genome.fa.s468.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold468
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1127621

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
521958--522118	86	1.9	85	89	3	252	38	0	8	53	1.31
522051--522126	39	1.9	39	81	5	91	36	0	9	53	1.33
522905--522933	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
525563--525592	11	2.7	11	100	0	60	0	10	33	56	1.32
525683--525763	33	2.5	33	95	0	144	28	17	14	39	1.89
525683--525777	33	2.9	31	83	12	118	28	17	15	37	1.91
525852--525878	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
525834--525897	33	2.0	32	93	3	110	40	17	14	28	1.88
527926--528004	41	1.9	41	97	0	149	29	6	24	40	1.79
528338--528365	13	2.2	13	100	0	56	42	14	14	28	1.84
532697--532743	24	1.9	25	91	4	78	10	21	14	53	1.71
534548--534578	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
534528--534594	33	2.0	33	91	5	109	32	19	13	34	1.91
537027--537057	13	2.4	13	94	0	53	45	16	9	29	1.79
537127--537188	32	1.9	33	86	3	90	40	12	14	32	1.84
543168--543203	15	2.4	15	90	0	54	30	11	2	55	1.49
545235--545264	13	2.3	13	100	0	60	36	13	16	33	1.88
545212--545281	33	2.1	33	86	5	97	34	20	12	32	1.90
545383--545421	20	1.9	21	89	5	62	17	17	23	41	1.91
548754--548787	14	2.4	14	90	9	52	35	2	0	61	1.11
552946--552971	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
559220--559259	13	3.1	13	88	0	62	30	12	17	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
561138--561179	22	1.9	22	90	0	66	35	4	35	23	1.76
561145--561200	22	2.5	22	91	0	85	37	5	35	21	1.76
561724--561750	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
561735--561775	19	2.2	19	100	0	82	26	17	14	41	1.88
561826--561878	20	2.7	20	85	5	63	33	11	18	35	1.87
562823--562865	21	2.1	20	91	4	68	83	2	13	0	0.74
562827--562865	20	1.9	21	84	5	53	84	2	12	0	0.72
564444--564688	90	2.7	90	75	7	226	27	28	13	29	1.95
565235--565273	16	2.3	18	83	16	57	79	0	5	15	0.90
569667--569708	21	2.0	21	81	9	50	40	19	23	16	1.91
573860--573975	51	2.3	51	83	0	133	29	28	9	32	1.88
573639--573922	79	3.6	80	79	5	256	30	22	11	35	1.89
573910--574082	79	2.2	79	77	4	188	27	26	13	32	1.94
573779--574054	130	2.1	130	81	6	310	28	25	12	33	1.92
581259--581299	14	3.2	13	83	10	57	78	0	21	0	0.76
582270--582974	61	11.4	61	84	4	785	26	26	18	28	1.98
582270--582972	243	2.8	243	85	5	871	26	26	17	29	1.98
583024--583086	33	1.9	33	90	0	99	19	20	20	39	1.92
591347--591745	28	13.9	28	78	8	241	29	30	17	22	1.96
591347--591745	56	6.9	55	75	11	291	29	30	17	22	1.96
591671--591758	33	2.7	33	89	1	133	31	30	20	17	1.95
593172--593225	20	2.8	20	86	8	76	75	0	24	0	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
593188--593222	16	2.1	17	94	5	63	74	0	25	0	0.82
595787--595882	35	2.8	34	85	1	129	23	26	9	40	1.85
595891--596083	30	6.4	30	69	13	101	22	25	11	39	1.89
595901--596308	121	3.4	120	83	1	494	21	23	13	41	1.88
595967--596255	30	9.6	30	67	13	110	22	20	13	43	1.86
596411--596444	12	2.8	12	95	0	59	23	41	5	29	1.78
596520--596878	42	8.6	42	77	7	309	17	27	15	39	1.90
596530--596858	83	3.9	84	78	10	334	17	26	16	39	1.90
596818--597124	126	2.4	126	85	1	402	16	27	19	36	1.93
596867--597126	84	3.1	84	86	2	335	16	26	19	36	1.93
596867--597126	42	6.2	42	83	0	288	16	26	19	36	1.93
598379--598698	168	1.9	166	86	2	453	28	12	8	50	1.68
599276--599587	40	7.8	40	74	7	197	49	16	25	8	1.74
599278--599568	78	3.7	78	74	8	246	49	15	25	9	1.75
599430--599530	38	2.6	38	84	4	130	46	16	28	7	1.75
599669--599732	13	5.2	13	72	23	50	45	39	7	7	1.62
599685--599739	23	2.4	23	96	0	101	41	41	9	7	1.64
601109--601868	156	4.9	156	81	4	725	24	15	20	40	1.91
601072--601866	314	2.6	310	80	5	881	24	15	20	40	1.90
603747--603778	13	2.4	14	94	5	57	18	6	12	62	1.50
603906--603939	13	2.8	12	86	8	50	47	8	0	44	1.34
604395--604439	21	2.1	21	83	0	54	33	20	11	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
606043--606082	21	2.0	20	85	5	53	60	10	5	25	1.49
606885--606923	20	2.0	20	84	0	51	64	5	5	25	1.35
609924--609949	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
612165--612209	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
614012--614042	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
614356--614381	13	2.0	13	100	0	52	46	0	23	30	1.53
616278--616324	21	2.3	20	82	10	60	31	19	4	44	1.70
618698--618723	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
620792--620842	17	2.9	18	85	11	70	49	9	0	41	1.36
620828--620857	11	2.7	11	100	0	60	46	13	0	40	1.43
625228--625276	27	1.9	26	84	12	66	26	40	16	16	1.89
626200--627294	27	35.0	33	70	17	401	22	30	10	35	1.89
626394--626542	59	2.5	59	83	4	174	24	30	10	34	1.89
626253--626601	184	1.9	180	85	3	475	22	31	12	34	1.91
626187--627211	95	11.0	92	74	10	710	22	31	10	35	1.89
626520--626814	60	4.8	60	78	9	249	23	32	11	32	1.90
626187--627187	279	3.6	272	77	9	875	22	31	11	34	1.89
626516--626991	59	7.8	59	74	12	320	23	31	10	34	1.89
626756--626850	34	2.8	34	83	9	104	22	31	12	33	1.91
626696--627180	181	2.6	181	79	8	469	23	30	9	35	1.88
627031--627117	34	2.6	32	77	15	86	22	35	8	33	1.84
627130--627294	35	4.8	35	73	10	144	21	29	9	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
627320--627467	32	4.7	31	86	5	190	31	31	15	22	1.95
627320--627467	63	2.3	62	86	6	199	31	31	15	22	1.95
627320--627491	95	1.8	94	82	6	222	29	31	15	23	1.95
627636--627981	52	6.7	51	74	11	222	24	23	16	35	1.94
631962--632321	154	2.3	155	87	1	526	37	19	18	23	1.94
632697--632726	15	1.9	16	93	6	53	20	0	0	80	0.72
632743--633167	163	2.6	162	85	3	541	41	13	10	34	1.79
633960--634002	16	2.6	16	81	3	50	0	18	4	76	0.95
634374--634895	165	3.1	168	80	7	473	50	7	10	31	1.66
635872--636015	72	2.0	72	83	0	180	46	11	21	20	1.82
635944--636636	60	11.6	60	76	5	553	41	12	23	22	1.87
636002--636503	30	16.8	30	68	14	211	42	11	23	23	1.86
635955--636605	121	5.4	121	81	4	660	41	12	22	23	1.87
635951--636551	236	2.5	237	83	4	755	41	11	23	23	1.87
636367--636547	31	5.9	32	72	14	121	39	11	25	23	1.88
638929--639035	56	1.9	56	84	3	144	33	21	14	29	1.94
638908--639057	56	2.7	55	74	12	142	32	20	16	30	1.95
640493--640537	22	2.0	23	86	4	65	53	2	0	44	1.13
641932--641981	10	4.9	10	76	13	57	42	4	0	54	1.19
641939--642099	80	2.0	79	91	3	261	43	10	0	45	1.43
645189--645227	20	2.0	20	84	0	51	53	20	2	23	1.57
656908--656975	34	2.0	35	82	2	84	23	17	16	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
658442--658606	82	2.0	82	86	2	233	31	20	9	39	1.83
665603--665655	27	1.9	28	81	11	65	73	0	9	16	1.08
665599--665647	24	2.0	25	88	4	73	73	0	8	18	1.07
666012--666049	19	1.9	20	89	10	60	68	2	5	23	1.23
666012--666050	20	1.9	21	89	5	62	69	2	5	23	1.21
668838--668911	16	4.6	16	70	6	60	9	18	33	37	1.84
669075--669160	36	2.4	33	77	22	86	40	2	1	55	1.20
669134--669172	18	2.2	17	90	4	60	46	0	0	53	1.00
669810--669853	20	2.2	20	95	0	79	25	27	15	31	1.96
681561--681673	49	2.3	48	76	7	111	42	9	12	35	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7