genome.fa.s432.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold432
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1706767

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3671--3740	24	2.9	25	80	8	90	81	8	5	4	0.98
3678--3749	20	3.6	19	78	15	74	83	8	4	4	0.90
5408--5480	30	2.4	30	79	2	83	36	34	12	16	1.86
5416--5653	33	7.4	31	68	17	103	32	29	16	21	1.95
11006--11032	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
13524--13593	28	2.5	28	100	0	140	22	15	20	41	1.90
19798--19918	52	2.3	52	94	0	215	28	17	18	35	1.93
19798--19938	52	2.7	52	84	4	178	29	17	18	34	1.93
20015--20039	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
19993--20059	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
20851--20977	67	1.9	68	86	1	184	39	12	24	23	1.89
20927--21408	49	9.7	52	81	8	298	32	16	24	25	1.96
20990--21414	49	8.8	48	82	6	509	31	17	24	25	1.97
20990--21414	98	4.4	98	88	5	589	31	17	24	25	1.97
20990--21414	147	2.9	146	87	4	592	31	17	24	25	1.97
21407--21550	33	4.5	31	82	6	164	18	15	36	29	1.92
21546--23662	35	66.1	35	75	17	1169	31	12	35	20	1.91
21586--21677	27	3.3	27	86	6	112	30	14	35	19	1.91
21678--23682	27	64.0	27	69	23	400	30	12	35	21	1.91
21623--23496	479	3.9	461	84	8	1978	30	12	35	21	1.91
26880--26935	19	2.9	19	89	2	76	35	14	17	32	1.90
26901--26965	32	2.0	32	84	3	85	44	13	13	27	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27971--28047	20	3.8	20	77	6	75	41	14	16	27	1.87
33888--33917	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
37714--37756	2	21.5	2	95	0	77	0	2	48	48	1.14
38928--38975	12	4.5	11	73	26	50	41	0	0	58	0.98
39136--39231	10	10.2	9	69	23	56	64	0	0	35	0.94
39142--39226	28	3.0	27	71	22	77	65	0	0	34	0.93
39178--39242	19	3.3	19	71	14	60	61	0	0	38	0.96
39153--39244	19	4.7	20	71	16	59	61	0	0	38	0.96
39162--39229	11	6.6	11	74	20	51	64	0	0	35	0.94
39212--39262	21	2.4	21	78	15	52	56	0	3	39	1.18
41256--41319	29	2.2	29	91	0	101	54	9	6	29	1.57
41347--41487	57	2.4	58	81	4	160	51	11	9	27	1.68
45840--45891	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
45848--45910	19	3.7	18	76	24	73	36	17	12	33	1.88
45840--45911	32	2.2	32	97	0	135	36	18	12	33	1.88
47832--47886	23	2.4	23	93	6	94	20	9	20	50	1.74
52035--52215	52	3.5	52	98	0	344	27	18	18	34	1.95
52224--52248	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
52286--52354	32	2.1	33	91	2	113	34	18	11	34	1.87
58574--58614	21	2.0	20	85	4	55	48	17	9	24	1.76
59517--59648	51	2.6	51	86	1	194	43	12	15	28	1.83
60695--60882	32	5.8	31	73	12	137	21	16	29	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60698--60889	64	3.0	65	82	10	207	22	15	30	31	1.95
61153--61231	14	5.9	13	73	8	61	34	15	11	39	1.83
62438--62523	14	5.9	14	72	12	66	4	3	9	82	0.92
62451--62494	23	1.9	23	90	0	70	6	4	4	84	0.88
62438--62517	22	3.5	22	74	5	61	5	3	8	82	0.93
71953--72019	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
71973--71997	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
72063--72087	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
72096--72216	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
78127--78327	79	2.6	78	82	2	224	30	16	27	25	1.97
78279--78350	28	2.6	27	89	8	101	25	19	33	22	1.97
78339--78461	52	2.4	52	86	2	158	33	9	23	33	1.88
80804--80870	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
80825--80850	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
80890--80944	19	2.9	19	97	0	101	40	14	10	34	1.81
97465--97536	28	2.6	29	84	10	96	23	19	34	22	1.96
97524--97910	51	7.4	50	70	15	201	32	12	25	29	1.92
97524--97909	52	7.4	50	71	15	219	32	12	25	29	1.92
97730--97804	27	2.7	28	89	6	109	22	20	33	24	1.97
100291--100316	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
100270--100336	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
100356--100423	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100378--100402	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
100359--100421	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
102235--102268	3	11.3	3	93	0	59	35	0	35	29	1.58
103588--103613	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
103652--103727	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
103673--103745	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
103652--103745	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
104364--104431	35	1.9	35	100	0	136	50	23	2	23	1.63
106225--106263	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
106249--106327	20	3.7	20	70	20	70	45	16	12	25	1.82
108342--108372	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
112434--112459	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
112498--112573	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
112519--112591	20	3.6	20	79	3	92	32	17	13	35	1.89
112498--112591	41	2.3	41	96	0	170	30	17	12	39	1.87
115574--115598	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
115555--115625	32	2.2	32	92	0	115	33	14	16	35	1.89
115532--115617	19	4.7	19	71	19	67	36	13	15	34	1.87
122219--122270	22	2.3	23	83	9	63	46	0	25	28	1.53
122169--122323	67	2.3	67	88	3	231	46	1	22	29	1.63
122285--122325	20	2.0	22	85	9	59	48	0	26	24	1.51
122286--122347	21	2.9	21	79	15	56	48	0	24	27	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122941--122979	20	1.9	21	89	5	62	43	17	15	23	1.87
125121--125192	34	2.1	35	85	12	96	56	12	15	15	1.67
125482--125506	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
126208--126250	21	2.0	22	95	4	79	30	27	0	41	1.56
126344--126396	19	2.8	19	73	21	56	16	37	1	43	1.60
134051--134106	20	2.8	20	78	7	60	39	12	17	30	1.87
136018--136090	20	3.6	20	79	17	96	34	13	19	32	1.91
136036--136111	21	3.7	21	76	16	86	40	11	17	30	1.85
136018--136111	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
136147--136172	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
138386--138430	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
142271--142348	20	3.6	21	74	15	70	26	14	15	43	1.85
142337--142374	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
144822--144894	20	3.6	20	79	17	96	34	13	19	32	1.91
144840--144915	21	3.7	21	76	16	86	40	11	17	30	1.85
144822--144915	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
144954--144979	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
148509--148538	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
148556--148607	20	2.6	20	90	0	86	26	19	13	40	1.88
150932--151096	51	3.3	50	76	4	152	29	26	12	32	1.92
151083--151156	28	2.7	27	89	8	105	21	31	21	25	1.98
151061--151310	107	2.3	107	80	4	315	28	25	14	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151248--151416	51	3.3	51	79	6	189	29	27	11	30	1.92
163718--163789	16	4.5	15	81	10	81	84	9	2	2	0.82
163718--163789	34	2.2	33	87	7	101	84	9	2	2	0.82
163720--163778	15	3.8	15	85	12	75	84	10	1	3	0.80
164873--165006	55	2.5	55	90	6	202	29	29	20	20	1.98
164927--165099	94	1.8	94	88	2	267	27	28	19	24	1.98
164774--165159	149	2.5	147	86	7	513	26	28	19	25	1.99
165027--165282	61	4.3	59	82	8	281	25	26	20	26	1.99
165027--165282	122	2.2	116	84	7	318	25	26	20	26	1.99
165263--165455	42	4.5	42	77	8	183	21	27	12	37	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8