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2403048--2403146	49	2.0	49	100	0	198	36	10	12	41	1.76
2407530--2407578	20	2.3	22	79	6	57	48	2	0	48	1.12
2407503--2407587	30	2.7	31	77	17	79	50	1	0	48	1.08
2408176--2408250	25	2.9	25	76	9	80	36	0	2	61	1.10
2408719--2408751	17	1.9	17	88	11	50	63	3	0	33	1.10
2412125--2412170	21	2.1	23	92	8	78	47	2	10	39	1.51
2414361--2414399	12	3.2	12	85	7	60	56	2	2	38	1.27
2416268--2416313	14	3.2	14	85	14	67	56	0	0	43	0.99
2416269--2416313	15	3.0	16	72	27	53	55	0	0	44	0.99
2416264--2416308	20	2.2	20	84	11	56	55	0	0	44	0.99
2417233--2417280	17	2.9	17	84	3	62	43	0	0	56	0.99
2417236--2417285	26	2.0	24	92	7	82	42	0	0	58	0.98
2417233--2417316	15	5.8	15	75	22	81	46	2	0	51	1.14
2425940--2426005	28	2.5	26	75	17	64	45	0	0	54	0.99
2426960--2426993	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
2439952--2439985	16	2.1	17	88	5	52	76	0	0	23	0.79
2440543--2440582	20	2.0	20	85	0	53	52	0	0	47	1.00
2440664--2440711	24	2.0	24	83	0	60	58	4	2	35	1.29
2443781--2443805	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
2444651--2444846	92	2.1	92	86	1	268	28	4	8	58	1.46
2446946--2446984	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
2451049--2451080	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2452095--2452218	9	14.0	9	69	13	53	54	1	0	43	1.15
2452226--2452303	23	3.5	23	69	22	76	47	0	15	37	1.46
2452209--2452308	43	2.3	43	91	5	168	49	0	12	39	1.40
2455651--2455679	15	2.0	15	93	6	51	79	6	6	6	1.06
2461510--2461754	131	1.9	131	83	5	318	47	20	9	22	1.79
2463763--2463790	1	28.0	1	100	0	56	0	100	0	0	0.00
2470314--2470344	3	10.3	3	92	0	53	29	3	0	67	1.06
2475893--2475928	12	3.0	12	87	0	54	41	0	8	50	1.33
2476507--2476531	3	8.3	3	100	0	50	64	0	36	0	0.94
2479032--2479065	2	17.0	2	87	0	50	44	0	5	50	1.26
2479032--2479065	10	3.4	10	95	0	59	44	0	5	50	1.26
2479039--2479149	20	5.6	20	73	13	95	36	2	12	47	1.56
2479096--2479141	4	11.5	4	95	0	65	32	0	17	50	1.47
2479039--2479152	60	1.9	60	85	3	158	36	3	12	47	1.58
2480231--2480264	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
2482577--2482638	29	2.2	28	83	13	74	33	6	12	46	1.68
2483507--2483548	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
2485493--2485517	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
2486037--2486081	22	2.0	22	83	8	56	55	0	0	44	0.99
2487707--2487732	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2487769--2487799	5	6.2	5	100	0	62	0	19	0	80	0.71
2490558--2490607	18	2.9	18	75	16	52	56	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2490836--2490870	18	1.9	18	94	0	61	57	2	2	37	1.29
2490954--2491048	17	5.5	17	68	20	56	57	0	0	42	0.98
2490966--2491048	17	4.6	17	68	16	60	57	0	0	42	0.98
2490964--2491046	29	3.0	26	77	14	78	56	0	0	43	0.99
2491670--2491761	22	3.9	22	67	25	62	47	0	0	52	1.00
2491711--2491759	26	1.9	25	84	12	64	51	0	0	48	1.00
2491683--2491780	50	2.0	50	82	11	121	50	0	0	50	1.00
2491750--2491800	24	2.1	24	85	7	68	50	0	0	49	1.00
2492458--2492492	17	2.1	17	94	0	61	31	8	0	60	1.27
2493397--2493434	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2494267--2494300	2	17.0	2	93	0	59	47	0	50	2	1.16
2499526--2499574	17	2.9	18	75	19	52	46	0	0	53	1.00
2499549--2499580	14	2.4	14	90	10	50	43	0	0	56	0.99
2499572--2499621	21	2.4	20	80	6	55	58	0	0	42	0.98
2499543--2499644	47	2.2	45	81	13	118	53	0	0	46	1.00
2500584--2500667	23	3.7	23	74	13	75	25	1	1	72	0.99
2500595--2500646	17	3.1	17	73	15	54	26	0	0	73	0.84
2500583--2500658	11	7.0	11	75	20	63	26	0	0	73	0.83
2500750--2500793	12	3.9	12	82	14	58	29	0	0	70	0.88
2501360--2501452	11	8.8	11	72	19	56	29	2	3	65	1.20
2501353--2501430	27	3.0	26	75	18	74	28	1	3	66	1.17
2501480--2501521	17	2.4	18	84	11	61	54	4	0	40	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2506088--2506193	39	2.7	39	86	0	149	35	17	24	21	1.95
2513572--2513620	22	2.4	22	80	10	59	55	2	0	42	1.11
2513633--2513667	17	2.0	18	88	5	54	37	0	0	62	0.95
2514074--2514161	30	3.0	29	78	18	94	48	1	0	50	1.08
2514074--2514143	27	2.5	27	84	15	81	47	1	0	51	1.09
2514148--2514198	22	2.3	23	89	3	77	50	0	0	49	1.00
2514195--2514243	24	2.1	23	85	11	64	36	2	0	61	1.08
2514499--2514525	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
2514949--2514977	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2516988--2517032	10	4.3	10	86	10	63	48	6	0	44	1.29
2516988--2517037	6	8.3	6	84	0	64	48	6	2	44	1.39
2519470--2519533	19	3.3	19	72	14	60	46	1	1	50	1.20
2519458--2519541	20	4.6	19	70	25	65	50	1	1	47	1.16
2522272--2522314	17	2.5	18	81	11	54	46	2	0	51	1.13
2522417--2522460	21	2.0	22	82	4	54	47	0	0	52	1.00
2522451--2522522	24	3.2	23	74	18	62	50	2	0	47	1.15
2524638--2524683	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
2525292--2525371	26	3.2	24	79	11	81	32	6	3	57	1.41
2525326--2525371	23	2.0	24	86	4	67	36	2	4	56	1.31
2526287--2527377	545	2.0	545	100	0	2182	30	18	14	36	1.91
2533612--2534106	167	3.0	167	98	0	940	50	22	6	21	1.70
2537231--2537274	23	1.9	23	90	0	70	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2543458--2543502	6	7.5	6	89	0	63	20	33	4	42	1.72
2543474--2543511	18	2.1	18	90	0	58	26	31	0	42	1.56
2543513--2543573	2	30.5	2	96	0	68	40	0	9	49	1.36
2546083--2546127	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
2546259--2546287	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2550590--2550635	2	23.0	2	100	0	92	50	0	50	0	1.00
2551395--2551420	12	2.2	12	100	0	52	30	19	7	42	1.79
2553643--2553718	25	3.2	24	73	14	68	61	2	5	30	1.31
2554952--2555091	50	2.8	50	86	0	181	32	16	19	31	1.94
2554949--2555112	50	3.3	50	81	5	170	32	15	19	32	1.93
2555275--2555299	13	1.9	13	100	0	50	16	0	0	84	0.63
2558445--2558480	5	7.6	5	93	6	58	61	38	0	0	0.96
2562049--2562083	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2562487--2562520	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
2562976--2563014	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2563819--2563843	3	8.3	3	100	0	50	32	0	32	36	1.58
2567309--2567351	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
2568093--2568122	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2569640--2569722	29	2.9	30	80	8	84	42	2	0	55	1.13
2571013--2571039	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
2572915--2572995	32	2.9	27	76	18	83	43	0	0	56	0.99
2572889--2573047	38	4.2	38	69	22	95	38	0	0	60	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2572920--2572984	32	2.0	33	90	3	105	43	0	0	56	0.99
2572984--2573083	11	9.4	10	76	13	85	36	1	1	62	1.09
2572984--2573083	5	18.8	5	76	15	85	36	1	1	62	1.09
2572980--2573061	21	3.7	21	76	18	69	36	1	0	62	1.03
2573268--2573297	14	2.1	15	93	6	53	33	0	6	60	1.23
2573703--2573755	17	3.2	16	79	15	63	28	0	1	69	0.99
2573709--2573758	12	4.5	11	76	16	50	28	0	0	72	0.86
2575022--2575077	29	1.9	29	85	0	76	58	0	7	33	1.25
2576942--2576972	16	1.9	16	93	0	53	58	0	0	41	0.98
2580460--2580485	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32