genome.fa.s381.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold381
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1193157

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
628879--628998	51	2.4	51	94	0	204	31	13	26	28	1.94
628643--629199	287	1.9	287	91	1	902	33	13	25	27	1.93
628800--629076	130	2.1	130	90	2	432	33	12	25	27	1.93
628930--629199	79	3.4	79	90	0	414	32	13	25	28	1.94
628721--629155	209	2.1	208	90	2	685	33	13	25	27	1.93
630401--630606	35	5.9	35	96	1	380	19	30	5	44	1.74
630614--630641	6	4.7	6	100	0	56	28	0	0	71	0.86
631070--631173	40	2.5	41	80	9	113	43	11	28	16	1.83
631307--631530	122	1.9	115	84	6	295	25	21	26	26	1.99
631306--631560	61	4.4	56	80	9	266	26	21	26	25	1.99
631579--631823	54	4.4	54	84	8	330	23	19	28	28	1.98
631746--631918	94	1.8	94	91	4	287	23	19	30	26	1.98
631839--631949	55	2.0	55	94	3	197	23	19	29	27	1.98
631689--632127	155	2.9	149	90	6	688	23	19	30	26	1.98
631995--632643	55	11.4	55	84	8	793	24	20	27	27	1.99
631995--632643	116	5.7	113	83	10	810	24	20	27	27	1.99
631992--632643	171	3.8	171	90	3	962	24	20	27	27	1.99
638785--639606	79	10.4	79	89	3	1212	33	13	25	26	1.94
638785--639606	235	3.5	236	89	3	1230	33	13	25	26	1.94
640793--640943	35	4.7	28	86	10	104	18	31	5	45	1.72
640810--640980	35	4.9	35	96	1	310	19	30	5	44	1.73
645190--645314	52	2.4	52	94	0	214	28	16	18	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
645190--645334	52	2.8	52	88	4	195	30	16	17	35	1.93
645320--645347	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
645388--645454	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
645410--645434	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
646248--646374	67	1.9	68	86	1	184	38	12	25	23	1.90
646378--646945	49	11.9	49	83	7	688	30	17	25	26	1.97
646387--646945	141	3.9	142	87	6	712	30	18	25	26	1.98
646433--646945	92	5.5	93	86	5	601	29	18	25	26	1.98
646938--647056	33	3.7	33	85	8	167	19	18	35	26	1.95
647119--647252	27	4.6	27	82	10	142	23	14	38	23	1.92
647047--647285	33	7.6	32	75	18	200	28	14	35	20	1.92
647049--647292	64	3.9	62	73	19	186	28	14	35	21	1.93
647292--647526	31	7.7	31	77	7	223	27	17	29	25	1.98
647292--647526	62	3.9	61	83	6	289	27	17	29	25	1.98
655647--655766	52	2.3	52	92	0	195	30	16	16	35	1.92
655649--655786	52	2.7	52	86	4	172	33	16	15	34	1.91
655772--655799	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
656539--656596	19	3.1	19	85	14	84	82	17	0	0	0.66
656537--656586	16	3.2	16	88	11	77	82	18	0	0	0.68
657874--657999	32	4.0	31	85	4	171	23	25	15	35	1.94
657875--658014	64	2.2	63	84	6	176	25	25	14	35	1.93
657894--658036	32	4.5	32	83	10	100	25	27	15	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
657948--658052	32	3.5	31	77	13	85	31	31	14	22	1.94
658044--658272	34	6.7	34	84	4	291	19	33	11	36	1.87
658103--658308	34	6.4	29	81	9	94	20	34	12	32	1.90
658040--658267	69	3.3	69	90	2	352	20	32	11	35	1.89
658260--658330	29	2.6	28	84	8	92	26	30	19	22	1.98
658358--658776	49	8.9	47	78	10	403	24	26	18	30	1.98
658406--658678	43	6.1	43	80	9	312	24	27	19	28	1.99
658358--658715	92	3.9	92	93	0	608	24	26	18	29	1.98
658512--658577	22	3.0	22	65	20	57	24	27	21	27	1.99
658633--658886	53	4.8	52	78	6	228	25	26	15	33	1.95
659433--659471	21	1.9	20	94	5	69	35	15	12	35	1.86
659509--659565	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
659522--659584	19	3.6	19	76	24	84	33	12	19	34	1.89
659508--659592	32	2.7	32	100	0	170	32	12	18	35	1.89
669046--669158	56	2.0	56	86	3	156	38	7	19	34	1.79
671136--671495	58	6.2	56	75	9	208	48	15	11	24	1.79
671228--671376	29	5.1	29	68	15	101	51	14	10	23	1.74
671136--671527	116	3.4	113	75	9	285	48	15	11	23	1.79
671278--671562	58	4.9	57	78	8	206	50	15	11	21	1.76
673528--673660	47	3.0	44	75	16	132	50	1	9	39	1.43
683096--683579	238	2.0	240	97	0	909	32	16	19	31	1.94
684802--684851	24	2.1	24	100	0	100	50	24	12	14	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
689188--689237	16	3.1	16	85	8	66	36	4	0	60	1.16
689390--689564	59	3.0	59	91	0	278	40	10	13	34	1.80
690506--690569	24	2.8	22	77	13	67	64	0	0	35	0.94
690568--690644	31	2.5	31	78	4	84	50	3	2	42	1.34
690631--690678	21	2.3	21	88	0	69	62	0	0	37	0.95
691562--691605	6	7.3	6	94	0	79	31	0	15	52	1.44
696355--696450	50	1.9	51	91	2	158	37	5	26	31	1.78
697581--697636	29	2.0	28	85	3	76	55	8	10	25	1.63
698873--698953	40	2.0	40	97	0	153	28	17	18	35	1.93
703162--703277	51	2.3	51	87	0	160	29	11	27	31	1.91
703262--703336	28	2.7	29	82	13	86	29	21	28	21	1.98
703217--703420	108	1.9	107	84	3	275	33	16	24	25	1.96
703353--703537	76	2.4	76	93	0	307	30	16	27	25	1.96
704735--704760	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
704747--704788	21	2.0	21	90	0	66	30	21	9	38	1.85
704813--704907	19	5.6	19	64	27	61	36	15	10	36	1.82
704807--704909	32	3.2	32	90	0	152	36	15	9	37	1.81
705562--705661	42	2.4	42	78	8	107	43	11	27	19	1.84
705774--705859	28	3.1	28	67	20	81	24	23	27	24	2.00
705950--706091	28	5.1	28	61	19	73	27	19	24	28	1.99
705746--706413	55	12.1	54	77	13	544	26	20	27	26	1.99
706177--706443	55	4.6	59	85	7	329	25	19	29	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
706046--706329	155	1.9	148	84	8	374	26	19	28	26	1.98
705986--706377	210	1.9	204	88	5	599	25	20	27	26	1.99
705931--706413	265	1.8	258	87	5	718	25	19	27	26	1.99
707415--707451	10	3.7	10	92	7	58	0	2	13	83	0.74
717764--717788	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
719863--719978	51	2.3	51	87	0	160	29	11	27	31	1.91
719951--720019	28	2.3	30	76	16	72	36	17	24	21	1.95
719918--720120	107	1.9	107	84	4	275	33	14	24	28	1.94
720054--720236	76	2.4	77	88	3	273	32	12	26	29	1.92
721062--721125	31	2.1	31	100	0	128	28	12	32	26	1.93
722637--722662	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
722649--722690	21	2.0	21	95	0	75	28	21	9	40	1.84
722707--722779	32	2.3	32	90	0	110	36	16	9	36	1.81
722734--722758	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
731745--731796	20	2.7	20	90	3	70	32	17	9	40	1.82
731753--731796	20	2.2	20	96	4	81	31	20	9	38	1.84
731785--731809	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
731765--731829	33	2.0	33	88	11	98	32	18	13	35	1.90
731858--731915	19	3.1	18	78	11	62	36	12	13	37	1.82
731899--731925	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
731880--731944	33	2.0	32	87	3	94	41	15	13	29	1.86
732357--732393	12	3.0	13	80	15	51	45	0	21	32	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
733809--733854	16	2.8	17	73	6	58	34	0	19	45	1.51
733794--733854	33	2.0	32	87	12	92	36	0	14	49	1.44
733964--734006	22	2.1	19	87	12	59	44	4	0	51	1.22
734185--734223	5	7.2	5	86	11	51	23	0	5	71	1.05
740943--741423	191	2.5	190	85	3	675	28	14	24	32	1.95
742082--742116	9	3.8	9	88	7	52	82	0	0	17	0.66
742125--742186	25	2.5	25	76	12	65	74	4	1	19	1.09
742432--742572	42	3.1	42	80	17	183	58	4	17	20	1.55
742484--742572	28	3.4	28	69	20	91	59	3	15	21	1.51
742181--742618	144	3.0	144	93	5	708	59	4	17	18	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8