genome.fa.s34.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold34
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1758877

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  1  of  12  ( 1352 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2599--2627	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
10362--10471	54	2.0	54	94	3	195	56	7	8	28	1.55
12652--12722	35	2.0	35	91	0	115	38	11	28	22	1.88
13728--13767	2	20.5	2	94	5	73	47	0	0	52	1.00
18665--18764	52	2.0	51	86	4	139	40	13	16	31	1.86
23909--24010	13	7.4	13	66	19	55	46	1	4	47	1.35
34222--34268	17	2.7	18	77	12	53	40	0	2	57	1.11
35151--35214	29	2.2	29	78	8	67	64	4	3	28	1.29
37071--37103	2	16.5	2	93	0	57	45	0	51	3	1.16
44772--44835	32	2.0	32	90	6	103	25	23	17	34	1.96
50988--51025	2	19.0	2	88	0	58	44	0	5	50	1.24
51252--51288	18	2.1	18	94	0	65	40	0	10	48	1.38
51469--51512	21	2.0	22	82	8	54	38	6	4	50	1.50
52578--52603	9	2.9	9	100	0	52	76	0	0	23	0.78
52934--52990	28	2.0	28	86	6	80	66	3	0	29	1.08
54462--54528	16	4.1	16	71	21	50	2	29	1	65	1.16
54497--54539	20	2.0	23	86	13	65	0	34	0	65	0.93
54470--54529	21	2.9	20	78	12	68	3	30	1	65	1.19
55510--55557	23	2.1	23	84	7	62	50	0	2	47	1.12
55598--55635	16	2.3	17	86	4	51	31	0	13	55	1.38
55782--55829	24	2.0	24	84	8	62	45	6	37	10	1.64
55926--55977	12	4.2	12	76	14	52	26	0	3	69	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55884--55979	17	5.5	17	68	22	58	35	0	2	62	1.07
56855--56896	14	2.9	14	76	16	50	19	7	0	73	1.05
59696--59758	27	2.3	28	83	10	85	28	12	31	26	1.93
59711--59765	27	2.0	28	92	3	94	29	12	32	25	1.93
59749--59864	51	2.3	51	86	0	169	29	10	27	32	1.90
59800--60097	79	3.8	79	85	2	377	33	13	24	27	1.94
59824--60050	76	2.9	76	90	1	337	33	14	24	27	1.94
60071--60178	52	2.1	51	87	1	153	39	9	22	28	1.85
60034--60199	51	3.2	51	79	3	172	36	11	24	28	1.90
62520--62617	33	3.0	33	92	0	169	39	17	16	26	1.90
62521--62617	20	5.6	20	63	30	69	39	17	16	26	1.91
62664--62718	20	2.8	20	91	0	92	41	12	18	27	1.86
63314--63413	41	2.4	41	86	6	132	44	10	27	19	1.82
63420--63700	42	6.5	43	76	9	259	40	12	24	22	1.88
63460--63701	87	2.8	87	94	0	412	39	12	25	22	1.89
63677--64171	61	7.9	61	77	9	453	31	18	25	25	1.98
63679--64171	122	3.9	123	84	8	604	31	18	24	25	1.98
63761--64149	134	3.0	134	89	4	577	31	17	24	25	1.97
63897--64172	62	4.5	63	83	5	368	30	17	25	27	1.97
63677--64149	256	1.9	254	87	4	700	31	18	24	24	1.98
64055--64497	150	2.8	151	81	9	417	25	20	26	26	1.99
64214--64604	55	7.0	55	87	4	539	25	21	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64214--64604	111	3.5	111	90	2	559	25	21	26	27	1.99
64205--64662	55	8.0	60	83	8	263	25	20	26	26	1.99
70806--71014	107	2.0	107	82	9	257	33	14	24	27	1.94
70950--71065	51	2.3	51	83	3	144	32	11	23	32	1.90
71001--71259	79	3.3	78	82	6	310	33	13	24	28	1.94
71025--71251	76	2.9	76	85	3	294	34	14	23	28	1.93
71239--71378	51	2.7	51	80	4	156	38	9	22	30	1.85
73742--73771	13	2.3	13	100	0	60	36	13	16	33	1.88
73721--73785	33	2.0	33	93	0	112	36	16	16	29	1.92
73702--73785	20	4.6	20	70	19	65	36	15	16	30	1.90
76259--76305	21	2.3	21	81	3	60	29	6	8	55	1.55
76533--76569	19	1.9	19	94	0	65	45	8	0	45	1.32
81431--81500	15	4.6	16	81	13	67	2	34	0	62	1.10
81410--81600	84	2.3	80	80	7	215	2	32	3	62	1.23
81459--81529	17	4.1	18	78	15	62	1	30	1	66	1.09
81459--81590	3	46.3	3	66	23	63	1	33	2	62	1.16
81473--81614	9	16.0	9	70	23	56	0	32	4	62	1.19
82013--82073	21	3.1	20	84	13	74	39	0	0	60	0.97
82017--82084	29	2.4	28	81	13	70	42	0	0	57	0.98
82066--82142	16	4.6	17	70	6	59	54	1	0	44	1.08
82096--82135	21	1.9	21	84	0	53	42	2	0	55	1.13
84982--85021	18	2.1	18	86	9	53	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84932--85024	45	2.1	45	82	8	109	50	1	1	47	1.15
85405--85446	21	2.0	21	86	13	61	40	0	0	59	0.97
88155--88236	16	5.1	16	69	0	56	10	21	32	34	1.89
88157--88278	48	2.5	48	82	0	145	13	19	31	36	1.90
88169--88276	16	6.8	16	69	6	67	12	19	30	37	1.89
88480--88517	18	2.1	18	85	9	51	50	2	2	44	1.30
88762--88789	14	2.0	14	100	0	56	78	7	7	7	1.09
89246--89308	34	1.9	34	84	12	87	57	12	15	14	1.66
89499--89553	20	2.8	20	83	5	67	36	14	10	38	1.81
89543--89568	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
89612--89663	19	2.7	20	90	3	79	42	15	15	26	1.87
90301--90341	21	2.0	20	95	4	73	29	24	0	46	1.53
92868--92943	40	1.9	40	97	0	143	30	11	14	43	1.81
96618--96694	31	2.5	31	100	0	154	44	12	18	24	1.85
96680--96754	20	3.8	20	87	3	107	41	13	13	32	1.83
97622--98491	28	30.5	28	84	6	986	23	16	30	29	1.96
97609--98491	57	15.4	57	84	5	1011	23	16	30	29	1.97
99713--99790	9	8.6	9	75	13	79	1	1	14	83	0.78
99713--99793	10	7.7	10	75	18	76	1	1	14	82	0.79
99713--99791	20	3.8	20	83	11	95	1	1	13	83	0.77
99713--99780	35	2.0	34	88	5	102	1	1	13	83	0.78
106245--106295	27	1.9	27	92	4	86	27	19	33	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107645--107700	23	2.5	23	97	2	105	62	8	10	17	1.52
108611--108685	20	3.8	20	78	3	71	40	12	14	33	1.83
108608--108685	40	2.0	39	84	2	102	39	12	14	33	1.84
118824--118871	15	3.3	14	77	8	51	29	6	2	62	1.31
119289--119330	3	14.0	3	89	0	66	30	30	0	38	1.58
121397--121425	9	3.0	10	90	10	51	41	20	0	37	1.53
121511--121540	15	1.9	15	93	6	51	33	13	0	53	1.40
126037--126081	16	2.6	17	82	10	56	4	22	31	42	1.73
126875--126935	28	2.2	27	82	11	79	72	1	4	21	1.13
128244--128280	19	1.9	19	94	0	65	32	13	16	37	1.87
137069--137096	13	2.2	13	100	0	56	28	14	14	42	1.84
137093--137148	19	2.9	19	81	2	67	35	14	10	39	1.81
139476--139528	20	2.7	20	88	11	74	30	18	13	37	1.89
139558--139614	19	2.9	19	89	5	78	35	17	15	31	1.92
139599--139625	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
139580--139644	32	2.0	32	90	3	103	40	16	16	26	1.90
140171--140232	19	3.3	19	66	8	54	40	27	1	30	1.66
140167--140239	38	1.9	37	88	2	110	38	26	1	34	1.65
148167--148196	11	2.7	11	100	0	60	0	10	33	56	1.32
148287--148339	20	2.7	20	88	11	74	30	18	13	37	1.89
148373--148424	19	2.6	20	84	9	70	36	17	13	32	1.89
148410--148436	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148391--148455	32	2.0	32	90	3	103	40	16	16	26	1.90
150152--150206	24	2.2	25	80	6	67	18	3	1	76	1.02
150624--150682	24	2.4	26	81	13	63	62	3	0	33	1.12
152082--152186	5	18.7	6	68	21	50	0	33	2	62	1.16
152009--152196	81	2.3	80	80	7	211	1	32	3	61	1.23
152085--152125	17	2.4	17	84	8	57	0	29	2	68	1.03
152082--152186	3	37.3	3	66	22	50	0	33	2	62	1.16
152087--152210	9	14.1	9	68	24	54	0	32	4	62	1.22
152567--152616	21	2.4	21	83	6	66	32	4	0	64	1.12
154059--154127	15	4.7	14	75	20	61	37	0	1	60	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12