genome.fa.s462.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold462
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1234098

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

This is table  6  of  8  ( 854 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807487--807511	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
809501--809565	20	3.2	20	89	6	94	6	29	47	16	1.71
816859--816910	20	2.7	20	90	3	79	26	13	21	38	1.90
817002--817042	20	2.0	20	90	0	64	29	9	21	39	1.86
819981--820410	215	2.0	215	82	6	523	33	15	19	32	1.93
820334--821971	158	10.3	158	67	10	682	35	14	18	30	1.91
820194--822008	475	3.8	476	88	2	2495	36	14	18	31	1.91
821636--822377	370	2.0	368	87	2	1049	37	13	18	30	1.89
822440--823197	159	4.8	157	69	12	438	35	14	18	31	1.91
822003--823282	476	2.7	472	84	4	1588	36	13	18	31	1.90
822128--823222	159	6.9	156	66	14	373	36	14	18	30	1.91
824901--825019	12	8.9	12	68	28	64	41	2	44	11	1.54
824925--824991	18	3.4	18	67	21	53	46	2	38	11	1.56
824892--825031	42	3.3	42	92	0	217	44	2	42	11	1.52
824901--825028	24	5.9	23	66	21	78	42	2	42	12	1.55
831975--832043	31	2.2	31	94	0	120	21	18	20	39	1.93
832305--832335	14	2.2	14	100	0	62	48	25	9	16	1.76
832043--833955	475	4.1	472	82	6	2049	36	14	18	30	1.90
833587--834327	366	2.0	367	86	3	1021	37	13	17	31	1.89
834780--835877	158	6.9	154	69	11	515	36	15	17	30	1.91
834754--836677	476	4.1	476	77	9	1927	36	14	18	30	1.91
834754--835825	159	6.8	156	68	14	482	36	15	17	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
834949--836677	927	1.9	925	86	1	2471	36	14	18	30	1.90
836303--837056	380	2.0	380	84	1	1001	37	13	17	31	1.89
842115--842233	42	2.8	42	84	0	130	11	42	1	44	1.51
842152--842224	21	3.3	23	67	21	66	13	43	1	41	1.53
844661--844695	12	2.9	12	84	16	54	40	0	48	11	1.39
844682--844712	9	3.4	9	90	0	53	45	0	41	12	1.42
844652--844773	42	2.9	42	86	0	163	47	0	40	10	1.44
849425--849468	22	2.0	22	100	0	88	27	36	4	31	1.77
851002--851120	42	2.8	42	88	2	177	7	45	2	44	1.45
851035--851110	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
852381--853423	347	3.0	347	98	0	1996	28	27	12	31	1.93
858877--860630	159	11.1	159	68	12	675	37	14	17	30	1.90
857511--860664	476	6.6	475	83	3	3751	36	14	18	30	1.91
860311--861020	356	2.0	356	84	1	940	35	14	18	31	1.91
859838--861496	832	2.0	832	84	2	2190	36	14	18	30	1.91
860669--861776	476	2.3	473	83	3	1400	36	14	17	31	1.90
863407--863482	12	6.9	11	75	15	52	40	1	48	9	1.43
863406--863491	24	3.8	24	72	17	76	43	1	45	10	1.46
863397--863515	42	2.8	42	90	0	184	43	1	46	8	1.44
868490--869700	475	2.6	474	86	1	1626	36	12	19	31	1.89
869257--879557	475	22.0	436	72	14	4078	36	13	18	31	1.90
869698--871144	469	3.1	467	84	4	1812	36	14	18	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
871159--879641	158	53.8	157	66	12	1954	36	13	18	31	1.90
871154--879738	475	18.2	473	84	3	10253	36	13	18	31	1.90
888187--888236	18	2.7	19	81	6	59	8	44	4	44	1.52
888187--888299	42	2.6	42	91	4	181	9	46	2	40	1.51
888226--888296	12	6.5	11	76	15	51	9	47	2	39	1.51
888208--888278	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
892525--892554	15	1.9	16	93	6	53	10	23	6	60	1.52
897822--897950	42	3.1	42	81	5	154	45	3	43	7	1.48
902465--902583	42	2.8	42	90	0	184	8	45	2	43	1.47
902489--902574	24	3.8	24	69	17	76	10	44	2	43	1.51
911396--911527	42	3.1	42	87	2	185	44	2	44	8	1.46
911405--911490	24	3.8	24	69	17	76	43	2	44	10	1.51
922628--922746	42	2.8	42	90	0	184	9	45	2	42	1.49
922643--922713	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
924363--927568	476	6.8	475	81	5	3618	35	14	18	32	1.91
926161--927526	158	8.6	157	67	12	515	35	13	18	32	1.91
927143--927989	427	2.0	427	83	1	1054	33	14	19	32	1.92
927571--930922	947	3.5	947	84	3	4034	35	14	18	31	1.91
927571--930924	468	7.1	469	82	4	3660	35	14	18	31	1.91
934890--934939	18	2.7	19	79	11	52	6	42	4	48	1.46
934929--935004	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
934905--935014	42	2.6	42	92	0	184	9	45	1	43	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
934920--935005	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
934911--934981	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
938630--938705	12	6.9	11	74	16	52	38	2	50	9	1.49
938629--938714	24	3.8	24	70	17	76	40	2	46	10	1.51
938620--938738	42	2.8	42	88	0	175	41	2	47	8	1.47
947092--947628	267	2.0	268	87	1	781	33	14	19	32	1.92
948180--949216	474	2.2	474	87	3	1477	35	14	18	31	1.91
952170--952216	18	2.6	18	83	6	51	10	46	0	42	1.38
954607--961709	474	15.0	474	83	3	8189	35	14	19	30	1.92
960021--960670	159	4.1	158	66	13	377	36	14	18	30	1.91
961364--962009	316	2.0	316	85	1	875	36	15	19	29	1.92
954784--963839	474	19.1	468	78	9	3765	35	14	19	30	1.92
961645--963876	476	4.7	477	83	3	2696	36	13	19	30	1.91
966402--966479	39	2.0	39	100	0	156	20	20	23	35	1.96
967754--967803	16	3.1	17	71	11	50	16	22	16	46	1.84
968894--968969	12	6.9	11	78	15	61	39	1	48	10	1.46
968884--968974	33	2.8	30	77	12	76	43	1	45	9	1.44
968914--968974	9	7.1	9	72	10	56	42	1	44	11	1.50
968884--969002	42	2.8	42	90	0	184	42	1	46	9	1.46
974294--975428	567	2.0	567	94	0	2013	32	24	14	28	1.94
975429--977017	475	3.3	470	83	4	2026	36	14	19	30	1.91
977710--980361	474	5.6	470	83	5	3019	35	14	19	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
979294--979319	13	2.0	13	100	0	52	38	15	23	23	1.92
979514--980189	158	4.3	158	65	14	354	35	15	19	29	1.93
980630--980681	19	2.7	19	84	3	68	28	17	13	40	1.87
983200--992069	475	18.3	475	72	11	4602	35	14	19	30	1.91
985696--986557	427	2.0	424	84	4	1137	36	14	19	29	1.92
987559--992069	947	4.8	948	85	3	5473	36	14	18	31	1.90
987553--992069	476	9.5	478	82	3	5303	36	14	18	31	1.90
991648--992493	424	2.0	424	86	2	1180	36	13	19	30	1.90
993621--993693	36	2.0	37	97	2	139	56	10	8	24	1.61
994585--996235	476	3.5	472	84	3	2107	36	13	18	31	1.90
994628--996220	159	10.0	158	66	13	430	36	13	18	31	1.90
998975--999050	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
998974--999059	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
998965--999083	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
1007937--1007992	28	2.0	28	96	0	103	37	21	8	32	1.84
1006558--1014576	475	16.9	474	79	6	7924	35	14	18	31	1.91
1016896--1017013	42	2.9	41	88	1	173	42	2	45	9	1.49
1016905--1017013	41	2.6	42	89	1	175	40	2	46	10	1.52
1025840--1025915	12	6.9	11	75	15	52	9	47	2	40	1.49
1025807--1025925	42	2.8	42	89	0	175	8	45	2	43	1.47
1028165--1030085	475	4.0	475	89	2	2849	36	15	19	29	1.92
1029236--1029914	158	4.3	158	65	16	371	36	15	19	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1030455--1030508	20	2.7	20	88	5	74	33	12	16	37	1.87
1036727--1036766	20	2.0	20	85	14	55	32	22	0	45	1.53
1039091--1039163	20	3.7	20	87	5	78	34	13	15	36	1.86
1041282--1041357	12	6.9	11	78	15	61	39	1	48	10	1.46
1041272--1041362	33	2.8	30	77	12	76	43	1	45	9	1.44
1041302--1041362	9	7.1	9	72	10	56	42	1	44	11	1.50
1041272--1041390	42	2.8	42	90	0	184	42	1	46	9	1.46
1046208--1048333	158	13.5	155	66	12	754	35	14	18	30	1.91
1046071--1049322	946	3.5	939	85	5	4115	35	14	19	30	1.92
1046071--1049236	455	6.8	457	83	6	3519	35	14	19	30	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8