genome.fa.s462.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold462
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1234098

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3--5498	62	87.6	60	71	12	1768	23	25	18	31	1.98
3--5498	124	43.8	123	71	9	2275	23	25	18	31	1.98
3--810	247	3.3	247	83	1	870	24	25	19	30	1.98
59--810	185	4.1	183	80	5	753	24	25	19	30	1.98
965--1090	42	3.1	41	76	10	123	16	24	13	45	1.84
1054--5498	62	71.1	62	74	7	2614	23	26	18	31	1.98
1054--1950	247	3.6	247	83	1	973	24	26	19	30	1.98
2105--2230	42	3.1	41	76	10	123	16	24	13	45	1.84
2194--5498	247	13.3	245	75	8	2184	23	26	19	30	1.98
4231--4343	42	2.8	40	81	5	120	20	23	13	43	1.86
5419--5598	100	1.8	100	84	4	247	22	27	21	29	1.99
5505--8320	62	45.0	62	75	9	1815	23	25	19	31	1.98
5497--9653	309	13.2	309	73	11	2165	23	25	19	31	1.98
7236--9668	246	9.7	245	73	10	1475	23	25	19	31	1.98
7236--8320	123	8.8	122	80	4	1077	23	26	20	29	1.99
8352--8430	42	1.9	41	86	2	113	17	27	17	36	1.93
8546--12347	62	60.2	62	73	10	2006	23	25	18	32	1.97
8547--10983	185	13.0	183	71	13	1044	23	25	18	31	1.98
9914--12346	246	9.7	245	73	10	1448	23	25	19	31	1.98
9914--10998	123	8.8	122	80	4	1077	23	26	20	29	1.99
11237--14354	185	16.7	183	73	10	1592	23	25	18	31	1.97
11236--16104	124	38.9	124	73	9	2809	23	26	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12597--16117	62	56.5	62	76	6	2514	23	26	18	31	1.98
12597--25849	124	105.6	122	68	13	3328	23	25	18	32	1.97
14319--14398	38	2.1	38	83	4	99	20	26	12	41	1.87
14349--14478	45	3.0	45	79	9	146	18	25	13	43	1.86
14320--14493	45	4.2	41	76	12	135	18	27	13	41	1.87
16113--16203	45	2.0	44	83	6	112	17	23	13	46	1.83
16363--17077	62	11.6	62	75	7	494	22	26	20	30	1.98
16400--17039	185	3.5	183	78	8	643	23	26	20	29	1.99
17042--17119	38	2.1	38	85	4	106	19	23	14	43	1.87
17322--17911	62	9.7	60	75	10	477	24	25	18	31	1.98
17865--17914	26	1.9	26	87	0	73	26	30	16	28	1.96
17775--18060	148	1.9	148	82	4	353	22	24	18	34	1.96
17921--18179	62	4.2	61	78	4	268	20	25	19	33	1.97
18441--20000	62	25.4	62	79	5	1527	23	26	19	30	1.98
18441--25847	124	59.0	124	71	11	3709	23	26	18	32	1.97
20252--23701	62	55.5	62	75	9	2347	23	25	18	31	1.97
21785--21864	38	2.1	38	81	4	90	20	25	13	41	1.88
21786--21970	42	4.5	42	76	9	166	20	25	15	38	1.92
23666--23745	38	2.1	38	81	4	90	20	23	13	42	1.88
23696--23784	45	2.0	44	82	2	106	20	23	11	44	1.83
23666--23840	85	2.1	83	80	7	187	18	25	13	42	1.87
23953--24783	62	13.5	61	74	7	504	22	26	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23953--24782	61	13.5	61	75	7	432	22	26	18	32	1.97
25034--25847	62	13.2	62	81	4	851	25	25	18	30	1.98
25885--26059	61	2.8	60	82	5	190	24	30	17	27	1.97
25885--26327	62	7.2	62	76	5	378	22	27	18	31	1.97
25885--26327	123	3.6	122	75	8	387	22	27	18	31	1.97
26321--26411	45	2.0	44	82	2	110	18	24	12	45	1.83
26580--32327	62	93.5	61	78	6	4960	23	26	19	30	1.98
26580--35171	124	69.2	124	75	8	5554	23	26	18	31	1.98
32579--33902	62	21.5	62	80	4	1248	24	26	18	31	1.98
34153--35171	62	16.5	62	80	4	995	23	25	19	31	1.98
35137--35217	38	2.1	38	82	8	94	16	27	13	43	1.85
35338--35417	42	1.9	42	82	5	99	17	30	12	40	1.86
35428--37063	62	26.5	62	80	3	1448	24	25	19	30	1.98
35428--41752	124	50.5	124	70	11	2269	23	25	18	31	1.97
37028--37107	38	2.1	38	83	4	99	22	25	11	41	1.87
37025--37154	45	3.1	43	78	14	121	20	25	10	43	1.83
37302--37738	62	7.2	62	82	4	496	25	27	18	28	1.98
37302--37738	121	3.6	123	82	4	487	25	27	18	28	1.98
37742--37889	62	2.4	63	91	2	239	21	23	20	33	1.97
37592--38028	150	2.8	150	81	8	427	24	24	18	31	1.98
37679--37849	88	1.9	87	81	9	204	23	23	19	33	1.97
37896--38573	62	11.1	62	79	4	619	23	25	19	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38538--38617	38	2.1	38	81	4	90	18	26	13	41	1.88
38841--41752	62	46.7	62	74	9	1647	24	26	18	31	1.98
38824--39960	247	4.6	243	76	6	992	24	26	18	30	1.98
38875--41752	494	5.8	487	73	11	1869	24	26	18	30	1.98
38824--41772	370	7.9	365	72	11	1747	24	26	18	31	1.98
42066--42090	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
42046--42112	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
42153--42177	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
42186--42366	52	3.5	52	97	0	335	34	18	17	28	1.94
45407--46226	62	13.3	62	83	3	846	24	24	19	31	1.98
45411--46226	123	6.6	123	81	3	836	24	24	19	31	1.98
45412--46218	185	4.3	185	80	5	849	24	24	20	30	1.98
46219--46331	45	2.7	43	82	6	124	18	21	13	46	1.82
46192--46329	45	3.4	39	76	13	118	18	20	15	45	1.85
46191--46365	85	2.1	83	78	9	180	18	23	13	44	1.85
46539--46623	45	2.0	42	83	6	107	18	23	14	43	1.87
46689--46796	42	2.6	39	79	13	101	20	25	13	40	1.89
46233--46865	303	2.1	304	92	1	1045	20	25	15	38	1.92
46781--48541	62	28.5	61	79	6	1610	24	25	19	30	1.98
46800--50530	124	29.9	123	74	9	2463	23	25	19	31	1.98
48536--48624	45	2.0	44	82	2	106	20	23	10	46	1.81
48792--50578	185	9.7	183	81	4	1897	23	25	19	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48792--50573	62	28.9	62	83	2	1845	23	25	20	30	1.98
52613--52857	79	3.1	79	82	0	310	28	21	13	37	1.91
52800--52919	62	1.9	63	84	5	163	26	24	9	40	1.85
54236--54261	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
60888--60937	19	2.5	20	90	3	75	32	16	16	36	1.90
62800--62850	21	2.4	21	96	0	93	62	7	13	15	1.52
68595--68661	20	3.7	19	70	25	65	34	16	14	34	1.90
68690--68743	19	2.8	20	85	2	74	37	16	14	31	1.89
71017--71057	20	2.0	20	86	9	57	48	0	17	34	1.47
71184--71210	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
77366--77430	33	2.0	33	87	6	96	35	18	12	33	1.88
77463--77515	19	2.7	20	91	2	81	37	16	15	30	1.90
77500--77526	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
79010--79076	32	2.1	32	88	0	98	58	0	26	14	1.37
89442--89493	19	2.7	20	88	8	72	26	15	15	42	1.87
89442--89506	20	3.3	19	82	8	69	27	16	13	41	1.87
89546--89609	33	1.9	33	84	6	85	37	12	17	32	1.87
92329--92379	20	2.5	20	87	0	66	29	15	11	43	1.82
94176--94628	172	2.6	173	84	6	637	43	8	6	40	1.61
95311--95349	19	2.1	19	95	0	69	0	23	0	76	0.78
95307--95355	16	3.0	17	76	11	57	0	22	0	77	0.77
95330--95355	13	2.0	13	100	0	52	0	23	0	76	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95855--96215	164	2.2	164	79	8	360	49	9	9	31	1.67
100979--101048	27	2.6	27	90	0	104	25	14	34	25	1.94
105308--105345	13	2.9	13	92	0	58	31	15	15	36	1.90
107930--107984	20	2.8	20	97	0	101	38	14	14	32	1.87
113045--113354	80	3.9	80	77	3	311	35	8	27	28	1.86
113018--113318	159	1.9	160	86	2	426	36	8	26	28	1.86
118536--118963	165	2.6	165	84	3	436	50	7	8	32	1.62
118587--118963	165	2.3	165	87	3	519	52	7	7	31	1.59
119237--119303	33	2.0	33	85	0	89	34	10	13	41	1.79
119347--119371	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8