genome.fa.s432.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold432
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1706767

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
777650--777702	13	4.1	13	78	9	63	39	11	15	33	1.83
780218--780242	13	1.9	13	100	0	50	28	16	16	40	1.89
786086--786127	14	3.0	14	89	0	66	33	33	7	26	1.83
786662--786808	57	2.6	57	79	1	170	31	25	17	25	1.97
786670--786815	28	5.1	28	75	3	112	31	25	17	25	1.97
786915--787363	52	8.7	53	79	3	355	24	20	16	38	1.93
786915--787363	104	4.3	105	78	4	403	24	20	16	38	1.93
790618--790841	80	2.8	79	73	5	218	36	9	24	29	1.87
790777--790893	51	2.3	51	85	7	157	41	8	19	29	1.81
790829--791012	79	2.3	78	89	2	271	38	11	21	28	1.89
793465--793517	20	2.6	21	84	3	72	28	15	13	43	1.84
793445--793517	21	3.5	21	79	7	78	27	15	15	42	1.86
794884--794991	51	2.1	52	84	1	137	42	12	14	29	1.83
794946--795026	32	2.5	32	92	4	128	40	14	14	29	1.86
795103--795127	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
796076--796621	157	3.5	152	75	7	461	40	20	13	25	1.89
796076--796711	157	4.1	153	74	8	460	41	19	13	25	1.88
797119--797596	165	2.9	162	81	7	527	44	14	9	31	1.76
799455--799527	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
799473--799548	21	3.7	21	77	7	84	39	11	18	30	1.87
799455--799548	41	2.3	41	94	3	163	37	12	19	30	1.89
799587--799612	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
803393--803423	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
805436--805514	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
805501--805539	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
807982--808054	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
808000--808075	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
807982--808075	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
808114--808139	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
809133--809576	155	2.9	153	78	5	450	48	8	10	32	1.67
809858--809949	36	2.8	33	83	8	116	29	21	14	34	1.93
810341--810378	20	1.9	20	100	0	76	42	15	10	31	1.81
810582--810625	22	2.1	21	91	8	72	38	9	6	45	1.63
813705--813748	21	2.1	21	86	0	61	20	20	0	59	1.39
815841--815914	20	3.7	20	94	0	121	37	18	10	32	1.86
816088--816131	22	2.1	21	91	8	72	38	9	6	45	1.63
819827--820051	96	2.4	96	84	6	289	28	24	12	35	1.91
830003--830062	25	2.3	25	85	8	75	80	15	1	3	0.93
831313--831347	14	2.5	14	90	0	52	37	8	11	42	1.72
831646--831900	32	8.0	30	72	9	161	28	28	20	23	1.98
831648--831888	64	3.8	61	82	8	259	28	29	18	23	1.98
831646--831899	94	2.7	94	78	8	255	28	28	20	23	1.99
831648--831888	126	1.9	129	82	5	312	28	29	18	23	1.98
831914--831997	43	2.0	43	87	0	123	23	23	17	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
832008--832326	52	6.2	54	75	9	231	25	25	14	34	1.94
832002--832272	104	2.6	101	78	11	273	25	25	14	35	1.93
832903--833037	51	2.6	51	87	2	155	27	17	14	41	1.87
834122--834158	18	2.1	18	100	0	74	37	10	5	45	1.62
835243--835440	95	2.1	95	88	0	288	26	25	12	35	1.92
838259--838284	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
838239--838302	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
842073--842098	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
842053--842116	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
844252--844316	26	2.5	26	94	0	112	35	16	13	33	1.89
844268--844309	13	3.2	13	74	12	50	35	19	11	33	1.88
848245--848405	52	3.1	51	74	3	160	37	15	22	23	1.93
848617--848747	31	4.2	31	82	3	138	19	18	30	31	1.96
848805--848881	27	2.9	26	71	11	66	29	12	35	22	1.91
851007--851132	20	5.8	20	70	18	90	30	15	13	41	1.85
850996--851162	71	2.4	71	96	0	316	28	17	13	41	1.87
852454--852492	19	2.1	19	95	0	69	35	12	5	46	1.65
858556--858608	24	2.3	23	84	12	74	33	20	9	35	1.85
863010--863067	27	2.2	27	87	6	84	37	15	15	31	1.89
863237--863263	14	1.9	14	100	0	54	62	14	0	22	1.31
867593--867670	33	2.4	33	82	4	86	19	24	28	28	1.98
868570--868604	14	2.5	14	90	0	52	37	8	11	42	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
868902--869141	32	7.7	31	70	10	143	29	29	18	22	1.98
868904--869141	64	3.8	62	82	8	234	28	29	18	22	1.98
869167--869250	43	2.0	43	87	0	123	23	23	17	34	1.96
869261--869578	52	6.2	54	74	11	215	25	25	14	34	1.94
870158--870265	51	2.1	52	84	6	141	25	16	13	43	1.85
870184--870292	51	2.1	51	86	3	148	25	18	14	41	1.89
871376--871412	18	2.1	18	100	0	74	37	10	5	45	1.62
872495--872688	94	2.1	92	86	3	264	26	25	12	36	1.91
872506--872724	94	2.3	95	82	5	241	25	23	13	37	1.91
875509--875534	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
875489--875552	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
877336--877385	21	2.4	21	100	0	100	36	20	8	36	1.82
879344--879369	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
879324--879387	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
881523--881587	26	2.5	26	94	0	112	35	16	13	33	1.89
881539--881580	13	3.2	13	74	12	50	35	19	11	33	1.88
885517--885677	52	3.1	51	72	3	160	38	14	22	24	1.91
885727--885826	52	1.9	52	91	0	164	37	15	23	25	1.93
885735--885879	52	2.7	52	80	6	155	34	17	22	25	1.96
885889--885964	31	2.4	31	86	4	98	21	21	28	28	1.98
885914--886043	31	4.2	31	81	3	136	19	15	32	33	1.93
885889--886043	62	2.5	63	75	6	145	20	17	30	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
886084--886153	27	2.6	27	76	0	77	25	14	35	24	1.93
888289--888414	20	5.8	20	70	18	90	30	15	13	41	1.85
888278--888444	71	2.4	71	96	0	316	28	17	13	41	1.87
903670--904028	28	12.1	28	76	8	243	30	29	17	23	1.97
903672--904036	32	12.2	30	76	9	238	29	29	16	24	1.97
903672--904036	92	4.1	89	80	8	386	29	29	16	24	1.97
910155--910180	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
910219--910295	21	3.8	20	78	3	91	28	15	11	44	1.82
910240--910312	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
910219--910312	41	2.3	41	96	0	170	29	17	12	40	1.86
912755--912793	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
912779--912857	20	3.7	20	70	20	70	45	16	12	25	1.82
914872--914902	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
918965--918990	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
919051--919122	20	3.5	20	81	3	99	30	18	13	37	1.89
919029--919122	41	2.3	41	94	0	161	28	17	12	41	1.86
919029--919105	21	3.7	21	75	6	86	27	15	11	45	1.81
919797--919848	20	2.6	20	84	0	68	36	17	9	36	1.82
919797--919854	20	2.9	19	80	10	62	36	17	10	36	1.84
919961--920185	69	3.2	69	66	14	197	27	16	16	40	1.88
919889--920181	142	2.1	142	94	1	507	27	15	17	39	1.89
921662--921763	51	2.0	51	92	0	168	31	14	16	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
922094--922186	15	6.4	14	76	9	80	30	10	3	55	1.50
922094--922186	43	2.1	44	92	5	154	30	10	3	55	1.50
922137--922220	29	2.9	29	87	5	109	33	10	2	53	1.48
922199--922240	20	2.1	20	100	0	84	26	4	4	64	1.33
924436--924475	12	3.0	14	82	17	50	35	12	0	52	1.39
924238--924573	183	1.8	183	95	1	611	34	11	7	46	1.69
924862--924895	17	2.0	17	88	0	50	35	0	0	64	0.94
924836--924900	21	3.0	23	73	15	57	33	4	0	61	1.16
928219--928309	31	2.9	31	90	0	146	50	10	16	21	1.76
929046--929164	46	2.6	46	87	1	177	32	15	26	26	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8