genome.fa.s381.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold381
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1193157

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116227--116291	32	2.0	32	87	6	94	43	15	13	27	1.85
117823--117881	27	2.2	27	93	0	100	44	18	1	35	1.60
117843--117996	79	1.9	79	89	2	238	38	12	3	44	1.59
120031--120095	30	2.2	30	85	0	58	24	36	27	10	1.89
120141--120386	30	8.2	30	89	0	350	21	34	31	12	1.90
120307--120463	75	2.1	75	89	0	233	19	35	35	8	1.83
120247--120520	45	6.1	45	74	1	244	19	36	35	9	1.84
120277--120493	105	2.1	105	90	0	335	19	35	35	9	1.84
120247--120520	135	2.0	135	89	0	413	19	36	35	9	1.84
120383--120544	30	5.4	30	87	0	207	20	38	31	9	1.85
120383--120529	60	2.5	60	94	0	267	20	37	32	9	1.85
120849--120884	2	18.0	2	94	0	63	50	2	0	47	1.15
120884--120914	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
121179--121234	20	2.8	19	79	15	60	66	5	3	25	1.29
121824--121872	16	2.7	20	76	20	54	59	0	0	40	0.98
128152--128209	24	2.3	26	88	5	84	34	25	13	25	1.93
137209--137450	121	2.0	121	96	0	448	36	12	12	38	1.82
139985--140037	22	2.5	20	82	14	61	39	0	1	58	1.09
140521--140563	17	2.5	18	74	11	54	39	0	0	60	0.97
142964--143008	19	2.4	19	96	3	83	26	8	13	51	1.70
144206--144267	27	2.3	27	94	0	106	25	20	30	22	1.98
144216--144274	27	2.2	27	87	0	82	32	15	33	18	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144737--144795	24	2.5	23	84	13	68	44	0	16	38	1.48
149221--149335	29	3.9	29	69	8	88	53	8	4	33	1.51
149184--149316	58	2.3	59	82	3	153	53	10	3	32	1.53
152335--152425	2	45.5	2	97	0	146	49	4	0	46	1.22
152669--152738	36	1.9	36	100	0	140	40	11	8	40	1.72
157872--157896	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
159061--159093	7	4.7	7	100	0	66	57	0	42	0	0.98
159339--160356	509	2.0	510	92	0	1682	43	12	9	35	1.75
162987--163064	37	2.1	37	82	0	93	26	11	21	39	1.88
163941--164016	25	3.1	25	68	22	63	47	0	0	52	1.00
164714--165692	253	3.8	254	76	10	721	34	13	16	34	1.88
164714--165736	512	2.0	509	78	7	1072	34	13	16	34	1.88
167812--167858	24	2.0	24	91	8	78	59	8	0	31	1.27
169715--169805	19	4.8	19	74	15	80	6	9	1	82	0.89
169707--169790	8	10.4	8	74	16	75	4	10	1	83	0.85
170783--170897	41	2.8	41	90	0	176	33	12	25	29	1.92
173554--173586	17	1.9	17	93	0	57	75	6	0	18	1.00
174595--174822	74	3.1	73	79	6	246	54	13	3	28	1.53
174858--175449	72	8.0	78	80	8	312	55	11	1	31	1.47
174832--175554	146	5.0	146	84	3	802	54	11	1	31	1.47
174624--175475	291	3.0	287	80	8	946	55	11	2	30	1.47
174910--175552	73	8.9	72	79	8	585	55	11	1	31	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175597--175621	13	1.9	13	100	0	50	56	8	0	36	1.29
176061--176113	22	2.4	22	78	12	54	58	1	0	39	1.09
176168--176201	13	2.5	13	85	4	50	55	8	0	35	1.31
175512--176571	582	1.9	560	81	8	1207	41	11	7	38	1.70
176652--176700	25	2.0	24	84	11	64	57	2	0	40	1.10
176622--176793	73	2.3	73	86	6	233	51	6	1	40	1.36
178618--178673	20	2.8	20	86	2	78	32	17	14	35	1.90
178591--178653	32	1.9	33	87	9	94	30	15	12	41	1.85
180271--180346	24	3.2	24	74	17	79	56	10	0	32	1.33
181640--181895	50	5.1	50	89	0	377	29	21	19	30	1.97
186376--186507	65	2.0	65	100	0	264	30	21	15	32	1.94
187413--187466	2	27.0	2	100	0	108	50	0	50	0	1.00
188487--188531	22	2.0	22	82	0	54	42	0	4	53	1.21
188504--188537	14	2.5	13	90	4	50	35	0	0	64	0.94
188548--188612	27	2.5	26	79	13	73	44	3	1	50	1.26
191476--191516	19	2.2	19	86	8	57	31	0	0	68	0.90
191476--191516	21	2.1	19	90	9	64	31	0	0	68	0.90
191464--191541	28	2.8	28	76	9	79	44	1	0	53	1.08
196574--196679	27	3.9	27	83	0	131	21	9	24	44	1.82
196539--196673	54	2.5	54	79	7	132	27	9	21	41	1.84
196576--196679	54	1.9	54	92	0	172	22	7	25	45	1.78
196575--196691	27	4.5	24	78	15	92	19	8	24	47	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196580--196705	27	4.9	24	80	10	83	22	9	24	43	1.83
199406--199472	33	2.0	33	88	5	100	31	16	14	37	1.89
199495--199551	19	2.9	20	89	5	89	35	15	14	35	1.88
199521--199582	33	1.9	32	90	3	97	41	17	14	25	1.88
200126--200247	60	2.1	55	89	7	181	31	28	2	37	1.70
200165--200237	19	4.0	18	72	18	53	27	32	2	36	1.71
202081--202109	13	2.2	13	100	0	58	41	17	13	27	1.87
202194--202218	7	3.6	7	100	0	50	56	28	0	16	1.41
208311--208366	19	2.9	19	91	2	85	35	17	16	30	1.92
208332--208396	33	2.0	32	87	3	94	38	18	16	26	1.92
209426--209466	21	1.9	22	85	5	57	34	21	24	19	1.97
209973--210065	20	4.7	20	76	7	82	32	16	16	35	1.91
216218--216245	13	2.2	13	100	0	56	28	14	14	42	1.84
218787--218851	33	2.0	33	87	6	96	33	15	15	35	1.89
223714--223753	21	2.0	20	85	5	53	47	0	0	52	1.00
227814--227863	20	2.4	21	93	3	84	44	0	0	56	0.99
227814--227872	20	3.0	20	86	13	79	42	0	0	57	0.98
231000--231043	22	2.0	22	82	8	54	38	0	9	52	1.33
233698--233736	20	2.0	19	85	14	53	56	0	0	43	0.99
234775--234836	21	3.2	20	82	8	74	43	0	0	56	0.99
234767--234828	21	3.0	20	86	9	79	41	0	1	56	1.09
234775--234836	20	3.2	19	82	17	74	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235451--235567	60	2.0	60	89	0	180	35	11	17	35	1.86
241203--241355	46	3.3	45	65	24	118	45	10	30	13	1.76
241139--241432	96	3.0	96	93	4	473	44	9	31	13	1.76
241153--241305	50	3.1	49	65	23	133	43	10	33	12	1.76
241377--241402	7	3.7	7	100	0	52	57	0	42	0	0.98
241710--241770	14	4.3	14	70	17	54	47	0	6	45	1.28
243416--243625	38	5.6	38	74	7	133	45	16	9	28	1.78
243524--243645	38	3.2	38	78	0	136	44	15	9	30	1.79
249913--249947	15	2.4	14	86	13	52	48	0	0	51	1.00
249905--249947	16	2.6	17	82	10	54	46	0	0	53	1.00
250328--250352	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
254804--254850	21	2.1	22	88	7	69	68	0	2	29	1.02
254783--254850	26	2.5	27	80	7	84	67	0	1	30	0.99
254805--254848	11	4.2	11	80	8	56	65	0	2	31	1.05
256451--256477	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
257202--257227	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
257184--257248	32	2.0	32	87	6	94	40	18	13	27	1.89
263661--263723	33	1.9	33	96	0	117	26	36	14	22	1.92
265209--265280	23	3.2	22	78	11	65	75	9	9	5	1.20
266675--267453	27	28.2	27	85	3	853	25	30	14	29	1.94
266683--267464	56	14.1	54	84	3	882	25	30	13	30	1.94
266868--268488	28	57.4	28	84	6	1185	28	29	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
267897--267965	36	1.9	36	96	0	129	30	28	18	21	1.97
275879--275976	38	2.6	38	81	3	99	43	19	12	24	1.85
275984--276058	38	2.0	38	89	0	114	33	14	16	36	1.89
276847--276904	20	2.9	19	78	12	55	56	1	3	37	1.26
280026--280068	22	2.0	22	85	0	59	27	0	25	46	1.53
281186--281226	20	2.1	19	86	4	55	29	4	2	63	1.28
281191--281234	19	2.2	20	84	4	54	34	4	0	61	1.16
281607--281650	23	1.9	23	86	9	63	50	2	4	43	1.35
282198--282252	26	2.0	28	82	10	69	61	3	3	30	1.30
282286--282342	25	2.3	25	79	8	64	61	1	0	36	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8