genome.fa.s389.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold389
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  982648

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7572--7621	19	2.6	19	93	0	82	30	12	20	38	1.88
7651--7677	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
10816--10857	18	2.5	17	88	11	68	83	11	4	0	0.79
11936--12404	62	7.7	61	82	6	529	24	27	18	30	1.98
12372--12556	82	2.2	84	83	1	230	21	25	12	40	1.89
12434--12768	46	7.9	45	79	10	259	20	25	12	41	1.87
12370--12632	83	3.1	82	80	8	244	19	26	12	41	1.86
12417--12771	83	4.2	83	76	12	190	21	25	12	40	1.88
13372--13443	20	3.6	20	90	0	108	30	15	9	44	1.78
15738--16199	79	5.9	78	82	4	421	28	25	14	32	1.94
20639--21072	168	2.6	166	84	5	522	29	10	9	50	1.68
20470--21184	165	4.3	161	76	10	529	29	10	9	50	1.68
21674--21756	10	8.7	9	80	9	76	83	0	15	1	0.72
21673--21756	11	7.5	11	81	6	80	83	0	15	1	0.71
21671--21738	24	2.8	25	86	13	97	85	0	14	0	0.60
21671--21747	20	4.1	19	80	16	88	83	0	16	0	0.66
21673--21756	36	2.2	37	89	6	125	83	0	15	1	0.71
21673--21738	1	66.0	1	72	0	51	86	0	13	0	0.57
22645--22909	142	1.9	142	86	1	379	36	12	9	41	1.75
23891--23948	20	3.0	20	84	2	73	29	10	13	46	1.77
23987--24011	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
24020--24148	52	2.5	52	94	0	222	34	18	17	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27595--27638	22	2.0	22	95	0	79	40	25	4	29	1.75
27603--27647	22	2.0	22	82	0	54	44	15	8	31	1.77
31525--31597	20	3.6	20	79	17	96	34	13	19	32	1.91
31543--31618	21	3.7	21	76	16	86	40	11	17	30	1.85
31525--31618	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
31657--31682	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
35253--35295	12	3.5	12	87	3	59	83	6	6	2	0.88
36409--36999	68	9.0	62	69	16	176	26	19	16	37	1.93
36602--37066	70	6.9	68	71	13	300	24	20	16	38	1.93
36744--37002	63	4.0	63	72	16	183	25	19	16	37	1.93
36773--37044	63	4.1	65	73	16	193	25	21	15	37	1.92
36773--37053	132	2.1	132	81	8	322	25	22	16	36	1.94
37727--37782	20	2.8	20	75	2	58	39	17	10	32	1.84
40097--40121	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
40077--40145	32	2.1	33	94	2	122	34	11	17	36	1.86
40183--40207	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
40216--40344	52	2.5	52	92	0	222	37	17	17	27	1.92
52991--53067	20	3.9	19	80	8	91	42	11	12	32	1.80
53050--53109	31	1.9	31	93	0	102	50	8	16	25	1.73
53765--53797	16	2.1	16	94	0	57	18	24	12	45	1.83
56148--56180	5	6.6	5	100	0	66	18	0	0	81	0.68
56495--56528	11	2.9	12	82	8	52	82	0	17	0	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56491--56528	11	3.5	11	85	7	51	81	0	18	0	0.69
57232--57287	20	2.8	20	97	0	103	42	10	14	32	1.80
57232--57310	40	1.9	42	87	5	117	39	12	13	34	1.83
60416--60441	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
60480--60555	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
60501--60573	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
60480--60573	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
62400--62424	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
66178--66253	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
66199--66271	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
66178--66271	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
66751--66867	51	2.3	51	85	2	146	28	26	11	33	1.92
66799--67024	78	2.9	78	82	1	245	27	25	13	33	1.94
66635--67436	208	3.9	208	80	5	829	28	24	12	34	1.92
66956--67073	51	2.3	51	85	4	177	26	25	14	33	1.94
67017--67230	79	2.7	78	86	2	295	28	26	11	34	1.91
66879--67153	129	2.1	129	80	7	342	27	25	12	34	1.92
67087--67357	129	2.1	129	83	5	343	29	25	11	33	1.91
67233--67522	78	3.7	78	83	5	336	28	22	12	36	1.91
67233--67515	156	1.8	157	83	3	381	28	22	12	35	1.91
80220--80315	20	4.7	20	76	2	57	40	9	16	33	1.81
80366--80416	20	2.5	20	87	0	75	29	15	7	47	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82081--82129	21	2.3	21	82	6	55	40	2	0	57	1.10
82805--82957	79	1.9	79	89	2	236	28	24	13	34	1.92
82945--83204	78	3.3	78	83	2	326	27	22	12	37	1.90
82839--83064	106	2.1	107	86	3	314	26	23	15	34	1.94
82805--83142	184	1.8	185	85	5	479	27	23	12	36	1.91
85327--85352	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
85309--85372	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
87574--87623	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
89420--89450	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
91444--91550	45	2.4	45	85	4	135	29	14	14	42	1.84
91510--91572	13	4.8	13	92	0	108	31	12	14	41	1.83
91695--91740	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
94114--94139	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
94096--94159	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
95066--95106	22	2.0	21	90	9	66	41	9	9	39	1.71
95225--95249	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
95204--95267	33	2.0	33	90	3	103	28	15	17	39	1.90
95318--95378	13	4.7	13	81	0	68	40	21	11	26	1.87
95316--95378	26	2.4	26	86	0	90	39	20	12	26	1.89
98978--99013	14	2.6	14	86	13	56	69	0	2	27	1.02
99386--99436	21	2.3	23	80	10	61	9	27	9	52	1.65
100465--100573	52	2.1	52	100	0	218	46	1	34	16	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100494--100575	23	3.2	26	65	25	73	45	2	36	15	1.60
103845--103985	70	2.0	70	100	0	282	32	15	15	36	1.89
105812--105842	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
107267--107303	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
119477--119870	131	3.0	131	96	0	725	39	10	9	40	1.72
120407--120437	11	2.8	11	95	0	53	0	12	0	87	0.55
120741--120818	35	2.2	35	80	15	90	26	3	7	61	1.41
121641--121674	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
126661--126742	41	2.0	41	100	0	164	39	7	9	43	1.65
131530--131579	20	2.5	20	87	6	66	38	22	12	28	1.89
131608--131663	19	2.9	19	86	2	76	37	17	14	30	1.90
131648--131674	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
131632--131693	33	1.9	32	87	9	90	41	16	14	27	1.87
136267--136293	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
136336--136406	32	2.2	32	94	0	124	35	19	12	32	1.90
136344--136407	19	3.7	19	74	23	77	35	18	12	32	1.89
137375--137399	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
137408--137744	52	6.5	52	95	0	602	35	17	18	28	1.94
140933--141558	92	6.4	98	84	7	656	31	18	26	23	1.97
140942--141558	49	12.6	49	81	7	652	31	18	25	23	1.98
141638--141690	27	2.0	27	96	0	97	28	15	33	22	1.94
141664--141998	37	9.6	35	79	13	279	36	11	31	20	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141637--141997	170	2.1	170	94	0	623	36	12	31	19	1.89
141808--141861	27	2.0	27	92	0	90	25	14	37	22	1.93
141699--141960	133	2.0	134	91	4	431	35	12	32	20	1.89
143372--143412	7	5.6	7	88	5	55	0	0	14	85	0.60
143347--143421	16	4.3	17	79	14	82	0	1	17	81	0.76
143365--143427	8	8.0	8	82	8	67	0	3	14	82	0.79
143345--143420	15	4.9	14	77	17	55	0	1	17	81	0.76
143372--143427	23	2.4	23	87	0	76	0	3	12	83	0.76
143380--143427	15	3.1	15	87	6	51	0	4	10	85	0.73
146750--146789	21	2.0	21	90	5	64	47	0	20	32	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7