genome.fa.s34.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold34
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1758877

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  9  of  12  ( 1352 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1250639--1250672	17	2.1	16	88	5	50	64	0	0	35	0.94
1250653--1250895	94	2.5	97	79	8	273	49	5	3	41	1.42
1250652--1250908	99	2.7	95	78	6	268	47	5	3	44	1.42
1255272--1255332	20	3.1	19	88	9	86	45	11	13	29	1.78
1262623--1262679	13	3.9	13	76	24	60	36	14	15	33	1.88
1262603--1262701	32	3.1	32	92	1	162	34	13	17	35	1.88
1262605--1262698	19	5.6	18	68	28	64	35	13	15	35	1.88
1262741--1262765	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1262774--1262903	52	2.5	52	96	1	233	34	17	19	28	1.95
1269570--1269605	12	2.9	12	88	8	54	77	0	11	11	0.99
1269573--1269606	13	2.6	13	95	0	59	82	0	8	8	0.85
1270910--1270994	31	2.7	30	85	5	107	27	28	16	28	1.97
1274057--1274183	52	2.4	52	100	0	254	27	17	18	36	1.94
1274241--1274338	19	5.8	18	70	28	81	35	17	13	33	1.88
1274260--1274316	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
1274239--1274336	32	3.0	32	95	1	169	34	17	13	34	1.88
1274621--1274887	34	8.1	31	79	13	105	20	31	13	34	1.91
1274664--1275677	34	30.3	34	82	8	1057	20	32	12	34	1.90
1274634--1275677	67	15.6	67	82	6	1079	20	32	12	34	1.90
1274664--1275677	100	10.1	100	84	6	1082	20	32	12	34	1.90
1275668--1275853	32	5.9	31	86	5	237	29	37	19	13	1.91
1275668--1275853	31	5.8	32	87	3	259	29	37	19	13	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1275668--1275853	63	2.9	63	86	1	264	29	37	19	13	1.91
1275862--1276580	43	15.0	49	79	11	672	25	24	17	32	1.97
1275862--1276580	92	7.5	92	84	9	811	25	24	17	32	1.97
1276422--1276559	52	2.7	52	95	0	240	21	23	19	35	1.96
1277445--1277577	13	9.3	13	81	18	158	36	13	17	33	1.89
1277425--1277559	32	4.4	32	87	11	210	35	14	17	33	1.89
1277445--1277577	58	2.3	58	100	0	266	36	13	17	33	1.89
1277425--1277572	45	3.3	45	81	17	182	35	14	16	33	1.89
1277615--1277639	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1277628--1277829	52	3.9	51	92	3	323	34	18	18	28	1.95
1281970--1282014	21	2.1	21	83	0	54	68	4	8	17	1.32
1282357--1282386	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
1282426--1282495	13	5.3	13	75	8	52	50	20	8	21	1.74
1285607--1285639	12	2.5	13	90	9	50	60	9	6	24	1.49
1286312--1286484	86	2.0	86	100	0	346	31	15	16	37	1.89
1287454--1287507	22	2.4	22	79	17	58	24	3	1	70	1.13
1290870--1291015	50	2.9	50	80	4	168	43	10	17	28	1.83
1296739--1296769	16	1.9	16	93	0	53	54	16	6	22	1.64
1302849--1302922	32	2.3	32	90	0	121	33	17	14	33	1.91
1302865--1302922	19	3.4	19	68	26	65	36	17	12	34	1.87
1303371--1303426	19	2.9	19	91	2	85	35	16	17	30	1.92
1303411--1303437	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1303423--1303502	20	3.7	20	81	18	106	45	16	15	23	1.85
1304037--1304097	30	2.1	29	90	3	95	27	21	8	42	1.81
1305977--1306016	13	3.1	13	92	0	71	40	15	12	32	1.84
1312183--1312286	13	8.9	13	70	23	88	30	17	15	36	1.91
1312163--1312240	33	2.4	33	95	0	138	32	17	15	34	1.92
1312183--1312286	46	2.3	46	100	0	208	30	17	15	36	1.91
1312229--1312306	33	2.4	32	89	8	113	32	17	15	34	1.92
1312336--1312391	19	2.9	19	89	2	76	37	16	17	28	1.91
1312376--1312402	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1320090--1320135	23	2.0	23	86	0	65	36	2	8	52	1.45
1321083--1321393	153	2.0	153	100	0	622	40	19	11	27	1.86
1324425--1324451	2	13.5	2	100	0	54	0	51	0	48	1.00
1325041--1325149	42	2.6	42	94	2	175	33	2	5	58	1.35
1325072--1325141	18	3.6	18	68	26	52	30	1	5	62	1.27
1325071--1325139	21	3.3	21	65	15	61	28	1	5	63	1.26
1328110--1328134	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
1328300--1328357	28	2.1	27	84	9	73	62	1	1	34	1.16
1328326--1328371	24	2.0	22	87	8	65	58	0	0	41	0.98
1328323--1328378	8	6.9	8	74	10	51	60	0	0	39	0.97
1328333--1328382	23	2.2	22	83	13	66	62	0	0	38	0.96
1329500--1329525	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1330008--1330039	16	1.9	17	93	6	57	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1330190--1330227	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
1330892--1330923	2	15.5	2	93	6	55	46	3	0	50	1.17
1335162--1335192	14	2.2	14	94	0	53	32	19	19	29	1.96
1341084--1341109	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1341148--1341223	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
1341168--1341241	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
1341148--1341241	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
1341301--1341341	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
1341890--1342065	79	2.2	79	81	2	201	30	16	28	24	1.96
1341997--1342272	52	5.4	51	83	1	264	31	14	26	27	1.95
1342040--1342225	52	3.6	52	88	1	266	31	14	27	26	1.95
1342287--1342413	51	2.4	52	84	9	168	30	11	25	33	1.90
1342152--1342406	134	1.9	131	83	5	325	31	13	25	29	1.94
1344756--1344822	33	2.0	33	85	0	89	44	16	13	25	1.84
1344842--1344895	18	2.9	18	97	2	99	38	14	11	35	1.82
1345754--1346911	59	20.0	59	88	5	1507	25	20	28	25	1.99
1345754--1346910	466	2.5	464	92	2	1896	25	20	28	25	1.99
1347923--1347980	5	11.6	5	81	15	59	0	1	12	86	0.65
1347917--1347981	11	5.7	11	84	10	78	0	3	10	86	0.69
1347923--1347980	18	3.5	17	81	9	75	0	1	12	86	0.65
1360393--1360586	79	2.4	79	81	3	210	31	17	27	23	1.96
1360541--1360609	28	2.5	28	85	0	84	23	18	34	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1360597--1360866	52	5.2	51	81	4	245	32	10	27	30	1.90
1360885--1361008	51	2.3	54	86	8	166	33	12	22	32	1.91
1363343--1363409	33	2.0	33	85	0	89	44	16	13	25	1.84
1363520--1363576	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
1367464--1367645	93	2.0	92	85	3	249	31	11	21	35	1.89
1367960--1367998	20	2.0	20	94	0	69	41	5	17	35	1.72
1373710--1373944	112	2.1	114	87	1	339	33	23	14	29	1.94
1373874--1373926	20	2.6	21	85	8	65	37	30	11	20	1.88
1373730--1373968	112	2.1	111	81	7	277	33	21	13	30	1.92
1375158--1375188	12	2.6	12	94	0	53	48	16	0	35	1.46
1377033--1377238	110	1.9	107	84	5	270	41	8	9	40	1.69
1382421--1382478	28	2.0	29	87	9	84	48	1	1	48	1.22
1383085--1383117	6	5.5	6	86	13	50	84	0	0	15	0.61
1385479--1385539	30	2.0	30	84	15	81	50	1	0	47	1.10
1386130--1386157	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
1391998--1392221	112	2.0	112	100	0	448	30	16	16	36	1.91
1401951--1402000	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
1405910--1405938	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
1409498--1409537	17	2.4	17	83	4	55	35	5	10	50	1.58
1415305--1415547	79	3.1	79	80	4	285	37	17	8	36	1.80
1415305--1415597	158	1.9	156	80	5	340	38	16	8	36	1.79
1415964--1415995	16	2.0	16	93	0	55	40	15	0	43	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1416052--1416099	21	2.3	21	92	0	78	41	16	16	25	1.89
1417093--1417807	79	9.1	78	77	4	477	33	13	24	28	1.94
1417200--1417773	236	2.4	236	80	3	665	32	13	24	29	1.93
1417093--1417807	158	4.5	158	76	6	617	33	13	24	28	1.94
1420429--1420464	17	2.1	17	100	0	72	36	30	0	33	1.58
1426612--1426636	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1426688--1426712	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1426668--1426732	33	2.0	33	87	0	94	36	15	15	32	1.89
1428324--1428358	15	2.3	15	95	0	61	42	0	28	28	1.56
1429562--1429589	9	3.1	9	100	0	56	21	21	25	32	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12