genome.fa.s468.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold468
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1127621

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131199--131268	33	2.1	33	89	0	104	40	14	11	34	1.82
131224--131248	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
132060--132186	67	1.9	68	81	4	159	38	11	24	25	1.89
132265--132333	22	3.2	21	66	25	54	30	17	26	26	1.97
132247--132789	43	11.8	43	82	11	609	30	18	25	25	1.98
132199--132789	49	12.6	49	86	7	722	30	17	25	25	1.97
132247--132789	92	5.9	92	89	7	759	30	18	25	25	1.98
132794--132914	33	3.7	32	89	6	181	19	19	33	28	1.96
132912--132993	35	2.4	33	80	8	94	35	12	32	19	1.89
132961--133472	27	17.1	27	74	17	190	27	15	34	22	1.94
132922--133538	34	20.0	31	73	16	292	28	14	35	21	1.93
132932--133099	89	1.9	89	84	7	225	27	15	35	21	1.94
132895--133195	120	2.5	115	81	11	320	28	15	34	21	1.94
132966--133595	154	4.1	154	93	2	999	27	15	35	21	1.94
133516--133569	27	2.0	27	88	0	81	18	16	42	22	1.89
149491--149619	52	2.5	52	89	0	195	27	17	17	37	1.91
149628--149652	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
149690--149758	32	2.1	33	91	2	113	36	17	13	33	1.88
149714--149738	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
152196--152308	44	2.6	42	75	13	104	23	14	14	47	1.80
152195--152591	88	4.5	88	68	8	259	23	18	15	42	1.88
153031--153171	55	2.5	55	79	4	147	21	14	14	48	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153435--154101	75	9.0	75	74	7	346	26	17	11	44	1.83
153435--153819	151	2.6	150	83	1	455	27	18	9	45	1.79
154771--154919	81	1.9	80	84	1	199	19	20	18	42	1.90
154848--155048	40	5.0	39	66	12	93	21	22	12	42	1.87
154819--155114	80	3.7	80	75	9	242	20	23	13	42	1.87
154848--155147	82	3.7	80	77	7	268	20	25	12	41	1.87
155040--155147	41	2.6	41	82	0	135	18	29	12	39	1.87
155153--155783	43	14.7	43	77	4	495	19	25	16	37	1.93
155131--155792	86	7.7	86	80	3	557	20	25	16	37	1.92
155814--156006	79	2.4	79	78	5	219	16	21	15	47	1.83
155836--156080	79	3.1	78	76	9	228	17	20	15	47	1.83
156062--156292	43	5.4	42	78	8	191	21	24	16	37	1.93
156064--156494	86	5.0	85	75	8	257	22	26	14	36	1.93
156227--156498	90	3.1	90	76	6	241	22	27	13	36	1.91
158241--158274	16	2.1	16	88	0	50	76	0	2	20	0.92
161394--161522	52	2.5	52	96	0	231	28	18	17	34	1.94
161394--161542	52	2.9	51	89	4	219	30	18	18	33	1.94
161531--161555	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
161600--161695	13	5.6	19	70	28	90	38	16	11	33	1.85
161600--161693	32	2.9	32	96	1	170	37	17	11	34	1.86
162221--162266	18	2.5	19	77	22	53	19	0	19	60	1.36
173508--173534	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173764--173803	2	19.5	2	94	5	71	47	2	0	50	1.14
176855--176887	2	16.5	2	93	0	57	48	0	51	0	1.00
177369--177403	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
180696--180740	19	2.3	20	78	17	51	64	0	4	31	1.13
182034--182066	16	2.1	16	94	0	57	57	3	6	33	1.38
189072--189159	45	2.0	45	100	0	176	38	3	17	40	1.66
189074--189144	22	3.2	22	65	11	63	38	4	16	40	1.68
200400--200534	68	2.0	67	91	4	218	50	11	7	30	1.66
200500--200532	16	2.1	16	94	0	57	51	0	3	45	1.16
202686--202733	23	2.1	23	84	3	62	37	8	18	35	1.81
202817--202851	18	1.9	18	88	0	52	40	0	11	48	1.39
203079--203117	21	1.9	20	94	5	69	41	2	0	56	1.13
203501--203546	23	2.0	24	91	4	76	60	0	0	39	0.97
204093--204140	20	2.2	20	82	10	51	41	2	2	54	1.24
205089--205132	23	2.0	22	81	4	52	61	0	0	38	0.96
205137--205189	12	4.1	12	73	17	52	52	0	1	45	1.11
205145--205248	28	3.5	28	74	16	77	49	0	0	50	1.07
205008--205222	73	2.9	74	68	17	178	51	0	1	46	1.13
205517--205693	5	34.4	5	65	17	51	44	0	0	54	1.08
205517--205599	14	5.8	14	72	14	53	44	0	0	55	0.99
205532--205623	27	3.3	27	74	14	87	47	0	0	52	1.00
206117--206156	21	1.9	21	89	0	62	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206143--206188	24	1.9	24	86	8	67	54	0	0	45	0.99
206562--206593	16	2.0	16	93	0	55	46	0	0	53	1.00
214027--214491	49	10.1	43	70	17	299	33	18	23	24	1.97
213939--214496	91	5.9	92	79	8	471	33	18	24	24	1.97
214170--214484	48	6.7	48	74	13	228	32	18	24	25	1.97
214513--214747	29	8.2	30	79	5	213	22	15	28	32	1.95
214559--214752	59	3.4	58	82	6	218	22	16	28	32	1.96
216188--216237	9	5.6	9	80	7	57	0	0	16	84	0.63
216188--216239	12	4.3	12	82	7	52	0	0	15	84	0.62
216188--216239	18	3.0	17	79	20	63	0	0	15	84	0.62
229891--229933	9	4.8	9	85	0	59	13	27	32	25	1.94
229891--229933	18	2.4	18	96	0	77	13	27	32	25	1.94
232800--232838	17	2.3	17	86	0	51	23	28	15	33	1.95
236736--236800	18	3.5	18	83	12	71	38	0	1	60	1.07
237293--237325	17	1.9	17	93	0	57	27	3	6	63	1.32
239535--239573	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
240322--240355	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
240555--240587	10	3.3	10	95	0	57	69	30	0	0	0.88
240559--240588	15	2.0	15	93	0	51	70	30	0	0	0.88
243068--243109	2	21.0	2	90	0	57	0	52	0	47	1.00
243540--243592	3	17.7	3	96	0	97	33	30	0	35	1.58
244039--244064	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245252--245341	48	1.9	46	88	4	135	42	6	8	42	1.62
246345--246422	38	2.1	38	95	0	138	55	6	17	20	1.64
248176--249775	289	5.6	287	83	6	1932	38	9	10	41	1.73
252012--252062	1	51.0	1	80	0	57	0	3	5	90	0.56
252006--252062	13	4.3	13	86	4	69	0	7	5	87	0.66
264344--264824	79	6.2	77	82	6	506	33	14	24	27	1.94
264343--264824	155	3.1	154	82	5	551	33	14	24	27	1.94
264764--264936	51	3.4	50	83	6	206	34	11	26	27	1.91
267229--267405	20	8.8	19	72	21	114	40	14	16	28	1.88
267268--267298	13	2.4	13	88	0	53	38	12	16	32	1.86
267249--267318	33	2.1	33	94	0	122	40	12	17	30	1.87
267229--267333	53	2.0	53	85	7	142	40	12	16	30	1.85
272694--272844	20	8.6	20	71	27	137	32	15	15	36	1.89
272711--272804	13	8.2	13	65	25	68	32	15	14	36	1.89
272694--272824	33	4.0	33	100	0	262	33	15	15	35	1.89
272724--272844	53	2.3	54	81	9	142	32	16	14	36	1.90
275022--275093	20	3.7	19	79	3	72	38	16	15	29	1.89
276670--276713	22	2.0	22	90	0	70	22	9	40	27	1.84
277706--277746	13	3.2	13	85	0	55	29	17	12	41	1.85
281778--281814	13	2.8	13	91	0	56	32	13	18	35	1.90
292171--292209	12	3.2	13	86	13	57	64	5	0	30	1.15
292692--292747	21	2.6	22	91	5	96	25	25	10	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
301071--301152	42	2.0	42	87	0	119	54	10	3	30	1.52
302532--302557	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
302512--302575	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
304692--304738	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
307838--307863	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
307818--307881	32	2.0	33	87	3	94	29	14	15	40	1.86
310786--310849	20	3.2	19	78	10	56	37	15	17	29	1.91
310916--311053	62	2.2	62	97	0	258	38	13	13	34	1.85
311751--311829	38	2.1	38	95	0	140	36	17	15	30	1.91
320122--320176	20	2.8	20	80	0	65	40	10	12	36	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7