genome.fa.s34.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold34
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1758877

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1435417--1435481	33	2.0	33	84	6	87	35	15	16	32	1.91
1436241--1436673	154	2.8	154	77	3	347	41	16	14	27	1.87
1436656--1436809	75	2.0	76	87	1	220	40	19	11	28	1.85
1436662--1436827	75	2.2	75	84	2	208	41	19	12	27	1.86
1436728--1436956	125	1.8	125	81	1	289	37	18	13	29	1.90
1439354--1440213	166	5.2	165	79	5	765	30	11	9	49	1.69
1445018--1445055	20	1.9	20	84	10	51	18	21	10	50	1.76
1446924--1447005	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
1446988--1447158	51	3.3	51	79	4	198	32	11	26	29	1.92
1447141--1447216	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
1449687--1449712	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1449666--1449732	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
1449750--1449821	19	4.2	17	74	25	80	38	12	11	37	1.79
1449774--1449798	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1449755--1449817	32	2.0	32	93	0	108	36	14	12	36	1.84
1449875--1449931	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
1449942--1449975	17	2.0	17	100	0	68	11	5	0	82	0.83
1450442--1451119	55	12.3	55	92	3	1032	20	20	30	28	1.97
1450929--1451072	27	5.3	27	60	16	64	22	18	29	28	1.98
1452104--1452148	9	5.5	8	85	12	56	0	2	8	88	0.58
1452104--1452163	17	3.6	16	84	6	66	0	5	8	86	0.69
1452121--1452164	15	2.9	15	90	6	63	0	4	9	86	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1462174--1462266	1	93.0	1	78	0	78	87	4	8	0	0.67
1462175--1462266	29	3.1	29	81	9	103	86	4	8	0	0.68
1475875--1475956	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
1475939--1476109	51	3.3	51	79	4	198	32	11	26	29	1.92
1476092--1476167	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
1478638--1478663	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1478617--1478683	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
1478703--1478770	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
1478725--1478749	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1478706--1478768	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
1478953--1479016	33	2.0	32	87	3	92	40	17	14	28	1.88
1481110--1481317	110	1.9	112	83	8	271	30	14	14	40	1.86
1482469--1482669	89	2.3	89	84	3	260	28	29	13	27	1.95
1482916--1483053	35	3.9	35	79	3	143	20	23	13	42	1.87
1483038--1483212	48	3.7	48	86	2	246	18	22	16	42	1.89
1483038--1483212	94	1.8	96	86	2	255	18	22	16	42	1.89
1484320--1484441	48	2.6	47	85	5	158	19	19	16	44	1.87
1484323--1484448	47	2.7	48	83	6	159	21	19	15	43	1.88
1484320--1484640	128	2.5	129	82	2	385	20	21	15	42	1.89
1484451--1484562	47	2.4	47	90	1	172	18	21	16	43	1.87
1484624--1484988	132	2.8	130	80	7	344	23	22	15	39	1.91
1485114--1485980	85	10.1	85	78	5	747	23	29	12	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1485511--1485541	11	2.8	11	95	0	53	25	35	6	32	1.82
1485436--1485626	96	2.0	96	82	2	231	24	30	10	35	1.89
1485352--1485685	181	1.8	181	83	2	447	24	29	10	35	1.89
1485682--1485814	42	3.1	42	68	10	99	21	30	12	35	1.91
1485957--1486011	26	2.1	26	89	0	83	25	27	1	45	1.64
1485873--1486097	111	2.0	112	87	2	328	21	28	11	38	1.88
1485788--1486177	197	2.0	196	84	3	507	22	28	12	36	1.90
1485984--1486264	43	6.6	42	66	13	162	22	29	12	35	1.91
1485984--1486963	85	11.5	84	77	8	619	21	30	14	34	1.92
1485703--1486262	282	2.0	281	82	2	685	22	29	12	35	1.91
1485984--1486857	170	5.1	170	78	5	775	20	30	14	34	1.92
1486315--1486531	42	5.1	41	70	10	132	18	29	15	36	1.91
1485984--1486940	255	3.8	252	78	6	833	20	30	14	34	1.92
1486346--1486500	43	3.6	43	72	11	129	20	30	15	33	1.93
1486571--1486721	42	3.6	43	69	11	116	20	30	13	35	1.92
1486340--1486940	253	2.4	255	81	3	660	19	30	14	35	1.92
1488205--1488518	156	2.0	155	87	4	456	31	10	7	50	1.66
1488205--1488684	167	3.0	153	79	11	484	31	10	8	49	1.67
1488388--1488813	165	2.6	167	77	8	433	30	9	9	50	1.67
1489189--1489228	21	1.9	19	85	14	53	77	0	22	0	0.77
1489181--1489222	13	3.4	13	81	18	54	73	0	23	2	0.94
1490730--1491017	155	1.9	155	82	5	368	23	15	20	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1492190--1492280	32	2.8	33	73	14	89	29	26	13	30	1.94
1492211--1492282	36	2.0	35	86	2	99	26	29	11	33	1.91
1495090--1495227	65	2.1	66	84	6	174	48	14	18	18	1.81
1495033--1495676	171	3.8	169	78	5	584	44	13	21	20	1.85
1495033--1495676	343	1.9	342	79	5	737	44	13	21	20	1.85
1495790--1495976	40	4.7	41	80	5	195	43	9	23	23	1.82
1495756--1495976	120	1.8	120	81	3	275	44	11	23	20	1.83
1496473--1496757	72	3.9	72	73	12	206	42	12	16	29	1.84
1496549--1496815	146	1.9	142	80	7	315	42	13	15	28	1.85
1496978--1497153	60	2.9	60	75	7	185	50	17	14	18	1.79
1497015--1497099	30	2.9	28	72	10	71	50	17	15	16	1.78
1497598--1498449	88	9.7	88	79	3	622	45	12	17	23	1.83
1497839--1497951	44	2.6	42	73	14	104	47	12	15	24	1.79
1497936--1498078	44	3.2	44	66	11	112	44	11	20	24	1.84
1498148--1498366	44	5.0	44	69	16	141	47	11	17	23	1.80
1499752--1499797	6	7.8	6	81	11	51	2	10	2	84	0.79
1502181--1503119	156	6.0	157	76	7	684	40	17	14	28	1.88
1502493--1503119	309	2.0	309	81	4	719	40	16	14	28	1.88
1504866--1504894	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
1506101--1506163	32	2.0	32	83	0	81	23	25	17	33	1.96
1508847--1508919	22	3.3	22	92	0	119	35	15	17	31	1.91
1516503--1516552	20	2.5	20	83	0	64	44	18	14	24	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1520299--1520340	20	2.1	20	86	0	57	33	14	7	45	1.72
1520635--1520679	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
1521267--1521317	22	2.2	23	86	6	68	29	1	1	66	1.13
1521985--1522027	23	1.9	22	86	13	61	60	0	0	39	0.97
1523250--1523280	16	1.9	16	93	0	53	25	0	25	48	1.52
1529908--1529957	17	2.8	18	75	22	52	74	0	24	2	0.93
1529917--1529997	23	3.8	21	66	19	51	74	0	24	1	0.90
1529933--1529997	5	12.6	5	72	18	53	73	0	24	1	0.91
1529909--1529997	31	2.7	31	78	15	81	74	0	24	1	0.89
1529906--1529998	13	6.5	14	71	24	70	73	0	25	1	0.90
1529927--1529998	26	2.8	26	79	14	87	73	0	25	1	0.91
1530670--1530698	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
1531863--1531888	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1531938--1531992	19	2.8	20	76	15	60	36	20	12	30	1.90
1531978--1532004	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1532547--1532620	22	3.4	22	87	9	107	27	31	4	37	1.75
1533604--1533634	16	1.9	16	100	0	62	25	0	22	51	1.48
1537949--1537983	2	17.5	2	93	0	61	54	0	0	45	0.99
1538076--1538109	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
1540306--1540403	5	18.6	5	73	15	74	75	2	21	1	0.96
1540306--1540403	11	9.3	10	73	16	74	75	2	21	1	0.96
1540940--1540979	21	1.9	21	89	0	62	35	10	20	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1547676--1547720	20	2.1	22	84	8	58	20	48	26	4	1.68
1549356--1549491	51	2.6	52	81	1	166	32	13	24	30	1.93
1549474--1549549	27	2.8	27	89	2	107	23	21	31	23	1.98
1549533--1549655	51	2.3	53	85	9	155	31	11	24	32	1.91
1552014--1552039	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1551993--1552059	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
1552079--1552146	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
1552101--1552125	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1552082--1552144	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
1552182--1552258	21	3.7	21	92	0	127	35	18	11	35	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12