genome.fa.s381.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold381
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1193157

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

This is table  6  of  8  ( 878 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
742182--742625	195	2.3	196	94	2	766	59	4	17	18	1.53
742182--742617	51	8.8	51	90	7	713	58	4	17	19	1.54
748212--748340	52	2.5	52	97	0	240	29	17	17	34	1.94
748212--748360	52	2.9	51	91	4	228	30	17	18	33	1.94
748349--748373	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
748416--748513	19	5.8	18	69	28	81	36	16	12	34	1.86
748435--748491	13	3.9	13	74	24	51	33	15	14	36	1.88
748414--748511	32	3.0	32	95	1	169	35	16	12	35	1.86
760163--760923	42	18.0	43	77	8	613	15	28	19	37	1.91
761443--761568	23	5.4	23	64	22	66	61	3	15	19	1.50
761460--761527	19	3.4	19	68	28	59	52	5	19	22	1.66
761442--761589	42	3.1	51	80	17	206	58	4	18	18	1.55
762329--762392	33	2.0	33	90	3	103	31	14	20	34	1.92
762414--762466	20	2.6	21	78	3	63	28	15	15	41	1.87
762454--762478	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
764936--764960	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
768480--768505	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
769212--769255	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
771061--771086	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
773167--773197	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
775001--775045	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
777261--777286	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
781016--781041	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
780994--781061	33	2.1	32	91	2	109	32	13	19	35	1.90
781094--781147	20	2.6	21	85	2	74	27	16	14	40	1.88
781133--781157	12	2.1	12	100	0	50	32	20	16	32	1.94
781716--781759	22	2.0	23	86	8	65	34	29	2	34	1.70
783445--783485	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
783831--783856	8	3.2	8	100	0	52	61	23	0	15	1.33
789793--789818	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
789771--789838	33	2.1	32	91	2	109	32	13	19	35	1.90
789871--789923	20	2.6	21	78	3	63	28	15	15	41	1.87
789911--789935	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
790692--790719	7	4.0	7	100	0	56	85	0	0	14	0.59
791330--791370	16	2.5	15	85	14	55	78	2	0	19	0.87
797807--797836	14	2.2	13	94	5	51	43	20	6	30	1.77
801323--801374	15	3.6	14	79	7	59	86	5	3	3	0.78
801323--801377	26	2.2	25	86	3	74	87	5	3	3	0.75
802655--802829	66	2.7	66	84	1	208	14	24	17	43	1.86
802712--802867	66	2.4	65	88	3	231	15	24	17	42	1.87
802866--802933	25	2.7	25	83	0	82	35	1	11	51	1.48
802866--802908	13	3.4	13	74	6	52	37	0	11	51	1.39
803364--803405	22	2.1	19	86	13	57	42	4	0	52	1.22
808919--808944	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
808897--808963	33	2.1	32	91	8	109	31	16	16	35	1.91
808931--808988	19	3.1	19	80	12	66	32	13	17	36	1.89
811443--811480	13	2.9	13	92	0	58	31	18	15	34	1.92
817634--817659	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
817612--817679	33	2.1	32	91	8	111	32	16	16	35	1.91
818245--818322	32	2.4	32	84	0	111	44	11	14	29	1.80
819815--819965	58	2.6	57	81	6	171	51	15	7	25	1.69
819872--819961	29	3.1	30	76	7	105	52	16	8	22	1.71
819811--819962	29	5.3	29	66	19	93	51	15	7	25	1.70
819815--819978	57	2.8	58	78	8	174	50	16	7	25	1.72
820025--820251	57	3.9	59	81	5	232	45	13	13	27	1.81
820123--820220	29	3.4	28	71	20	85	48	15	11	24	1.77
820007--820251	116	2.1	115	80	8	257	46	12	13	27	1.80
820007--820281	115	2.4	115	78	8	249	45	12	14	27	1.82
822615--822658	10	4.4	10	83	11	54	2	15	2	79	0.93
822631--822670	15	2.7	15	88	7	55	2	20	0	77	0.88
822620--822670	21	2.4	21	83	6	68	1	15	1	80	0.89
823576--823641	33	2.0	33	87	0	96	28	16	18	36	1.93
823578--823622	13	4.0	12	75	24	53	31	15	17	35	1.92
823696--823746	20	2.6	20	87	9	70	41	17	13	27	1.87
824786--824842	21	2.8	20	84	5	69	35	7	14	43	1.72
825653--825723	34	2.1	34	97	0	133	33	8	7	50	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
825653--825739	34	2.7	33	84	10	90	35	8	6	49	1.59
827879--827926	24	2.0	24	84	4	62	37	4	4	54	1.39
834464--834542	21	3.8	21	84	0	104	44	15	7	32	1.74
835156--835217	31	2.1	28	88	8	88	58	6	24	11	1.56
836855--837441	297	2.0	297	99	0	1156	28	21	15	34	1.94
840369--840418	18	2.8	18	80	14	59	44	8	6	42	1.58
842148--842173	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
842127--842191	32	2.0	33	87	6	96	27	13	16	41	1.87
842222--842295	20	3.7	20	78	8	69	29	16	13	40	1.86
850847--850872	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
850826--850890	32	2.0	33	87	6	96	27	13	16	41	1.87
851871--851934	33	2.0	32	87	3	92	29	10	20	39	1.87
852050--852090	20	2.0	20	90	0	64	26	12	21	39	1.89
852598--852642	22	2.0	22	91	8	74	35	28	0	35	1.58
854503--854527	13	1.9	13	100	0	50	36	8	16	40	1.77
860660--860711	20	2.7	20	90	3	79	28	11	21	38	1.88
860753--860805	20	2.6	21	82	8	65	30	16	15	37	1.90
865695--865732	20	2.0	20	84	5	51	39	5	5	50	1.48
865754--865879	49	2.6	49	84	2	164	40	10	0	48	1.43
865814--865897	28	3.1	28	80	10	77	38	11	1	48	1.48
865854--865905	26	2.0	27	92	3	88	44	9	1	44	1.48
872022--872097	32	2.5	31	84	4	100	26	15	18	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
872050--872166	51	2.3	50	89	2	180	28	15	16	40	1.88
876645--876698	20	2.7	20	88	8	74	33	16	11	38	1.84
877209--877233	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
886490--886562	20	3.7	19	85	7	76	31	13	16	38	1.88
886591--886658	33	2.1	33	84	15	88	27	13	19	39	1.89
892544--892582	13	3.0	13	80	0	51	30	17	12	38	1.88
892933--892985	19	2.7	19	88	2	79	32	15	16	35	1.90
893018--893071	20	2.7	20	91	5	83	29	14	18	37	1.91
900942--900999	13	5.0	13	71	26	58	29	13	15	41	1.86
900942--901017	32	2.4	31	95	2	134	28	13	15	42	1.85
901067--901120	20	2.7	20	82	5	65	33	12	14	38	1.85
901763--901830	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
901765--901827	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
901784--901808	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
901870--901895	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
901850--901916	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
904361--904436	28	2.7	28	87	0	98	23	34	18	23	1.96
904312--904516	107	1.9	107	81	5	243	27	28	14	28	1.95
904389--904625	80	3.0	76	77	6	222	27	28	13	30	1.94
926960--927097	58	2.4	57	72	11	136	26	12	11	50	1.74
927036--927146	49	2.3	49	81	10	122	24	13	13	48	1.78
927151--927364	29	7.5	29	70	18	128	28	10	14	46	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
927122--927508	58	6.7	58	78	6	349	26	11	13	47	1.77
927122--927493	115	3.2	114	80	6	392	27	12	13	47	1.77
927122--927384	29	9.1	29	70	18	111	27	10	14	47	1.77
927178--927500	29	11.2	29	63	25	87	26	11	13	47	1.77
927542--927746	58	3.6	57	69	9	148	26	11	18	43	1.84
927549--927788	116	2.1	113	82	3	284	25	12	17	44	1.84
932499--932550	19	2.7	19	100	0	104	26	15	11	46	1.80
932518--932652	51	2.6	50	81	6	155	28	14	11	45	1.80
943672--944128	81	5.7	79	79	6	465	27	25	12	34	1.92
950679--950874	32	6.0	33	74	7	161	38	17	13	31	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8