genome.fa.s398.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold398
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1204187

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24--1146	156	7.2	157	82	6	1273	22	15	22	40	1.91
5--1146	468	2.4	465	89	2	1702	22	15	22	40	1.91
1143--1169	12	2.2	12	100	0	54	40	14	22	22	1.90
2008--2161	84	1.8	84	85	2	220	32	12	36	18	1.89
2112--2233	42	3.0	41	72	14	115	34	12	32	20	1.90
2046--2646	167	3.6	163	77	8	514	35	14	30	19	1.92
2113--2646	84	6.4	84	83	3	574	35	14	29	20	1.92
2041--2593	251	2.2	251	83	2	691	35	15	30	19	1.93
3134--3482	78	4.5	78	81	5	382	29	16	26	27	1.96
4183--4472	88	3.3	86	81	4	330	43	15	17	23	1.87
5286--5333	19	2.7	19	78	12	57	2	16	2	79	0.93
6921--6960	18	2.2	19	86	4	55	37	2	22	37	1.68
8708--8743	12	2.8	13	87	12	56	63	8	0	27	1.23
8847--8973	26	4.9	26	98	0	238	51	7	29	11	1.64
9291--9432	18	7.8	18	72	11	110	30	37	23	8	1.85
9329--9432	55	1.9	55	84	4	138	31	36	22	9	1.86
10354--11182	51	15.9	51	72	11	529	28	25	13	33	1.93
10411--11128	262	2.7	262	94	0	1276	28	25	13	33	1.93
11189--11263	28	2.7	29	85	4	91	25	34	17	22	1.96
10672--11316	314	2.1	313	88	3	960	28	25	13	32	1.94
11221--11423	79	2.6	79	81	4	239	25	29	15	29	1.96
19617--19659	11	3.8	11	81	3	50	83	6	2	6	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19614--19659	24	2.0	24	86	4	67	82	6	2	8	0.91
20619--20830	95	2.2	95	94	0	379	25	31	18	23	1.98
20749--21337	55	10.4	55	85	6	766	27	27	21	24	1.99
20749--20836	26	3.3	26	65	14	70	26	30	20	22	1.98
20921--21009	26	3.3	26	64	14	72	28	31	19	21	1.97
20749--21337	172	3.5	166	90	5	919	27	27	21	24	1.99
20749--21337	227	2.6	226	90	1	955	27	27	21	24	1.99
21952--21978	6	4.5	6	100	0	54	55	14	0	29	1.40
22082--22183	26	4.0	26	97	1	188	51	7	28	11	1.66
22492--22647	55	2.8	55	78	7	147	32	37	21	8	1.84
22560--22647	18	4.9	17	73	12	68	30	37	22	9	1.85
23552--24410	104	8.3	104	70	13	405	28	25	12	32	1.93
23820--23894	28	2.7	28	82	0	78	24	33	18	24	1.97
23668--24051	211	1.8	211	84	4	524	28	25	13	32	1.93
23618--24335	262	2.7	262	95	0	1283	28	25	13	32	1.93
23559--24412	51	16.4	51	72	10	516	28	25	12	32	1.93
24395--24471	28	2.7	29	86	4	95	24	35	18	22	1.96
24425--24659	79	3.0	79	79	4	267	27	29	13	30	1.94
23879--24522	313	2.1	313	88	3	949	28	26	13	31	1.94
32238--32304	36	1.9	35	88	11	102	28	25	13	32	1.93
34907--34953	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
35844--36008	84	2.0	84	82	7	201	24	19	3	52	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37534--37600	36	1.9	35	88	11	102	28	25	13	32	1.93
38059--38084	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
38039--38102	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
48579--48619	18	2.3	18	86	0	55	41	14	9	34	1.79
48641--48681	22	1.9	22	90	5	66	43	9	7	39	1.65
60737--60796	29	2.1	29	100	0	120	30	23	16	30	1.96
65588--65617	9	3.4	9	90	9	53	83	0	16	0	0.65
65587--65626	10	4.2	9	87	6	53	82	0	17	0	0.67
65587--65626	19	2.1	19	86	9	55	82	0	17	0	0.67
66235--66261	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
66217--66280	32	2.0	32	90	3	101	29	15	15	39	1.89
66246--66282	19	1.9	19	100	0	74	32	16	16	35	1.91
66310--66363	20	2.7	20	88	5	74	31	11	18	38	1.86
72411--72437	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
74350--74415	28	2.4	28	94	0	114	30	13	31	24	1.94
75004--75059	20	2.9	19	82	7	69	41	10	14	33	1.80
75085--75138	20	2.7	20	83	11	67	33	14	16	35	1.90
76541--77296	61	12.4	61	83	3	814	26	25	18	29	1.98
77827--77962	50	2.7	50	85	7	186	25	16	14	42	1.87
77827--77962	51	2.7	50	87	3	193	25	16	14	42	1.87
80326--80355	15	2.0	15	93	0	51	36	16	26	20	1.93
86661--86687	13	2.1	13	100	0	54	37	14	7	40	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86753--86806	20	2.7	20	94	0	90	33	12	16	37	1.87
89036--89339	52	5.9	51	76	7	220	24	21	16	37	1.93
89094--89339	104	2.4	104	79	3	244	23	22	16	36	1.94
90041--90095	20	2.7	21	77	2	58	40	10	16	32	1.83
90131--90255	51	2.4	52	87	1	180	26	16	16	41	1.88
90253--90993	370	2.0	370	95	0	1347	32	22	14	30	1.94
96336--96377	22	1.9	22	90	9	68	76	2	0	21	0.90
96336--96430	15	6.5	15	77	10	72	75	5	0	18	0.98
96336--96424	7	12.4	7	73	13	65	76	5	0	17	0.98
96334--96425	35	2.6	35	72	13	82	75	5	0	19	1.00
96468--96632	88	1.9	88	93	2	287	26	18	12	41	1.87
97425--97450	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
97507--97562	21	2.6	22	94	5	105	37	14	25	23	1.92
97550--97580	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
97605--97740	53	2.6	53	93	0	236	27	18	18	35	1.94
99691--100267	79	7.3	79	76	6	472	28	25	13	32	1.94
99684--100195	160	3.2	158	83	5	656	27	25	13	33	1.94
99684--100256	160	3.6	156	80	5	596	27	25	13	32	1.94
99937--100263	157	2.1	157	81	2	361	28	25	13	32	1.94
106834--106889	20	2.8	20	86	5	78	35	21	10	32	1.88
106917--106971	19	2.8	19	86	10	76	34	14	14	36	1.87
106939--106983	19	2.3	19	88	3	63	40	8	15	35	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107587--107635	24	2.0	24	92	7	82	38	24	8	28	1.84
115655--115708	19	2.8	19	86	10	74	33	20	14	31	1.93
117203--117230	13	2.2	13	100	0	56	39	7	14	39	1.73
125324--125348	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
125303--125365	33	1.9	32	87	9	92	30	14	15	39	1.87
125399--125463	33	2.0	33	84	6	87	32	12	20	35	1.89
136116--136146	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
138160--138266	45	2.4	44	85	7	135	29	14	14	41	1.86
138226--138290	13	5.0	13	94	0	112	33	15	15	35	1.89
138227--138290	26	2.5	26	100	0	128	34	15	15	34	1.90
138411--138456	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
140837--140862	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
140917--140955	20	1.9	21	94	5	71	43	10	10	35	1.73
143699--144172	235	2.0	235	99	0	930	29	18	17	34	1.94
147502--147526	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
147515--147567	20	2.7	20	91	2	81	30	13	18	37	1.89
151339--151380	17	2.4	18	88	4	68	35	14	9	40	1.78
153685--153886	101	2.0	101	91	0	323	31	12	22	33	1.92
154359--154390	13	2.4	13	94	5	55	28	12	18	40	1.87
162915--162981	36	1.9	35	85	11	93	29	26	11	31	1.92
163429--163482	20	2.7	20	100	0	108	29	11	16	42	1.83
163472--163496	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163544--163599	21	2.6	22	94	5	96	37	8	25	28	1.86
163587--163617	10	3.1	10	95	0	53	41	3	29	25	1.71
163641--163777	53	2.6	53	90	1	220	28	16	16	37	1.91
163765--163816	21	2.5	20	81	3	59	30	13	17	38	1.88
163858--163898	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
165852--165893	20	2.0	21	86	9	59	40	9	11	38	1.75
166008--166032	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
165987--166050	33	2.0	33	90	3	103	28	15	17	39	1.90
166599--166678	32	2.3	36	85	8	105	30	16	22	31	1.96
171686--171722	19	1.9	19	100	0	74	35	16	16	32	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7