genome.fa.s389.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold389
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  982648

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  6  of  7  ( 753 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
731275--731313	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
731299--731377	20	3.7	20	70	20	70	45	16	12	25	1.82
733385--733422	15	2.5	15	91	0	58	13	21	15	50	1.78
737487--737512	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
737573--737645	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
737551--737645	41	2.3	42	96	1	174	29	17	12	40	1.87
741072--741127	19	2.9	19	91	2	85	35	16	17	30	1.92
741112--741138	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
746926--746993	29	2.3	29	84	2	91	27	25	17	29	1.97
746985--747184	33	6.4	32	74	8	126	27	29	10	33	1.90
747070--747199	33	4.0	33	84	3	165	24	26	10	37	1.88
747075--747199	65	1.9	65	88	0	187	25	27	11	36	1.90
747071--747214	33	4.6	30	77	11	110	25	26	11	37	1.89
747255--747765	33	15.8	32	77	7	408	30	30	17	20	1.96
747217--747765	65	8.6	65	78	7	457	30	30	17	21	1.96
747250--747765	97	5.3	94	77	8	473	30	31	17	20	1.96
747999--748027	14	2.1	14	100	0	58	41	20	6	31	1.79
748013--748421	52	8.1	52	76	10	303	24	22	16	36	1.94
748043--748126	41	2.1	40	86	2	114	26	21	19	33	1.97
748182--748379	102	1.9	104	85	2	274	23	23	16	37	1.93
749060--749112	20	2.6	21	87	6	81	39	11	16	32	1.85
749060--749133	21	3.6	20	85	3	85	39	12	16	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
749078--749235	41	3.9	41	69	12	117	39	14	15	30	1.88
749179--749235	21	2.7	21	100	0	114	40	14	14	31	1.85
749063--749335	102	2.7	100	90	3	413	38	15	16	30	1.89
749283--749335	20	2.7	20	100	0	106	28	18	18	33	1.95
752833--752863	2	15.5	2	93	0	53	51	0	0	48	1.00
752922--752952	16	2.0	16	93	6	55	77	0	6	16	0.97
765944--766007	30	2.1	30	85	0	83	26	17	12	43	1.84
768601--768659	28	2.0	30	87	9	86	27	27	13	32	1.94
768394--768884	79	6.2	78	80	6	488	29	23	13	34	1.92
768394--768884	158	3.1	158	82	3	587	29	23	13	34	1.92
768839--768910	28	2.6	28	84	4	92	26	27	19	26	1.99
768768--768961	107	1.8	107	87	2	291	28	25	12	32	1.93
768763--768983	107	2.1	106	82	5	266	28	24	13	33	1.93
768871--769017	79	1.9	80	82	4	190	28	25	10	34	1.90
773284--773389	22	4.8	22	75	6	90	46	7	8	37	1.63
773292--773396	44	2.4	44	78	0	120	45	8	8	37	1.65
773400--773473	21	3.5	21	77	1	76	43	29	8	18	1.79
774999--775040	19	2.3	19	87	4	59	33	2	0	64	1.07
774990--775051	24	2.7	22	81	18	65	37	1	1	59	1.17
789252--789285	13	2.7	13	95	4	61	32	11	5	50	1.63
789339--789380	18	2.3	18	87	0	57	45	4	2	47	1.36
789404--789430	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
789916--789952	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
789952--789990	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
792731--792793	18	3.7	17	77	14	67	38	1	1	58	1.17
793290--793342	26	2.0	26	85	10	72	39	3	0	56	1.17
795089--795249	58	2.8	58	82	5	200	45	17	8	28	1.76
797144--797181	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
797180--797222	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
802508--802542	13	2.7	13	100	0	70	28	20	17	34	1.95
802534--802660	32	4.0	32	74	14	120	37	11	24	27	1.89
802688--802712	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
802793--802833	21	2.0	21	85	9	57	36	12	14	36	1.84
808634--808712	39	2.0	39	95	0	140	30	10	15	44	1.79
812894--812931	18	2.2	17	90	4	58	0	15	0	84	0.63
812894--812944	26	2.0	26	92	0	84	0	17	0	82	0.67
813299--813373	37	2.0	37	100	0	150	42	2	17	37	1.63
813353--814010	167	4.0	165	82	6	701	49	8	10	31	1.68
814726--814842	37	3.2	36	89	2	164	38	7	21	32	1.82
818745--818795	21	2.5	21	84	6	70	39	11	15	33	1.84
824340--824433	20	4.7	20	96	2	163	36	19	11	32	1.88
824460--824515	19	2.8	20	83	5	78	33	14	14	37	1.86
825502--825556	19	2.9	19	97	0	101	34	10	14	40	1.81
825596--825660	13	5.0	13	96	0	121	30	13	15	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
828019--828356	52	6.4	53	73	11	221	30	25	12	31	1.92
828340--828413	28	2.6	28	89	8	107	25	31	17	25	1.97
828019--828424	213	1.9	212	89	2	627	28	26	13	31	1.94
828014--828467	213	2.1	212	86	2	617	28	26	13	31	1.94
828373--828574	79	2.6	79	80	3	201	25	28	16	29	1.97
836258--836311	20	2.7	20	85	5	74	37	18	11	33	1.86
836340--836392	19	2.7	19	88	2	70	33	15	15	35	1.88
843898--843929	10	3.1	10	95	4	55	90	9	0	0	0.45
843898--843927	11	2.7	11	100	0	60	93	6	0	0	0.35
846598--846666	33	2.1	33	91	0	111	47	2	1	47	1.25
850094--850139	11	4.6	10	80	15	51	34	0	0	65	0.93
850083--850140	10	5.5	11	76	17	61	32	0	0	67	0.91
854665--854717	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
855540--855568	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
860264--860293	1	30.0	1	93	0	51	0	3	0	96	0.21
869859--869889	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
870650--870702	20	2.6	21	88	5	74	30	16	13	39	1.87
870688--870714	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
870700--870754	20	2.8	19	83	5	74	30	14	14	40	1.86
871174--871200	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
875442--875479	13	2.9	13	100	0	76	31	15	15	36	1.90
875598--875639	21	2.0	22	90	4	68	26	19	4	50	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
875599--875645	21	2.3	20	82	10	60	31	19	4	44	1.70
878013--878038	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
884347--884395	21	2.3	21	78	0	53	44	4	28	22	1.71
885827--885868	20	2.1	20	100	0	84	23	4	47	23	1.70
886132--886173	21	2.0	21	95	0	75	42	11	19	26	1.85
886160--886185	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
886162--886206	20	2.2	21	88	4	65	28	24	13	33	1.93
888546--888677	51	2.6	52	87	1	185	31	25	10	31	1.90
888557--888677	52	2.4	51	90	1	179	33	24	10	31	1.90
888661--888762	27	3.7	27	92	3	152	29	33	14	22	1.94
888715--889159	79	5.6	78	84	2	507	27	26	14	31	1.94
889113--889184	25	2.7	26	84	14	101	20	33	20	25	1.97
893191--893226	13	2.8	13	100	0	72	25	22	8	44	1.80
894332--894356	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
894827--894893	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
895203--895227	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
895236--895364	52	2.5	52	89	2	206	34	17	17	29	1.94
898878--898955	20	3.9	20	89	0	129	32	12	12	42	1.81
905548--905625	28	2.8	28	84	7	97	26	17	30	24	1.97
905610--905723	51	2.2	51	85	0	156	29	11	26	32	1.91
905660--905835	79	2.2	80	87	1	255	30	13	26	29	1.94
905433--905964	237	2.2	239	83	4	682	32	12	25	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
905737--906081	51	6.6	51	73	12	254	31	12	26	29	1.92
905789--905859	27	2.6	28	84	8	92	22	21	30	25	1.98
905842--906080	51	4.6	51	84	2	309	31	11	26	29	1.92
905842--906080	102	2.3	104	87	2	349	31	11	26	29	1.92
908170--908234	32	2.0	32	90	0	103	35	13	12	38	1.83
909008--909109	42	2.4	43	86	4	136	48	12	23	15	1.80
909126--909379	61	4.3	61	85	6	310	25	22	27	25	2.00
909399--909941	55	9.5	55	80	7	534	25	19	26	28	1.99
909399--909941	226	2.4	228	85	4	698	25	19	26	28	1.99
909426--909941	171	3.0	171	81	9	577	26	19	26	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7