genome.fa.s432.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold432
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1706767

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165262--165460	87	2.3	86	84	5	242	22	27	12	38	1.90
165459--165559	40	2.5	40	79	7	98	18	26	10	43	1.83
168302--168326	11	2.3	11	100	0	50	76	8	0	16	1.02
168429--168598	51	3.3	49	77	11	155	28	28	12	30	1.93
170379--170455	20	3.8	20	89	0	127	37	12	18	31	1.88
171281--171354	32	2.3	33	80	4	87	25	16	25	32	1.96
171294--171793	28	17.3	28	77	8	414	26	16	28	29	1.97
171407--171788	141	2.7	140	81	6	432	24	16	28	29	1.97
173038--173123	19	4.3	20	74	14	63	1	3	12	82	0.85
173039--173126	11	8.0	11	77	8	81	1	2	13	82	0.81
182583--182658	38	2.0	38	100	0	152	34	7	13	44	1.72
185148--185520	170	2.2	172	81	3	423	38	19	12	30	1.88
185925--185953	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
186033--186079	22	2.3	20	85	10	60	8	14	2	74	1.15
186389--186429	18	2.3	18	87	8	57	75	2	0	21	0.92
187030--187069	20	2.1	19	90	4	62	60	0	12	27	1.33
186667--187182	166	3.1	161	82	9	553	49	7	12	30	1.68
188484--189033	84	6.5	83	75	9	359	36	13	29	20	1.91
188719--189119	170	2.4	167	82	6	459	36	13	29	19	1.91
196241--196267	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
197074--197598	47	10.8	47	76	10	412	33	16	25	24	1.96
197024--197598	149	3.9	149	88	4	783	33	16	25	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197367--197432	19	3.2	19	67	19	51	30	19	24	25	1.98
197220--197489	96	2.9	94	79	7	271	32	17	25	24	1.96
197361--197489	43	2.9	43	87	4	168	32	18	25	23	1.97
208501--208551	23	2.2	24	92	3	86	35	9	15	39	1.81
209953--210443	157	3.1	155	83	6	588	40	12	10	36	1.77
212035--212832	166	4.9	164	75	10	552	49	7	12	30	1.67
212363--212806	164	2.7	165	80	6	479	50	7	12	29	1.67
214141--214203	33	1.9	33	87	6	92	33	15	14	36	1.88
216109--216135	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
222196--222221	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
224443--224487	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
226290--226320	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
228390--228428	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
234678--234717	13	3.1	13	82	13	55	32	12	25	30	1.92
236196--236262	33	2.0	33	88	0	98	23	22	20	32	1.98
236472--236527	26	2.1	28	86	6	80	23	7	17	51	1.70
236828--236905	33	2.4	32	87	6	120	34	8	7	48	1.63
237238--237293	19	2.8	20	89	2	78	33	16	16	33	1.91
237240--237293	20	2.8	19	88	2	72	33	16	16	33	1.92
237338--237399	13	5.2	13	70	21	64	40	14	16	29	1.88
237324--237419	33	2.9	33	93	3	158	38	14	16	30	1.89
237355--237420	20	3.7	20	73	26	83	37	12	18	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242912--242948	19	2.0	19	89	5	58	48	10	0	40	1.38
242941--242981	16	2.5	16	84	4	55	63	0	0	36	0.95
246965--247036	20	3.7	19	81	7	74	30	16	12	40	1.86
247067--247091	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
251736--251795	27	2.2	27	90	0	93	26	18	20	35	1.95
254294--254320	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
254305--254360	19	2.9	19	78	2	67	28	16	16	39	1.89
254389--254440	20	2.6	19	88	11	70	32	15	19	32	1.93
255705--255759	19	2.8	19	86	2	74	38	20	7	34	1.80
256972--257006	18	1.9	18	88	0	52	54	14	14	17	1.72
257111--257446	45	7.5	45	74	7	146	41	11	18	27	1.85
257278--257869	221	2.7	222	75	6	572	42	11	19	27	1.85
257368--257618	131	1.9	132	81	0	306	44	12	17	25	1.84
257555--257785	88	2.6	88	81	7	252	42	10	19	27	1.83
257271--258141	45	19.6	45	69	9	298	42	11	18	27	1.84
257555--258224	89	7.5	89	74	8	391	43	10	19	26	1.83
257792--258230	134	3.3	133	71	11	329	44	10	18	26	1.83
258840--259059	108	2.0	108	97	0	413	35	12	20	30	1.90
269822--269846	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
269908--269932	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
269941--270069	52	2.5	52	93	0	213	34	17	17	30	1.93
279639--279676	20	1.9	20	89	10	60	39	13	13	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
282266--282319	19	2.8	20	91	2	92	29	18	14	37	1.91
282248--282318	20	3.6	19	86	7	90	29	19	14	36	1.91
285229--285814	321	1.8	323	83	2	795	31	13	7	47	1.71
286454--286501	11	4.2	11	84	7	60	75	0	22	2	0.91
287232--287256	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
289473--289517	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
293414--293452	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
295294--295381	40	2.2	40	97	0	167	36	6	37	19	1.78
296039--296064	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
297319--297361	16	2.8	15	82	6	50	76	0	2	20	0.89
300353--300418	33	2.0	33	85	5	89	33	15	12	39	1.84
313232--313297	33	2.0	33	85	5	89	33	15	12	39	1.84
320345--320375	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
322390--322466	20	3.6	21	72	16	68	25	12	16	44	1.84
322455--322492	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
324935--325008	20	3.6	20	76	7	85	39	13	16	31	1.87
324935--325029	42	2.3	42	94	1	165	42	12	15	29	1.84
325068--325093	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
325395--325437	22	1.9	22	81	13	52	18	16	9	55	1.67
330042--330108	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
330064--330088	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
340337--340363	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
344196--344250	20	2.8	20	94	0	92	47	16	10	25	1.79
347058--347113	19	2.9	19	89	2	76	35	16	16	32	1.90
347688--347830	33	4.5	32	70	8	103	28	25	5	40	1.78
347681--347863	95	1.9	96	97	1	350	28	24	5	41	1.77
349868--349939	30	2.4	30	83	6	83	55	20	2	20	1.56
353830--353854	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
353810--353876	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
353917--353941	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
353950--354078	52	2.5	52	90	0	213	33	19	18	28	1.96
372382--372613	97	2.4	97	89	1	340	25	32	14	27	1.94
375683--375745	19	3.6	19	76	24	84	28	19	15	36	1.92
375702--375727	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
375683--375745	32	2.0	32	100	0	126	28	19	15	36	1.92
376425--376468	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
378275--378300	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
380379--380409	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
382213--382257	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
384478--384503	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
395458--395896	28	15.1	29	82	6	462	27	28	17	25	1.98
395458--395887	177	2.5	171	87	5	610	27	28	18	25	1.98
410043--410216	51	3.4	50	80	12	192	33	10	24	31	1.90
410135--410263	51	2.5	51	84	2	152	34	13	24	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
410246--410317	28	2.6	27	84	8	83	22	18	36	23	1.95
410306--410438	52	2.6	51	80	5	151	33	10	24	31	1.89
412846--412898	13	3.6	13	73	26	52	39	18	13	28	1.88
412846--412916	32	2.2	32	92	5	117	38	21	12	28	1.90
413023--413056	12	2.8	12	90	4	50	11	0	0	88	0.52
413023--413056	13	2.6	13	90	9	52	11	0	0	88	0.52
413769--414588	61	14.0	59	84	6	834	26	21	27	25	2.00
413777--414588	349	2.3	343	85	5	1062	25	21	27	25	2.00
413769--414601	288	2.9	288	91	1	1299	25	21	27	25	2.00
416225--416310	27	3.1	27	62	15	68	23	22	30	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8