genome.fa.s33.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold33
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2032796

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
677919--677970	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
677927--678046	19	6.7	19	70	28	93	36	16	12	34	1.87
677919--678045	32	4.2	32	82	15	180	36	17	12	33	1.87
677959--678005	24	2.0	24	100	0	94	36	17	12	34	1.87
677927--678037	56	2.0	56	96	0	204	36	16	12	35	1.86
678002--678026	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
690083--690316	122	1.9	122	84	0	315	34	13	23	28	1.93
690336--690407	28	2.6	29	78	13	87	26	16	30	26	1.97
690445--690518	28	2.6	28	87	6	96	24	18	33	22	1.97
690525--690721	51	3.8	51	78	6	202	36	10	23	29	1.88
693398--693430	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
694613--694642	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
695442--695509	35	1.9	35	93	0	118	25	22	10	42	1.84
697929--698038	55	2.0	55	98	0	211	36	20	7	35	1.81
703556--703583	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
703538--703603	33	2.0	33	88	5	98	39	15	13	31	1.86
704251--704285	12	2.9	12	100	0	70	42	5	34	17	1.73
711691--712052	166	2.2	166	79	7	405	48	7	10	32	1.66
713801--713846	24	1.9	24	83	16	60	23	8	15	52	1.70
714548--714691	48	3.0	48	86	0	198	45	16	13	24	1.83
715493--715523	7	4.3	7	92	8	53	58	0	0	41	0.98
715492--715544	6	8.2	6	83	8	52	50	3	0	45	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
721706--721791	43	2.0	43	100	0	172	23	13	20	41	1.88
722756--722888	71	1.9	70	83	8	175	54	0	0	44	1.11
722807--722869	20	3.1	20	76	15	58	57	1	0	41	1.08
722915--722950	18	2.1	17	89	5	54	58	0	0	41	0.98
723555--723616	19	3.0	21	88	9	83	43	0	0	56	0.99
723713--724061	122	2.8	125	85	9	448	42	2	1	54	1.22
724782--724894	57	2.0	57	91	0	181	38	9	19	32	1.84
724877--725022	76	2.0	72	89	5	220	40	6	17	36	1.74
724949--725172	91	2.5	89	87	5	317	40	7	16	34	1.77
725108--725387	69	4.0	69	91	3	420	43	9	17	29	1.81
725108--725370	139	1.9	139	90	4	424	41	10	17	30	1.83
729486--729550	32	2.0	32	96	0	121	36	3	16	43	1.64
729697--729751	20	2.8	20	94	0	101	34	18	14	32	1.91
729801--729825	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
731416--731446	3	10.3	3	92	0	53	35	0	35	29	1.58
736484--736658	51	3.4	51	96	2	316	29	18	18	33	1.95
736667--736691	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
736732--736798	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
736754--736778	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
737659--738220	49	11.7	49	84	8	721	30	18	26	24	1.98
737703--738220	141	3.7	139	85	7	633	30	18	26	24	1.98
737703--738171	92	5.0	92	87	6	626	30	18	26	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
738220--738289	33	2.1	35	94	5	126	20	17	37	25	1.94
738294--738925	34	18.6	33	73	18	325	32	13	33	20	1.91
738274--738930	71	9.6	71	78	13	422	32	13	33	21	1.91
738489--738930	34	13.7	33	79	13	419	31	13	33	21	1.92
738403--738575	87	2.0	88	90	3	278	34	13	31	20	1.91
738489--738902	70	6.4	67	82	9	397	31	13	33	21	1.92
738299--738671	191	1.9	191	86	7	524	34	12	32	19	1.90
738665--738898	27	7.8	28	75	17	161	27	14	34	23	1.94
738660--738903	61	4.1	60	85	8	320	29	14	34	22	1.93
738841--739028	31	6.0	32	79	9	163	30	16	30	22	1.96
738879--739030	63	2.5	62	86	4	209	28	17	29	24	1.97
743999--744041	21	2.0	21	100	0	86	27	20	23	27	1.99
747266--747393	52	2.5	52	94	3	224	30	17	17	33	1.94
747402--747426	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
747467--747533	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
747489--747513	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
748330--748961	49	13.0	52	82	9	557	31	17	26	24	1.97
748394--748957	49	11.8	49	84	8	725	30	18	26	24	1.98
748438--748957	141	3.7	139	85	7	637	30	18	26	24	1.98
748438--748906	92	5.0	92	87	6	626	30	18	26	24	1.98
748960--749024	33	1.9	34	93	3	114	16	16	36	29	1.92
749029--749661	34	18.6	33	73	18	327	32	13	33	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
749009--749666	71	9.6	71	77	13	415	32	13	33	21	1.91
749139--749310	87	2.0	88	91	3	285	34	13	31	20	1.91
749068--749357	158	1.8	158	90	1	465	33	12	33	20	1.91
749225--749668	105	4.6	99	78	14	412	31	13	33	21	1.92
749401--749634	27	7.8	28	75	17	161	27	14	34	23	1.94
749396--749639	61	4.1	60	85	8	320	29	14	34	22	1.93
749582--749764	31	5.8	31	79	10	167	30	17	29	22	1.97
750775--750799	12	2.1	12	100	0	50	0	12	0	88	0.53
751370--751497	52	2.5	52	94	3	224	30	17	17	33	1.94
751506--751530	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
751571--751637	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
751593--751617	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
754688--754739	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
754696--754781	19	4.7	19	72	20	76	37	16	12	33	1.87
754688--754760	32	2.3	32	97	0	137	35	17	12	34	1.88
757354--757491	49	3.1	44	83	12	174	31	18	25	23	1.98
757537--757605	32	2.1	35	89	8	108	20	15	36	27	1.93
757590--757790	33	5.9	34	80	13	216	33	12	34	18	1.89
757610--757790	69	2.7	68	84	11	239	35	13	32	18	1.90
757590--758021	102	4.0	104	77	16	388	33	12	34	19	1.89
757714--757881	86	2.0	86	89	4	259	35	13	32	19	1.90
757798--758234	69	6.9	68	78	12	327	31	13	33	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
757645--757929	155	1.8	155	88	4	441	33	12	33	20	1.90
757798--758232	33	13.7	33	76	15	347	31	13	33	22	1.92
758004--758170	26	5.9	27	70	18	108	26	14	34	24	1.94
757966--758205	60	4.1	59	79	11	253	29	14	33	22	1.94
758091--758169	25	2.9	27	78	16	83	21	15	36	26	1.93
758181--758324	29	4.8	31	77	13	133	29	17	28	24	1.97
758181--758324	60	2.4	60	84	7	179	29	17	28	24	1.97
759896--760016	51	2.4	51	91	5	194	30	18	19	31	1.96
760027--760051	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
760089--760125	19	2.0	19	94	5	67	51	10	10	27	1.70
760114--760138	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
760093--760158	32	2.0	33	88	2	98	39	13	12	34	1.82
763172--763196	12	2.1	12	100	0	50	36	16	16	32	1.90
763184--763235	18	2.7	19	85	5	70	38	17	13	30	1.88
763146--763215	30	2.3	31	92	5	115	37	18	12	31	1.89
764345--764472	52	2.5	52	94	3	224	30	17	17	33	1.94
764481--764505	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
764546--764612	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
764568--764592	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
765365--765996	49	13.0	52	82	9	557	31	17	26	24	1.97
765145--765519	169	2.2	169	81	8	409	36	15	25	22	1.93
765429--765992	49	11.8	49	84	8	725	30	18	26	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
765473--765992	141	3.7	139	85	7	637	30	18	26	24	1.98
765473--765941	92	5.0	92	87	6	626	30	18	26	24	1.98
765995--766059	33	1.9	34	93	3	114	16	16	36	29	1.92
766064--766696	34	18.6	33	73	18	327	32	13	33	20	1.91
766044--766701	71	9.6	71	78	13	424	31	13	33	21	1.91
766173--766345	87	2.0	88	91	3	287	34	13	31	20	1.91
766103--766392	158	1.8	158	90	1	474	33	12	33	20	1.91
766260--766703	105	4.6	99	78	14	412	31	13	33	21	1.92
766436--766669	27	7.8	28	75	17	161	27	14	34	23	1.94
766431--766674	61	4.1	60	85	8	320	29	14	34	22	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13