genome.fa.s398.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold398
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1204187

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171707--171733	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
171688--171752	32	2.0	32	90	3	103	40	15	15	29	1.88
175874--175899	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
176606--176649	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
178459--178484	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
178470--178549	20	3.8	20	75	18	72	41	13	16	28	1.86
180563--180593	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
182396--182440	21	2.1	21	88	8	65	22	17	4	55	1.60
190150--190224	33	2.3	33	81	9	91	34	14	14	36	1.87
190252--190305	20	2.8	19	80	5	72	35	12	14	37	1.85
198121--198311	32	6.3	31	78	13	195	24	17	29	28	1.97
198126--198321	62	3.2	61	80	8	215	23	17	29	29	1.97
198139--198504	28	12.6	28	76	12	219	24	15	29	30	1.96
199073--199098	13	2.0	13	100	0	52	23	15	15	46	1.83
201627--201675	19	2.5	20	86	6	73	30	14	14	40	1.85
202301--202391	39	2.3	41	79	9	107	34	24	5	36	1.79
203733--203758	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
203797--203872	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
203818--203890	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
203797--203890	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
206025--206063	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
206049--206127	20	3.7	20	75	18	70	45	16	13	24	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208142--208172	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
211169--211194	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
211233--211308	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
211254--211326	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
211233--211326	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
212348--212390	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
217855--217909	22	2.5	22	96	0	101	60	9	12	18	1.58
218823--218897	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
218820--218897	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
219457--220287	59	14.1	58	83	7	817	21	18	32	28	1.97
219457--221024	28	55.0	29	85	6	904	25	16	32	25	1.96
220254--221021	55	13.9	54	89	3	1068	29	14	33	23	1.94
220251--221021	28	28.0	27	89	3	1083	29	14	33	23	1.93
222034--222065	11	3.0	11	95	4	57	0	0	15	84	0.63
228416--228470	22	2.5	21	88	8	83	58	9	14	18	1.62
229383--229457	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
229380--229457	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
232192--232236	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
258746--258853	52	2.1	50	86	3	144	50	10	12	27	1.72
259280--259343	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
259391--259441	20	2.5	20	93	0	84	29	9	21	39	1.85
259875--259960	36	2.6	32	83	10	93	29	13	26	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
263658--264115	165	2.8	164	82	4	555	50	8	9	31	1.66
265497--266528	42	24.5	42	74	7	452	40	17	23	18	1.91
265593--265681	41	2.2	41	100	0	178	39	16	28	15	1.90
265761--266553	210	3.8	210	73	8	504	41	17	22	18	1.90
265680--266540	336	2.6	335	77	7	780	41	17	22	18	1.90
266460--266565	42	2.5	42	80	6	117	41	16	24	17	1.89
266702--267109	44	9.3	44	63	15	144	43	16	19	20	1.88
266651--267191	88	6.2	88	78	9	436	42	16	20	20	1.89
267180--267255	39	1.9	39	84	5	100	42	14	23	19	1.88
267221--267448	85	2.7	85	85	4	280	39	16	24	19	1.92
267250--267403	44	3.6	43	68	9	125	40	16	22	20	1.91
267550--267895	48	7.2	48	71	9	215	39	19	21	20	1.93
267565--267825	95	2.7	95	80	3	274	39	19	19	21	1.93
269426--269490	33	2.0	33	84	6	87	32	20	13	33	1.91
271719--271743	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
271699--271768	33	2.1	33	86	0	95	32	11	15	40	1.83
271808--271832	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
271841--271960	52	2.3	52	98	0	231	35	17	17	30	1.93
272214--272254	21	2.0	21	90	0	64	78	9	7	4	1.10
272515--272604	15	6.0	14	82	8	99	84	6	8	0	0.78
272515--272597	31	2.7	30	85	7	96	85	6	8	0	0.74
272516--272605	16	6.0	14	78	17	67	83	7	8	0	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
272515--272597	1	83.0	1	73	0	58	85	6	8	0	0.74
272515--272604	29	3.0	31	75	16	100	84	6	8	0	0.78
273592--274142	34	16.9	33	77	12	466	19	35	13	30	1.91
273575--274142	95	5.9	92	74	16	371	19	35	13	30	1.91
273598--274074	126	3.8	127	82	9	580	20	36	13	29	1.91
273597--274108	195	2.6	194	80	14	578	20	36	13	29	1.91
274150--274281	65	2.0	66	95	1	239	28	34	18	18	1.94
274150--274281	33	4.0	33	96	2	239	28	34	18	18	1.94
274286--274784	49	10.6	48	87	6	624	25	26	18	30	1.98
274286--274784	95	5.3	92	88	8	713	25	26	18	30	1.98
274862--275196	49	6.9	49	87	6	477	24	26	17	31	1.97
274456--275616	412	2.8	412	98	0	2234	24	26	16	32	1.96
275274--275703	49	8.9	49	85	8	580	25	25	16	31	1.96
275716--275842	67	1.9	68	81	4	159	22	24	13	39	1.90
276643--276667	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
276623--276692	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82
276732--276756	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
276765--276884	52	2.3	52	98	0	231	35	17	17	30	1.93
285574--285603	13	2.3	13	94	0	51	40	13	13	33	1.83
285649--285721	20	3.7	19	85	7	76	39	16	15	28	1.89
287300--287349	10	5.3	10	80	9	61	10	18	0	72	1.12
287288--287345	27	2.1	28	87	3	82	10	15	0	74	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
291602--291697	20	4.8	19	78	7	93	37	14	16	31	1.89
291623--291705	41	2.0	41	88	4	123	37	13	19	30	1.90
292630--293039	57	7.2	57	83	3	463	23	17	30	28	1.97
292630--293039	28	14.4	28	79	9	395	23	17	30	28	1.97
292647--293045	85	4.7	86	82	7	433	23	17	30	28	1.97
293226--293285	26	2.3	26	79	0	66	30	8	25	36	1.85
294282--294338	17	3.4	16	81	11	69	0	3	12	84	0.75
294282--294380	18	5.5	17	77	11	83	3	6	10	80	0.98
294282--294382	35	2.8	36	80	14	116	2	5	10	80	1.00
298502--298526	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
298569--298631	19	3.7	18	76	24	73	36	17	12	33	1.88
298588--298644	13	3.9	13	74	24	51	35	17	12	35	1.87
298567--298664	32	3.0	32	93	1	160	35	17	11	35	1.85
299413--299891	49	9.5	54	82	8	290	33	16	26	23	1.96
299565--300210	92	6.8	92	87	5	782	32	18	24	24	1.97
299565--300210	49	13.6	49	85	6	809	32	18	24	24	1.97
300216--300389	33	5.4	33	86	2	246	20	17	31	31	1.95
300393--300517	35	3.6	35	93	2	209	34	13	29	22	1.92
300394--300830	31	13.9	31	82	9	376	31	15	29	23	1.95
300490--300830	154	2.2	153	85	8	469	30	16	29	24	1.96
300930--300967	8	4.6	8	90	6	58	26	2	23	47	1.65
302127--302163	14	2.8	14	84	12	51	0	0	21	78	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
302128--302165	13	2.9	14	84	11	53	0	0	21	78	0.74
309201--309298	19	5.8	18	70	28	81	35	18	12	33	1.88
309220--309276	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
309199--309296	32	3.0	32	95	1	169	34	18	12	34	1.88
319188--319237	20	2.5	20	80	6	57	34	20	16	30	1.94
319227--319251	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
319332--319383	19	2.7	19	85	11	70	40	17	13	28	1.87
319332--319384	20	2.7	21	88	8	76	39	16	13	30	1.87
325304--325329	8	3.2	8	100	0	52	15	0	23	61	1.33
327337--327372	17	2.2	17	95	5	65	52	5	13	27	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7