genome.fa.s432.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold432
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1706767

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
594220--594322	32	3.2	32	94	2	181	33	10	18	36	1.85
594366--594390	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
595491--595521	15	2.1	15	100	0	62	41	6	12	38	1.69
600520--600568	20	2.5	20	83	3	64	34	18	16	30	1.93
602930--602979	21	2.4	21	83	9	59	48	0	20	32	1.50
602937--602979	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
603822--603873	19	2.7	20	84	6	70	28	13	17	40	1.87
603822--603879	19	3.0	18	80	12	62	25	12	20	41	1.87
610555--610608	20	2.7	20	91	0	81	35	20	14	29	1.93
610637--610694	19	3.0	20	82	7	75	36	17	15	31	1.91
614231--614260	13	2.3	13	94	0	51	36	13	13	36	1.84
615388--615461	20	3.6	20	78	7	94	37	13	17	31	1.89
615405--615483	22	3.7	22	76	10	92	45	11	15	27	1.80
615388--615483	42	2.3	42	96	3	176	41	12	16	29	1.85
615522--615547	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
619610--619640	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
621655--621731	20	3.6	21	72	16	68	25	12	16	44	1.84
621720--621757	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
624198--624270	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
624198--624292	41	2.3	42	96	1	174	41	12	16	29	1.86
624331--624356	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
626106--626149	22	2.0	22	91	4	72	40	0	27	31	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
627294--627367	20	3.8	19	80	5	94	33	13	12	40	1.82
632456--632901	166	2.7	164	82	8	487	31	9	9	48	1.69
632456--632983	166	3.2	165	80	5	428	33	10	9	47	1.69
633419--633480	33	1.9	32	87	9	90	32	12	12	41	1.81
633527--633556	13	2.3	13	94	0	51	33	16	10	40	1.82
633835--633905	34	2.1	35	83	2	90	18	15	11	54	1.69
634845--634910	33	2.0	33	85	5	89	30	22	15	31	1.95
634939--634994	19	2.9	19	83	2	76	35	14	17	32	1.90
637052--637092	16	2.6	16	78	17	50	63	0	9	26	1.25
640703--640767	33	2.0	33	84	0	85	26	15	15	43	1.86
641274--641925	325	2.0	326	91	1	1049	29	24	14	31	1.94
642908--642958	19	2.7	19	78	0	57	50	0	33	15	1.44
643051--643092	21	2.0	21	90	0	66	47	0	26	26	1.52
644060--644116	13	3.9	13	72	24	51	33	14	17	35	1.90
644040--644140	32	3.1	32	94	1	175	33	11	17	36	1.87
644038--644135	19	5.8	18	69	28	81	32	12	17	37	1.87
644178--644202	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
644211--644339	52	2.5	52	96	0	240	35	18	17	27	1.94
658209--658233	13	1.9	13	100	0	50	88	8	0	4	0.64
659656--659826	68	2.5	68	80	3	182	20	30	11	36	1.89
659722--659826	34	3.1	34	79	4	122	19	30	11	39	1.87
659794--659880	27	3.1	27	82	11	104	24	32	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
659814--659921	28	3.8	28	77	7	103	30	31	17	20	1.96
659943--660175	49	4.8	49	77	10	183	26	24	18	30	1.98
662558--662626	32	2.1	33	91	2	113	36	10	17	36	1.84
662664--662688	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
662697--662825	52	2.5	52	89	0	204	34	17	17	30	1.93
666290--666361	34	2.1	35	84	7	94	16	15	12	55	1.69
667000--667040	3	13.7	3	89	0	64	39	0	31	29	1.57
672888--673436	142	3.9	141	81	5	603	36	10	10	42	1.74
675795--676073	156	1.8	155	83	4	375	39	21	14	24	1.91
676655--676697	14	2.8	15	82	13	52	23	2	0	74	0.93
677585--677640	8	6.6	8	82	17	51	1	8	5	83	0.85
677585--677645	19	3.2	19	81	4	52	1	9	4	83	0.86
678211--678717	167	3.1	166	75	9	491	48	10	10	29	1.71
680008--680042	17	2.1	18	89	10	56	40	0	11	48	1.39
683198--683251	20	2.6	21	91	2	83	40	11	16	31	1.84
689737--689774	20	1.9	20	89	10	60	73	13	10	2	1.19
689737--689787	20	2.6	19	82	14	59	72	13	11	1	1.20
690650--690767	30	3.9	30	82	0	146	22	29	15	33	1.94
690650--690788	60	2.3	59	86	1	179	23	28	16	32	1.96
690933--691336	32	12.4	33	78	5	369	29	33	16	20	1.95
691526--692071	52	10.5	52	74	9	202	23	23	15	36	1.94
691575--692018	104	4.2	104	76	8	359	23	22	16	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
691562--692080	156	3.3	155	77	7	460	23	23	15	36	1.94
692705--692776	21	3.5	21	75	11	69	43	15	9	31	1.79
692703--692757	20	2.7	21	82	2	67	41	12	9	36	1.75
692801--692859	20	2.8	20	82	5	64	38	13	11	35	1.82
696974--697026	24	2.2	24	82	0	61	49	16	18	15	1.80
697391--697443	26	2.0	26	96	0	97	37	5	15	41	1.70
698674--698745	11	6.2	11	76	12	56	2	9	5	81	0.94
698662--698742	6	13.5	6	74	19	62	2	11	3	82	0.89
698673--698749	37	2.1	37	82	4	93	2	9	6	81	0.94
700428--700452	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
700441--700512	19	3.7	19	92	3	117	31	12	18	37	1.88
709069--709093	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
709078--709134	20	3.0	20	84	5	82	35	14	17	33	1.90
709100--709259	63	2.5	63	95	2	286	30	18	19	31	1.96
709229--709292	33	1.9	33	87	12	96	35	12	15	35	1.85
711600--711715	55	2.1	54	90	4	189	27	8	28	35	1.86
712818--712884	33	2.0	33	97	0	125	29	14	28	26	1.96
717833--717934	20	4.6	20	74	23	96	42	10	18	28	1.84
725200--725253	20	2.6	21	85	2	74	40	7	16	35	1.77
726392--726445	19	2.8	20	85	2	74	31	16	14	37	1.89
728103--728137	15	2.3	15	90	0	52	45	0	25	28	1.54
730965--730992	10	2.8	10	100	0	56	60	0	10	28	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
732193--733404	28	43.6	28	73	11	415	24	18	27	29	1.98
732179--733846	56	30.1	56	75	10	1104	24	18	27	29	1.98
732180--733844	84	20.0	84	74	12	1160	24	18	27	29	1.98
732474--732638	85	2.0	84	79	6	181	24	20	26	28	1.99
732641--732688	23	2.1	23	92	0	78	20	25	22	31	1.98
732780--732915	48	2.8	48	89	0	200	24	21	26	27	1.99
732874--733428	28	19.8	29	78	9	503	23	18	27	30	1.97
733384--733474	45	2.0	46	87	6	132	20	16	25	37	1.93
733187--733665	241	2.0	241	86	2	674	24	18	27	29	1.98
733429--733846	28	14.8	28	77	7	407	25	18	27	29	1.98
733565--733843	114	2.5	113	87	1	398	24	18	27	29	1.98
734993--735061	16	4.1	16	76	10	66	8	1	10	79	0.99
735012--735053	18	2.2	20	87	8	61	9	2	7	80	0.97
735019--735063	18	2.4	18	82	13	56	8	2	6	82	0.93
736090--736115	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
736804--736847	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
738651--738676	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
740740--740777	15	2.5	15	91	0	58	13	21	15	50	1.78
752796--752837	20	2.1	20	86	0	57	73	0	23	2	0.94
766449--766474	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
766429--766492	33	2.0	32	87	3	92	26	15	20	37	1.92
766876--767335	27	16.7	27	78	7	363	24	31	13	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
766876--767335	82	5.6	81	79	3	434	24	31	13	30	1.94
766878--767306	137	3.1	135	80	7	436	24	31	13	30	1.94
767241--767986	28	25.3	29	80	8	585	30	30	16	22	1.96
767146--767986	28	28.8	28	79	8	154	29	30	16	23	1.96
767348--767693	64	5.7	63	76	12	246	32	31	16	19	1.94
767241--767998	211	3.7	208	81	7	796	30	30	17	22	1.96
767230--767986	116	6.4	113	76	10	587	29	30	16	22	1.96
767463--768011	145	3.8	143	81	8	542	30	30	16	22	1.96
768134--768264	48	2.7	48	83	0	154	19	25	16	38	1.92
772873--773007	20	6.6	20	72	9	83	41	13	15	29	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8