genome.fa.s33.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold33
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2032796

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
543106--543148	22	1.9	23	85	4	61	41	0	2	55	1.12
543106--543171	25	2.6	26	71	20	66	46	0	1	51	1.10
544550--544584	14	2.6	14	90	4	54	51	0	0	48	1.00
544582--544627	16	2.8	17	83	3	67	32	0	0	67	0.91
544561--544627	33	2.0	34	85	8	93	38	0	0	61	0.96
544559--544628	17	4.1	17	75	10	63	40	0	0	60	0.97
548606--548680	20	3.8	20	80	0	96	33	13	12	41	1.81
548606--548683	40	2.0	39	89	2	120	33	12	12	41	1.82
555727--555774	14	3.1	16	80	20	57	72	10	12	4	1.24
557068--560421	58	58.6	55	82	7	1567	27	31	16	24	1.97
557068--561045	28	138.1	28	81	7	3082	27	30	17	24	1.97
557114--561040	321	12.4	312	83	7	3247	27	30	17	24	1.97
558176--561025	553	5.1	550	91	3	4027	28	30	17	22	1.97
561105--561224	49	2.5	48	82	5	129	21	25	20	32	1.97
565846--565910	19	3.8	18	73	24	68	32	9	16	41	1.80
565848--565918	32	2.2	32	92	0	115	32	9	18	39	1.83
566924--566962	20	2.0	20	89	0	60	23	17	12	46	1.83
572973--573020	7	6.5	8	81	13	50	85	14	0	0	0.60
572973--573022	15	3.4	15	84	10	68	86	14	0	0	0.58
572967--573021	8	7.4	8	75	21	57	83	14	0	1	0.73
574294--574667	31	11.9	31	84	10	433	22	28	16	32	1.96
574294--574667	63	5.9	63	82	9	451	22	28	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
574299--574667	98	3.9	95	85	5	473	23	28	16	31	1.96
574599--574998	34	11.9	34	88	2	472	19	30	14	37	1.90
574585--575013	137	3.2	136	86	3	537	19	29	14	36	1.91
575104--575942	49	17.8	49	80	10	858	25	24	17	32	1.96
575202--575942	92	8.0	92	91	1	1095	26	24	17	32	1.96
575458--575525	21	3.2	20	66	25	50	27	26	16	29	1.97
575104--575942	184	4.5	184	90	2	1167	25	24	17	32	1.96
575179--576033	141	6.1	145	79	11	421	26	24	16	32	1.96
576785--576841	19	3.3	18	72	27	61	35	12	17	35	1.87
576798--576822	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
576785--576849	32	2.0	32	96	0	121	33	12	18	35	1.88
576894--576918	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
577845--577883	20	2.0	20	89	0	60	23	17	12	46	1.83
580426--580617	96	2.0	96	96	0	357	36	22	17	22	1.94
592691--592740	18	2.8	18	77	14	59	70	0	0	30	0.88
592693--592783	20	4.4	20	70	22	64	72	0	0	27	0.85
592711--592791	26	3.1	26	81	13	96	74	0	0	25	0.83
592711--592791	24	3.1	26	81	13	87	74	0	0	25	0.83
592747--592793	14	3.6	14	78	21	57	70	0	0	29	0.88
592714--592788	19	4.0	20	69	23	54	72	0	0	28	0.86
594002--594107	16	6.7	16	77	10	65	50	0	1	47	1.18
594048--594112	15	4.3	15	80	18	80	50	0	0	49	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
594072--594126	14	3.6	15	76	16	51	50	0	0	49	1.00
594002--594124	17	7.4	16	71	17	72	50	0	1	47	1.16
594132--594170	17	2.2	17	90	4	60	66	0	0	33	0.92
597325--597364	16	2.3	17	83	16	55	15	2	15	67	1.34
597549--597607	22	2.6	22	76	15	66	52	0	0	47	1.00
598230--598271	19	2.2	19	95	0	75	16	16	11	54	1.70
598992--599028	19	1.9	19	89	10	58	29	5	0	64	1.15
606426--606605	97	1.9	97	86	2	263	37	10	23	28	1.88
611938--611997	28	2.1	28	84	6	77	33	23	20	23	1.97
612029--612203	81	2.1	82	85	4	246	32	30	16	21	1.95
612132--612259	28	4.6	28	73	7	82	32	28	14	25	1.94
612242--612321	28	2.9	28	80	0	88	36	28	13	21	1.92
613141--613174	12	2.9	12	86	4	52	76	0	17	5	0.98
613440--613486	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
614647--614801	70	2.2	70	89	0	229	29	14	12	43	1.82
614698--614741	20	2.2	20	95	0	79	27	11	15	45	1.81
614709--614751	20	2.2	20	86	0	59	32	11	11	44	1.77
616108--616424	79	4.0	79	84	0	409	27	25	14	32	1.94
616352--616464	50	2.2	51	87	6	158	30	32	9	26	1.89
616287--616544	129	2.0	130	83	2	322	28	27	12	31	1.93
616190--616572	208	1.8	209	84	3	531	26	27	14	31	1.95
616400--616587	79	2.4	79	85	2	245	26	28	14	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
618632--618662	4	7.8	4	92	0	53	22	3	0	74	0.96
628723--628796	14	5.1	14	75	6	67	82	4	9	4	0.93
628743--628800	23	2.6	22	76	10	64	81	3	10	5	0.97
628743--628796	7	7.6	7	76	19	58	83	1	11	3	0.85
629742--630251	61	8.4	61	80	3	524	26	26	18	28	1.98
629768--630249	123	4.0	120	80	7	465	27	26	17	29	1.97
629772--630249	243	2.0	243	82	3	575	27	26	17	28	1.97
630262--630378	42	2.8	41	79	7	119	23	23	11	41	1.88
630582--630614	12	2.8	12	95	0	57	72	0	0	27	0.85
631028--631152	20	5.8	20	76	17	124	27	14	13	44	1.82
631031--631199	90	1.9	90	88	0	257	27	14	13	44	1.83
633216--633244	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
634898--636300	28	49.4	28	80	7	784	27	15	29	27	1.96
634900--635690	230	3.4	229	84	6	853	24	16	29	30	1.96
635447--635557	32	3.5	32	93	0	177	19	18	29	32	1.96
634908--635704	59	13.7	57	80	8	339	24	16	29	29	1.96
635627--636299	55	12.2	54	80	6	591	30	13	30	24	1.94
635627--636300	83	8.1	83	82	2	696	30	13	30	25	1.94
642780--642813	10	3.3	10	88	8	50	47	8	0	44	1.34
644068--644099	8	4.1	8	92	8	57	0	34	0	65	0.93
644068--644099	15	2.1	16	94	5	57	0	34	0	65	0.93
646259--646659	79	5.1	78	79	6	414	30	25	11	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
646259--646660	158	2.5	158	82	2	484	30	25	11	32	1.91
650718--650919	104	1.9	104	87	2	298	28	16	18	36	1.92
650718--650898	52	3.5	52	93	0	299	27	16	18	37	1.92
650907--650962	20	2.7	21	86	10	80	32	14	14	39	1.86
650983--651066	13	5.5	13	68	28	51	35	16	13	34	1.88
650983--651085	32	3.2	32	95	0	188	35	17	12	33	1.88
650991--651086	19	5.7	19	69	26	90	36	16	12	34	1.87
651852--652125	29	9.4	29	83	5	331	21	17	29	31	1.96
651867--652125	59	4.4	59	90	0	362	22	17	29	30	1.97
651872--652157	88	3.2	87	84	5	360	23	17	30	29	1.97
652099--652301	34	6.0	34	78	5	223	33	11	33	21	1.89
652099--652301	68	3.0	68	86	0	264	33	11	33	21	1.89
652076--652299	102	2.3	99	82	6	251	31	12	33	22	1.91
653737--653877	9	15.2	9	76	14	103	1	4	11	82	0.86
653777--653877	1	101.0	1	70	0	67	0	2	11	85	0.71
653741--653873	34	3.9	33	83	11	162	1	4	11	82	0.87
653737--653874	5	28.6	5	72	18	89	1	4	11	82	0.87
653734--653878	21	7.2	20	77	9	125	1	4	12	82	0.88
653734--653877	59	2.4	62	85	9	183	1	4	11	82	0.87
653728--653875	35	4.3	35	75	11	146	1	4	12	82	0.87
663286--663311	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
663371--663443	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
663350--663443	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
663350--663425	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
665889--665927	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
665913--665991	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
667999--668029	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
672091--672116	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
672176--672248	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
672155--672248	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
672155--672230	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
677714--677842	52	2.5	52	90	0	213	29	17	17	36	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13