genome.fa.s34.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold34
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1758877

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  6  of  12  ( 1352 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
785518--785566	21	2.5	20	83	6	55	44	0	4	51	1.20
788906--788949	23	1.9	23	86	9	63	79	0	15	4	0.89
789322--789364	17	2.6	16	77	3	50	51	0	9	39	1.34
789534--789583	23	2.1	24	85	3	66	38	6	2	54	1.37
789532--789583	25	2.1	24	86	10	70	38	5	1	53	1.36
792269--792319	20	2.5	21	77	3	59	39	5	19	35	1.76
799143--799293	82	1.8	82	86	0	221	36	13	7	42	1.73
799322--799385	28	2.3	28	86	0	83	32	14	10	42	1.80
801748--801972	111	2.0	112	96	0	416	37	8	15	38	1.78
803609--803698	41	2.2	41	89	0	135	43	8	1	46	1.42
804466--804498	13	2.4	14	90	5	50	60	0	12	27	1.32
805302--805338	10	3.5	11	82	17	51	67	0	0	32	0.91
805357--805412	17	3.1	18	80	19	64	58	0	0	41	0.98
805976--806037	30	2.1	30	82	11	74	24	1	6	67	1.23
806014--806084	28	2.6	27	76	14	72	35	1	0	63	1.03
806058--806112	16	3.4	16	81	18	69	45	0	0	54	0.99
806016--806138	7	16.1	8	67	23	61	38	0	0	60	1.02
806061--806110	25	2.0	25	88	7	75	48	0	0	52	1.00
806077--806140	22	2.8	22	85	7	74	39	0	0	60	0.97
806059--806140	29	2.7	31	75	16	73	41	0	0	58	0.98
806013--806142	18	7.3	18	70	19	71	37	0	0	61	1.02
809952--809995	14	3.1	14	78	18	54	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
810014--810066	14	3.7	14	76	2	52	50	1	3	43	1.30
810026--810099	9	8.0	9	71	21	55	48	1	1	48	1.18
810028--810097	21	3.4	21	80	2	70	48	1	1	48	1.19
811554--811631	29	2.9	26	72	20	79	46	3	7	42	1.51
811550--811647	29	3.5	26	70	18	63	45	3	9	41	1.51
813377--813484	13	8.5	12	70	19	51	44	1	0	52	1.18
813407--813485	25	3.2	25	78	1	88	46	1	1	50	1.17
814163--814210	18	2.9	17	77	17	57	43	2	0	54	1.12
816448--816484	16	2.2	17	81	18	51	32	2	5	59	1.34
818187--818234	14	3.4	14	82	2	51	81	0	16	2	0.79
818564--818604	2	20.5	2	94	0	73	46	0	2	51	1.14
821261--821308	19	2.6	18	77	6	60	66	0	0	33	0.92
821327--821375	23	2.1	24	85	7	66	40	0	0	59	0.98
821327--821365	21	2.0	20	85	14	55	41	0	0	58	0.98
821423--821464	22	1.9	22	85	9	59	50	0	0	50	1.00
821432--821474	14	3.0	14	80	6	50	55	0	0	44	0.99
822337--822370	15	2.2	16	89	5	52	35	0	2	61	1.11
823418--823476	28	2.1	28	87	0	82	32	8	22	37	1.84
825461--825507	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
829692--829741	26	1.9	26	100	0	100	44	4	2	50	1.32
829693--829764	26	2.7	26	87	10	94	45	6	1	45	1.38
831648--831689	20	2.1	20	86	0	57	57	2	0	40	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
831685--831713	15	1.9	15	100	0	58	55	0	0	44	0.99
833384--833427	13	3.3	13	84	12	54	52	2	2	43	1.26
833850--833881	14	2.3	14	94	0	55	56	0	0	43	0.99
834511--834675	77	2.1	80	81	3	201	46	1	4	47	1.32
834557--834706	80	1.9	79	80	5	176	46	2	4	46	1.35
834504--834757	21	11.5	21	66	21	78	45	2	3	48	1.34
834858--834996	21	6.6	20	66	17	50	47	2	2	47	1.29
834504--835148	10	61.5	10	63	25	107	45	2	3	48	1.33
836334--836366	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
837341--837391	18	2.9	17	80	8	57	70	0	1	27	0.98
837328--837389	29	2.1	29	85	5	81	69	0	3	27	1.04
837702--837747	21	2.2	21	88	0	65	43	0	17	39	1.49
838902--839410	270	1.9	270	90	0	804	42	5	21	31	1.75
839552--840018	237	2.0	238	93	0	810	42	11	14	31	1.82
851085--851124	21	1.9	21	85	10	55	47	27	10	15	1.77
872281--872343	19	3.6	19	72	24	66	34	17	14	33	1.90
872274--872343	32	2.2	32	94	0	122	35	17	14	32	1.90
873122--873822	52	14.5	50	77	11	619	31	18	26	24	1.97
873122--873826	101	7.3	101	87	5	803	31	18	26	24	1.97
873624--873826	39	4.8	38	75	18	154	29	20	23	26	1.99
873660--873818	39	3.6	45	79	14	186	30	20	23	25	1.99
873570--873827	87	2.9	87	90	2	392	30	19	24	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
873845--873922	28	2.7	29	84	9	88	17	19	26	35	1.94
873964--874102	27	4.9	27	77	17	129	31	13	31	23	1.93
873984--874108	61	2.0	61	87	0	178	36	12	31	20	1.89
873924--874102	88	2.0	87	87	3	252	33	12	30	22	1.92
878473--878527	19	3.0	18	81	5	58	47	0	3	49	1.19
879288--879471	101	1.8	101	81	4	228	33	15	10	39	1.83
880493--880519	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
886926--886974	12	4.1	12	79	10	55	51	0	20	28	1.48
886920--886974	24	2.5	22	77	13	58	54	0	20	25	1.44
889509--889584	24	3.2	23	78	14	75	77	7	2	11	1.08
889521--889585	25	2.6	24	83	7	76	78	7	1	12	1.02
889790--890035	98	2.5	98	88	3	377	43	17	27	11	1.84
890216--890298	34	2.4	34	85	0	130	61	9	24	4	1.46
890350--890389	19	2.2	19	90	4	64	57	27	15	0	1.38
892436--892473	19	2.0	19	94	0	67	15	39	5	39	1.70
894819--894887	22	3.1	22	77	10	70	71	8	10	10	1.33
894861--894909	20	2.3	22	80	16	59	75	6	8	10	1.18
895165--895194	13	2.4	13	94	5	53	83	0	16	0	0.65
896670--896766	28	3.5	28	83	8	126	27	16	31	23	1.96
896840--897057	51	4.3	51	76	4	192	33	12	25	28	1.93
899356--899450	20	4.8	20	89	0	136	43	13	13	29	1.83
900121--900265	42	3.5	42	82	6	154	40	16	23	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
900012--900227	119	1.8	117	80	11	262	40	13	25	19	1.89
900253--900922	61	10.9	60	80	8	677	29	19	26	24	1.98
900241--900949	125	5.7	123	83	6	756	29	19	26	24	1.98
900241--900953	185	3.8	185	87	3	898	29	19	26	24	1.98
902895--903893	64	15.7	64	75	10	497	27	24	16	32	1.96
903091--903385	96	3.0	96	85	4	380	28	25	15	30	1.95
903283--903898	127	4.9	124	82	5	688	26	24	16	32	1.96
903283--904304	438	2.3	429	79	7	1006	26	24	16	32	1.96
903283--903896	61	9.8	60	79	8	557	26	24	16	32	1.96
903818--904092	95	2.9	95	85	3	374	26	22	16	34	1.95
903881--903943	32	2.0	32	87	6	92	26	19	12	41	1.87
903974--904039	34	1.9	34	84	0	87	22	22	16	37	1.93
904007--904312	61	5.0	61	86	0	353	26	26	17	29	1.97
904284--904370	31	2.7	33	82	8	99	29	32	16	21	1.95
904295--904384	31	2.8	32	83	5	110	27	30	17	24	1.97
905210--905288	9	9.4	9	77	12	71	75	10	1	12	1.09
905217--905287	15	4.4	17	76	13	69	76	8	1	14	1.09
905218--905289	24	2.9	25	84	10	78	76	8	1	13	1.08
905496--905737	98	2.5	96	87	5	346	43	17	26	11	1.83
906004--906045	19	2.2	20	91	4	68	52	26	19	2	1.58
909319--909353	13	2.7	13	86	0	52	42	0	0	57	0.99
910351--910406	22	2.5	23	77	11	62	51	0	1	46	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
910895--910978	16	4.8	17	73	25	68	59	0	0	40	0.97
913930--913964	12	2.9	12	86	0	52	0	60	0	40	0.97
914062--914090	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
913936--914176	126	1.9	124	89	5	371	21	36	12	29	1.91
915042--915091	3	16.7	3	100	0	100	32	0	0	68	0.90
915379--915426	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
922486--922522	2	18.5	2	94	0	65	48	2	0	48	1.15
923693--923734	20	2.0	21	86	4	59	52	4	7	35	1.50
923702--923750	20	2.5	19	78	18	55	57	6	6	30	1.48
924623--924667	13	3.4	14	76	14	51	46	0	0	53	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12