genome.fa.s389.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold389
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  982648

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  2  of  7  ( 753 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151634--151762	52	2.5	52	94	0	231	30	17	17	34	1.93
151634--151780	52	2.8	51	89	4	215	31	17	17	34	1.93
151834--151902	32	2.1	33	91	2	113	36	18	11	33	1.87
155658--155711	20	2.7	20	91	5	83	37	18	12	31	1.89
156181--156243	31	2.0	31	93	0	108	47	12	14	25	1.79
157327--157365	20	2.0	20	94	0	69	43	7	15	33	1.75
158074--158342	107	2.4	113	78	9	270	35	15	24	25	1.94
158131--158385	52	4.8	52	75	8	210	33	14	25	26	1.94
158452--158664	32	6.7	32	80	4	216	21	17	29	31	1.96
158452--158664	64	3.3	64	82	0	248	21	17	29	31	1.96
158674--158762	31	2.9	30	75	6	90	31	13	31	23	1.93
159332--159390	28	2.1	27	84	3	73	25	15	20	38	1.91
160333--160381	7	6.9	7	97	2	89	26	0	0	73	0.83
163481--163536	27	2.1	26	93	3	94	3	10	10	75	1.17
164340--164401	18	3.6	16	77	10	52	22	0	1	75	0.88
164346--164395	10	4.8	11	78	14	52	20	0	2	78	0.86
164340--164387	17	2.8	17	81	12	53	20	0	2	77	0.88
164360--164407	6	7.8	6	77	13	53	18	0	0	81	0.70
164340--164401	11	5.9	11	74	24	62	22	0	1	75	0.88
164925--165036	43	2.6	43	71	9	104	37	13	29	19	1.90
165012--165393	84	4.6	84	84	2	446	35	18	27	18	1.94
165012--165575	42	13.5	42	68	8	263	35	18	27	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165011--165573	126	4.5	125	75	4	333	35	18	27	18	1.94
165695--165849	44	3.5	44	83	5	163	40	15	24	20	1.91
165912--166000	42	2.1	43	85	6	119	40	14	23	21	1.90
166920--167001	32	2.4	33	84	10	103	36	10	17	35	1.85
170883--170921	17	2.4	17	91	4	62	10	2	0	87	0.65
182134--182892	79	9.6	78	81	6	635	27	24	12	35	1.92
187701--187745	23	2.0	23	90	0	72	2	17	24	55	1.53
188801--188862	25	2.3	28	81	10	76	24	1	1	72	1.02
208907--209152	108	2.2	109	80	5	264	37	19	11	31	1.87
208904--209333	110	3.9	110	79	3	377	34	18	13	33	1.90
208969--209333	110	3.3	110	80	2	387	33	18	13	34	1.90
210155--210241	14	6.1	15	71	12	67	0	24	1	74	0.88
210194--210255	19	3.6	17	78	17	58	0	24	0	75	0.80
211229--211418	28	7.0	27	73	13	102	22	18	27	31	1.98
211242--211418	56	3.2	56	74	9	157	22	18	27	31	1.97
211456--211520	29	2.3	29	91	2	105	21	16	33	27	1.95
211472--211573	28	3.6	28	78	1	87	23	16	33	26	1.96
211756--211829	28	2.6	28	82	0	85	24	12	32	31	1.92
213210--213264	19	2.9	18	75	20	51	1	12	9	76	1.10
213214--213309	21	4.6	20	72	26	67	4	12	11	71	1.27
214195--214398	108	1.9	108	83	3	266	31	18	16	33	1.93
214238--214663	110	3.9	109	81	1	397	32	17	15	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217822--218108	20	12.7	20	68	22	133	29	14	12	42	1.83
217811--217949	71	2.0	71	97	0	260	29	14	12	43	1.83
217822--218108	91	3.2	91	90	1	441	29	14	12	42	1.83
217932--218108	51	3.7	49	74	18	167	29	15	11	42	1.83
233355--233421	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
233375--233399	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
233464--233488	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
233497--233617	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
240774--240807	15	2.3	15	89	0	50	85	5	8	0	0.75
241833--241982	31	4.9	30	79	8	149	24	29	17	29	1.97
241864--242371	34	15.8	32	79	11	418	21	32	13	31	1.92
241833--242009	32	5.7	32	84	6	168	24	30	16	28	1.97
241862--242371	96	5.3	92	77	12	356	21	32	13	31	1.92
241948--242371	34	13.1	33	80	13	456	21	34	12	32	1.91
241952--242338	160	2.4	158	85	10	529	21	34	12	31	1.91
241954--242371	194	2.2	192	84	10	530	21	34	12	31	1.91
242247--242337	27	3.1	27	78	19	110	21	35	14	28	1.93
242376--242440	33	1.9	34	96	3	123	27	36	18	16	1.93
242470--243042	49	11.9	49	87	4	812	24	26	17	31	1.97
242470--243041	98	6.0	98	97	1	1033	24	26	17	31	1.97
242816--243041	92	2.5	92	98	0	434	25	24	18	31	1.98
242823--243076	43	5.7	41	80	10	195	24	25	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243000--243384	171	2.3	168	90	4	602	24	24	14	36	1.92
244183--244249	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
244203--244227	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
244292--244316	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
244325--244445	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
250663--250791	52	2.5	52	97	0	240	29	17	17	34	1.94
250862--250930	32	2.1	33	94	2	122	36	18	11	33	1.87
250886--250910	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
253660--253729	9	7.8	9	78	12	81	82	14	1	1	0.80
253660--253723	16	3.9	16	81	4	74	82	14	1	1	0.81
253664--253729	25	2.4	27	82	9	82	83	13	1	1	0.79
254978--255812	89	9.5	84	80	9	661	30	31	16	21	1.95
254973--255812	147	5.7	144	81	9	832	30	31	16	21	1.95
254978--255812	28	28.5	28	79	10	755	30	31	16	21	1.95
255935--256066	48	2.8	48	88	0	192	19	25	17	37	1.94
256776--256921	20	6.8	20	69	16	94	30	14	14	40	1.86
256765--256897	71	1.9	71	95	0	239	30	15	14	40	1.86
256776--256974	91	2.2	91	86	3	276	30	15	13	41	1.84
260422--260465	18	2.3	20	80	7	56	31	31	0	36	1.58
264334--264374	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
266284--266343	29	2.0	30	93	3	104	46	10	20	23	1.80
266803--266831	15	1.9	15	100	0	58	55	0	6	37	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
267927--268374	166	2.7	165	82	6	519	39	8	18	34	1.80
271563--271589	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
271547--271609	33	1.9	33	86	0	90	41	12	14	31	1.83
271641--271684	19	2.5	17	82	13	61	36	18	13	31	1.90
271648--271688	19	2.2	19	95	0	73	41	19	9	29	1.83
274844--274872	13	2.2	13	100	0	58	58	6	0	34	1.25
275848--275887	20	2.0	20	85	9	55	47	0	0	52	1.00
276736--276770	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
279172--279205	18	1.9	18	94	5	61	32	2	0	64	1.08
279546--279587	17	2.5	17	92	7	68	54	0	0	45	0.99
280780--280825	16	2.9	15	80	6	56	17	19	0	63	1.32
285568--285672	34	3.1	36	77	12	96	55	0	0	44	0.99
285599--285645	17	2.8	17	71	12	51	53	0	0	46	1.00
285577--285690	48	2.4	48	82	8	135	56	0	0	43	0.99
285651--285689	20	1.9	21	89	5	62	64	0	0	35	0.94
286143--286188	21	2.3	20	75	10	51	54	0	6	39	1.26
286260--286288	14	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
286273--286419	69	2.2	69	83	9	178	55	0	0	44	1.04
286312--286369	16	3.7	16	73	11	57	46	0	1	51	1.11
286356--286409	26	2.1	26	82	6	65	55	0	0	44	0.99
286288--286447	69	2.3	70	84	10	197	54	0	0	44	1.09
286313--286430	32	3.6	31	70	15	94	52	0	0	46	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
286766--286832	32	2.1	31	83	8	82	44	1	0	53	1.09
287230--287269	20	2.0	20	90	4	64	37	2	2	57	1.26
287353--287430	21	3.8	21	78	11	63	34	1	0	64	1.02
287377--287434	21	2.8	21	86	0	80	37	0	0	62	0.96
289502--289764	37	7.0	39	76	10	176	38	18	16	26	1.92
289548--289683	38	3.6	37	81	7	107	38	19	14	27	1.91
289506--289764	75	3.4	74	76	12	226	38	18	16	26	1.92
291014--291078	34	1.9	34	83	0	85	50	7	6	35	1.56
291412--291475	33	1.9	34	90	3	103	29	15	15	39	1.89
291526--291551	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7