genome.fa.s468.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold468
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1127621

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3245--3331	37	2.4	36	90	3	131	41	16	19	22	1.90
6491--6521	16	1.9	16	93	0	53	80	0	6	12	0.89
18376--18549	86	2.0	86	95	0	312	35	14	17	32	1.90
19409--19456	20	2.4	19	80	16	53	58	8	4	29	1.46
22333--22399	13	5.9	13	68	31	64	35	16	13	34	1.88
22432--22487	19	2.9	19	86	2	76	35	17	17	28	1.93
23042--23092	21	2.4	22	93	3	86	25	33	1	39	1.67
25128--25169	20	2.2	20	87	8	61	47	21	2	28	1.63
25149--25212	30	2.1	30	82	11	76	54	23	1	20	1.53
28672--28727	19	2.9	19	81	2	67	35	16	17	30	1.92
31445--31482	20	1.9	20	88	0	58	31	7	18	42	1.79
39056--39081	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
39036--39102	33	2.0	33	91	5	109	32	17	11	37	1.87
39702--39760	19	3.2	19	64	22	52	32	30	3	33	1.74
39704--39759	17	3.1	17	71	14	58	33	30	3	32	1.75
41623--41650	13	2.2	13	100	0	56	42	14	14	28	1.84
47748--47778	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
47728--47794	33	2.0	32	86	11	91	34	17	13	34	1.89
47865--47889	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
49392--49433	22	1.9	22	95	0	75	38	4	35	21	1.75
50027--50066	13	3.1	13	100	0	80	37	15	7	40	1.75
50050--50106	19	2.9	19	86	2	78	33	15	15	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50135--50212	33	2.4	33	95	0	138	25	15	24	34	1.95
50189--50214	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
58360--58384	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
58339--58403	33	2.0	32	87	3	94	30	16	15	36	1.90
58373--58422	19	2.5	20	90	3	75	30	18	14	38	1.89
58454--58526	20	3.7	20	96	0	128	35	12	20	31	1.90
61163--61187	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
61143--61212	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82
61252--61276	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
61285--61405	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
69576--69759	31	5.9	31	84	10	196	23	30	15	30	1.95
69576--69752	93	1.9	93	86	4	250	24	30	16	28	1.96
69791--69937	35	4.0	39	77	19	140	21	29	10	38	1.87
69607--69953	32	10.3	34	83	10	306	22	31	12	32	1.92
69667--69953	108	2.8	101	83	11	332	22	33	11	32	1.90
69605--69953	33	10.4	33	83	12	247	22	32	12	32	1.92
69980--70769	49	16.1	49	82	9	879	25	25	17	31	1.97
69980--70632	96	6.8	94	89	5	858	25	25	18	29	1.98
70417--70492	25	3.2	25	62	24	63	25	30	17	27	1.97
70490--70754	52	4.8	56	79	7	246	24	24	16	33	1.96
71520--71544	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
71500--71569	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71609--71633	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
71642--71762	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
79931--80311	33	11.4	32	80	12	249	22	31	13	33	1.92
79934--80117	31	5.9	31	83	10	187	23	29	15	30	1.95
79934--80220	93	2.9	96	82	9	287	22	31	14	32	1.94
80149--80267	40	3.1	39	73	20	117	19	28	10	42	1.83
80027--80311	33	8.3	34	82	10	296	22	32	11	32	1.90
80025--80311	108	2.8	101	82	11	323	22	32	11	33	1.90
80338--81039	49	14.6	48	86	7	950	25	26	18	29	1.98
80338--81176	96	8.6	96	86	7	970	25	25	17	31	1.97
80824--80899	25	3.2	25	62	24	63	25	30	17	27	1.97
80897--81161	52	4.8	56	80	7	255	24	25	16	33	1.95
81927--81951	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
81907--81976	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82
82016--82040	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
82049--82169	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
87944--88145	79	2.6	79	85	1	253	28	15	30	25	1.96
88102--88178	28	2.8	28	86	7	95	22	18	35	24	1.96
88161--88556	52	7.6	50	71	13	253	29	11	28	30	1.92
88161--88381	51	4.3	50	83	5	244	28	12	28	30	1.93
88051--88545	262	1.9	262	93	0	855	29	12	28	29	1.93
88367--88435	28	2.5	28	85	0	84	23	17	34	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90864--90920	21	2.8	21	89	7	82	47	12	15	24	1.80
90944--90995	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
90952--91037	19	4.7	19	72	20	76	37	16	12	33	1.87
90944--91016	32	2.3	32	97	0	137	35	17	12	34	1.88
91073--91130	21	2.7	22	81	7	75	32	15	15	36	1.89
95367--95411	20	2.3	19	85	7	63	75	8	4	11	1.17
95404--95446	12	3.7	11	78	9	50	76	0	4	18	0.95
95397--95456	23	2.6	24	81	7	79	73	3	8	15	1.20
95397--95456	22	2.6	23	82	15	79	73	3	8	15	1.20
95439--95476	20	1.9	20	89	10	60	81	5	13	0	0.85
97231--97415	31	5.9	31	81	3	210	34	28	16	20	1.95
97231--97408	61	2.8	60	81	5	194	34	29	15	20	1.94
97603--97895	52	5.5	52	72	9	216	25	24	15	34	1.95
97424--97882	214	2.1	217	87	2	647	27	23	13	35	1.93
97515--97904	104	3.7	102	75	8	341	26	23	13	36	1.92
98522--98575	20	2.7	20	88	2	81	42	12	14	29	1.83
98522--98595	21	3.6	20	83	3	76	40	12	16	31	1.85
98632--98820	103	1.9	101	86	6	274	28	15	13	41	1.86
98632--98820	51	3.7	51	87	4	267	28	15	13	41	1.86
108892--109019	52	2.5	52	90	0	202	28	17	17	35	1.93
108892--109042	52	2.9	52	87	2	169	30	17	18	33	1.94
109031--109055	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109098--109175	13	4.8	17	69	28	55	38	16	12	32	1.87
109093--109175	32	2.6	32	92	0	139	38	16	12	32	1.86
109931--110199	49	5.6	49	79	5	316	30	20	25	24	1.99
109922--110196	98	2.9	95	90	3	394	31	19	25	23	1.98
109931--110199	92	2.8	97	89	4	397	30	20	25	24	1.99
110227--110589	28	12.6	28	80	12	389	18	15	34	31	1.93
110227--110583	58	6.2	55	84	11	375	18	16	33	31	1.93
110239--110583	86	3.9	87	92	4	504	18	16	33	31	1.94
112996--113067	28	2.6	27	89	8	101	25	19	33	22	1.97
113055--113225	51	3.3	51	79	4	198	32	11	26	28	1.92
113208--113283	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
115740--115765	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
115719--115785	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
115805--115872	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
115827--115851	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
115808--115870	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
115928--115984	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
115997--116024	14	2.0	14	100	0	56	14	7	0	78	0.95
116593--117286	55	12.3	55	89	4	823	23	20	28	27	1.99
117151--117236	27	3.1	27	62	15	68	23	18	30	27	1.98
118281--118318	10	3.7	10	86	6	58	0	5	5	89	0.59
118252--118319	34	1.9	37	88	11	108	0	10	5	83	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118266--118320	11	4.9	11	78	10	58	0	5	9	85	0.74
122408--122492	1	85.0	1	71	0	53	2	3	9	84	0.82
122414--122492	15	5.5	14	77	8	79	2	3	8	84	0.82
122393--122477	22	4.0	21	76	13	77	1	3	11	83	0.83
122405--122494	31	2.9	31	82	12	98	2	4	10	83	0.87
122399--122449	6	8.3	6	81	12	59	1	0	13	84	0.71
122393--122490	39	2.5	39	83	9	112	2	3	12	82	0.87
130948--131144	104	1.9	104	89	2	306	28	17	18	35	1.94
130948--131124	52	3.4	52	96	0	318	27	17	18	36	1.94
131133--131157	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7