genome.fa.s33.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold33
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2032796

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
766617--766799	31	5.8	31	79	10	167	30	17	29	22	1.97
767804--767845	14	3.2	13	83	13	50	0	16	2	80	0.81
768405--768532	52	2.5	52	94	3	224	30	17	17	33	1.94
768541--768565	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
768606--768672	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
768628--768652	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
771723--771774	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
771731--771816	19	4.7	19	72	20	76	37	16	12	33	1.87
771723--771795	32	2.3	32	97	0	137	35	17	12	34	1.88
775393--775419	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
777408--777433	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
779651--779695	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
781499--781529	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
783545--783624	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
783610--783648	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
783769--783815	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
783771--783813	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
786176--786201	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
786896--786952	21	2.7	21	100	0	114	40	10	14	35	1.80
786990--787056	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
787010--787034	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
787104--787128	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
787117--787257	52	2.7	51	89	4	219	33	17	17	31	1.94
795540--795656	30	3.8	30	83	10	137	22	31	16	29	1.95
795621--796329	71	10.1	71	84	7	937	19	34	12	33	1.89
795660--796367	141	5.0	140	84	7	991	20	34	12	32	1.90
795629--796367	283	2.6	283	99	0	1444	20	35	12	32	1.90
795621--796327	212	3.3	210	84	7	925	19	34	12	33	1.89
796334--796399	33	2.0	34	96	3	125	27	37	18	16	1.92
796399--797511	49	22.7	49	86	4	1505	24	26	17	31	1.97
797241--797511	92	2.9	92	95	1	470	25	25	18	31	1.97
798374--798430	21	2.7	21	100	0	114	40	10	14	35	1.80
798468--798534	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
798488--798512	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
798581--798605	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
798594--798734	52	2.7	51	89	4	219	33	17	17	31	1.94
802791--802866	20	3.8	20	91	1	100	31	18	15	34	1.92
804044--804130	34	2.5	33	72	16	88	42	0	0	57	0.98
804102--804139	19	2.1	18	90	5	58	39	0	0	60	0.97
804176--804256	40	2.0	40	81	6	94	46	0	2	50	1.14
805189--805241	21	2.4	21	81	6	61	50	0	1	47	1.12
805189--805235	22	2.1	23	84	4	60	48	0	2	48	1.13
808349--808381	12	2.8	12	100	0	66	6	24	0	69	1.10
809400--809482	38	2.2	38	82	2	114	33	15	9	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
812189--812250	27	2.3	26	81	10	63	43	3	1	51	1.27
812202--812268	25	2.6	26	79	9	66	40	2	1	55	1.24
812408--812479	22	3.3	22	72	18	69	43	1	2	52	1.24
812543--812584	8	5.2	8	85	8	50	45	0	0	54	0.99
812546--812584	15	2.4	16	83	8	53	46	0	0	53	1.00
813975--813999	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
814046--814070	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
814079--814207	52	2.5	52	94	0	222	35	17	17	30	1.92
823590--824497	28	31.6	28	82	5	931	24	17	26	31	1.97
823585--824680	56	19.2	56	81	7	936	25	16	27	30	1.97
824492--824782	28	10.6	27	81	7	284	31	14	29	25	1.95
824492--824782	55	5.3	54	85	4	300	31	14	29	25	1.95
824433--824782	83	4.2	83	80	7	350	30	14	29	25	1.95
834036--834188	79	1.9	79	86	0	216	30	26	11	31	1.92
834148--834218	28	2.5	28	90	0	106	26	30	15	26	1.96
834067--834261	107	1.8	107	86	8	290	28	26	13	31	1.94
834203--834317	51	2.3	51	83	6	144	33	23	8	34	1.86
834306--834374	28	2.4	29	83	9	81	24	28	15	30	1.96
836340--836365	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
836349--836405	19	2.9	19	84	2	78	31	19	17	31	1.95
836455--836503	13	4.2	13	70	24	54	32	12	20	34	1.90
836434--836503	34	2.1	33	92	7	115	32	12	21	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
838083--838107	12	2.1	12	100	0	50	40	0	36	24	1.55
842625--842653	13	2.2	13	100	0	58	27	13	17	41	1.87
843023--843092	22	3.4	21	73	18	76	37	2	32	27	1.72
843617--843642	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
843626--843682	19	2.9	19	84	2	78	31	19	17	31	1.95
843732--843780	13	4.2	13	70	24	54	32	12	20	34	1.90
843711--843780	34	2.1	33	92	7	115	32	12	21	32	1.91
844894--844958	32	2.0	33	87	3	96	27	16	15	40	1.89
845029--845056	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
846417--846525	49	2.3	48	85	6	143	31	16	29	22	1.96
846602--847694	28	38.6	28	83	4	1235	23	17	27	31	1.97
846597--847987	84	16.5	84	83	6	1249	25	16	28	29	1.97
847679--847998	28	11.6	27	86	5	394	30	15	30	24	1.95
847679--847987	55	5.6	54	82	10	365	30	15	30	23	1.95
847679--848004	83	3.9	82	86	4	431	30	14	30	24	1.95
849330--849384	22	2.5	22	85	5	67	5	12	5	76	1.13
849359--849402	16	2.8	16	83	16	56	4	15	9	70	1.30
859010--859049	17	2.4	17	91	0	62	47	17	17	17	1.83
859033--859280	80	3.1	78	81	7	252	33	11	27	28	1.92
860677--860735	19	3.1	19	90	4	100	44	10	23	22	1.83
861750--861789	20	2.0	21	90	5	64	35	15	15	35	1.88
861903--861953	20	2.5	20	83	3	57	37	27	11	23	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
861944--861992	21	2.3	21	96	0	89	28	24	16	30	1.96
866491--866526	17	2.1	17	89	0	54	52	19	8	19	1.70
866865--866933	21	3.3	21	81	4	95	26	15	20	37	1.93
869280--869625	189	1.8	189	93	1	604	35	17	9	37	1.82
870620--870714	19	5.7	18	72	27	93	33	12	16	36	1.87
870605--870722	32	3.7	32	96	0	218	33	13	16	37	1.87
870639--870695	13	3.9	13	76	24	60	35	14	15	35	1.88
870767--870791	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
874103--874133	7	4.4	7	100	0	62	12	25	0	61	1.32
874504--874622	33	3.6	33	77	4	107	36	12	13	37	1.83
874584--874759	97	1.8	97	85	2	246	36	13	9	40	1.77
878606--878663	26	2.4	24	81	13	73	41	10	17	31	1.83
878615--878672	26	2.2	26	93	0	98	41	8	18	31	1.81
880801--880853	20	2.6	21	88	5	74	33	16	11	37	1.85
884891--884965	3	25.0	3	100	0	150	66	0	0	33	0.92
885700--885751	17	3.2	17	82	15	58	65	0	0	34	0.93
890760--890819	28	2.1	29	82	14	72	30	13	8	48	1.71
890854--890905	17	3.2	17	82	15	58	65	0	0	34	0.93
894114--894185	27	2.7	27	95	0	135	27	16	18	37	1.92
895544--895583	16	2.5	16	92	8	64	37	12	0	50	1.41
897316--897425	13	10.2	12	67	30	79	31	15	15	37	1.89
897329--897445	19	6.7	19	72	23	114	31	14	16	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
897315--897423	32	3.4	32	97	0	209	32	15	14	37	1.88
897393--897445	20	2.7	20	91	2	81	30	13	18	37	1.89
897431--897564	43	3.4	42	66	23	117	26	18	20	34	1.96
897426--897598	76	2.3	76	93	1	294	29	17	19	34	1.94
904230--904268	20	1.9	21	84	5	53	15	38	28	17	1.91
905673--905749	22	3.6	21	87	3	100	37	3	33	24	1.74
910203--910299	49	2.0	49	100	0	194	22	15	18	43	1.88
910462--910528	20	3.7	20	70	29	69	32	19	17	29	1.95
910483--910507	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
910463--910527	33	2.0	33	93	6	114	30	20	18	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13