genome.fa.s33.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold33
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2032796

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200060--200100	22	2.0	20	86	13	57	31	21	4	41	1.74
200364--200415	20	2.4	21	84	9	61	19	48	26	5	1.71
201775--201818	21	2.0	21	86	4	61	36	2	29	31	1.70
202373--202425	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
202458--202509	20	2.7	20	90	3	79	38	15	13	32	1.86
203350--203445	24	3.9	24	84	9	131	31	8	2	58	1.39
203350--203437	27	3.5	26	86	7	114	32	7	2	56	1.41
206560--206587	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
209949--210007	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
210287--210312	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
210267--210330	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
210971--211349	79	4.8	78	81	4	377	33	15	24	26	1.95
210971--211350	158	2.4	159	80	5	439	33	15	25	26	1.95
211289--211412	50	2.5	50	84	4	142	38	12	20	28	1.89
214623--214914	154	1.9	156	83	4	385	27	18	15	39	1.90
215142--215495	159	2.3	159	82	4	416	25	16	17	40	1.90
216695--216822	63	2.0	63	82	4	152	25	5	14	54	1.61
217790--217828	20	1.9	21	94	5	71	20	20	20	38	1.94
220181--220205	12	2.1	12	100	0	50	36	0	16	48	1.46
220351--220378	13	2.2	13	100	0	56	28	14	14	42	1.84
224842--224867	3	8.7	3	100	0	52	30	34	0	34	1.58
225424--225700	20	12.8	20	71	17	178	29	13	14	42	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225423--225589	91	1.8	91	93	2	291	29	13	14	42	1.84
225428--225700	111	2.5	110	88	2	393	29	13	13	42	1.83
225534--225750	91	2.4	91	88	1	301	29	15	13	41	1.86
225573--225750	51	3.7	50	76	16	205	29	16	12	41	1.86
230432--230456	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
234693--234769	21	3.7	21	86	10	104	36	12	15	35	1.86
234805--234872	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
234807--234869	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
234826--234850	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
234912--234937	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
234892--234958	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
237395--237615	52	4.2	52	79	6	225	30	26	10	33	1.90
243966--244903	55	16.5	55	84	9	1071	26	28	20	24	1.99
243932--244927	115	8.7	114	85	6	1192	26	28	20	24	1.99
244224--244309	27	3.1	27	63	21	70	27	27	18	25	1.98
243966--244927	170	5.7	171	89	5	1260	26	28	20	24	1.99
245711--245778	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
245713--245775	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
245732--245756	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
245818--245843	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
245798--245863	32	2.0	33	88	2	98	25	15	15	43	1.85
247378--247600	52	4.3	52	78	6	193	29	25	11	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247425--247603	52	3.4	52	78	6	200	30	26	11	31	1.92
247679--247829	78	1.9	78	83	2	196	24	27	15	32	1.95
250670--250938	139	1.9	139	83	1	351	39	14	24	21	1.90
257286--257311	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
257266--257329	33	2.0	32	87	9	94	28	14	20	37	1.91
261545--261608	19	3.7	19	76	23	86	32	12	18	35	1.89
261546--261616	32	2.2	32	100	0	142	32	12	19	35	1.90
261565--261589	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
261597--261738	48	3.0	48	100	0	284	31	16	24	26	1.97
261756--261781	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
262295--262328	11	3.1	11	86	0	50	79	20	0	0	0.73
264131--264247	51	2.4	51	84	12	147	30	23	11	33	1.91
264229--264305	27	2.8	27	90	2	109	23	32	19	24	1.97
264258--264435	80	2.2	80	86	4	236	25	28	16	29	1.97
264369--264538	52	3.3	50	81	6	187	28	27	11	31	1.92
266754--266787	13	2.8	12	86	4	50	0	8	2	88	0.62
287390--287446	21	2.7	20	86	10	69	85	8	3	1	0.77
287391--287446	13	4.3	13	84	4	69	87	7	3	1	0.72
287391--287446	25	2.2	26	87	3	78	87	7	3	1	0.72
288461--288842	55	6.9	54	89	3	530	28	28	20	22	1.99
288623--288768	28	5.2	29	62	18	85	28	30	19	21	1.97
288611--288693	26	3.1	26	62	16	60	32	31	19	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
288710--288795	27	3.1	27	64	15	68	26	31	19	22	1.98
289662--289760	19	6.0	16	69	28	66	36	13	15	35	1.86
289665--289767	32	3.2	32	91	0	170	34	13	16	34	1.88
289684--289740	13	3.9	13	72	24	51	38	14	14	33	1.85
289791--289847	21	2.8	21	91	2	89	24	17	12	45	1.83
290350--290381	11	3.1	11	86	13	50	78	21	0	0	0.76
292164--292281	51	2.4	51	84	12	149	30	23	11	33	1.91
292263--292339	27	2.8	27	88	5	102	24	33	18	23	1.96
292292--292472	80	2.3	80	86	4	242	25	29	16	29	1.96
292403--292577	52	3.4	50	81	6	197	28	27	12	32	1.92
292548--292634	28	3.0	30	89	5	101	24	28	16	31	1.96
292560--292634	28	2.7	28	97	0	141	22	30	17	29	1.97
292560--292659	28	3.6	28	91	0	101	22	34	19	25	1.96
292613--292834	78	2.8	78	76	5	223	25	29	15	29	1.96
297940--297965	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
298025--298077	20	2.6	21	82	8	65	28	16	16	37	1.91
298065--298089	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
298101--298137	20	1.9	20	88	5	58	32	8	18	40	1.80
298402--298439	20	1.9	20	94	0	67	28	18	7	44	1.78
298462--298532	20	3.4	21	78	7	65	32	11	11	45	1.75
300111--300271	31	5.2	32	72	10	129	18	21	29	31	1.97
300099--300271	62	2.8	63	85	3	235	18	23	27	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
300245--300596	62	5.5	63	81	7	370	33	17	23	25	1.96
300244--300596	129	2.8	127	83	7	471	33	17	23	26	1.96
300571--300847	31	8.7	31	80	4	277	21	16	30	31	1.96
300571--300840	95	2.8	94	83	5	303	21	17	30	30	1.96
300902--301279	63	6.0	63	72	10	250	39	9	28	23	1.85
300954--301262	34	9.6	34	72	13	159	39	9	28	22	1.85
300973--301035	29	2.2	29	82	2	74	41	7	26	23	1.82
300941--301262	97	3.3	96	83	4	389	40	9	27	22	1.84
301071--301130	29	2.1	28	81	6	68	40	10	26	23	1.86
301168--301225	27	2.1	27	87	6	82	34	10	34	20	1.87
300857--301283	63	6.8	63	73	9	232	38	9	28	23	1.87
301167--301334	29	5.7	29	75	12	110	32	12	32	23	1.92
308310--308363	20	2.7	20	85	2	72	31	20	12	35	1.90
310942--310975	16	2.1	16	88	0	50	23	0	2	73	0.97
311991--312035	21	2.1	21	87	4	63	2	20	2	75	1.01
314460--314978	163	3.1	165	73	15	370	47	10	10	30	1.73
314858--315089	123	1.9	124	84	0	313	47	10	12	28	1.75
319786--319925	49	3.0	48	92	7	250	31	17	24	27	1.97
319943--319968	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
319923--319987	34	1.9	33	90	3	103	24	16	13	44	1.85
322334--322450	51	2.4	51	84	12	147	30	23	11	33	1.91
322432--322508	27	2.8	27	90	2	109	23	32	19	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
322572--322718	51	2.8	52	84	8	192	28	25	10	34	1.90
322572--322741	52	3.3	50	82	6	187	28	26	11	32	1.92
324958--324991	13	2.8	12	86	4	50	2	8	0	88	0.62
345595--345650	12	4.6	12	86	4	76	87	7	3	1	0.72
346665--347046	55	6.9	54	90	3	539	28	28	20	22	1.99
346827--346972	28	5.2	29	62	18	85	28	30	19	21	1.97
346815--346897	26	3.1	26	62	16	60	32	31	19	16	1.94
346914--346999	27	3.1	27	64	15	68	26	31	19	22	1.98
347867--347949	19	4.7	19	74	17	79	34	12	15	37	1.85
347868--347930	32	2.0	32	93	0	108	36	12	15	34	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13