genome.fa.s468.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold468
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1127621

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
681739--681772	16	2.1	16	100	0	68	23	0	32	44	1.54
681769--681896	48	2.7	48	92	0	211	47	13	8	30	1.72
682111--682262	30	5.1	29	70	12	94	44	17	11	26	1.84
682119--682262	29	4.9	29	70	13	96	42	18	12	27	1.86
682074--682262	89	2.1	88	83	2	236	42	17	11	28	1.84
684014--684327	167	1.9	168	85	2	445	30	9	8	51	1.63
684858--684889	9	3.8	9	84	16	50	90	0	9	0	0.45
684855--684889	16	2.2	16	94	0	61	91	0	8	0	0.42
685729--685769	22	1.9	21	90	5	64	53	0	2	43	1.13
686166--686217	19	2.7	20	87	6	79	38	19	13	28	1.89
692384--692409	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
692530--692575	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
694938--694989	19	2.7	20	87	6	79	38	19	13	28	1.89
701153--701178	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
701299--701344	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
703706--703757	19	2.7	20	87	6	79	38	19	13	28	1.89
709923--709948	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
710069--710114	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
712476--712527	19	2.7	20	87	6	79	38	19	13	28	1.89
716584--716614	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
718693--718718	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
718838--718883	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
727456--727481	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
727602--727647	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
733288--733584	155	1.9	154	80	8	343	40	20	12	27	1.88
734006--734062	20	2.9	20	92	2	89	43	8	15	31	1.78
734127--734236	52	2.1	52	87	0	157	31	17	10	40	1.82
737881--738293	155	2.6	156	83	7	485	47	18	5	28	1.71
738935--739007	20	3.7	20	75	0	83	32	13	13	39	1.84
745358--745383	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
745340--745403	32	2.0	33	87	9	96	42	15	14	28	1.86
747602--747646	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
749450--749480	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
751487--751566	20	3.8	20	72	15	70	27	15	13	43	1.84
751552--751588	13	2.8	13	95	0	65	29	16	16	37	1.90
751711--751757	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
751713--751755	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
754109--754134	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
754091--754154	32	2.0	33	87	9	96	42	15	14	28	1.86
757363--758659	28	45.5	28	85	5	1059	26	32	16	24	1.96
757365--758434	82	12.6	82	85	6	863	26	32	16	24	1.96
757363--758659	55	22.8	56	84	6	1011	26	32	16	24	1.96
757330--758736	175	8.2	171	83	7	986	26	31	17	24	1.97
762962--763018	14	4.1	14	72	6	53	54	5	3	36	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
764227--764265	13	3.0	13	84	0	60	38	15	12	33	1.85
764736--764802	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
765453--765522	11	6.4	11	71	12	54	1	12	4	81	0.90
765453--765522	27	2.6	26	82	10	86	1	12	4	81	0.90
765453--765512	16	4.1	15	79	14	72	1	13	1	83	0.80
766559--766644	32	2.8	32	82	3	86	38	5	12	43	1.67
767481--767534	9	5.8	9	79	12	56	5	7	3	83	0.91
768718--768788	16	4.4	16	77	7	63	33	7	1	57	1.34
768785--768822	19	2.0	19	94	0	67	57	2	5	34	1.35
778359--778402	18	2.4	19	88	3	63	27	0	0	72	0.85
779005--779078	34	2.3	32	80	11	80	51	2	0	45	1.15
779016--779078	34	1.9	32	83	6	81	53	1	0	44	1.10
780490--780708	106	2.1	106	98	0	420	29	16	6	47	1.71
784398--784760	155	2.3	154	79	7	421	38	20	16	24	1.93
784821--785042	91	2.4	91	83	1	275	28	13	25	31	1.94
786637--786669	7	4.7	7	85	14	50	0	15	0	84	0.61
789485--789510	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
789463--789530	33	2.1	33	89	8	104	33	14	16	35	1.89
790237--790564	153	2.1	153	80	7	362	35	19	17	27	1.94
791995--792022	8	3.5	8	100	0	56	85	0	0	14	0.59
792148--792544	164	2.4	166	82	6	475	51	6	12	29	1.64
793239--793271	13	2.5	13	100	0	66	33	15	18	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
793316--793341	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
797935--797959	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
797968--798091	52	2.4	52	93	1	205	35	17	17	29	1.93
803784--803829	11	4.0	11	86	8	65	36	17	10	34	1.85
803785--803829	24	2.0	22	91	8	72	37	17	11	33	1.85
803899--803961	33	1.9	32	84	12	83	34	11	19	34	1.87
809640--809712	20	3.7	19	85	7	76	30	15	16	38	1.89
809762--809786	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
809742--809806	33	2.0	32	85	11	87	35	13	18	32	1.90
815978--816003	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
816112--816153	21	2.0	22	85	4	59	23	21	2	52	1.59
817551--817577	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
817561--817613	19	2.7	19	82	2	70	33	13	16	35	1.88
817667--817691	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
817647--817711	33	2.0	33	85	11	89	35	15	16	32	1.91
821482--821535	19	2.8	20	88	2	74	31	16	14	37	1.89
821485--821535	20	2.6	19	87	3	66	33	17	13	35	1.89
821565--821629	33	2.0	32	88	11	96	33	15	18	32	1.92
821585--821609	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
824365--824412	21	2.4	20	83	16	64	0	22	0	77	0.78
824499--824534	19	1.9	18	94	5	63	11	19	5	63	1.46
828903--829010	36	2.9	36	80	5	92	44	0	0	54	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
828943--829048	36	3.0	35	76	18	96	50	0	0	48	1.07
830475--830506	17	1.9	16	93	6	55	56	15	9	18	1.66
836528--836565	19	2.0	19	100	0	76	36	15	21	26	1.93
843545--843654	57	1.9	57	90	0	175	17	18	31	32	1.94
847222--847272	3	17.0	3	95	0	93	64	1	0	33	1.05
852496--852845	79	4.4	79	93	0	610	31	15	26	26	1.95
854063--854262	27	7.1	27	85	11	269	16	31	6	46	1.72
854088--854154	35	1.9	35	96	0	125	17	34	5	41	1.74
854055--854235	62	3.1	62	84	12	247	17	32	6	44	1.73
854274--854609	171	2.0	172	92	1	568	35	18	12	33	1.89
857449--857522	21	3.6	21	87	7	80	31	17	12	39	1.86
857449--857522	20	3.6	20	88	3	94	31	17	12	39	1.86
861308--861432	20	5.7	20	71	18	97	40	12	17	28	1.87
862161--862340	48	3.8	48	90	0	270	35	17	27	20	1.94
862452--862502	25	2.0	26	84	3	68	29	17	21	31	1.96
862477--862705	28	7.8	28	86	7	305	19	16	34	30	1.93
862476--862705	58	3.9	56	86	6	307	19	16	34	30	1.94
862477--862702	88	2.6	87	89	5	330	18	16	34	30	1.93
863001--863199	108	1.9	107	92	1	335	26	16	19	37	1.93
864033--864123	11	8.5	11	74	12	55	2	1	15	81	0.85
864055--864112	10	5.9	10	84	11	68	0	0	22	77	0.77
864064--864125	22	2.8	22	85	4	90	0	0	20	79	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
870373--870693	52	6.2	52	75	5	272	39	13	20	26	1.89
871026--871077	19	2.7	20	84	3	70	30	13	17	38	1.88
871107--871173	20	3.8	18	74	25	63	34	13	16	35	1.88
871123--871152	13	2.3	13	94	0	51	36	16	13	33	1.88
871108--871172	33	2.0	33	93	0	112	35	13	16	33	1.89
879894--879923	13	2.3	13	94	0	51	36	16	13	33	1.88
879879--879943	33	2.0	33	84	6	87	35	12	16	35	1.87
880674--880928	52	4.9	52	86	0	294	38	13	21	27	1.90
880994--881081	32	2.8	31	87	5	124	11	20	35	32	1.88
889425--889909	155	3.2	153	77	7	430	37	19	18	24	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7