genome.fa.s398.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold398
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1204187

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
733901--735767	475	4.0	468	82	6	2066	31	17	14	37	1.89
734292--735479	158	7.5	158	67	11	435	32	17	13	36	1.89
735717--735820	52	2.0	52	100	0	208	34	19	15	30	1.93
736942--737023	27	2.9	29	73	14	98	35	30	7	26	1.84
737081--737992	475	1.9	475	79	6	1006	31	19	13	35	1.91
737135--738925	782	2.3	776	90	3	2597	30	19	14	35	1.91
741845--743103	475	2.7	472	82	3	1397	31	17	14	36	1.90
743106--744493	476	2.9	473	83	3	1752	30	18	14	36	1.90
745656--746307	158	4.1	157	69	12	409	31	16	14	36	1.90
745090--746998	475	4.0	471	81	5	1970	31	17	13	37	1.89
745152--747256	950	2.2	953	79	5	2088	31	18	13	36	1.90
747588--749521	476	4.1	476	87	2	2403	29	18	15	36	1.91
748502--749183	158	4.3	157	66	12	388	29	18	15	36	1.92
751028--751991	474	2.0	474	85	4	1282	31	17	14	36	1.90
751170--752099	474	2.0	473	82	5	1128	31	18	13	36	1.90
752599--754033	469	3.1	463	81	6	1505	31	18	13	36	1.90
754777--756291	476	3.2	471	83	3	1937	29	17	14	37	1.90
757060--758037	474	2.1	472	83	3	1185	31	18	14	36	1.90
758479--759787	476	2.8	469	80	6	1462	31	18	15	35	1.92
760288--760434	19	8.6	19	73	25	141	41	15	14	27	1.87
760306--760395	13	6.0	13	73	26	72	40	15	15	28	1.88
760288--760414	32	4.0	32	100	0	254	40	15	15	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
762633--762682	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
766594--766629	13	2.8	13	95	0	63	36	19	13	30	1.91
769201--769226	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
769183--769246	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
770126--770338	106	2.0	106	97	0	399	33	15	13	37	1.87
772091--772156	27	2.4	28	82	2	80	15	12	6	66	1.42
774162--774234	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
774179--774255	21	3.7	21	79	6	95	44	11	15	28	1.82
774162--774255	41	2.3	41	96	3	172	40	12	17	29	1.86
774294--774319	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
778382--778412	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
780492--780529	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
782370--782465	48	2.0	48	100	0	192	37	8	29	25	1.85
783017--783089	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
783034--783110	21	3.7	21	79	6	95	44	11	15	28	1.82
783017--783110	41	2.3	41	96	3	172	40	12	17	29	1.86
783149--783174	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
788344--788396	19	2.8	19	97	0	97	26	16	16	39	1.91
795698--795764	29	2.3	29	87	5	91	32	20	22	23	1.98
796829--796876	20	2.5	20	93	3	80	33	20	12	33	1.90
796907--796959	20	2.7	20	82	5	63	37	11	16	33	1.85
797724--797779	19	2.9	19	91	2	94	30	19	14	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
808660--808687	12	2.3	12	100	0	56	53	0	14	32	1.41
813565--813610	20	2.3	20	88	0	65	41	15	10	32	1.82
831747--831778	10	3.2	10	95	0	55	0	12	0	87	0.54
831745--831783	10	4.0	10	90	3	53	0	15	2	82	0.79
831748--831783	18	2.0	18	88	0	54	0	13	2	83	0.76
847965--848048	44	1.9	43	85	7	116	30	25	14	29	1.95
848036--848067	16	2.0	16	100	0	64	31	37	6	25	1.81
848068--848121	20	2.7	19	88	11	74	31	14	18	35	1.91
854370--854409	20	2.0	20	85	14	55	32	22	0	45	1.53
856082--856109	14	2.0	14	100	0	56	50	0	0	50	1.00
856106--856162	30	1.9	29	89	3	87	42	8	19	29	1.81
856737--856763	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
861260--861284	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
861240--861337	33	3.0	32	89	5	126	31	17	17	33	1.93
861273--861338	20	3.7	20	67	26	65	33	16	19	30	1.94
861407--861433	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
863684--864581	475	1.9	474	83	3	1189	37	13	17	31	1.88
865808--865865	28	2.1	28	100	0	116	43	13	13	29	1.83
869423--869452	14	2.1	15	93	6	53	56	0	36	6	1.26
869446--869475	15	2.1	15	93	6	53	43	0	20	36	1.52
870244--870268	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
870224--870287	33	2.0	33	90	3	103	28	15	17	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
871799--871841	21	2.0	21	90	0	68	46	2	25	25	1.65
872508--872551	22	2.1	21	91	8	72	45	6	9	38	1.63
873217--873285	36	1.9	36	88	2	104	34	13	27	24	1.92
873216--873297	36	2.4	32	79	15	85	31	13	25	29	1.94
873565--875797	475	4.8	470	83	5	2512	37	13	17	30	1.89
873565--875797	931	2.4	929	85	3	2912	37	13	17	30	1.89
874951--875907	475	2.0	474	81	5	1093	37	12	17	31	1.88
878240--879874	472	3.5	469	86	4	2080	36	13	18	31	1.90
878985--879858	452	1.9	452	86	2	1225	36	13	17	31	1.90
878985--879874	453	2.0	452	85	2	1221	36	13	17	32	1.89
880143--880214	20	3.6	20	100	0	144	30	31	15	22	1.94
880300--880361	33	1.9	32	83	9	81	33	11	19	35	1.87
888050--888092	22	2.0	22	81	4	52	41	11	9	37	1.74
888220--888276	19	2.9	19	81	2	69	31	15	15	36	1.90
888797--888828	9	3.6	9	100	0	64	25	0	34	40	1.56
889019--889360	159	2.2	158	78	10	346	37	14	15	32	1.88
890043--892208	476	4.6	475	83	2	2542	36	13	17	31	1.89
894375--895361	470	2.1	469	81	6	1145	36	13	18	31	1.90
895940--898123	476	4.6	476	83	3	2612	36	13	17	31	1.89
897757--898449	370	1.9	370	84	3	939	36	12	18	32	1.89
898577--899166	303	1.9	305	86	3	843	33	14	19	33	1.91
898866--901945	946	3.3	940	83	3	3834	36	13	17	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
902705--902730	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
903565--903678	31	3.8	30	78	9	115	25	31	12	30	1.92
903579--903759	30	6.0	30	74	10	104	24	29	12	33	1.91
903664--904090	34	13.0	34	73	11	288	19	30	11	37	1.88
903729--904123	33	12.1	32	74	9	149	19	31	11	37	1.88
903671--904090	66	6.4	67	75	9	327	19	30	11	37	1.88
903666--903856	64	3.0	64	78	6	178	19	30	12	37	1.89
904058--904118	28	2.2	27	88	2	86	24	31	9	34	1.88
904201--904625	64	6.6	61	76	7	285	28	31	17	21	1.96
904190--904962	95	7.9	94	71	14	333	30	31	17	20	1.96
904187--904955	33	23.6	33	74	11	306	30	31	17	20	1.95
904626--904962	32	10.5	33	80	6	302	32	31	17	18	1.94
904626--904962	96	3.5	97	81	5	373	32	31	17	18	1.94
905081--905478	174	2.3	174	82	2	451	24	24	14	36	1.93
905183--905720	61	9.3	61	72	12	344	24	24	13	37	1.92
905031--905309	113	2.5	114	80	2	294	24	25	14	35	1.93
905249--905665	113	3.7	113	84	1	523	24	24	13	37	1.92
905249--905704	226	2.0	226	85	3	605	24	25	13	36	1.92
905423--905535	52	2.2	52	85	4	156	23	26	14	35	1.93
905618--905753	61	2.2	61	80	2	148	29	25	11	34	1.90
906209--906972	97	7.8	94	72	12	393	31	30	17	20	1.96
906210--906972	64	11.7	64	74	10	402	31	30	17	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
906210--906972	33	23.4	33	74	9	442	31	30	17	20	1.96
906662--906972	65	4.8	64	75	9	301	32	30	17	19	1.95
906635--906959	96	3.4	96	79	5	363	32	31	16	18	1.94
907040--907765	113	6.2	112	72	11	407	24	25	13	36	1.92
907513--907625	52	2.2	52	87	4	165	23	26	15	35	1.94
907335--907606	141	1.9	141	83	3	350	26	24	13	35	1.93
907247--907725	254	1.9	254	88	1	719	24	24	14	36	1.93
907102--907794	367	1.9	367	85	1	960	24	25	13	35	1.93
907708--907843	61	2.2	61	81	2	157	29	24	11	35	1.90
908289--909063	64	11.8	64	74	10	444	30	31	17	20	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7