genome.fa.s398.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold398
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1204187

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
509892--509928	19	1.9	19	88	0	56	45	0	0	54	1.00
509862--509931	29	2.4	30	83	7	90	42	0	0	57	0.99
510147--510192	2	23.0	2	100	0	92	0	50	0	50	1.00
510542--510592	20	2.6	19	81	9	57	37	0	1	60	1.08
510542--510603	21	3.1	18	76	19	52	38	1	1	58	1.18
513267--513301	18	1.9	18	88	11	54	74	0	5	20	1.02
513416--513508	36	2.6	36	82	0	96	44	5	11	38	1.64
514260--514507	124	2.0	124	97	1	471	35	16	16	31	1.91
519637--519674	20	1.9	20	94	0	67	47	28	18	5	1.70
519948--520021	20	3.7	19	87	7	94	47	13	10	28	1.76
522514--522538	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
522494--522556	33	1.9	33	87	12	94	31	17	15	34	1.92
522588--522643	19	2.9	19	91	2	85	35	16	17	30	1.92
529431--529504	20	3.7	20	85	7	89	31	14	16	37	1.89
531212--531265	20	2.7	20	91	2	81	33	20	9	37	1.84
532478--532516	19	2.0	20	85	14	55	38	7	2	51	1.44
534747--534889	52	2.8	52	80	5	159	32	12	11	43	1.79
540880--540904	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
540858--540923	33	2.0	32	88	8	98	31	15	15	37	1.88
540889--540945	19	3.0	20	84	7	82	33	15	17	33	1.92
549669--549693	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
549648--549714	33	2.1	31	86	10	91	31	13	16	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
549678--549733	19	2.9	20	76	7	62	37	14	14	33	1.86
549763--549801	20	2.0	20	94	0	69	28	10	17	43	1.82
549782--549809	13	2.2	13	100	0	56	32	14	14	39	1.86
549763--549831	33	2.1	33	91	0	111	31	10	17	40	1.83
549790--549829	20	2.0	20	90	0	62	37	10	15	37	1.80
553435--553657	81	2.8	82	79	6	199	41	14	17	26	1.88
553473--553657	81	2.3	81	82	5	216	42	14	17	25	1.87
555674--555735	32	1.9	33	83	9	83	30	20	14	33	1.93
561982--562025	22	2.0	22	86	0	61	70	11	11	6	1.33
561994--562040	22	2.1	21	85	14	60	70	12	12	4	1.31
567646--567882	112	2.1	112	78	3	253	29	18	14	36	1.91
568226--568525	88	3.4	86	76	2	251	24	17	13	45	1.84
568446--568499	22	2.6	20	78	16	56	29	18	11	40	1.85
568875--568925	20	2.5	20	100	0	102	13	15	19	50	1.77
569241--569519	78	3.6	78	80	2	301	28	26	16	28	1.97
569258--569617	156	2.3	156	80	4	386	27	25	15	30	1.96
570089--570785	84	8.3	83	76	6	541	21	28	13	37	1.91
570134--570791	252	2.6	251	79	5	661	20	28	14	37	1.91
570452--570580	43	3.0	43	68	13	113	20	27	18	33	1.96
570904--571081	94	1.9	94	90	0	284	16	20	14	48	1.81
570998--571317	167	1.9	168	83	4	414	19	25	11	43	1.84
573885--573963	40	2.0	40	84	0	104	41	16	29	12	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
577436--577782	155	2.3	152	78	8	327	35	19	19	25	1.95
577512--577792	155	1.8	155	82	1	366	35	17	19	27	1.94
579133--579225	36	2.8	33	76	15	100	31	12	24	31	1.93
579478--579849	145	2.7	140	84	7	499	41	10	11	37	1.75
579492--579877	134	2.8	134	79	9	443	42	10	12	34	1.77
580785--580833	21	2.3	21	85	3	71	0	22	0	77	0.77
581248--582238	475	2.1	475	86	3	1399	31	17	13	37	1.89
581346--582039	159	4.4	159	71	11	460	31	16	14	37	1.89
581428--582252	159	5.2	158	71	10	461	31	17	13	37	1.89
584407--585557	469	2.4	469	84	2	1455	33	17	12	36	1.87
587027--587070	21	2.1	21	83	8	54	27	31	2	38	1.69
588865--588890	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
590969--590999	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
595148--595192	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
597151--597176	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
597584--598334	159	4.7	158	68	13	448	30	19	13	36	1.91
597560--600024	477	5.2	475	84	4	2923	30	17	13	37	1.89
597560--600024	947	2.6	944	84	3	3087	30	17	13	37	1.89
599994--600043	18	2.7	18	90	6	73	14	16	10	60	1.59
600327--601474	159	7.3	158	68	10	423	31	18	13	37	1.89
600103--602554	472	5.2	474	84	2	3045	31	17	14	36	1.90
602962--603014	20	2.7	20	85	8	72	41	16	13	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
607063--607092	15	2.0	15	93	0	51	50	13	23	13	1.77
608532--608556	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
608749--608773	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
610589--610653	33	2.0	33	85	11	89	43	16	13	26	1.86
616197--616258	31	2.0	32	96	3	117	33	19	12	33	1.90
616197--616299	19	5.7	19	82	15	121	33	18	12	34	1.89
616692--616720	12	2.4	12	100	0	58	17	0	24	58	1.38
616720--616822	51	2.0	51	96	0	188	22	6	16	54	1.65
616747--616833	25	3.4	26	69	4	70	26	5	13	54	1.62
618770--618820	26	2.0	25	85	11	68	50	0	25	23	1.49
621299--622273	473	2.1	472	83	5	1220	31	16	13	38	1.87
622815--622865	20	2.5	20	90	0	75	33	13	17	35	1.89
630650--630714	29	2.5	23	74	23	67	46	4	13	35	1.64
630662--630718	29	2.0	29	100	0	114	45	3	19	31	1.67
630664--630726	29	2.2	29	94	0	108	49	3	19	28	1.63
631298--631370	20	3.7	19	87	7	85	28	15	17	38	1.90
632202--634050	476	3.9	475	83	3	2256	31	18	13	36	1.89
634050--640162	476	12.9	476	82	2	6764	31	17	13	36	1.89
639775--640540	398	1.9	398	82	3	959	32	18	13	35	1.90
639299--641035	873	2.0	874	83	3	2197	31	18	13	36	1.90
640173--647827	475	16.1	476	82	3	8370	31	18	13	36	1.90
647933--649274	476	2.8	474	84	3	1716	31	18	13	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
648941--649688	397	1.9	396	83	5	967	30	19	14	35	1.91
649309--667180	475	37.7	476	80	4	18207	31	17	13	37	1.89
667142--669369	937	2.4	930	82	5	2627	30	17	14	37	1.89
673096--673134	19	2.1	19	85	0	51	28	15	12	43	1.83
673159--673212	20	2.7	20	85	5	65	35	16	12	35	1.87
673259--673321	32	1.9	33	87	3	92	39	15	15	28	1.89
675952--678233	466	4.9	466	93	0	3884	42	17	12	28	1.85
677768--677849	20	3.8	20	69	20	65	30	13	15	40	1.86
675952--678235	931	2.5	932	93	0	3899	42	17	12	28	1.85
681154--681198	22	2.0	22	100	0	90	20	26	4	48	1.68
683946--683970	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
683930--683991	33	1.9	32	86	3	88	40	17	16	25	1.90
684272--686086	476	3.9	466	81	6	1946	32	17	13	36	1.89
686856--688325	478	3.1	470	85	3	1835	31	17	13	36	1.90
690088--690154	35	1.9	35	88	8	102	29	22	11	35	1.90
690702--690752	19	2.6	20	78	3	59	41	13	13	31	1.84
691507--691540	16	2.1	17	88	5	52	52	14	20	11	1.73
697381--697438	24	2.4	24	94	0	89	10	22	3	63	1.40
701722--701794	20	3.7	18	82	14	83	31	19	13	35	1.91
701847--701912	33	2.0	32	82	2	78	39	15	15	30	1.88
702431--702504	17	4.1	17	71	17	60	31	32	1	35	1.66
708177--708227	24	2.2	24	85	3	68	25	15	5	52	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
710301--710331	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
710281--710347	33	2.0	33	88	11	102	32	17	13	35	1.89
711182--711232	20	2.6	20	81	3	68	29	17	15	37	1.91
711261--711313	20	2.7	20	85	5	72	35	13	18	32	1.90
712055--713438	477	2.9	470	82	4	1584	31	18	13	36	1.89
714047--717391	474	7.1	473	82	3	3609	31	18	13	35	1.90
717989--733894	476	33.7	473	83	4	17217	31	17	13	36	1.89
719965--720620	159	4.1	157	67	12	379	33	16	15	34	1.91
720347--720991	158	4.1	158	67	10	400	33	16	13	36	1.88
733071--734735	841	2.0	845	87	3	2450	31	17	13	37	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7