genome.fa.s381.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold381
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1193157

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1598--1655	27	2.1	27	87	0	80	27	39	1	31	1.67
2443--2468	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2425--2488	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
4683--4732	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
6530--6560	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
8640--8677	13	2.9	13	88	0	58	36	18	13	31	1.89
10295--10337	23	2.0	21	81	9	50	13	9	16	60	1.58
11242--11267	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
11224--11288	32	2.0	32	87	6	94	43	15	13	27	1.85
12391--12418	7	4.0	7	100	0	56	14	0	0	85	0.59
12829--12887	27	2.2	27	93	0	100	44	18	1	35	1.60
12849--13005	79	2.0	79	91	2	253	37	14	3	45	1.60
13629--13660	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
14295--14322	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
15067--15131	30	2.2	30	85	0	58	24	36	27	10	1.89
15177--15422	30	8.2	30	88	0	341	21	34	31	11	1.90
15283--15556	45	6.1	45	74	1	244	19	36	35	9	1.84
15313--15529	105	2.1	105	90	0	335	19	35	35	9	1.84
15283--15556	135	2.0	135	89	0	413	19	36	35	9	1.84
15223--15556	15	22.3	15	69	3	215	19	35	34	10	1.86
15419--15580	30	5.4	30	87	0	207	20	38	31	9	1.85
15419--15565	60	2.5	60	94	0	267	20	37	32	9	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15885--15920	2	18.0	2	94	0	63	50	2	0	47	1.15
15920--15948	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
16213--16268	20	2.8	19	79	15	60	66	5	3	25	1.29
16853--16901	16	2.7	20	76	20	54	59	0	0	40	0.98
20714--20753	21	2.0	20	90	5	62	37	2	0	60	1.11
22798--22881	20	4.6	20	78	19	110	26	16	15	41	1.88
22836--22866	13	2.4	13	100	0	62	29	16	16	38	1.90
22816--22881	33	2.0	33	100	0	132	27	18	15	39	1.90
22798--22905	53	2.0	53	87	3	155	28	15	12	42	1.84
25406--25482	28	2.8	26	84	7	91	20	31	23	24	1.98
25253--25529	107	2.6	107	81	5	321	28	25	14	32	1.94
25465--25582	51	2.3	51	82	5	141	29	24	11	33	1.91
25516--25739	79	2.8	79	83	4	281	28	21	15	34	1.94
28948--29005	21	2.8	21	78	5	64	37	15	13	32	1.87
29064--29126	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
29083--29107	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
29062--29132	32	2.2	32	97	0	133	35	11	16	36	1.85
29178--29203	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
29158--29224	34	2.0	33	85	2	89	23	16	13	46	1.82
31576--31961	51	7.4	51	72	9	289	30	28	11	30	1.91
31685--31754	28	2.5	29	81	4	72	24	32	18	24	1.97
31741--31961	103	2.2	103	86	4	304	30	29	10	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31894--32177	79	3.6	78	76	7	234	28	25	12	33	1.92
33359--33431	20	3.7	19	76	7	74	39	10	13	35	1.80
34006--34622	29	21.6	29	86	4	824	23	17	29	29	1.97
34006--34623	57	10.8	57	85	4	809	23	16	30	29	1.96
35831--35877	23	2.2	23	85	11	64	2	6	12	78	1.02
43854--43895	18	2.3	18	95	0	75	16	26	7	50	1.71
51025--51164	60	2.3	60	91	2	219	27	33	16	22	1.95
51238--51816	61	9.7	62	80	11	579	25	25	20	28	1.99
51238--51816	123	4.9	122	86	7	689	25	25	20	28	1.99
51549--51816	55	4.7	55	82	10	308	26	27	21	25	1.99
51688--52283	156	3.9	150	85	5	714	25	27	20	26	1.99
52021--52150	62	2.1	62	81	4	147	21	28	19	30	1.97
52152--52388	55	4.3	55	89	1	325	29	26	20	24	1.99
52437--52901	62	7.8	61	80	7	454	26	25	19	27	1.99
52421--52861	178	2.5	172	79	8	483	27	25	19	27	1.99
52738--52850	54	2.1	54	88	3	165	27	26	19	26	1.99
53139--53368	39	5.4	39	68	18	138	26	25	20	27	1.99
53139--53522	87	4.2	89	85	7	479	24	25	20	29	1.99
53332--53567	49	4.7	51	84	4	300	23	24	19	33	1.97
53332--53563	52	4.6	51	85	4	292	23	24	19	32	1.97
53332--53567	101	2.3	101	92	0	382	23	24	19	33	1.97
54424--54486	19	3.6	19	64	24	57	33	14	17	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54422--54494	32	2.3	32	90	0	119	34	13	17	34	1.90
54538--54564	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
54518--54583	33	2.0	33	90	0	105	31	15	12	40	1.83
57788--57904	45	2.7	45	83	9	127	19	29	12	38	1.89
57955--58054	40	2.4	41	83	6	123	18	25	10	47	1.79
61023--61128	51	2.1	51	83	3	133	29	27	10	33	1.90
61119--61192	28	2.6	28	85	4	96	24	29	20	25	1.99
61106--61342	107	2.2	107	82	5	300	26	24	16	33	1.95
61223--61299	28	2.8	27	82	11	86	22	28	22	27	1.99
61283--61399	51	2.3	50	82	10	148	33	24	9	32	1.87
61336--61553	79	2.8	79	86	2	296	29	22	13	33	1.92
62096--62171	27	2.8	27	90	6	109	23	19	31	25	1.98
62155--62280	51	2.4	50	85	7	171	30	11	23	33	1.91
64714--64781	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
64736--64760	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
64717--64779	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
64817--64889	21	3.5	21	88	3	103	35	17	13	32	1.89
65642--66562	55	16.0	59	85	8	1012	24	19	28	26	1.99
65643--66563	116	8.0	113	85	8	981	24	19	28	26	1.99
67732--67765	15	2.3	15	89	0	50	2	20	11	64	1.39
72807--72932	51	2.4	50	80	7	144	33	11	21	33	1.90
75362--75429	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75384--75408	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
75365--75427	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
75465--75541	21	3.7	21	89	3	111	35	18	12	33	1.89
79798--79822	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
79750--79871	62	2.0	63	90	1	192	29	14	14	40	1.86
82159--82529	206	1.8	206	82	3	487	25	22	14	38	1.92
82493--82751	79	3.3	79	80	4	229	26	25	15	32	1.96
96234--96445	79	2.7	78	83	3	246	30	16	29	23	1.96
96477--96625	51	2.9	51	78	2	163	36	10	22	30	1.88
96608--96683	27	2.8	26	88	9	100	21	22	34	22	1.97
96346--96785	211	2.1	211	87	2	625	32	13	25	28	1.94
96667--96789	51	2.3	53	83	9	146	32	11	22	33	1.90
99159--99184	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
99138--99204	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
99224--99291	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
99246--99270	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
99227--99289	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
99327--99402	21	3.7	20	91	3	107	35	15	13	35	1.87
100562--100750	61	3.1	61	84	3	256	25	28	17	28	1.98
100759--101000	55	4.2	55	77	12	202	28	27	17	26	1.98
100834--101134	124	2.5	122	85	3	401	27	24	17	30	1.97
100834--101131	61	4.9	61	85	3	341	27	24	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101165--101491	41	7.7	42	74	10	245	20	24	12	41	1.87
101152--101435	85	3.4	85	78	6	292	19	23	13	42	1.87
102134--102212	20	4.0	20	94	0	140	31	15	7	45	1.74
106596--106653	27	2.1	27	87	0	80	29	37	1	31	1.67
107441--107466	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
107423--107487	32	2.0	32	87	6	94	43	15	13	27	1.85
111533--111563	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
113645--113682	13	2.9	13	88	0	58	36	18	13	31	1.89
115298--115340	23	2.0	21	81	9	50	13	9	16	60	1.58
116245--116270	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8