genome.fa.s33.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold33
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2032796

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2828--2967	52	2.7	52	88	2	192	44	13	12	30	1.80
3561--3667	47	2.2	48	85	1	144	35	14	12	37	1.84
3806--3855	22	2.3	21	80	12	57	20	32	0	48	1.50
6161--6219	21	2.8	21	78	0	73	38	11	13	35	1.82
6276--6341	20	3.3	20	81	10	66	45	12	7	34	1.70
6289--6341	19	2.8	18	86	11	70	45	9	7	37	1.65
9753--10072	144	2.1	153	80	8	343	40	14	10	35	1.80
11417--11491	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
11417--11494	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
23429--23463	11	3.0	11	84	15	52	88	11	0	0	0.51
23430--23473	13	3.4	12	87	12	61	86	9	2	2	0.75
24695--25710	32	32.2	32	94	2	1575	31	34	18	16	1.92
25780--25898	49	2.4	49	98	0	229	18	29	19	32	1.96
26287--26361	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
26287--26364	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
32881--33421	42	13.0	42	75	9	342	43	12	22	21	1.86
32946--33415	122	3.8	122	77	10	398	42	12	23	21	1.87
33399--34702	61	21.4	61	77	9	1030	34	19	20	26	1.96
33399--34674	124	10.5	122	78	8	732	34	19	20	25	1.96
33399--34701	240	5.4	241	78	7	1136	34	19	20	26	1.96
34720--34891	30	5.7	30	80	2	164	30	14	30	25	1.95
34720--34891	61	2.8	60	86	1	200	30	14	30	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36013--36056	23	1.9	23	90	0	70	4	15	13	65	1.41
40879--40995	51	2.3	51	86	0	153	41	11	20	27	1.86
40970--41272	80	3.8	79	73	12	253	37	12	21	28	1.90
40926--41273	79	4.4	79	74	9	269	37	12	21	27	1.90
40926--41295	158	2.3	158	79	6	401	38	12	21	28	1.89
43644--43697	20	2.6	21	85	2	74	31	16	12	38	1.87
43624--43697	21	3.6	21	80	7	80	29	16	14	39	1.88
45019--45053	14	2.5	14	90	9	54	0	28	0	71	0.86
45367--45418	26	2.0	26	100	0	104	50	19	11	19	1.77
45589--46001	160	2.5	160	81	6	431	49	8	12	29	1.70
45685--46001	160	2.0	160	87	3	460	51	7	11	29	1.66
57058--57344	149	1.9	150	84	4	384	36	11	12	39	1.79
67034--67058	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
67012--67078	32	2.1	33	88	8	102	32	13	17	35	1.89
67110--67162	20	2.6	21	87	3	72	24	16	16	41	1.89
67150--67174	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
69146--69197	20	2.5	20	84	9	59	3	23	50	23	1.66
69652--69684	17	1.9	17	93	0	57	3	3	0	93	0.39
69849--69891	1	43.0	1	80	0	50	4	4	0	90	0.54
69849--69892	20	2.3	19	92	4	70	6	4	0	88	0.62
69849--69891	13	3.2	13	90	6	68	4	4	0	90	0.54
70116--70161	1	46.0	1	82	0	56	6	2	0	91	0.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70116--70166	19	2.6	19	84	3	75	7	3	0	88	0.63
70308--70373	25	2.7	23	74	19	64	56	4	19	19	1.59
70807--70837	1	31.0	1	93	0	53	3	0	0	96	0.21
70795--70837	22	2.0	22	90	0	68	6	0	2	90	0.52
70839--70884	23	2.1	21	84	8	56	73	4	13	8	1.21
70949--70989	1	41.0	1	85	0	55	0	4	2	92	0.44
71168--71196	12	2.3	13	94	5	51	0	58	0	41	0.98
71499--71559	26	2.4	25	81	5	70	78	4	4	11	1.06
71505--71559	22	2.5	20	81	18	65	78	3	5	12	1.06
71544--71573	14	2.2	13	94	5	51	76	3	6	13	1.11
71872--71916	23	2.0	23	90	0	72	75	0	8	15	1.03
72022--72055	16	2.1	16	88	0	50	0	29	0	70	0.87
72084--72118	18	1.9	18	88	11	54	74	14	5	5	1.19
72878--72918	18	2.3	18	86	0	55	2	34	2	60	1.23
72914--72946	11	3.1	11	91	4	50	0	3	3	93	0.39
72977--73023	24	1.9	25	82	4	60	2	17	6	74	1.12
73239--73292	22	2.5	22	84	3	74	0	14	12	72	1.13
73310--73349	19	2.1	19	85	0	53	0	22	0	77	0.77
73642--73681	21	1.9	21	85	10	55	2	10	7	80	1.00
78487--78529	3	14.3	3	90	0	68	27	34	0	37	1.57
80134--80158	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
80111--80177	33	2.1	33	86	8	93	32	14	16	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80210--80262	20	2.6	21	87	3	72	24	16	16	41	1.89
80250--80274	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
81075--81309	129	1.8	129	84	3	321	42	12	11	33	1.79
82076--82112	10	3.5	11	82	10	51	13	10	0	75	1.04
82761--83687	166	5.6	167	84	5	1075	51	8	11	27	1.67
82761--83646	331	2.7	332	85	4	1105	52	8	11	26	1.67
99722--99788	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
100243--100268	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
100996--101042	23	2.0	23	100	0	94	51	12	4	31	1.59
102296--102320	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
105432--105498	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
105955--105980	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
105935--106044	41	3.1	34	78	20	125	27	16	13	42	1.85
105968--106042	21	3.6	21	81	3	107	28	18	12	41	1.86
105987--106060	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
105968--106060	41	2.3	41	100	0	186	29	19	12	38	1.89
106828--106874	16	2.8	17	84	12	62	74	6	10	8	1.22
106849--106897	20	2.5	19	78	12	55	73	6	12	8	1.24
107369--107394	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
112865--112903	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
113024--113069	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
119913--119952	19	2.1	19	85	0	53	55	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120191--120318	65	2.0	63	89	6	195	36	25	15	21	1.93
122003--122027	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
122039--122075	18	2.1	17	90	5	56	62	0	2	35	1.10
122721--122759	11	3.6	11	82	6	53	23	10	0	66	1.22
124197--124267	20	3.5	20	100	0	142	35	14	11	39	1.81
130446--130534	27	3.5	27	77	13	109	31	7	4	56	1.48
130446--130544	24	4.0	24	80	7	126	30	7	4	58	1.43
133547--133591	23	2.0	23	82	8	56	55	2	4	37	1.32
135857--135887	15	2.0	16	93	6	55	51	6	6	35	1.53
138913--138954	21	2.0	21	90	4	66	11	7	0	80	0.88
152291--152406	52	2.2	52	90	3	180	28	15	28	27	1.96
152309--152424	52	2.2	52	81	3	144	31	15	26	25	1.96
170717--170775	27	2.2	27	100	0	118	28	8	6	55	1.55
171047--171075	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
172444--172487	22	2.0	22	86	0	61	25	13	11	50	1.75
172531--172569	17	2.3	17	86	8	53	76	7	10	5	1.13
173027--173062	3	12.0	3	93	0	63	66	2	0	30	1.06
173354--173398	4	11.2	4	95	0	72	55	0	20	24	1.43
177334--177459	20	5.8	20	72	18	99	45	11	12	30	1.78
179336--179414	32	2.5	33	77	8	83	7	18	30	43	1.78
179355--179415	16	3.9	15	81	12	68	4	19	32	42	1.73
179431--179460	16	1.9	15	93	6	51	16	10	33	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183026--183066	2	21.5	2	90	9	68	51	0	0	48	1.00
183025--183072	10	4.4	11	85	15	64	52	0	2	45	1.12
185050--185078	3	10.0	3	92	7	51	68	0	0	31	0.89
187831--187885	13	3.8	13	75	25	56	36	14	16	32	1.89
187807--187904	19	5.8	18	69	28	81	34	12	16	36	1.86
187809--187906	32	3.0	32	95	1	169	35	12	16	35	1.86
187978--188106	52	2.5	52	97	0	240	36	17	17	28	1.93
193608--193660	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
193712--193737	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
193692--193759	33	2.1	33	88	2	102	36	14	13	35	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13