genome.fa.s462.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold462
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1234098

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
646474--646517	21	2.1	21	83	8	54	27	31	2	38	1.69
648310--648348	13	3.0	13	92	0	60	35	17	12	33	1.88
650427--650457	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
652485--652511	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
652468--652531	32	2.0	33	87	9	96	42	15	15	26	1.87
654739--654783	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
656583--656613	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
658618--658697	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
658683--658721	13	3.0	13	92	0	60	30	15	15	38	1.88
658842--658888	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
658844--658886	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
661206--661232	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
661189--661252	32	2.0	33	87	9	96	43	15	14	26	1.85
664263--664309	21	2.3	20	78	10	51	34	19	2	44	1.62
666697--666722	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
666679--666743	32	2.0	32	87	6	94	40	16	13	29	1.88
666777--666815	20	1.9	21	89	5	62	48	12	7	30	1.69
669027--669094	33	2.1	33	88	2	102	33	11	20	33	1.89
671723--671762	20	2.0	21	95	5	73	35	15	15	35	1.88
677806--677874	20	3.6	19	75	13	70	28	10	20	40	1.85
677956--677980	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
681471--681498	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
685073--685125	13	4.5	13	75	22	55	33	16	13	35	1.88
685073--685141	33	2.1	33	91	5	113	34	18	13	33	1.90
685850--685911	20	3.0	22	81	13	78	32	24	4	38	1.76
687296--687340	20	2.1	22	84	8	58	15	28	37	17	1.91
694009--694064	19	2.9	19	91	2	85	35	17	16	30	1.92
694049--694075	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
695317--695353	13	2.8	13	91	0	56	35	13	10	40	1.80
700954--701550	49	12.8	49	71	15	347	30	18	26	25	1.98
701103--701545	87	5.0	88	82	10	513	29	18	26	26	1.98
701146--701300	39	3.7	40	76	14	152	27	18	26	28	1.98
700997--701545	87	6.0	92	79	12	510	29	18	26	25	1.98
700998--701538	273	2.0	274	86	4	761	29	18	26	25	1.98
701554--701665	29	3.7	30	83	9	129	21	19	31	27	1.97
701554--701671	60	2.0	60	81	9	143	23	18	31	26	1.98
701644--702548	33	27.8	33	78	10	811	37	11	30	20	1.88
701686--701758	27	2.7	27	93	0	128	31	12	34	21	1.91
701726--702548	34	25.0	34	79	10	836	37	11	30	20	1.88
702070--702122	27	2.0	27	88	0	79	30	13	32	24	1.93
702011--702548	94	5.6	93	74	15	287	37	11	30	20	1.88
702226--702285	27	2.2	27	96	0	111	31	13	35	20	1.91
702388--702569	27	6.0	28	75	17	127	35	13	30	20	1.92
702579--702850	30	8.8	30	80	6	258	33	15	27	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
702562--702850	32	9.2	32	77	9	229	33	15	28	22	1.94
702578--702850	61	4.4	62	78	7	236	33	15	27	22	1.95
704142--704194	12	4.8	11	77	13	56	0	0	15	84	0.61
704142--704205	13	5.2	12	74	14	51	1	0	15	82	0.74
704142--704193	11	4.9	10	80	15	52	0	0	15	84	0.62
704374--704401	13	2.2	13	100	0	56	50	28	7	14	1.69
710024--710073	22	2.3	22	100	0	100	32	8	28	32	1.86
711610--711712	19	5.7	19	81	14	128	30	14	17	37	1.90
711577--711639	32	1.9	33	87	9	94	30	17	15	36	1.91
711575--711710	51	2.6	51	89	4	193	30	15	16	38	1.89
711628--711690	32	2.0	32	96	0	117	30	14	15	39	1.87
711647--711671	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
712634--712658	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
712646--712698	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
712750--712808	13	5.0	13	69	23	58	38	18	13	28	1.89
712762--712829	20	3.8	20	74	25	87	39	20	11	27	1.88
712732--712828	33	3.0	33	93	1	160	37	20	13	28	1.91
718961--718999	13	2.9	13	92	3	60	30	12	15	41	1.85
719433--719484	20	2.4	21	87	9	70	19	50	26	3	1.65
720857--720901	22	2.0	22	87	8	65	35	2	28	33	1.70
721457--721481	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
721469--721521	21	2.6	21	84	3	72	41	15	15	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
721573--721598	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
721555--721618	33	2.0	32	87	3	92	37	20	12	29	1.89
723390--723422	12	2.8	12	100	0	66	36	21	0	42	1.53
724609--724646	13	2.9	13	96	0	67	31	13	15	39	1.86
725476--725500	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
736833--736900	33	2.1	32	86	2	91	32	19	16	32	1.93
741211--741237	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
741291--741351	19	3.6	18	72	25	60	37	19	11	31	1.87
741281--741366	32	2.7	32	92	0	145	38	18	11	31	1.87
741969--742360	49	7.6	52	78	8	171	33	17	25	24	1.96
742016--742494	49	9.8	49	78	9	437	32	18	25	23	1.97
742068--742494	101	4.4	100	82	10	494	32	19	25	23	1.97
742016--742494	150	3.3	149	83	7	522	32	18	25	23	1.97
742273--742494	42	4.9	43	73	13	137	32	18	24	23	1.97
742539--742605	30	2.3	29	79	5	73	25	14	23	35	1.94
742600--743125	35	15.4	35	85	4	625	36	13	30	18	1.90
743128--743212	29	2.9	29	94	0	143	27	15	31	25	1.95
743150--743279	34	4.0	33	81	10	137	33	13	30	22	1.93
742993--743331	65	5.4	65	77	13	196	33	14	30	21	1.93
743187--743331	30	4.7	30	83	10	159	30	16	29	23	1.96
744340--744379	21	1.9	21	85	10	55	2	12	2	82	0.87
745007--745056	21	2.4	21	80	9	50	32	22	0	46	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
747477--747506	13	2.3	13	94	0	51	36	16	13	33	1.88
747462--747526	33	2.0	33	87	6	96	35	13	16	33	1.89
753701--753729	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
754897--754935	2	20.0	2	89	5	62	48	2	0	48	1.15
763569--763742	90	1.9	90	87	2	251	27	15	22	34	1.94
766049--766111	24	2.7	24	75	22	62	69	1	15	12	1.26
767832--767870	14	2.9	14	88	7	55	0	20	0	79	0.73
768443--768491	22	2.2	22	85	7	64	46	2	44	6	1.39
770779--770820	15	2.6	16	77	11	50	73	0	19	7	1.05
776605--776656	20	2.6	20	84	6	70	26	17	15	40	1.89
777137--777163	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
777118--777179	33	1.9	32	87	9	90	27	14	16	41	1.87
777147--777203	19	2.9	19	84	2	78	31	14	17	36	1.89
777248--777278	13	2.4	13	94	0	53	35	16	9	38	1.81
777232--777300	33	2.1	33	89	5	104	33	14	14	37	1.87
781356--781408	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
781396--781420	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
781410--781461	20	2.6	21	81	9	63	28	9	17	44	1.80
788733--788758	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
788711--788778	33	2.1	32	88	2	100	33	13	19	33	1.90
788851--788875	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
792043--792067	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
792107--792146	13	3.1	13	96	0	71	27	15	17	40	1.89
794607--794681	13	6.1	13	78	12	95	36	16	12	36	1.85
794623--794667	11	3.9	11	77	11	54	42	17	8	31	1.80
794610--794680	24	3.0	24	95	0	133	38	16	11	33	1.85
796066--796090	6	4.2	6	100	0	50	64	0	0	36	0.94
796721--796838	42	2.8	42	90	1	184	43	2	45	8	1.48
806282--806330	9	5.1	9	79	13	53	10	42	2	44	1.49
806287--806351	12	5.9	12	75	17	54	10	46	1	41	1.48
806268--806336	30	2.3	30	92	0	111	10	44	1	43	1.46
807447--807499	20	2.6	21	82	8	65	28	15	16	39	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8